一种RNA融合基因检测方法和试剂盒技术

一种RNA融合基因检测方法和试剂盒，其中该方法包括：提供待检测RNA样本反转录成的cDNA以及融合基因断点区域的扩增引物和内参基因的扩增引物；使用融合基因断点区域的扩增引物和内参基因的扩增引物分别对cDNA的融合基因断点区域和内参基因进行PCR扩增，以得到融合基因断点区域和内参基因扩增子；对融合基因断点区域和内参基因扩增子进行测序，并统计测序结果中覆盖融合断点的扩增子读长数与内参基因的扩增子读长数；计算覆盖融合断点的扩增子读长数与内参基因的扩增子读长数之间的比例；根据该比例确定基因融合的发生。本发明专利技术具有对样本质量和投入量要求低、操作简便、建库速度快、成本低等优势，可以快速对组织样本的多个融合基因进行检测。

【技术实现步骤摘要】
一种RNA融合基因检测方法和试剂盒
本专利技术涉及基因检测
，具体涉及一种RNA融合基因检测方法和试剂盒。
技术介绍
融合基因是由染色体的易位、插入、颠倒、缺失等重排导致的。融合基因引发癌症的机制主要有两种：一部分发生在肿瘤驱动基因上的基因融合使这些基因拥有强的启动子或增强子，或激活转录因子，使其异常表达；另一部分融合基因会产生有生物学作用(如激酶活性等)的嵌合体蛋白，使生物体紊乱。可用药的激酶融合在检测的单个癌症类型中检测到的频率为1％-9％，包括ALK、ROS1、RET、NTRKs和FGFR等。目前针对融合基因的肿瘤靶向药物已有多种获得FDA/CFDA批准，如针对ALK、ROS1基因融合的克唑替尼，以及针对NTRKs基因融合的Larotrectinib等。美国国家综合癌症网络(NCCN)指出，含有融合基因的患者可接受相应的靶向药物治疗，推荐的检测手段有高通量测序(NGS)、实时荧光定量PCR(RT-PCR)、荧光原位杂交(FISH)，以及免疫组化(IHC)等。由于FISH和IHC等方法具有通量低、检测周期长、费用昂贵等缺点，而本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种RNA融合基因检测方法，其特征在于，所述方法包括：/n提供待检测RNA样本反转录成的cDNA以及融合基因断点区域的扩增引物和内参基因的扩增引物，其中融合基因断点区域的扩增引物中的上、下游引物分别设计在融合断点两侧的驱动基因和与所述驱动基因融合的另一基因的转录区域中，使得融合发生时能够扩增出所述融合基因断点区域而融合未发生时不能扩增出所述融合基因断点区域；/n使用所述融合基因断点区域的扩增引物和内参基因的扩增引物分别对所述cDNA的融合基因断点区域和内参基因进行PCR扩增，以得到融合基因断点区域扩增子和内参基因扩增子；/n对所述融合基因断点区域扩增子和内参基因扩增子进行测序，并统计测序结...

【技术特征摘要】
1.一种RNA融合基因检测方法，其特征在于，所述方法包括：
提供待检测RNA样本反转录成的cDNA以及融合基因断点区域的扩增引物和内参基因的扩增引物，其中融合基因断点区域的扩增引物中的上、下游引物分别设计在融合断点两侧的驱动基因和与所述驱动基因融合的另一基因的转录区域中，使得融合发生时能够扩增出所述融合基因断点区域而融合未发生时不能扩增出所述融合基因断点区域；
使用所述融合基因断点区域的扩增引物和内参基因的扩增引物分别对所述cDNA的融合基因断点区域和内参基因进行PCR扩增，以得到融合基因断点区域扩增子和内参基因扩增子；
对所述融合基因断点区域扩增子和内参基因扩增子进行测序，并统计测序结果中覆盖融合断点的扩增子读长数与内参基因的扩增子读长数；
计算所述覆盖融合断点的扩增子读长数与内参基因的扩增子读长数之间的比例或对所述扩增子读长数进行均一化处理得到均一化结果；
根据所述比例或所述均一化结果，确定所述RNA样本是否在所述驱动基因和所述另一基因间发生融合。


2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增为包括第一轮PCR扩增和第二轮PCR扩增的多重PCR扩增；相应地，所述扩增引物包括第一轮PCR扩增引物和第二轮PCR扩增引物。


3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述内参基因为管家基因。


4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述管家基因选自RPS18、RPLP0、ACTB、GAPDH和TBP基因中的一种或多种。


5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述内参基因的扩增引物为RPS18、RPLP0、ACTB、GAPDH和TBP基因的引物的混合物；相应地，所述测序结果中内参基因的扩增子读长数为RPS18、RPLP0、ACTB、GAPDH和TBP基因的扩增子读长数的平均值。


6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述驱...

【专利技术属性】
技术研发人员：耿荷芳，黎美燕，吕硕，梅智颖，
申请(专利权)人：深圳华大智造科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44