一种基因组特定区域染色质开放性定量检测方法技术

本发明专利技术提供了一种基因组特定区域染色质开放性定量检测方法，包括对从生物样本中获得的细胞进行ATAC

【技术实现步骤摘要】
一种基因组特定区域染色质开放性定量检测方法


[0001]本专利技术属于生物学
，具体涉及一种高通量、低成本的基因组特定区域染色质开放性定量检测方法。

技术介绍

[0002]ATAC
‑
seq(assay for transposase
‑
accessible chromatin with high
‑
throughput sequencing)，是利用转座酶研究染色质可接近性的高通量测序技术。该技术能够在少量新鲜或冷冻肿瘤组织中进行全基因组染色质可及性分析。染色质可及性是表观遗传组学中活性DNA调控元件的标志，已有研究建立了400余例泛癌种的表观遗传图谱，并陆续鉴定出不同癌种、统一癌种不同亚型相关的特异性染色质可及性位点，极大地扩展了表观遗传在癌症研究中的理论基础。因此ATAC
‑
seq技术通过检测原发性癌症中基因表观遗传调控状态来评估癌症发生的筛查成为可能。
[0003]然而，后续的试验验证和临床应用通常只关注这些特定的DNA调控元件，这通常只占ATAC
‑
seq文库的一小部分。因此，为了便于高通量、低成本分析临床样本的染色质可及性，领域内迫切需要一种试验技术，能够定性或定量的检测特定位点的染色质可及性情况，从而扩展表观遗传组学在癌症精准医疗上的临床应用。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的是为了提供一种基因组特定区域染色质开放性定量检测方法，用于特异性染色质开放位点准确的标准化定性和定量的鉴定，使用TBST技术可以准确地量化目标位点的差异和等位基因特异性染色质可及性，用于生物标志物或功能研究。
[0005]为了实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：
[0006]一种基因组特定区域染色质开放性定量检测方法，包括以下步骤：
[0007]1)对从生物样本中获得的细胞进行ATAC
‑
seq文库构建；
[0008]2)设计并用若干组靶向内参位点基因的引物，对步骤1)处理的ATAC
‑
seq文库进行ATAC
‑
qPCR反应，作为实验的阳性对照；
[0009]3)设计并用若干组靶向目标位点的引物，对步骤1)处理的ATAC
‑
seq文库进行ATAC
‑
qPCR反应，产生试验结果；
[0010]4)通过比对目标位点与内参位点ATAC
‑
qPCR结果，定性与定量的分析目标位点的染色质可及性情况。
[0011]作为本专利技术的一种优选方案，所述步骤2)中，靶向内参位点的基因包括AK5、KIF26B、DBET、ARF6、OSER1、SPATA1、IFRD1以及其任意组合。
[0012]作为本专利技术的一种优选方案，AK5的引物序列包括SEQ ID No.1～SEQ ID No.8，KIF26B的引物序列包括SEQ ID No.9～SEQ ID No.14、DBET的引物序列包括SEQ ID No.15～SEQ ID No.18、ARF6的引物序列包括SEQ ID No.19～SEQ ID No.28、OSER1的引物序列包括SEQ ID No.29～SEQ ID No.38、SPATA1的引物序列包括SEQ ID No.39～SEQ ID No.50与
IFRD1的引物序列包括SEQ ID No.51～SEQ ID No.56。
[0013]作为本专利技术的一种优选方案，所述步骤3)中，通过对ATAC
‑
seq文库进行数据分析对比，获得靶向目标位点与靶向内参位点的基因的细胞差异位点作为设计区域，并引入不开放位点和GADPH基因作为实验对照，完成差异位点的引物设计与筛选。
[0014]作为本专利技术的一种优选方案，靶向目标位点的基因包括CNOT1、JADE1、DTX3L、TP53TG5、POTEG、GAPDH
‑
Region1、GAPDH
‑
Region2、GAPDH
‑
Region3以及其任意组合。
[0015]作为本专利技术的一种优选方案，CNOT1的引物序列包括SEQ ID No.57～SEQ ID No.60、JADE1的引物序列包括SEQ ID No.61～SEQ ID No.64、DTX3L的引物序列包括SEQ ID No.65～SEQ ID No.68、TP53TG5的引物序列包括SEQ ID No.69～SEQ ID No.72、POTEG的引物序列包括SEQ ID No.73～SEQ ID No.76、GAPDH
‑
Region1的引物序列包括SEQ ID No.77～SEQ ID No.80、GAPDH
‑
Region2的引物序列包括SEQ ID No.81～SEQ ID No.84与GAPDH
‑
Region3的引物序列包括SEQ ID No.85～SEQ ID No.86。
[0016]作为本专利技术的一种优选方案，步骤4)中，通过比对目标位点与内参位点ATAC
‑
qPCR结果是将ATAC
‑
qPCR实验原始结果通过计算处理；
[0017]计算方法为：
[0018]No nomalization:Cq FoldChange＝target_sample
‑
taget_control；
[0019]Nomalization:Cq FoldChange＝targetPeak_sample
‑
average(NormPeak_sample)
‑
(target_control
‑
average(No rmPeak_control)；
[0020]Y轴readCount＝log2(Control_ReadCount+1)
‑
log2(Sample_ReadCount+1)。
[0021]作为本专利技术的一种优选方案，所述检测方法用于表观遗传位点的定量定性检测或生物标志物研究。
[0022]作为本专利技术的一种优选方案，包括检测肿瘤细胞中DNA调控元件的肿瘤内异质性及肿瘤间异质性。
[0023]本专利技术还提供了一种试剂盒，包括转座酶，上述的靶向内参位点基因的引物与靶向目标位点的引物。
[0024]与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：
[0025]本专利技术以检测基因组特定区域染色质开放性作为出发点，构建了一个可用于定性和定量检测特定位点染色质可及性的试验方法。本专利技术的检测方法可广泛用于表观遗传位点的定量定性检测或生物标志物研究，包括检测肿瘤细胞中DNA调控元件的肿瘤内异质性及肿瘤间异质性。
附图说明
[0026]图1是本专利技术ATAC
‑
seq文库片段分布图。
[0027]图2是本专利技术第一次ATAC
‑本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基因组特定区域染色质开放性定量检测方法，其特征在于，包括以下步骤：1)对从生物样本中获得的细胞进行ATAC
‑
seq文库构建；2)设计并用若干组靶向内参位点基因的引物，对步骤1)处理的ATAC
‑
seq文库进行ATAC
‑
qPCR反应，作为实验的阳性对照；3)设计并用若干组靶向目标位点的引物，对步骤1)处理的ATAC
‑
seq文库进行ATAC
‑
qPCR反应，产生试验结果；4)通过比对目标位点与内参位点ATAC
‑
qPCR结果，定性与定量的分析目标位点的染色质可及性情况。2.根据权利要求1所述的一种基因组特定区域染色质开放性定量检测方法，其特征在于，所述步骤2)中，靶向内参位点的基因包括AK5、KIF26B、DBET、ARF6、OSER1、SPATA1、IFRD1以及其任意组合。3.根据权利要求2所述的一种基因组特定区域染色质开放性定量检测方法，其特征在于，AK5的引物序列包括SEQ ID No.1～SEQ ID No.8，KIF26B的引物序列包括SEQ ID No.9～SEQ ID No.14、DBET的引物序列包括SEQ ID No.15～SEQ ID No.18、ARF6的引物序列包括SEQ ID No.19～SEQ ID No.28、OSER1的引物序列包括SEQ ID No.29～SEQ ID No.38、SPATA1的引物序列包括SEQ ID No.39～SEQ ID No.50与IFRD1的引物序列包括SEQ ID No.51～SEQ ID No.56。4.根据权利要求1所述的一种基因组特定区域染色质开放性定量检测方法，其特征在于，所述步骤3)中，通过对ATAC
‑
seq文库进行数据分析对比，获得靶向目标位点与靶向内参位点的基因的细胞差异位点作为设计区域，并引入不开放位点和GADPH基因作为实验对照，完成差异位点的引物设计与筛选。5.根据权利要求4所述的一种基因组特定区域染色质开放性定量检测方法，其特征在于，靶向目标位点的基因包括CNOT1、JADE1、DTX3L、TP53TG5、POTEG、GAPDH
‑
Region1、GAPDH
‑
Region2、GAPDH
‑
Region3以及其任意组合。6.根据权利要求5所述的一种基因...

【专利技术属性】
技术研发人员：方靖文，郭闯，邵运影，纵丹丹，
申请(专利权)人：杭州瀚因生命科技有限公司，
类型：发明
国别省市：