用于逃避抗体的病毒载体的方法和组合物技术

本公开内容提供了在氨基酸序列中包含修饰的AAV衣壳蛋白以及包含修饰的AAV衣壳蛋白的病毒载体。本公开内容还提供了将本公开内容的病毒载体和病毒衣壳施用至细胞或体内施用至受试者的方法。本公开内容还涉及重组腺相关病毒(rAAV)衣壳蛋白，其在rAAV衣壳的5倍区域中包含一个或更多个氨基酸取代，所述取代导致对中和抗体的反应性降低，以及所述重组腺相关病毒(rAAV)衣壳蛋白作为基因递送媒介物的用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于逃避抗体的病毒载体的方法和组合物优先权的声明本申请根据35U.S.C.§119(e)要求于2018年6月20日提交的美国临时申请第62/687,583号和2018年2月28日提交的美国临时申请第62/636,598号的权益，所述美国临时申请的完整内容通过引用并入本文。政府支持的声明本专利技术根据由美国国立卫生研究院(NationalInstitutesofHealth)授予的授权号HL112761、GM082946和HL089221，在政府资助下作出。政府在本专利技术中具有某些权利。关于电子方式提交的序列表的声明提供了根据37C.F.R.§1.821提交的呈ASCII文本格式的序列表代替纸质副本，所述序列表题为5470-838WO_ST25.txt，大小为223,970字节，于2019年2月28日生成并通过EFS-Web提交。该序列表的公开内容通过引用并入本说明书中。领域本公开内容涉及来自腺相关病毒(AAV)的修饰的衣壳蛋白和包含其的病毒衣壳和病毒载体。特别地，本公开内容涉及修饰的AAV衣壳蛋白和包含其的衣壳，其可以并入病毒载体中以赋予逃避中和抗体的表型而不降低转导效力。背景自然情况下遇到AAV或重组AAV载体后生成的宿主来源的预先存在的抗体妨碍作为疫苗和/或用于基因疗法的AAV载体的首次以及重复施用。血清学研究揭示了全世界人群中抗体的高度盛行，其中约67％的人具有针对AAV1的抗体，约72％的人具有针对AAV2的抗体，以及约40％的人具有针对AAV5至AAV9的抗体。>此外，在基因疗法中，涉及基因沉默或组织退行的某些临床情况可能需要多次AAV载体施用以维持转基因的长期表达。因此，提高涉及rAAV的基因疗法效率的组合物和方法将广泛有用。为了促进有效的临床使用，需要逃避抗体识别的重组AAV载体(AAVe)。这样的AAV载体将有助于a)扩大适于基于AAV的基因疗法的患者的合格群组，和b)允许基于AAV的基因疗法载体的多次、重复施用。本文提供了包含腺相关病毒(AAV)衣壳蛋白的方法和组合物，所述方法和组合物克服了本领域中的先前的缺点。该AAV衣壳蛋白包含一个或更多个氨基酸取代，其中所述取代在包含这些修饰的衣壳蛋白的AAV载体中引入逃避宿主抗体的能力。概述尽管最近在用rAAV颗粒进行基因递送方面取得了成功，但能够中和施用至受试者的rAAV颗粒的预先存在的抗体仍然代表一项重大挑战。至少由于以下原因，rAAV颗粒的组成以及减少与这些中和抗体相互作用的方法或完全避开这些中和抗体的方法将是有用的：与不具有逃避或避开中和抗体能力的rAAV颗粒相比，将需要更低浓度的具有所述能力的rAAV颗粒来施用至需要基因疗法的受试者。在一方面，本公开内容提供了腺相关病毒(AAV)衣壳蛋白，其中所述衣壳蛋白包含在对应于基于被鉴定为SEQIDNO:8的AAV8的参考氨基酸序列的天然AAV8衣壳蛋白的氨基酸位置661至670(VP1编号)和对应于基于被鉴定为SEQIDNO:26的AAV9的参考氨基酸序列的天然AAV9衣壳蛋白的氨基酸位置659至668(VP1编号)或者在任何其他AAV血清型的衣壳蛋白中的等同氨基酸位置处的氨基酸的取代，所述取代产生氨基酸序列：X1-X2-T-F-N-X3-X4-K-L-X5(SEQIDNO:197)，其中X1是除P以外的任何氨基酸；其中X2是除T以外的任何氨基酸；其中X3是除Q以外的任何氨基酸；其中X4是除S以外的任何氨基酸；和/或其中X5是除N以外的任何氨基酸。作为另一方面，本公开内容提供了腺相关病毒(AAV)衣壳蛋白，其中所述衣壳蛋白包含在对应于基于被鉴定为SEQIDNO:8的AAV8的参考氨基酸序列的天然AAV8衣壳蛋白(VP1编号)的氨基酸位置661至670和对应于基于被鉴定为SEQIDNO:26的AAV9的参考氨基酸序列的天然AAV9衣壳蛋白(VP1编号)的氨基酸位置659至668或者在任何其他AAV血清型的衣壳蛋白中的等同氨基酸位置处的氨基酸的取代，所述取代产生氨基酸序列：VGTFNEAKLH(h1；SEQIDNO:166)、VSTFNPAKLM(h9；SEQIDNO:167)、PLTFNCCKLN(d5；SEQIDNO:168)、PVTFNQDKLW(d4；SEQIDNO:169)、PVTFNSGKLC(h6；SEQIDNO:170)、IGTFNGQKLC(h4；SEQIDNO:171)、QVTFNGGKLF(h5；SEQIDNO:172)、PGTFNGGKLW(h3；SEQIDNO:173)、PGTFNGGKLA(h8；SEQIDNO:174)、PGTFNRGKLQ(h7；SEQIDNO:175)、PGTFNDGKLG(d6；SEQIDNO:176)、PSTFNCMKLP(h2；SEQIDNO:177)、PSTFNCPKLQ(h11；SEQIDNO:178)、PSTFNLGKLS(d1；SEQIDNO:179)、PSTFNGGKLP(d7；SEQIDNO:180)、SCTFNLHKLC(h12；SEQIDNO:181)、QDTFNRTKLC(h10；SEQIDNO:182)、PTTFNRTKLM(d3；SEQIDNO:183)、FVTFNGDKLM(xx4；SEQIDNO:184)、RRTFNSRKLK(xx2；SEQIDNO:185)、SVTFNSAKLQ(e2；SEQIDNO:186)、VLTFNGSKLA(e1；SEQIDNO:187)、PTTFNPSKLW(xx3；SEQIDNO:188)、PVTFNEGKLF(e3；SEQIDNO:189)、PTTFNQGKLQ(e5；SEQIDNO:190)、PGTFNGGKLG(xx1；SEQIDNO:191)、PLTFNNGKLS(xx5；SEQIDNO:192)、RSTFNGDKLN(hi-C；SEQIDNO:193)、PTTFNVDKLG(hi-A；SEQIDNO:194)、PITFNEPKLA(hi-B；SEQIDNO:195)或者WPTFNAGKLR(hi-e；SEQIDNO:196)。作为另一方面，本公开内容提供了AAV衣壳蛋白，其中所述衣壳蛋白包含在对应于基于被鉴定为SEQIDNO:8的AAV8的参考氨基酸序列的天然AAV8衣壳蛋白的氨基酸位置661至667(VP1编号)和对应于基于被鉴定为SEQIDNO:26的AAV9的参考氨基酸序列的天然AAV9衣壳蛋白的氨基酸位置659至665(VP1编号)或者在任何其他AAV血清型的衣壳蛋白中的等同氨基酸位置处的氨基酸的取代，所述取代产生氨基酸序列：X1-X2-T-F-N-X3-X4(SEQIDNO:198)，其中X1是除P以外的任何氨基酸；其中X2是除T以外的任何氨基酸；其中X3是除Q以外的任何氨基酸；和/或其中X4是除S以外的任何氨基酸。此外，本公开内容至少部分地基于针对AAV颗粒的中和抗体的抗原足迹(footprint)或图谱(map)的产生，以及具有在这些足迹内的氨基酸取代的rAAV颗粒的开发，所述氨基酸取代导致对一种或更多种中和抗本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种腺相关病毒(AAV)衣壳蛋白，其中所述衣壳蛋白包含在对应于基于被鉴定为SEQID NO:8的AAV8的参考氨基酸序列的天然AAV8衣壳蛋白的氨基酸位置661至670(VP1编号)和对应于基于被鉴定为SEQ ID NO:26的AAV9的参考氨基酸序列的天然AAV9衣壳蛋白的氨基酸位置659至668(VP1编号)或者在任何其他AAV血清型的衣壳蛋白中的等同氨基酸位置处的氨基酸的取代，所述取代产生氨基酸序列：/nX

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180228 US 62/636,598;20180620 US 62/687,5831.一种腺相关病毒(AAV)衣壳蛋白，其中所述衣壳蛋白包含在对应于基于被鉴定为SEQIDNO:8的AAV8的参考氨基酸序列的天然AAV8衣壳蛋白的氨基酸位置661至670(VP1编号)和对应于基于被鉴定为SEQIDNO:26的AAV9的参考氨基酸序列的天然AAV9衣壳蛋白的氨基酸位置659至668(VP1编号)或者在任何其他AAV血清型的衣壳蛋白中的等同氨基酸位置处的氨基酸的取代，所述取代产生氨基酸序列：
X1-X2-T-F-N-X3-X4-K-L-X5(SEQIDNO:197)
其中X1是除P以外的任何氨基酸；
其中X2是除T以外的任何氨基酸；
其中X3是除Q以外的任何氨基酸；
其中X4是除S以外的任何氨基酸；和/或
其中X5是除N以外的任何氨基酸。


2.根据权利要求1所述的AAV衣壳蛋白，其中X1是V、I、Q、S、F、R或W。


3.根据权利要求1或2所述的AAV衣壳蛋白，其中X2是G、S、L、V、C、D、R、I或P。


4.根据权利要求1-3中任一项所述的AAV衣壳蛋白，其中X3是E、P、C、S、G、R、D、L、N、V或A。


5.根据权利要求1-4中任一项所述的AAV衣壳蛋白，其中X4是P、Q、G、R、D、C、A、M、H或T。


6.根据权利要求1-5中任一项所述的AAV衣壳蛋白，其中X5是H、M、W、C、F、A、Q、G、P、S、K、W或R。


7.一种腺相关病毒(AAV)衣壳蛋白，其中所述衣壳蛋白包含在对应于基于被鉴定为SEQIDNO:8的AAV8的参考氨基酸序列的天然AAV8衣壳蛋白的氨基酸位置661至670(VP1编号)和对应于基于被鉴定为SEQIDNO:26的AAV9的参考氨基酸序列的天然AAV9衣壳蛋白的氨基酸位置659至668(VP1编号)或者在任何其他AAV血清型的衣壳蛋白中的等同氨基酸位置处的氨基酸的取代，所述取代产生氨基酸序列：
VGTFNEAKLH(h1；SEQIDNO:166)、VSTFNPAKLM(h9；SEQIDNO:167)、PLTFNCCKLN(d5；SEQIDNO:168)、PVTFNQDKLW(d4；SEQIDNO:169)、PVTFNSGKLC(h6；SEQIDNO:170)、IGTFNGQKLC(h4；SEQIDNO:171)、QVTFNGGKLF(h5；SEQIDNO:172)、PGTFNGGKLW(h3；SEQIDNO:173)、PGTFNGGKLA(h8；SEQIDNO:174)、PGTFNRGKLQ(h7；SEQIDNO:175)、PGTFNDGKLG(d6；SEQIDNO:176)、PSTFNCMKLP(h2；SEQIDNO:177)、PSTFNCPKLQ(h11；SEQIDNO:178)、PSTFNLGKLS(d1；SEQIDNO:179)、PSTFNGGKLP(d7；SEQIDNO:180)、SCTFNLHKLC(h12；SEQIDNO:181)、QDTFNRTKLC(h10；SEQIDNO:182)、PTTFNRTKLM(d3；SEQIDNO:183)、FVTFNGDKLM(xx4；SEQIDNO:184)、RRTFNSRKLK(xx2；SEQIDNO:185)、SVTFNSAKLQ(e2；SEQIDNO:186)、VLTFNGSKLA(e1；SEQIDNO:187)、PTTFNPSKLW(xx3；SEQIDNO:188)、PVTFNEGKLF(e3；SEQIDNO:189)、PTTFNQGKLQ(e5；SEQIDNO:190)、PGTFNGGKLG(xx1；SEQIDNO:191)、PLTFNNGKLS(xx5；SEQIDNO:192)、RSTFNGDKLN(hi-C；SEQIDNO:193)、PTTFNVDKLG(hi-A；SEQIDNO:194)、PITFNEPKLA(hi-B；SEQIDNO:195)或者WPTFNAGKLR(hi-e；SEQIDNO:196)。


8.根据权利要求7所述的AAV衣壳蛋白，其中所述取代是RSTFNGDKLN(hi-C；SEQIDNO:193)。


9.一种AAV衣壳蛋白，其中所述衣壳蛋白包含在对应于基于被鉴定为SEQIDNO:8的AAV8的参考氨基酸序列的天然AAV8衣壳蛋白的氨基酸位置661至667(VP1编号)和对应于基于被鉴定为SEQIDNO:26的AAV9的参考氨基酸序列的天然AAV9衣壳蛋白的氨基酸位置659至665(VP1编号)或者在任何其他AAV血清型的衣壳蛋白中的等同氨基酸位置处的氨基酸的取代，所述取代产生氨基酸序列：
X1-X2-T-F-N-X3-X4(SEQIDNO:198)
其中X1是除P以外的任何氨基酸；
其中X2是除T以外的任何氨基酸；
其中X3是除Q以外的任何氨基酸；和/或
其中X4是除S以外的任何氨基酸。


10.根据权利要求9所述的AAV衣壳蛋白，其中至少一个X1是R、X2是S、X3是G和/或X4是D。


11.根据权利要求9所述的AAV衣壳蛋白，其中X1是R、X2是S、X3是G且X4是D。


12.一种重组腺相关病毒(rAAV)衣壳蛋白，所述重组腺相关病毒(rAAV)衣壳蛋白包含修饰的5倍区域，其中所述修饰的5倍区域包含一个或更多个氨基酸取代。


13.一种AA...

【专利技术属性】
技术研发人员：A·阿苏卡，P·哈维利克，M·阿格班德杰麦肯纳，J·K·史密斯，M·梅茨施，
申请(专利权)人：北卡罗来纳大学查佩尔希尔分校，佛罗里达大学研究基金会有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US