聚合酶、组合物及使用方法技术

技术编号:28047894 阅读:40 留言:0更新日期:2021-04-09 23:37
本文提出了用于改善核苷酸和核苷酸类似物的掺入的改变的聚合酶,特别是在减少的掺入时间下保持高保真度的改变的聚合酶,以及使用它们的方法和试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】聚合酶、组合物及使用方法优先权本申请要求2018年12月5日提交的美国临时申请No.62/775,662的权益,其全部公开内容通过引用并入本文。序列表本申请包含通过EFS-Web电子提交给美国专利商标局的序列表,其为ASCII文本文件,名称为“1727WO01_ST25.txt”,大小为112KB并且创建于2019年11月27日。序列表中包含的信息通过引用并入本文。
本公开尤其涉及用于进行核苷酸掺入反应的改变的聚合酶,特别是在核酸合成测序的情况下。
技术介绍
下一代测序(NGS)技术依赖于DNA聚合酶作为测序过程的关键组成。希望在保持高保真度的同时减少模板测序的时间。减少合成测序(sequencingbysynthesis,SBS)过程的每个循环是实现较短测序运行时间的有用步骤。减少循环时间的一种方法是减少掺入步骤的时间。然而,虽然减少掺入时间可以提供整体运行时间的显著改善,但它们通常会以保真度为代价。例如,定相率(phasingrate),预定相率(pre-phasingrate)和/或旁路率(bypassra本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.重组DNA聚合酶,其包含与9°N DNA聚合酶氨基酸序列SEQ ID NO:1至少80%相同的氨基酸序列,其中所述DNA聚合酶包含在功能上等同于9°N DNA聚合酶氨基酸序列中的Ala281、Phe283、Thr349或Trp397的位置处的氨基酸取代突变。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20181205 US 62/775,6621.重组DNA聚合酶,其包含与9°NDNA聚合酶氨基酸序列SEQIDNO:1至少80%相同的氨基酸序列,其中所述DNA聚合酶包含在功能上等同于9°NDNA聚合酶氨基酸序列中的Ala281、Phe283、Thr349或Trp397的位置处的氨基酸取代突变。


2.权利要求1的聚合酶,其中在功能上等同于Ala281的位置处的所述取代突变包含突变为非极性、疏水或不带电荷的氨基酸的突变。


3.权利要求2的聚合酶,其中在功能上等同于Ala281的位置处的所述取代突变包含突变为Gly或Phe的突变。


4.权利要求1的聚合酶,其中在功能上等同于Phe283的位置处的所述取代突变包含突变为极性的不带电荷的氨基酸的突变。


5.权利要求4的聚合酶,其中在功能上等同于Phe283的位置处的所述取代突变包含突变为Ser的突变。


6.权利要求1的聚合酶,其中在功能上等同于Thr349的位置处的所述取代突变包含突变为极性或不带电荷的氨基酸的突变。


7.权利要求6的聚合酶,其中在功能上等同于Thr349的位置处的所述取代突变包含突变为Ser或Asn的突变。


8.权利要求1的聚合酶,其中在功能上等同于Thr349的位置处的所述取代突变包含突变为带电荷的氨基酸的突变。


9.权利要求8的聚合酶,其中在功能上等同于Thr349的位置处的所述取代突变包含突变为Lys的突变。


10.权利要求1的聚合酶,其中在功能上等同于Trp397的位置处的所述取代突变包含突变为极性或不带电荷的氨基酸的突变。


11.权利要求10的聚合酶,其中在功能上等同于Trp397的位置处的所述取代突变包含突变为Cys的突变。


12.权利要求1的聚合酶,其中在功能上等同于Trp397的位置处的所述取代突变包含突变为非极性或疏水氨基酸的突变。


13.权利要求10的聚合酶,其中在功能上等同于Trp397的位置处的所述取代突变包含突变为Phe的突变。


14.权利要求1的聚合酶,其中所述聚合酶包含在功能上等同于所述9°NDNA聚合酶氨基酸序列中的选自A281、F283、Thr349或Trp397的氨基酸的位置处的至少两个、至少三个或四个氨基酸取代突变。


15.权利要求1的聚合酶,其中所述聚合酶包含在功能上等同于Thr349的位置处的取代突变,并且进一步包含在功能上等同于所述9°NDNA聚合酶氨基酸序列中的氨基酸Met129、Asp141、Glu143、Cys223、Leu408、Tyr409、Pro410、Ala485、Tyr497、Arg247、Glu599和His633的位置处的氨基酸取代突变。


16.权利要求15的聚合酶,其中在功能上等同于Thr349的位置处的所述取代突变包含突变为带电荷的氨基酸的突变。


17.权利要求16的聚合酶,其中在功能上等同于Thr349的位置处的所述取代突变包含突变为Lys的突变。


18.权利要求15的聚合酶,其中在功能上等同于Met129的位置处的所述取代突变包含突变为非极性或疏水氨基酸的突变。


19.权利要求18的聚合酶,其中在功能上等同于Met129的位置处的所述取代突变包含突变为Ala的突变。


20.权利要求15的聚合酶,其中在功能上等同于Asp141的位置处的所述取代突变包含突变为非极性或疏水氨基酸的突变。


21.权利要求20的聚合酶,其中在功能上等同于Asp141的位置处的所述取代突变包含突变为Ala的突变。


22.权利要求15的聚合酶,其中在功能上等同于Glu143的位置处的所述取代突变包含突变为非极性或疏水氨基酸的突变。


23.权利要求22的聚合酶,其中在功能上等同于Glu143的位置处的所述取代突变包含突变为Ala的突变。


24.权利要求15的聚合酶,其中在功能上等同于Cys223的位置处的所述取代突变包含突变为极性或不带电荷的氨基酸的突变。


25.权利要求24的聚合酶,其中在功能上等同于Cys223的位置处的所述取代突变包含突变为Ser的突变。


26.权利要求15的聚合酶,其中在功能上等同于Leu408的位置处的所述取代突变包含突变为非极性或疏水氨基酸的突变。


27.权利要求26的聚合酶,其中在功能上等同于Leu408的位置处的所述取代突变包含突变为Ala的突变。


28.权利要求15的聚合酶,其中在功能上等同于Tyr409的位置处的所述取代突变包含突变为非极性或疏水氨基酸的突变。


29.权利要求28的聚合酶,其中在功能上等同于Tyr409的位置处的所述取代突变包含突变为Ala的突变。


30.权利要求15的聚合酶,其中在功能上等同于Pro410的位置处的所述取代突变包含突变为非极性或疏水氨基酸的突变。


31.权利要求30的聚合酶,其中在功能上等同于Pro410的位置处的所述取代突变包含突变为Ile的突变。


32.权利要求15的聚合酶,其中在功能上等同于Ala485的位置处的所述取代突变包含突变为非极性或疏水氨基酸的突变。


33.权利要求32的聚合酶,其中在功能上等同于Ala485的位置处的所述取代突变包含突变为Val的突变。


34.权利要求15的聚合酶,其中在功能上等同于Tyr497的位置处的所述取代突变包含突变为非极性、疏水或不带电荷的氨基酸的突变。


35.权利要求34的聚合酶,其中在功能上等同于Tyr497的位置处的所述取代突变包含突变为Gly的突变。


36.权利要求15的聚合酶,其中在功能上等同于Arg247的位置处的所述取代突变包含突变为极性或不带电荷的氨基酸的突变。


37.权利要求36的聚合酶,其中在功能上等同于Arg247的位置处的所述取代突变包含突变为Tyr的突变。


38.权利要求15的聚合酶,其中在功能上等同于Glu599的位置处的所述取代突变包含突变为极性氨基酸的突变。


39.权利要求38的聚合酶,其中在功能上等同于Glu599的位置处的所述取代突变包含突变为Asp的突变。


40.权利要求15的聚合酶,其中在功能上等同于His633的位置处的所述取代突变包含突变为非极性、疏水或不带电荷的氨基酸的突变。


41.权利要求40的聚合酶,其中在功能上等同于His633的位置处的所述取代突变包含突变为Gly的突变。


42.权利要求1至14中任一项的聚合酶,其进一步包含在功能上等同于Tyr497的位置处的氨基酸取代突变和在功能上等同于9°NDNA聚合酶氨基酸序列中的Arg247、Glu599或His633的位置处的氨基酸取代突变。


43.权利要求42的聚合酶,其中在功能上等同于Tyr497的位置处的所述取代突变包含突变为非极性、疏水或不带电荷的氨基酸的突变。


44.权利要求43的聚合酶,其中在功能上等同于Tyr497的位置处的所述取代突变包含突变为Gly的突变。


45.权利要求42的聚合酶,其中在功能上等同于Arg247的位置处的所述取代突变包含突变为极性或不带电荷的氨基酸的突变。


46.权利要求45的聚合酶,其中在功能上等同于Arg247的位置处的所述取代突变包含突变为Tyr的突变。


47.权利要求42的聚合酶,其中在功能上等同于Glu599的位置处的所述取代突变包含突变为极性氨基酸的突变。


48.权利要求47的聚合酶,其中在功能上等同于Glu599的位置处的所述取代突变包含突变为Asp的突变。


49.权利要求42的聚合酶,其中在功能上等同于His633的位置处的所述取代突变包含突变为非极性、疏水或不带电荷的氨基酸的突变。

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【专利技术属性】
技术研发人员:K克劳辛格HT戈米M戈莱恩斯基S尼兰塔S麦克唐纳S佩萨乔维奇
申请(专利权)人:亿明达股份有限公司伊卢米纳剑桥有限公司亿明达新加坡私人有限公司
类型:发明
国别省市:美国;US

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