一种单细胞染色质可及性的建库方法技术

本发明专利技术涉及一种单细胞染色质可及性的建库方法，包括设计一对可荧光藕连的寡核苷酸链，结合Tn5转座酶制备荧光转座体，解离单细胞悬液，加入针对目标群体特定蛋白的荧光抗体孵育，进行荧光标记，分选富集，进行PCR建库，文库测序。本发明专利技术提出的单细胞染色质可及性的建库方法能在保证细胞体内活性的条件下，筛选目的细胞群体；本发明专利技术设计一套可荧光藕连的寡核苷酸链，结合Tn5转座酶制备荧光转座体，进行定量操作，适用性广，尤其适用于物种或组织稀少、保存状态较差组织进行构建；适用于占比极少的细胞群体。

【技术实现步骤摘要】
一种单细胞染色质可及性的建库方法
本专利技术涉及分子生物学
，更具体的是涉及一种单细胞染色质可及性的建库方法。
技术介绍
核小体是真核细胞染色质的基本结构单位，由DNA和组蛋白构成。每个核小体由146bp的DNA缠绕在八聚体的组蛋白上形成，两个核小体之间通过一段连接DNA相连，DNA与组蛋白的结合可以发生动态变化。缠绕在组蛋白上的DNA不易与其它蛋白结合，这些DNA通常处于表达抑制状态。没有核小体结合的开放的DNA区域易于与调控蛋白相结合，则可以使其下游的基因处于活跃表达的状态。细胞通过改变DNA与组蛋白的结合位置，从而调控基因的表达。因此，获得处于开放状态的DNA序列可用于研究基因表达的调控机制，是表观遗传学研究的热点，而ATAC-seq则是用于这类研究的最佳利器。作为可以在少数细胞内检测全基因组染色质可及性的高通量测序技术，ATAC-seq(染色质可及性测序)已经被广泛应用于研究细胞生长发育，新陈代谢，疾病发生发展等许多重要的生物过程,如造血干细胞(HSC)的分化,胚胎发育,神经活动和再生,肿瘤细胞转移,以及患者对抗癌药物治疗本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种单细胞染色质可及性的建库方法，其特征在于，所述建库方法包括以下步骤：/n1)设计一对可荧光藕连的寡核苷酸链；/n2)利用步骤1)的寡核苷酸链，结合Tn5转座酶制备荧光转座体；/n3)将样本组织在生理条件下研磨，筛选，解离成单细胞悬液；/n4)将步骤3)的单细胞悬液固定后，加入针对目标群体特定蛋白的荧光抗体孵育；/n5)在步骤4)中加入2)所制备的荧光转座体进行荧光标记；/n6)利用流式细胞仪，对步骤5)标记后的细胞进行分选富集，得到对应的细胞；/n7)步骤6)分选富集后的细胞，收入孔板中，每个孔中只有一个细胞；/n8)针对步骤7)的孔中细胞进行PCR建库；/n9)进行文库测序。/n

【技术特征摘要】
1.一种单细胞染色质可及性的建库方法，其特征在于，所述建库方法包括以下步骤：
1)设计一对可荧光藕连的寡核苷酸链；
2)利用步骤1)的寡核苷酸链，结合Tn5转座酶制备荧光转座体；
3)将样本组织在生理条件下研磨，筛选，解离成单细胞悬液；
4)将步骤3)的单细胞悬液固定后，加入针对目标群体特定蛋白的荧光抗体孵育；
5)在步骤4)中加入2)所制备的荧光转座体进行荧光标记；
6)利用流式细胞仪，对步骤5)标记后的细胞进行分选富集，得到对应的细胞；
7)步骤6)分选富集后的细胞，收入孔板中，每个孔中只有一个细胞；
8)针对步骤7)的孔中细胞进行PCR建库；
9)进行文库测序。


2.根据权利要求1所述的一种单细胞染色质可及性的建库方法，其特征在于，步骤1)中所述寡核苷酸链的分别为AF488-R1与AF488-R2；其中，
AF488-R1的序列：5'-AF488-TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG-3'；
AF488-R2的序列：5'-AF488-GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG-3'；
步骤2)中Tn5ME转座酶的序列：5'-[phos]CTGTCTCTTATACACATCT-3'。


3.根据权利要求1所述的一种单细胞染色质可及性的建库方法，其特征在于，所述步骤2)制备荧光转座体是将50个AF488-R1/Tn5ME和AF488-R2/Tn5ME分别在TEbuffer中变性，温度95℃5min，冷却至22℃，降温速率0.1℃/s；根据普通ATAC-seq建库流程，将af488标记的适配体组装到T...

【专利技术属性】
技术研发人员：方靖文，瞿昆，李杨，朱连邦，
申请(专利权)人：杭州瀚因生命科技有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江;33