【技术实现步骤摘要】
一种转移性结肠腺癌的预后标志物、预后风险评估模型及其应用
本专利技术涉及基因技术和医学领域,涉及一种转移性结肠腺癌的预后标志物、预后风险评估模型及其应用。
技术介绍
结肠癌(Coloncancer)是常见的发生于结肠部位的消化道恶性肿瘤,且远处转移(Distantmetastasis)在结肠癌相关的死亡中占很大比例。对于转移性结肠癌(metastaticcoloncarcinoma),尽管有一些转移性疾病(metastaticdisease)的治疗方式可以选择,如以氟嘧啶为基础的化疗(fluoropyrimidine-basedchemotherapy)、抗VEGF药物、抗EGFR药物和免疫治疗等,在大多数情况下,转移性结肠癌仍是无法治愈的。结肠腺癌(Colonadenocarcinoma,COAD)是结肠癌最常见的组织学亚型,,其发生发展涉及环境、基因、细胞类型、细胞信号通路、组织器官、免疫系统的调节等多个复杂的病理过程,且其预后较差。CN106834531A公开了RGMB基因及其表达产物在结肠腺癌 ...
【技术保护点】
1.一种转移性结肠腺癌的预后标志物,其特征在于,所述预后标志物包括预后相关基因LEP、DLX2、CLSTN2或REG3A中的任意一种或至少两种的组合。/n
【技术特征摘要】
1.一种转移性结肠腺癌的预后标志物,其特征在于,所述预后标志物包括预后相关基因LEP、DLX2、CLSTN2或REG3A中的任意一种或至少两种的组合。
2.根据权利要求1所述的预后标志物,其特征在于,所述预后标志物包括预后相关基因LEP、DLX2和REG3A。
3.一种转移性结肠腺癌的预后风险评估模型,其特征在于,所述预后风险评估模型采用如权利要求1或2所述的预后标志物进行预测;
优选地,所述预后风险评估模型采用如权利要求1或2所述的预后标志物进行转移性结肠腺癌中的免疫细胞浸润水平和/或免疫标志物表达水平的预测;
优选地,所述免疫细胞包括CD4+T细胞、巨噬细胞、嗜中性白细胞或树突状细胞中的任意一种或至少两种的组合。
4.根据权利要求3所述的预后风险评估模型,其特征在于,所述预后风险评估模型的输入变量为如权利要求1或2所述的预后标志物的相对表达量;
优选地,所述预后风险评估模型的输入变量为LEP、DLX2和REG3A的相对表达量;
优选地,所述预后风险评估模型的方程式为:
风险评分=LEP×0.134582+REG3A×(-0.05402)+DLX2×0.211469。
5.一种如权利要求3或4所述的预后风险评估模型的构建方法,其特征在于,所述构建方法包括以下步骤:
(1)差异表达分析:根据癌症基因组图谱数据库筛选原发性结肠腺癌和转移性结肠腺癌患者的差异表达miRNA和差异表达基因,确定所述差异表达miRNA的潜在靶基因,并将所述差异表达基因与潜在靶基因的重叠部分作为候选的差异表达基因;
(2)功能注释与富集分析:利用生物信息学工具将所述候选的差异表达基因进行KEGG途径富集分析,得到转移相关的差异表达基因;
(3)构建调控miRNA-枢纽基因网络:利用字符串数据库构建结肠腺癌转移相关基因的PPI网络,根据节点度筛选出枢纽基因,并利用Cytoscape构建miRNA-枢纽基因网络;
(4)筛选预后相关基因:根据癌症基因组图谱数据库对所述枢纽基因进行Kaplan-Meier分析,并对所述枢纽基因和转移相关的差异表达基因的预后价值进行验证,确认得到预后相关基因;
(5)使用逐步多元Cox回归分析建立所述预后风险评估模型。
6.根据权利要求5所述的构建方...
【专利技术属性】
技术研发人员:于晓方,
申请(专利权)人:杭州百可生物科技有限公司,
类型:发明
国别省市:浙江;33
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