用于细胞标记分类的方法技术

本申请涉及用于细胞标记分类的方法

【技术实现步骤摘要】
用于细胞标记分类的方法
本申请是申请日为
2017
年
11
月
07
日，申请号为
201780068299.6
，专利技术名称为“用于细胞标记分类的方法”的申请的分案申请
。
相关申请的交叉引用本申请要求于
2016
年
11
月8日提交的美国临时专利申请号
62/419194、
和
2017
‑
01
‑
12
提交的美国临时专利申请号
62/445546
的优先权
。
这些相关申请中每个申请的内容在此通过引用以其全文明确地并入本文中
。
专利技术背景


本公开总体上涉及分子条形码编码的领域，并更具体地涉及鉴定和校正噪声细胞标记
。

技术介绍

如随机条形码化的方法和技术对于细胞分析有用，特别是使用例如逆转录
、
聚合酶链反应
(PCR)
扩增
、
和下一代测序
(NGS)
以解密基因表达谱来确定细胞的状态
。
然而，这些方法和技术可能引入误差，如果不校正的话，可能导致估计过高的细胞计数
。

技术实现思路

本文中公开了用于鉴定信号细胞标记的方法
。
在一些实施例中，该方法包括：
(a)
使用多个条形码
(
例如随机条形码
)
使细胞样品中的多个靶条形码化
(
例如随机条形码化
)
以创造多个经条形码化的靶
(
例如经随机条形码化的靶
)
，其中该多个条形码的每个包含细胞标记和分子标记；
(b)
获得该多个经条形码化的靶的测序数据；
(c)
确定与该多个条形码的细胞标记中的每个相关联的具有不同序列的分子标记的数目；
(d)
基于与细胞标记中的每个相关联的具有不同序列的分子标记的数目，确定该多个条形码的细胞标记中的每个的等级；
(e)
基于
(c)
中确定的与细胞标记中的每个相关联的具有不同序列的分子标记的数目和
(d)
中确定的细胞标记中的每个的等级，生成累积和图；
(f)
生成该累积和图的二阶导数图；
(g)
确定该累积和图的二阶导数图的最小值，其中该二阶导数图的最小值对应于细胞标记阈值；和
(h)
基于
(c)
中确定的与细胞标记中的每个相关联的具有不同序列的分子标记的数目和
(g)
中确定的细胞标记阈值，将细胞标记中的每个鉴定为信号细胞标记或噪声细胞标记
。
在一些实施例中，该方法包括，如果在
(h)
中将多个条形码的细胞标记鉴定为噪声细胞标记，则从
(b)
中获得的测序数据中去除与该鉴定的细胞标记相关的测序信息
。
该方法可以包括，如果与多个靶中的靶相关联的具有不同序列的分子标记的数目高于分子标记出现阈值的话，则从
(b)
中获得的测序数据中去除与多个靶中的该靶相关联的具有不同序列的分子标记相关的测序信息
。
在一些实施例中，其中
(c)
中确定与细胞标记中的每个相关联的具有不同序列的
分子标记的数目包括，从测序数据中除去与细胞标记中的每个相关联的非独特分子标记相关的测序信息
。
累积和图可以是对数
‑
对数图
。
对数
‑
对数图可以是
log10
‑
log10
图
。
在一些实施例中，基于
(c)
中确定的与细胞标记中的每个相关联的具有不同序列的分子标记的数目和
(d)
中确定的细胞标记中的每个的等级来生成累积和图包括：确定细胞标记中的每个等级的累积和，其中该等级的累积和包括与更低等级的细胞标记中的每个相关联的具有不同序列的分子标记的数目的总和
。
生成该累积和图的二阶导数图可以包括相对于细胞标记的第一等级和细胞标记的第二等级之间的差异确定该第一等级的累积和与该第二等级的累积和之间的差异
。
该第一等级和该第二等级之间的差异可以是
1。
在一些实施例中，最小值是全局最小值
。
确定二阶导数图的最小值包括确定高于与细胞标记中的每个相关联的分子标记的最小数目的阈值的二阶导数图的最小值
。
在一些实施例中，与细胞标记中的每个相关联的分子标记的最小数目的阈值是百分位阈值
。
与细胞标记中的每个相关联的分子标记的最小数目的阈值是基于细胞样品中的细胞数目确定的
。
在一些实施例中，确定二阶导数图的最小值包括确定低于与细胞标记中的每个相关联的分子标记的最大数目的阈值的二阶导数图的最小值
。
与细胞标记中的每个相关联的分子标记的最大数目的阈值可以是百分位阈值
。
与细胞标记中的每个相关联的分子标记的最大数目的阈值可以是基于细胞样品中的细胞数目确定的
。
在一些实施例中，如果
(c)
中确定的与细胞标记中的每个相关联的具有不同序列的分子标记的数目大于细胞标记阈值，则将细胞标记中的每个鉴定为信号细胞标记
。
如果
(c)
中确定的与细胞标记中的每个相关联的具有不同序列的分子标记的数目不大于细胞标记阈值，则可以将细胞标记中的每个鉴定为噪声细胞标记
。
在一些实施例中，该方法包括：
(i)
对于该多个靶中的一个或多个：
(1)
对该测序数据中与该靶相关联的具有不同序列的分子标记的数目进行计数；和
(2)
基于
(1)
中计数的测序数据中与该靶相关联的具有不同序列的分子标记的数目，估算该靶的数目
。
本文中公开了用于确定信号细胞标记的方法
。
在一些实施例中，该方法包括：
(a)
获得多个经条形码化的靶
(
例如经随机条形码化的靶
)
的测序数据，其中使用多个条形码
(
例如随机条形码
)
使细胞样品中的多个靶条形码化
(
例如随机条形码化
)
来创建该多个经条形码化的靶，且其中该多个条形码的每个包括细胞标记和分子标记；
(b)
基于与该多个经条形码化的靶
(
或条形码
)
的细胞标记中的每个相关联的具有不同序列的分子标记的数目，确定该多个经条形码化的靶
(
或条形码
)
...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种用于鉴定信号细胞标记的方法，该方法包括：
(a)
使用多个条形码使多个细胞中的多个靶条形码化以创建多个经条形码化的靶，其中该多个条形码中的每个包含细胞标记和分子标记；
(b)
获得该多个经条形码化的靶的测序数据；
(c)
确定与该多个条形码的细胞标记中的每个相关联的具有不同序列的分子标记的数目；
(d)
基于与这些细胞标记中的每个相关联的具有不同序列的分子标记的数目，确定该多个条形码的细胞标记中的每个的等级；
(e)
基于
(c)
中确定的与这些细胞标记中的每个相关联的具有不同序列的分子标记的数目和
(d)
中确定的这些细胞标记中的每个的等级，生成累积和图；
(f)
生成该累积和图的二阶导数图；
(g)
确定该累积和图的二阶导数图的最小值，其中该二阶导数图的最小值对应于细胞标记阈值；和
(h)
基于
(c)
中确定的与这些细胞标记中的每个相关联的具有不同序列的分子标记的数目和
(g)
中确定的细胞标记阈值，将这些细胞标记中的每个鉴定为信号细胞标记或噪声细胞标记
。2.
如权利要求1所述的方法，该方法包括：如果在
(h)
中将该多个条形码的细胞标记鉴定为噪声细胞标记，则从
(b)
中获得的测序数据中去除与该鉴定的细胞标记相关的测序信息
。3.
如权利要求1‑2中任一项所述的方法，该方法包括：如果与该多个靶中的靶相关联的具有不同序列的分子标记的数目...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡静，克里斯蒂娜，
申请(专利权)人：贝克顿迪金森公司，
类型：发明
国别省市：