在相对的转录物末端进行分子条形码化制造技术

本文公开了用于在核酸靶的5

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】在相对的转录物末端进行分子条形码化
相关申请
[0001]本申请要求2018年5月3日提交的美国临时申请号62/666,506的权益，将其通过引用以其全部内容并入本文。


[0002]本公开内容一般涉及分子生物学领域，特别涉及使用分子条形码化的多组学分析。

技术介绍

[0003]诸如分子条形码化的方法和技术对于单细胞转录组学分析是有用的，特别是使用例如逆转录、聚合酶链式反应(PCR)扩增、和下一代测序(NGS)来解密基因表达谱以确定细胞的状态。分子条形码化还可用于单细胞蛋白质组学分析。

技术实现思路

[0004]本文公开了用于将寡核苷酸条形码附接至样品中的靶的方法。举例来说，靶可以包含核酸靶，基本上由核酸靶组成或由核酸靶组成。在一些实施例中，所述方法包括：使用多个寡核苷酸条形码对样品中的核酸靶的拷贝进行条形码化，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含所述核酸靶的序列、分子标记和靶结合区，并且其中所述多个寡核苷酸条形码中的至少10个包含不同的分子标记序列；将包含所述靶结合区的互补体的寡核苷酸附接至所述多个经条形码化的核酸分子，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含所述靶结合区和所述靶结合区的互补体；使所述多个经条形码化的核酸分子中的每一个内的所述靶结合区和所述靶结合区的互补体杂交以形成茎环；并且延伸所述多个经条形码化的核酸分子的3
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末端以延伸所述茎环，以产生多个经延伸的经条形码化的核酸分子，每个经延伸的经条形码化的核酸分子包含所述分子标记和所述分子标记的互补体。任选地，所述方法进一步包括扩增所述多个经条形码化的核酸分子以产生多个经扩增的经条形码化的核酸分子。附接包含靶结合区的互补体的寡核苷酸可以包括将寡核苷酸附接到多个经扩增的经条形码化的核酸分子，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含靶结合区和靶结合区的互补体。任选地，所述方法进一步包括扩增多个经延伸的经条形码化的核酸分子。样品中的核酸靶的数量可以在扩增多个经延伸的经条形码化的核酸分子之后确定。在一些实施例中，所述方法包括：基于与多个经延伸的经条形码化的核酸分子相关联的具有不同序列的分子标记、其互补序列或其组合的数量，确定样品中的核酸靶的数量。在一些实施例中，所述方法包括：基于与多个经延伸的经条形码化的核酸分子相关联的具有不同序列的分子标记的数量，确定样品中的核酸靶的数量。
[0005]本文公开了用于确定样品中的靶数量的方法。举例来说，靶可以包含核酸，基本上由核酸组成或由核酸组成。在一些实施例中，所述方法包括：使用多个寡核苷酸条形码对样
品中的核酸靶的拷贝进行条形码化，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含所述核酸靶的序列、分子标记和靶结合区，并且其中所述多个寡核苷酸条形码中的至少10个包含不同的分子标记序列；将包含所述靶结合区的互补体的寡核苷酸附接至所述多个经条形码化的核酸分子，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含所述靶结合区和所述靶结合区的互补体；使所述多个经条形码化的核酸分子中的每一个内的所述靶结合区和所述靶结合区的互补体杂交以形成茎环；延伸所述多个经条形码化的核酸分子的3
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末端以延伸所述茎环，以产生多个经延伸的经条形码化的核酸分子，每个经延伸的经条形码化的核酸分子包含所述分子标记和所述分子标记的互补体；并且基于与多个经延伸的经条形码化的核酸分子相关联的具有不同序列的分子标记的互补序列的数量，确定样品中的核酸靶的数量。任选地，所述方法进一步包括扩增所述多个经条形码化的核酸分子以产生多个经扩增的经条形码化的核酸分子。附接包含靶结合区的互补体的寡核苷酸可以包括将寡核苷酸附接到多个经扩增的经条形码化的核酸分子，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含靶结合区和靶结合区的互补体。任选地，所述方法进一步包括扩增多个经延伸的经条形码化的核酸分子。样品中的核酸靶的数量可以在扩增多个经延伸的经条形码化的核酸分子之后确定。在一些实施例中，所述方法包括基于与多个经延伸的经条形码化的核酸分子相关联的具有不同序列的分子标记、其互补序列或其组合的数量，确定样品中的核酸靶的数量。
[0006]在一些实施例中，本文描述的方法中的任一个包括对多个靶的拷贝进行条形码化，包括：使所述核酸靶的拷贝与所述多个寡核苷酸条形码接触，其中所述多个寡核苷酸条形码中的每一个包含能够与所述核酸靶杂交的靶结合区；并且延伸与寡核苷酸条形码杂交的核酸靶的拷贝，以产生多个经条形码化的核酸分子。在一些实施例中，本文描述的方法中的任一个包括：对所述多个靶的拷贝进行条形码化包括：使核酸靶的拷贝与多个寡核苷酸条形码接触，其中多个寡核苷酸条形码中的每一个包含靶结合区。靶结合区可以与核酸靶杂交。所述方法可以进一步包括延伸与寡核苷酸条形码杂交的核酸靶的拷贝，以产生多个经条形码化的核酸分子。
[0007]在一些实施例中，本文描述的方法中的任一个包括：扩增多个经条形码化的核酸分子以产生多个经扩增的经条形码化的核酸分子，其中将包含靶结合区的互补体的寡核苷酸附接包括：将包含靶结合区的互补体的寡核苷酸附接至所述多个经扩增的经条形码化的核酸分子，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含靶结合区和靶结合区的互补体。
[0008]在一些实施例中，本文描述的方法中的任一个包括：扩增多个经延伸的经条形码化的核酸分子，以产生多个经单标记的核酸分子，每个经单标记的核酸分子包含分子标记的互补体，其中确定样品中的核酸靶的数量包括：基于与所述多个经单标记的核酸分子相关联的具有不同序列的分子标记的互补序列的数量，确定所述样品中的所述核酸靶的数量。
[0009]在一些实施例中，所述方法包括：扩增多个经延伸的经条形码化的核酸分子，以产生多个经延伸的经条形码化的核酸分子的拷贝，其中确定样品中的核酸靶的数量包括：基于与所述多个经延伸的经条形码化的核酸分子的拷贝相关联的具有不同序列的分子标记的互补序列的数量，确定所述样品中的所述核酸靶的数量。
[0010]本文公开了用于确定样品中的核酸靶数量的方法。在一些实施例中，所述方法包括：使样品中的核酸靶的拷贝与多个寡核苷酸条形码接触，其中所述多个寡核苷酸条形码中的每个包含分子标记和能够与所述核酸靶杂交的靶结合区，并且其中所述多个寡核苷酸条形码中的至少10个包含不同的分子标记序列；延伸与所述寡核苷酸条形码杂交的核酸靶的拷贝以产生多个核酸分子，每个核酸分子包含与所述核酸靶的至少一部分互补的序列；扩增多个经条形码化的核酸分子以产生多个经扩增的经条形码化的核酸分子；将包含所述靶结合区的互补体的寡核苷酸附接至所述多个经扩增的经条形码化的核酸分子，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含所述靶结合区和所述靶结合区的互补体；使所述多个经条形码化的核酸分子中的每一个内的所述靶结合区和所述靶结合区的互补体杂交以形成茎环；延伸所述多个经条形码化的核酸分子的3
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末端以延伸所述本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种将寡核苷酸条形码附接至样品中的核酸靶的方法，所述方法包括：使用多个寡核苷酸条形码对样品中的所述核酸靶的拷贝进行条形码化，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含所述核酸靶的序列、分子标记和靶结合区，并且其中所述多个寡核苷酸条形码中的至少10个包含不同的分子标记序列；将包含所述靶结合区的互补体的寡核苷酸附接至所述多个经条形码化的核酸分子，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含所述靶结合区和所述靶结合区的互补体；使所述多个经条形码化的核酸分子中的每一个内的所述靶结合区和所述靶结合区的互补体杂交以形成茎环；并且延伸所述多个经条形码化的核酸分子的3
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末端以延伸所述茎环，以产生多个经延伸的经条形码化的核酸分子，每个经延伸的经条形码化的核酸分子包含所述分子标记和所述分子标记的互补体。2.如权利要求1所述的方法，所述方法进一步包括：基于与所述多个经延伸的经条形码化的核酸分子相关联的具有不同序列的分子标记、其互补序列或其组合的数量，确定所述样品中的所述核酸靶的数量。3.一种用于确定样品中靶的数量的方法，所述方法包括：使用多个寡核苷酸条形码对样品中的核酸靶的拷贝进行条形码化，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含所述核酸靶的序列、分子标记和靶结合区，并且其中所述多个寡核苷酸条形码中的至少10个包含不同的分子标记序列；将包含所述靶结合区的互补体的寡核苷酸附接至所述多个经条形码化的核酸分子，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含所述靶结合区和所述靶结合区的互补体；使所述多个经条形码化的核酸分子中的每一个内的所述靶结合区和所述靶结合区的互补体杂交以形成茎环；延伸所述多个经条形码化的核酸分子的3
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末端以延伸所述茎环，以产生多个经延伸的经条形码化的核酸分子，每个经延伸的经条形码化的核酸分子包含所述分子标记和所述分子标记的互补体；并且基于与所述多个经延伸的经条形码化的核酸分子相关联的具有不同序列的分子标记的互补序列的数量，确定所述样品中的所述核酸靶的数量。4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中对所述多个靶的拷贝进行条形码化包括：使所述核酸靶的拷贝与所述多个寡核苷酸条形码接触，其中所述多个寡核苷酸条形码中的每一个包含能够与所述核酸靶杂交的靶结合区；并且延伸与所述寡核苷酸条形码杂交的所述核酸靶的拷贝，以产生多个经条形码化的核酸分子。5.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中对所述多个靶的拷贝进行条形码化包括：使所述核酸靶的拷贝与所述多个寡核苷酸条形码接触，其中所述多个寡核苷酸条形码中的每一个包含所述靶结合区，其中所述靶结合区与所述核酸靶杂交；并且延伸与所述寡核苷酸条形码杂交的所述核酸靶的拷贝，以产生多个经条形码化的核酸分子。
6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，所述方法包括扩增所述多个经条形码化的核酸分子以产生多个经扩增的经条形码化的核酸分子，其中附接包含所述靶结合区的所述互补体的所述寡核苷酸包括：将包含所述靶结合区的所述互补体的所述寡核苷酸附接至所述多个经扩增的经条形码化的核酸分子，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含所述靶结合区和所述靶结合区的互补体。7.如权利要求2-6中任一项所述的方法，所述方法包括扩增所述多个经延伸的经条形码化的核酸分子，以产生多个经单标记的核酸分子，每个经单标记的核酸分子包含所述分子标记的所述互补体；其中确定所述样品中的所述核酸靶的数量包括：基于与所述多个经单标记的核酸分子相关联的具有不同序列的分子标记的互补序列的数量，确定所述样品中的所述核酸靶的数量。8.如权利要求2-6中任一项所述的方法，所述方法包括扩增所述多个经延伸的经条形码化的核酸分子，以产生所述多个经延伸的经条形码化的核酸分子的拷贝，其中确定所述样品中的所述核酸靶的数量包括：基于与所述多个经延伸的经条形码化的核酸分子的拷贝相关联的具有不同序列的分子标记的互补序列的数量，确定所述样品中的所述核酸靶的数量。9.一种确定样品中的核酸靶的数量的方法，所述方法包括：使样品中的核酸靶的拷贝与多个寡核苷酸条形码接触，其中所述多个寡核苷酸条形码中的每个包含分子标记和能够与所述核酸靶杂交的靶结合区，并且其中所述多个寡核苷酸条形码中的至少10个包含不同的分子标记序列；延伸与所述寡核苷酸条形码杂交的核酸靶的拷贝以产生多个核酸分子，每个核酸分子包含与所述核酸靶的至少一部分互补的序列；扩增多个经条形码化的核酸分子以产生多个经扩增的经条形码化的核酸分子；将包含所述靶结合区的互补体的寡核苷酸附接至所述多个经扩增的经条形码化的核酸分子，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含所述靶结合区和所述靶结合区的互补体；使所述多个经条形码化的核酸分子中的每一个内的所述靶结合区和所述靶结合区的互补体杂交以形成茎环；延伸所述多个经条形码化的核酸分子的3
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末端以延伸所述茎环，以产生多个经延伸的经条形码化的核酸分子，每个经延伸的经条形码化的核酸分子包含所述分子标记和所述分子标记的互补体；扩增所述多个经延伸的经条形码化的核酸分子，以产生多个经单标记的核酸分子，每个经单标记的核酸分子包含所述分子标记的所述互补体；并且基于与所述多个经单标记的核酸分子相关联的具有不同序列的分子标记的互补序列的数量，确定所述样品中的所述核酸靶的数量。10.如权利要求7-10中任一项所述的方法，其中在延伸所述多个经条形码化的核酸分
子的3
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末端之后，将所述分子标记与所述分子标记的互补体杂交，所述方法包括使所述多个经延伸的经条形码化的核酸分子变性，之后扩增所述多个经延伸的经条形码化的核酸分子以产生所述多个经单标记的核酸分子。11.如权利要求9-10中任一项所述的方法，其中使所述样品中的所述核酸靶的拷贝接触包括使多个核酸靶的拷贝接触多个寡核苷酸条形码，其中延伸所述核酸靶的拷贝包括延伸与所述寡核苷酸条形码杂交的多个核酸靶的拷贝，以产生多个经条形码化的核酸分子，每个经条形码化的核酸分子包含与所述多个核酸靶中之一的至少一部分互补的序列，并且其中确定所述核酸靶的数量包括基于与包含所述多个核酸靶中的每一个的序列的多个经单标记的核酸分子中的经单标记的核酸分子相关联的具有不同序列的分子标记的互补序列的数量，确定所述样品中的所述多个核酸靶中各自的数量。12.如权利要求11所述的方法，其中所述多个核酸靶中的每个的序列包含所述多个核酸靶中的每个的子序列。13.如权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述多个经条形码化的核酸分子中的核酸靶的序列包含所述核酸靶的子序列。14.如权利要求1-13中任一项所述的方法，其中所述靶结合区包含基因特异性序列。15.如权利要求1-14中任一项所述的方法，其中附接包含所述靶结合区的所述互补体的所述寡核苷酸包括：将包含所述靶结合区的所述互补体的所述寡核苷酸与所述多个经条形码化的核酸分子连接。16.如权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述靶结合区包含聚(dT)序列，并且其中附接包含所述靶结合区的所述互补体的所述寡核苷酸包括：使用末端脱氧核苷酸转移酶将多个腺苷一磷酸添加至所述多个经条形码化的核酸分子。17.如权利要求4-16中任一项所述的方法，其中延伸与所述寡核苷酸条形码杂交的所述核酸靶的所述拷贝包括逆转录与所述寡核苷酸条形码杂交的所述核酸靶的所述拷贝以产生多个经条形码化的互补脱氧核糖核酸(cDNA)分子。18.如权利要求4-16中任一项所述的方法，其中延伸与所述寡核苷酸条形码杂交的所述核酸靶的所述拷贝包括使用缺乏5
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至3
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核酸外切酶活性和3
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至5
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核酸外切酶活性中至少一种的DNA聚合酶延伸与所述寡核苷酸条形码杂交的所述核酸靶的所述拷贝。19.如权利要求18所述的方法，其中所述DNA聚合酶包含克列诺片段。20.如权利要求1-19中任一项所述的方法，所述方法包括获得所述多个经延伸的经条形码化的核酸分子的序列信息。21.如权利要求20所述的方法，其中获得所述序列信息包括将测序衔接子附接至所述多个经延伸的经条形码化的核酸分子。22.如权利要求1-21中任一项所述的方法，其中所述靶结合区的互补体包含所述靶结合区的反向互补序列。23.如权利要求1-21中任一项所述的方法，其中所述靶结合区的互补体包含所述靶结合区的互补序列。
24.如权利要求1-23中任一项所述的方法，其中所述分子标记的互补体包含所述分子标记的反向互补序列。25.如权利要求1-23中任一项所述的方法，其中所述分子标记的互补体包含所述分子标记的互补序列。26.如权利要求1-25中任一项所述的方法，其中所述多个经条形码化的核酸分子包含经条形码化的脱氧核糖核酸(DNA)分子。27.如权利要求1-25中任一项所述的方法，其中所述经条形码化的核酸分子包含经条形码化的核糖核酸(RNA)分子。28.如权利要求1-27中任一项所述的方法，其中所述核酸靶包含核酸分子，基本上由核酸分子组成或由核酸分子组成。29.如权利要求28所述的方法，其中所述核酸分子包含核糖核酸(RNA)、信使RNA(mRNA)、微小RNA、小干扰RNA(siRNA)、RNA降解产物、包含聚(A)尾的RNA、或其任意组合。30.如权利要求28-29中任一项所述的方法，其中所述核酸靶包含细胞组分结合试剂。31.如权利要求30所述的方法，其中所述核酸分子与所述细胞组分结合试剂相关联。32.如...

【专利技术属性】
技术研发人员：艾琳，
申请(专利权)人：贝克顿迪金森公司，
类型：发明
国别省市：