【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于癌症的非侵入性检测的DNA甲基化标志物和其用途
本专利技术涉及人DNA中的DNA甲基化签名，特别是在分子诊断领域。
技术介绍
癌症已成为人类的主要杀手。癌症的早期检测可以显著提高治愈率，并降低患者及其家人和医疗保健系统的可怕的个人和财务费用。例如，肝细胞癌(HCC)是全球第五大最常见的癌症(El-Serag,2011)。其在亚洲特别流行，并且在乙型肝炎流行的地区其发生率最高，这表明可能存在因果关系(Flores和Marrero,2014)。对高风险人群(如慢性肝炎患者)进行随访，并及早诊断从慢性肝炎向HCC的转变将提高治愈率。肝细胞癌的存活率目前极低，因为其几乎总是在晚期被诊断出来。如果及早诊断，可以有效地治疗肝癌，其中治愈率>80％。成像的进步改善了HCC的非侵入性检测(Tan,Low和Thng,2011；Valente等人,2014)。然而，包含用单个蛋白质(如甲胎蛋白)进行成像和免疫测定的当前的诊断方法常常无法及早诊断出HCC(Flores和Marrero,2014)。这些挑战不仅限于HCC，还常见于其它癌症。例如，乳腺癌和结肠直肠癌的早期检测可以大大降低发病率和死亡率，并且降低公共卫生系统和保险公司的成本。此外，如胰腺癌等某些癌症几乎总是晚期才检测出，从而实际上导致了一定的死亡率。成像的进步改善了癌症的早期检测，然而高分辨率成像(如MRI)价格昂贵，需要训练有素的人员，并且在许多地方都无法使用。所述成像还没有进化成为筛查广泛人群的方法。为了对降低癌症的发病率和死亡率产生影响，有必要开发一种非侵入性、...
【技术保护点】
1.一种使用癌症的“二元分类”DNA甲基化签名来检测癌症的方法，所述方法包括以下步骤：通过使用“二元分类分化(BCD)”方法从全基因组DNA甲基化图中得到所述“二元”DNA甲基化签名。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180709 US 62/695,4291.一种使用癌症的“二元分类”DNA甲基化签名来检测癌症的方法，所述方法包括以下步骤：通过使用“二元分类分化(BCD)”方法从全基因组DNA甲基化图中得到所述“二元”DNA甲基化签名。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述全基因组DNA甲基化图是癌细胞、正常组织和血液DNA中的一个或多个。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述“二元分类分化(BCD)”方法包含使用以下中的一个或多个：Illumina27K、450K或EPIC阵列、全基因组亚硫酸氢盐测序、甲基化DNA免疫沉淀(MeDIP)测序和与寡核苷酸阵列的杂交。
4.根据权利要求1所述的方法，所述方法用于检测肝细胞癌(HCC)肝癌(检测)以及与其它肿瘤进行区分(特异性)，其通过测量来自下表和子集的CGID中的一个或多个的DNA甲基化水平，以及使用源自患者的如唾液、尿液、粪便和无细胞血浆DNA等生物材料中源自肿瘤的DNA中的“二元分类”或线性回归方程得到“癌症甲基化评分”，其中所述表和子集如下：
用于检测的子集：cg02012576、cg03768777、cg24804544、cg05739190；以及
用于特异性的子集：
cg14126493。
5.根据权利要求1所述的方法，所述方法用于检测肺癌(检测)以及与其它肿瘤进行区分(特异性)，其通过测量来自下表和子集的CGID中的一个或多个的DNA甲基化水平，以及使用源自患者的如唾液、尿液、粪便和无细胞血浆DNA等生物材料中源自肿瘤的DNA中的“二元分类”或线性回归方程和接受者工作特征(ROC)测定得到“癌症甲基化评分”，其中所述表和子集如下：
用于检测的子集：
cg04223424、cg23141355；以及
用于特异性的子集：
cg05917732、cg25470077。
6.根据权利要求1所述的方法，所述方法用于检测前列腺癌(检测)以及与其它肿瘤进行区分(特异性)，其通过测量来自下表和子集的CGID中的一个或多个的DNA甲基化水平，以及使用源自患者的如唾液、尿液、粪便和无细胞血浆DNA等生物材料中源自肿瘤的DNA中的“二元分类”或线性回归方程和接受者工作特征(ROC)测定得到“癌症甲基化评分”，其中所述表和子集如下：
用于检测_特异性的子集：
cg14283569。
7.根据权利要求1所述的方法，所述方法用于检测乳腺癌(检测)以及与其它肿瘤进行区分(特异性)，其通过测量来自下表和子集的CGID中的一个或多个的DNA甲基化水平，以及使用源自患者的如唾液、尿液、粪便和无细胞血浆DNA等生物材料中源自肿瘤的DNA中的“二元分类”或线性回归方程和接受者工作特征(ROC)测定得到“癌症甲基化评分”，其中所述表和子集如下：
用于检测的子集：
cg13031251、cg09734791、cg09695735、cg03637878；以及
用于特异性的子集：
cg03113878、cg20180843。
8.根据权利要求1所述的方法，所述方法用于检测结肠直肠癌(CRC)(检测)以及与其它肿瘤进行区分(特异性)，其通过测量来自下表和子集的CGID中的一个或多个的DNA甲基化水平，以及使用源自患者的如唾液、尿液、粪便和无细胞血浆DNA等生物材料中源自肿瘤的DNA中的“二元分类”或线性回归方程和接受者工作特征(ROC)测定得到“癌症甲基化评分”，其中所述表和子集如下：
用于检测_特异性的子集：
cg09854653、cg01566242。
9.根据权利要求1所述的方法，所述方法用于检测胰腺癌(检测)以及与其它肿瘤进行区分(特异性)，其通过测量来自下表和子集的CGID中的一个或多个的DNA甲基化水平，以及使用源自患者的如唾液、尿液、粪便和无细胞血浆DNA等生物材料中源自肿瘤的DNA中的“二元分类”或线性回归方程和接受者工作特征(ROC)测定得到“癌症甲基化评分”，其中所述表和子集如下：
用于检测的子集：
cg25024074、cg15386964、cg16232979；以及
用于特异性的子集：
cg01237565、cg08182975、cg20983577、cg25591377。
10.根据权利要求1所述的方法，所述方法用于检测脑癌(成胶质细胞瘤)(检测)以及与其它肿瘤进行区分(特异性)，其通过测量来自下表和子集的CGID中的一个或多个的DNA甲基化水平，以及使用源自患者的如唾液、尿液、粪便和无细胞血浆DNA等生物材料中源自肿瘤的DNA中的“二元分类”或线性回归方程和接受者工作特征(ROC)测定得到“癌症甲基化评分”，其中所述表和子集如下：
用于检测和特异性的子集：
cg19929355。
11.根据权利要求1所述的方法，所述方法用于检测胃(胃部)癌(检测)以及与其它肿瘤进行区分(特异性)，其通过测量来自下表和子集的CGID中的一个或多个的DNA甲基化水平，以及使用源自患者的如唾液、尿液、粪便和无细胞血浆DNA等生物材料中源自肿瘤的DNA中的“二元分类”或线性回归方程和接受者工作特征(ROC)测定得到“癌症甲基化评分”，其中所述表和子集如下：
用于检测的子集：
cg05611779、cg09734791、cg15760257；以及
用于特异性的子集：
cg05611779、cg19235339。
12.根据权利要求1所述的方法，所述方法用于检测卵巢癌(检测)以及与其它肿瘤进行区分(特异性)，其通过测量来自下表和子集的CGID中的一个或多个的DNA甲基化水平，以及使用源自患者的如唾液、尿液、粪便和无细胞血浆DNA等生物材料中源自肿瘤的DNA中的“二元分类”或线性回归方程和接受者工作特征(ROC)测定得到“癌症甲基化评分”，其中所述表和子集如下：
用于检测的子集：
cg24339193、cg22694153、cg11252337、cg21210985；以及
用于特异性的子集：
cg07068768、cg19846609。
13.根据权利要求1所述的方法，所述方法用于检测宫颈癌(检测)以及与其它肿瘤进行区分(特异性)，其通过测量来自下表和子集的CGID中的一个或多个的DNA甲基化水平，以及使用源自患者的如唾液、尿液、粪便和无细胞血浆DNA等生物材料中源自肿瘤的DNA中的“二元分类”或线性回归方程和接受者工作特征(ROC)测定得到“癌症甲基化评分”，其中所述表和子集如下：
用于检测的子集：
cg00757182、cg01601746；以及
用于特异性的子集：
cg07066594、cg09260640、cg12961842。
14.根据权利要求1所述的方法，所述方法用于检测头颈部鳞状细胞癌(检测)以及与其它肿瘤进行区分(特异性)，其通过测量来自下表和子集的CGID中的一个或多个的DNA甲基化水平，以及使用源自患者的如唾液、尿液、粪便和无细胞血浆DNA等生物材料中源自肿瘤的DNA中的“二元分类”或线性回归方程和接受者工作特征(ROC)测定得到“癌症甲基化评分”，其中所述表和子集如下：
用于检测的子集：
cg07900968、cg20334243、cg27420520；以及
用于特异性的子集：
cg18006328、cg19287220。
15.根据权利要求1所述的方法，所述方法用于检测食管癌(检测)以及与其它肿瘤进行区分(特异性)，其通过测量来自下表和子集的CGID中的一个或多个的DNA甲基化水平，以及使用源自患者的如唾液、尿液、粪便和无细胞血浆DNA等生物材料中源自肿瘤的DNA中的“二元分类”或线性回归方程和接受者工作特征(ROC)测定得到“癌症甲基化评分”，其中所述表和子集如下：
用于检测的子集：
cg03280624、cg03735888、cg27420520、cg09734791；以及
用于特异性的子集：
cg09556952、cg12473285。
16.根据权利要求1所述的方法，所述方法用于检测膀胱癌(检测)以及与其它肿瘤进行区分(特异性)，其通过测量来自下表和子集的CGID中的一个或多个的DNA甲基化水平，以及使用源自患者的如唾液、尿液、粪便和无细胞血浆DNA等生物材料中源自肿瘤的DNA中的“二元分类”或线性回归方程和接受者工作特征(ROC)测定得到“癌症甲基化评分”，其中所述表和子集如下：
用于检测的子集：
cg04223424、cg10723962、cg25024074；以及
用于特异性的子集：
cg13544006。
17.根据权利要求1所述的方法，所述方法用于检测肾(肾脏)癌(检测)以及与其它肿瘤进行区分(特异性)，其通过测量来自下表和子集的CGID中的一个或多个的DNA甲基化水平，以及使用源自患者的如唾液、尿液、粪便和无细胞血浆DNA等生物材料中源自肿瘤的DNA中的“二元分类”或线性回归方程和接受者工作特征(ROC)测定得到“癌症甲基化评分”，其中所述表和子集如下：
用于检测特异性的子集：
cg08884571、cg00011225、cg00011225。
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【专利技术属性】
技术研发人员：戴维·车世瑞，李慧，黄志发，
申请(专利权)人：香港精准医学技术有限公司，
类型：发明
国别省市：中国香港;81
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