植物超长DNA的提取方法技术

本发明专利技术涉及DNA提取技术领域，尤其涉及植物超长DNA的提取方法。本发明专利技术提供的植物超长DNA的提取方法，包括：细胞核分离、细胞核纯化、裂解细胞核和核内DNA纯化四个步骤，该方法提取获得的DNA符合三代测序品台对DNA质量的要求，且能够获得良好的测序效果。经电泳检测，该方法提取获得的DNA具有较长的长度，且纯度和提取率皆较高。该方法不仅适用于普通样品的提取，对于多糖、多酚含量的样品也能够实现良好的提取效果。测序结果表明，采用本发明专利技术提供的方法提取的水稻DNA，数据N50可达52.3kb，椰枣DNA，数据N50可达60.2kb。

【技术实现步骤摘要】
植物超长DNA的提取方法
本专利技术涉及DNA提取
，尤其涉及植物超长DNA的提取方法。
技术介绍
超长DNA(ultra-longDNA)，或称高分子量DNA(high-molecular-weightDNA)，是指片段长度在数百Kb甚至数Mb的DNA。超长DNA可应用于各种现代组学研究中，例如，大跨度目标区域的分离、鉴定和分析，BAC构建，YAC构建，基因组测序等。近十年来随着二代、三代测序技术的迅猛发展，植物基因组数据呈井喷式增长。但是，由于植物基因组高重复性、多倍体特性，且受限于二代测序读长短，组装获得的基因组完整性、连续性并不理想。现有研究显示，测序的读长长度是影响基因组组装完整性、连续性的关键因素，读长长度较测序深度更为重要；较长的读长，有利于转座子富集区、着丝粒区域、重复区域等结构复杂区域的组装，能够显著提高基因组组装的完整性和连续性。使用传统的DNA提取手段获得的DNA片段长度仅在50kb左右，不会超过100kb。而以NanoPore、PacBio为代表的三代测序技术具有长读长的特点，三代测序平台对DNA质本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.植物超长DNA的提取方法，包括：/n步骤1：细胞核分离：/n样品与匀浆缓冲液混合，以20500rpm～35000rpm匀浆3次～5次，每次15s～25s；/n步骤2细胞核纯化：/n匀浆液以匀浆缓冲液稀释后过40μm～100μm滤膜，滤液于0～4℃，60rcf～90rcf离心2min～5min，离心后的沉淀以匀浆缓冲液重悬，-4℃～4℃裂解10min～60min；/n2000rcf～3000rcf离心15min～25min，沉淀以匀浆缓冲液清洗2～3次，然后用核洗涤缓冲液洗涤2～3次；/n步骤3：裂解细胞核：/n洗涤后的沉淀以含有RNaseA的核裂解缓冲液于35～40℃裂解0.5～2h，然后...

【技术特征摘要】
1.植物超长DNA的提取方法，包括：
步骤1：细胞核分离：
样品与匀浆缓冲液混合，以20500rpm～35000rpm匀浆3次～5次，每次15s～25s；
步骤2细胞核纯化：
匀浆液以匀浆缓冲液稀释后过40μm～100μm滤膜，滤液于0～4℃，60rcf～90rcf离心2min～5min，离心后的沉淀以匀浆缓冲液重悬，-4℃～4℃裂解10min～60min；
2000rcf～3000rcf离心15min～25min，沉淀以匀浆缓冲液清洗2～3次，然后用核洗涤缓冲液洗涤2～3次；
步骤3：裂解细胞核：
洗涤后的沉淀以含有RNaseA的核裂解缓冲液于35～40℃裂解0.5～2h，然后以ProteinaseK48℃～52℃酶解2.5～3.5h；
步骤4：核内DNA纯化：
酶解后的细胞核依次经苯酚抽提、苯酚/氯仿/异戊醇抽提、氯仿/异戊醇抽提后，以无水乙醇沉淀，再以70vol％乙醇洗涤，获得植物超长DNA。


2.根据权利要求1所述的提取方法，其特征在于，步骤1中，
所述样品与匀浆缓冲液的质量-体积比为1g：(8～15)mL；
匀浆的条件为：35000rpm，4次，每次20s。


3.根据权利要求1所述的提取方法，其特征在于，步骤2中：
所述匀浆液与匀浆缓冲液的体积比为1:1；
所述过40μm～100μm滤膜具体为依次过100μm、40μm滤膜；
所述裂解的温度为0℃，时间为30min。


4.根据权利要求1或3所述的提取方法，其特征在于，步骤2具体为：
匀浆液以等体积的匀浆缓冲液稀释后依次过100μm、40μm的滤膜，滤液于0～4℃，80rcf离...

【专利技术属性】
技术研发人员：程相锦，余晓露，夏琦，朴民圣，汪德鹏，
申请(专利权)人：武汉未来组生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：湖北;42