使用荧光PCR技术筛查和鉴定Ph样ALL相关融合基因的引物及探针、组合物和方法技术

本发明专利技术涉及使用荧光PCR技术筛查和鉴定Ph样ALL相关融合基因的引物及探针、组合物和方法，筛查及鉴定的相关融合基因共35种。本发明专利技术所述引物、探针、检测组合方式和检测方法方便、经济、快捷，特异性好，灵敏度高，通量大，适于大批量样本的临床结合骨髓检查、染色体核型分析、免疫分型等结果综合评估疾病的发生发展及预后，为靶向药物的使用提供依据；同时有针对性地进行MRD的监控，预测复发风险。

【技术实现步骤摘要】
使用荧光PCR技术筛查和鉴定Ph样ALL相关融合基因的引物及探针、组合物和方法
本专利技术属生命科学和生物
，涉及一种采用多重荧光PCR技术筛查Ph-like(BCR-ABL1-like)急性淋巴细胞白血病(ALL)相关融合基因的引物及探针、组合物和方法。技术背景Ph-likeALL是基因表达谱与Ph(或BCR-ABL1融合基因)阳性ALL类似的一类急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)；在成人ALL患者中约占10-30％，在婴幼儿ALL患者中约占15％。Ph-likeALL在B-ALL的预后分层中属于预后差的一类，其治疗方案选择与预后好的一类B-ALL不同。此外，至少80％的Ph-likeALL患者伴有细胞因子受体或激酶相关基因的激活改变；这些患者很可能对ABL家族酪氨酸激酶抑制剂(如dasatinib达沙替尼)和JAK家族小分子抑制剂(如ruxolitinib鲁索替尼)等靶向药物敏感。因此，美国的NCCN指南及《中国成人急性淋巴细胞白血病诊断与治疗指南(2016年版)》均鼓励和建议对于确认BCR-ABL1融合基因阴性的ALL患者进行P本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用多重荧光PCR技术筛查及鉴定ETV6-ABL1、NUP214-ABL1、EML1-ABL1、RANBP2-ABL1、RCSD1-ABL1、SNX2-ABL1、ZMIZ1-ABL1、FOXP1-ABL1、SFPQ-ABL1、PAG1-ABL2、RCSD1-ABL2、ZC3HAV1-ABL2、EBF1-PDGFRB、TNIP1-PDGFRB、SSBP2-PDGFRB、ZEB2-PDGFRB、ATF7IP-PDGFRB、ZMYND8-PDGFRB、SSBP2-CSF1R、TBL1XR1-CSF1R、MEF2D-CSF1R、ETV6-JAK2、BCR-JAK2、EBF1-JAK2、SSBP2-J...

【技术特征摘要】
1.用多重荧光PCR技术筛查及鉴定ETV6-ABL1、NUP214-ABL1、EML1-ABL1、RANBP2-ABL1、RCSD1-ABL1、SNX2-ABL1、ZMIZ1-ABL1、FOXP1-ABL1、SFPQ-ABL1、PAG1-ABL2、RCSD1-ABL2、ZC3HAV1-ABL2、EBF1-PDGFRB、TNIP1-PDGFRB、SSBP2-PDGFRB、ZEB2-PDGFRB、ATF7IP-PDGFRB、ZMYND8-PDGFRB、SSBP2-CSF1R、TBL1XR1-CSF1R、MEF2D-CSF1R、ETV6-JAK2、BCR-JAK2、EBF1-JAK2、SSBP2-JAK2、PAX5-JAK2、STRN3-JAK2、TERF2-JAK2、ATF7IP-JAK2、TPR-JAK2、P2RY8-CRLF2、IQGAP2-TSLP、MYH9-IL2RB、MYB-TYK2和ETV6-NTRK3共35种Ph-likeALL相关融合基因的引物及探针，所述引物和探针的核苷酸序列如下：
ABL1-A2R：5'-TCCAACGAGCGGCTTCAC-3'
ABL1-A2P：5'-FAM-TCAGCGGCCAGTAGCATCTGACTT-TAMRA-3'
ABL1-A3R：5'-TTTTGGTTTGGGCTTCACAC-3'
ABL1-A3P：5'-FAM-CTCCGGGTCTTAGGCTATAATCAC-TAMRA-3'
ABL1-A4R：5'-CCGTTGAATGATGATGAACCA-3'
ABL1-A4P：5'-FAM-CCTCCGAGAGCCGCTTCAACACC-TAMRA-3'
ABL2-3R：5'-CTCCACCTGATAGCCTCATTT-3'
ABL2-3P：5'-FAM-CATCGTCCCTATGGTTGTGATGTTGAACC-TAMRA-3'
ABL2-5R：5'-CCACTGTGGAGTGATGGTGTA-3'
ABL2-5P：5'-FAM-ATGTGACTGCTGAGAGCCGCTTCAG-TAMRA-3'
PDFGRB-9R：5'-GGACTGTCTGTTCCCCACTGT-3'
PDFGRB-9P：5'-FAM-TCCGAGTGCTGGAGCTAAGTGAGAGC-TAMRA-3'
PDFGRB-11R：5'-AGGGAGATGATGGTGAGCAC-3'
PDFGRB-11P：5'-FAM-CCCTTTAAGGTGGTGGTGATCTCAGCCATC-TAMRA-3'
CSF1R-12R：5'-CGTGGGGTCGATGAAAGTATAA-3'
CSF1R-12P：5'-HEX-CCCAAGTACCAGGTCCGCTGGAAGAT-TAMRA-3'
JAK2-12R：5'-TGGTGAGGTTGGTACATCAGA-3'
JAK2-12P：5'-FAM-CACCATTCGTTCTGAAGACTAGAAGGTTTGA-TAMRA-3'
JAK2-17R：5'-CTCCATTTGTCTGTTGCCAAA-3'
JAK2-17P：5'-FAM-CAATGCATTCAGGTGGTACCCATGGTATTCT-TAMRA-3'
JAK2-19R：5'-GGTCTTCAAAGGCACCAGAAAA-3'
JAK2-19P：5'-FAM-CCAGGGCACCTATCCTCATATTTGGTAACAT-TAMRA-3'
CRLF2-R：5'-AGCCTCCCAGCAGAAAGAC-3'
TSLP-1R：5'-CTGAGATAGGCTGCTTTAATCT-3'
TSLP-1P：5'-HEX-GCCCTACAAGTTGTAAGATGAAGATTTTCCTGAAA-TAMRA-3'
TSLP-3R：5'-GGCAGCCTTAGTTTTCATGG-3'
TSLP-3P：5'-HEX-CACATTGCCTTACTGAAATCCAGAGCCTAAC-TAMRA-3'
IL2RB-2R：5'-ATGCCCAAGAGGTAGCCAG-3'
IL2RB-2P：5'-HEX-GCTTCCTTCCTCGGCTCCACCCTGTG-TAMRA-3'
TYK2-18R：5'-GCCTCTGGTAGAAATGCTCCT-3'
NTRK3-15R：5'-TGGTCGGGCTGAGGTTGTA-3'
NTRK3-15P：5'-HEX-GCACATTAAGAGGAGAGACATCGTGCTGAAGC-TAMRA-3'
NTRK3-15bR：5'-GGTAAGACACTTCCCCACTCTG-3'
NTRK3-15bP：5'-HEX-GGGTCTTTTCAAACATAGACAATCATGGGATAT-TAMRA-3'
ETV6-4F1：5'-CCACCCTGGAAACTCTATACACAC-3'
ETV6-5F1：5'-CTCTGTCTCCCCGCCTGAA-3'
ETV6-4F2：5'-CACAGCCGGAGGTCATACTG-3'
ETV6-5F2：5'-CCATGCCCATTGGGAGAAT-3'
NUP214-23F：5'-CCTTCCCACCCCATCTCA-3'
NUP214-28F：5'-TGGGATAATCACACCAACACC-3'
NUP214-29F：5'-GGGTTCAGCTTTTGCCAAG-3'
NUP214-31F：5'-CCAACAAAAACCCATTCAGC-3'
NUP214-34F：5'-GGACCCAGAGTAGCGGATTC-3'
EML1-17F：5'-TGGAAACGAACAGCTCTCTG-3'
RANBP2-18F：5'-GGACCAGACTCAGTGCCTGAT-3'
RCSD1-2F：5'-ATGTGGACAACTCGGCGTC-3'
RCSD1-3F：5'-AGACCTGGGCCAGAATGGT-3'
SNX2-3F：5'-TCTGCTCCCGTGATCTTTGA-3'
ZMIZ1-14F：5'-CAGCCAAGGGAATGTCAAC-3'
ZMIZ1-18F：5'-CTGCCCGCAGAGCACTGTAT-3'
FOXP1-19F：5'-CCTACTGCACACCTCTCAATGC-3'
SFPQ-9F：5'-GAAGCTAATCCTGGCGTTCC-3'
PAG1-8F：5'-GACCCCACTCTCACAGAAGAA-3'
ZC3HAV1-12F：5'-CCGTGCCTATGTGGAATCTAT-3'
SSBP2-10F：5'-AACCCAACAAATGCCAATTC-3'
SSBP2-16F：5'-CAAGGGATGATGGCGAAAT-3'
TBL1XR1-7F：5'-CCAAGCAACAAGGATGTCAC-3'
MEF2D-7F：5'-GGCAGGAAAGGGGTTAATG-3'
EBF1-14F：5'-ACCTTCCTCAACGGCTCAG-3'
EBF1-15F：5'-AGTCGTCAGACCCCAGACCT-3'
TNIP1-15F：5'-AAGCCCTCAGACAGCAGAAGA-3'
TNIP1-17F：5'-TCCCAAGTGATGGACCCTC-3'
ZEB2-9F：5'-CCCTTCTGCGACATAAATACG-3'
ATF7IP-13F：5'-GCAGGTCAATCCCCAAAA-3'
ZMYND8-17F：5'-AAACACTACTGGAAGCACAATAGC-3'
BCR-1F：5'-CTGGCCCAACGATGGCGA-3'
BCR-13F：5'-CATTCCGCTGACCATCAATAAG-3'
BCR-14F：5'-AGCCACTGGATTTAAGCAGAG-3'
PAX5-5F：5'-ACTCCATCAGCGGCATCCT-3'
STRN3-9F：5'-GAAGGTGCAAGAGCAGAGGA-3'
TERF2-8F：5'-TGGGTGGAAGAGGATGAACTG-3'
TPR-39F：5'-CAGGATTCTCAAGATTCCATTG-3'
P2RY8-F：5'-TACCTGGAGACCCTCTGAGC-3'
P2RY8-P：5'-FAM-CCTGCTACTTCTGCCGCTGCTTCTGC-TAMRA-3'
IQGAP2-1F：5'-CAGGATGCCACACGAAGAG-3'
MYH9-1F：5'-AAGCAAGGCTGACCTGCTG-3'
MYB-6F：5'-ATGGGTTTTGCTCAGGCTC-3'
MYB-6P：5'-HEX-CAACGACTATTCCTATTACCACATTTCTGAAGCA-TAMRA-3'。


2.根据权利要求1所述的引物和探针，其特征在于，
用于ETV6-ABL1融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：ETV6-4F1，ETV6-5F1，ABL1-A2R，ABL1-A2P，ABL1-A3R，ABL1-A3P；
用于NUP214-ABL1融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：NUP214-23F，NUP214-28F，NUP214-29F，NUP214-31F，NUP214-34F，ABL1-A2R，ABL1-A2P，ABL1-A3R，ABL1-A3P；
用于EML1-ABL1融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：EML1-17F，ABL1-A2R，ABL1-A2P，ABL1-A4R，ABL1-A4P；
用于RANBP2-ABL1融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：RANBP2-18F，ABL1-A2R，ABL1-A2P，ABL1-A4R，ABL1-A4P；
用于RCSD1-ABL1融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：RCSD1-2F，RCSD1-3F，ABL1-A2R，ABL1-A2P，ABL1-A4R，ABL1-A4P；
用于SNX2-ABL1融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：SNX2-3F，ABL1-A2R，ABL1-A2P，ABL1-A4R，ABL1-A4P；
用于ZMIZ1-ABL1融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：ZMIZ1-14F，ZMIZ1-18F，ABL1-A2R，ABL1-A2P，ABL1-A4R，ABL1-A4P；
用于FOXP1-ABL1融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：FOXP1-19F，ABL1-A2R，ABL1-A2P，ABL1-A4R，ABL1-A4P；
用于SFPQ-ABL1融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：SFPQ-9F，ABL1-A2R，ABL1-A2P，ABL1-A4R，ABL1-A4P；
用于PAG1-ABL2融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：PAG1-8F，ABL2-3R，ABL2-3P，ABL2-5R，ABL2-5P；
用于RCSD1-ABL2融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：RCSD1-3F，ABL2-3R，ABL2-3P，ABL2-5R，ABL2-5P；
用于ZC3HAV1-ABL2融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：ZC3HAV1-12F，ABL2-3R，ABL2-3P，ABL2-5R，ABL2-5P；
用于EBF1-PDGFRB融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：EBF1-15F，PDFGRB-11R，PDFGRB-11P；
用于TNIP1-PDGFRB融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：TNIP1-15F，TNIP1-17F，PDFGRB--11R，PDFGRB-11P；
用于SSBP2-PDGFRB融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：SBP2-16F，PDFGRB-11R，PDFGRB-11P；
用于ZEB2-PDGFRB融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：ZEB2-9F，PDFGRB-9R，PDFGRB-9P，PDFGRB-11R，PDFGRB-11P；
用于ATF7IP-PDGFRB融合基因检测引物和探针的核苷酸序列是：ATF7IP-13F，PDFGRB-11R，PDFGRB-11P；
用于ZMYND...

【专利技术属性】
技术研发人员：邹媛，杜翠，董越，张辰，
申请(专利权)人：杭州艾迪康医学检验中心有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江;33