【技术实现步骤摘要】
一种单链核酸分子高通量测序文库的构建方法及其应用
本专利技术涉及生物测序领域,特别涉及一种单链核酸分子高通量测序文库的构建方法及其应用。
技术介绍
染色体的易位、倒位或缺失等是造成基因融合的常见发生机制。随着下一代测序技术(Next-generationsequencing,NGS)的发展,越来越多的研究显示,融合基因不仅存在于白血病等血液恶性肿瘤中,而且存在于甲状腺癌、肺癌、前列腺癌、乳腺癌和肾癌等许多实体肿瘤中,其在肿瘤的发生过程中扮演着非常重要的角色,约占到肿瘤发生原因的20%。目前,针对融合基因的靶向药物和适应症正在不断的增加,例如,ALK抑制剂色瑞替尼(Ceritinib)可抑制非小细胞肺癌的进展;NTRK抑制剂拉罗替尼(larotrectinib)可用于治疗携带NTRK基因融合的晚期复发实体瘤患者。此外,融合基因还可以作为预后判断的的分子标志物,如BRC-ABL1的融合转录本的表达量可作为化疗预后评估的标志物。所以,通过对融合基因的精确检出,可以为患者的后续治疗提供更多的有效帮助。临床上,融合基因诊断的方法主要包括荧光原位杂交(FISH)和RT-PCR等方法。虽然这些方法灵敏度高,但通常只能检测单个融合基因,操作较复杂,造成诊断时间漫长,性价比较低。同时,这些方法无法识别复杂的结构重排或新的融合基因伴侣,会造成一些假阴性的结果。而基于DNA的测序技术可一次性高通量的检测多种基因的融合,包括未知融合基因,但这些融合可能出现在内含子区域,没有转录组测序数据,便无法判断融合产生的新基因是否表达或表达量的 ...
【技术保护点】
1.一种单链核酸分子高通量测序文库的构建方法,其特征在于,包括以下步骤:/n(1)从样品细胞中获取单链核酸;/n(2)采用片段化试剂对长链的单链核酸样本片段化;/n(3)在步骤(2)后加入含有基团A修饰的NTP试剂和末端转移酶,用于在片段化单链核酸的3'末端加上基团A;/n(4)在步骤(3)后加入5'端被基团B修饰且含有UMI分子标签的单链接头和盐离子缓冲液,在室温条件下,3'修饰基团A的片段化单链核酸与5'端修饰基团B单链接头发生加成反应且连接在一起;/n(5)在步骤(4)反应后的溶液中加入单向延伸引物1、单向延伸引物2和单链延伸试剂,用于由单链核酸变成双链核酸;/n(6)在步骤(5)纯化后的产物中加入测序引物和PCR混合液进行扩增,扩增产物即为测序文库。/n
【技术特征摘要】
1.一种单链核酸分子高通量测序文库的构建方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)从样品细胞中获取单链核酸;
(2)采用片段化试剂对长链的单链核酸样本片段化;
(3)在步骤(2)后加入含有基团A修饰的NTP试剂和末端转移酶,用于在片段化单链核酸的3'末端加上基团A;
(4)在步骤(3)后加入5'端被基团B修饰且含有UMI分子标签的单链接头和盐离子缓冲液,在室温条件下,3'修饰基团A的片段化单链核酸与5'端修饰基团B单链接头发生加成反应且连接在一起;
(5)在步骤(4)反应后的溶液中加入单向延伸引物1、单向延伸引物2和单链延伸试剂,用于由单链核酸变成双链核酸;
(6)在步骤(5)纯化后的产物中加入测序引物和PCR混合液进行扩增,扩增产物即为测序文库。
2.根据权利要求1所述的一种单链核酸分子高通量测序文库的构建方法,其特征在于,所述样品细胞的来源为人类的新鲜组织、全血、血浆、福尔马林石蜡包埋样本、粪便和尿液中的一种,所述单链核酸为总RNA、mRNA、ncRNA、lncRNA、cfRNA和ssDNA中的一种。
3.根据权利要求1所述的一种单链核酸分子高通量测序文库的构建方法,其特征在于,所述片段化的时间为1分钟~20分钟,所述片段化试剂中的盐离子为Na+,Mg2+和Zn2+中的一种,所述片段化的温度为70℃~95℃。
4.根据权利要求3所述的一种单链核酸分子高通量测序文库的构建方法,其特征在于,所述片段化的时间为5~10分钟,所述片段化的温度为85℃~95℃。
5.根据权利要求1所述的一种单链核酸分子高通量测序文库的构建方法,其特征在于,所述NTP试剂为ATP、CTP、GTP、UTP和TTP中的一种,所述末端转移酶为TDT,所述盐离子缓冲液中的盐离子为Cu2+,所述Cu2+的添加量为0.1nM~1.0nM,所述基团A为叠氮基团,所述基团B为二苯并环辛炔,所述5'端被基团B修饰且含有UMI分子标签的单链接头序列长度为10~50bp,所述5'被基团B修饰且含有分子标签UMI互补序列的单链接头序列由5'修饰随机碱基N、分子标签UMI互补序列以及已知序列A三个部分组成...
【专利技术属性】
技术研发人员:张腾龙,杨春燕,梁占超,商宇红,师雅宁,段小红,王东亮,
申请(专利权)人:杭州求臻医学检验实验室有限公司,
类型:发明
国别省市:浙江;33
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。