用于鉴定坛紫菜耐高温品系SW-81的InDel分子标记和方法技术

本发明专利技术公开了用于鉴定坛紫菜耐高温品系SW‑81的InDel分子标记和方法，属于植物分子生物学领域。本发明专利技术的InDel分子标记序列如SEQ ID NO:1所示，用于扩增该标记的引物InDel‑2，其序列为F:cggcgggtgtgtttgtatgtcg；R:gcgggagcaacgcttgggat。方法如下：提取坛紫菜的丝状体或叶状体基因组DNA，使用InDel‑2引物进行PCR扩增，扩增产物电泳检测，若可检测到一条长度为545bp的特异性条带，则判断该坛紫菜为SW‑81品系。本方法只需一次简单的PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳即可鉴别SW‑81品系，操作简单，快速，不受环境因素影响。

【技术实现步骤摘要】
用于鉴定坛紫菜耐高温品系SW-81的InDel分子标记和方法
本专利技术属于植物分子生物学领域，具有涉及一种用于鉴定坛紫菜耐高温品系SW-81的InDel分子标记和方法。
技术介绍
紫菜(Pyropia/Porphyraspp.)因味道鲜美、营养价值高，被人们广泛食用，在中日韩三国被大规模栽培。紫菜栽培不仅产生了较大的经济价值，而且对栽培海区的生态修复也具有重要效果。目前，在我国被大规模人工栽培的紫菜有坛紫菜(Pyropiahaitanensis)和条斑紫菜(Pyropiayezoensis)，前者主要被栽培在福建、浙江和广东三省，后者被栽培于江苏和山东二省。2017年，我国紫菜产业规模达72977hm2，年产量135251t，居世界首位，其中坛紫菜的产量约占全国紫菜总产量的78％。上世纪六十年代，随着坛紫菜的基本生物学、生活史、全人工采苗和人工栽培技术等研究取得成功，该紫菜的人工栽培业得以建立和发展。但被栽培了50多年的野生种，由于栽培规模的持续扩大、栽培密度过大、再加上生产上基本上是从近交群体的后代中取种等原因，使得坛紫菜种质出现了严重退化，表现出产量和品质下降，对病害和高温等逆境生态条件的抵抗能力下降。近年来，受全球气候变暖的影响，在紫菜壳孢子采苗期间和海区栽培的第1个月左右，温度回升现象时常发生，即所谓的“小阳春”，这影响了紫菜壳孢子的萌发和叶状体的生长，严重时会引起大规模掉苗和烂苗，给生产造成巨大的经济损失。因此培育坛紫菜耐高温品种(系)对该产业的可持续发展具有重大意义。近年来，研究者采用紫菜诱变和杂交育种等技术已选育出数个耐高温的坛紫菜新品系，其中SW-81品系的叶状体耐高温性强，且具有生长快、主要光合色素和色素蛋白含量高以及壳孢子放散量大等优良特性(DingHC,FeiQJ,ZhangP,WangTG,YanXH.Isolationandcharacterizationofaheat-resistantstrainwithhighyieldofPyropiahaitanensisinducedbyultravioletray.Aquaculture,2020,521:735050)。SW-81品系的初步海区中试结果显示，该品系适宜大规模的生产栽培。为了将SW-81品系培育成一个可推广的新品种，需要得到该品系的可靠特异性标记，用于种质鉴定和产权保护。传统的紫菜种质鉴定主要是采用形态学和细胞学方法，主要是利用叶状体的颜色、边缘细胞分布方式、精子囊和果孢子囊的分裂式及染色体数目等作为指标，且主要是用于种的鉴定。对于紫菜种内的不同品系，因它们一般只有颜色的细微区别，难以依据形态学和细胞学的特征进行品系鉴定。近年来，特异性DNA分子标记在紫菜种内品系的鉴定中得到了一些应用。其中，插入/缺失(InDel,insertion/deletion)标记是一种基于自身全基因组序列开发的新型分子标记类型，反映了基因组同一位点处序列不同大小核苷酸片段的插入/缺失情况，广泛分布于基因组中。目前，基于全基因组开发的InDel标记由于其特异性强、重复性好等优势，已被广泛应用于水稻(Oryzasativa)、番茄(Solanumlycopersicum)等多种作物的遗传研究领域，但在紫菜中尚无相关报道。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种可快速、准确地鉴定坛紫菜耐高温品系SW-81的InDel分子标记和方法。本专利技术的目的通过下述技术方案实现：一种用于鉴定坛紫菜耐高温品系SW-81的InDel标记，其核苷酸序列如SEQIDNO:1所示，具体为：cggcggttgtgtttgtatgtcggagaaaaaccaccggcggggacggtgaaggtatcgatcaggtgtgctcttgcaaaaggcggggcgggcgataggatgaggtcgcggggctcgggctcatccacaacgcggctgcccaggcacaagtcgtgcaccttgttgcccggcgggcacagcgcgtgcatgcccgccagaggatcccccgactagggccgcacgcgaggatcagatcgagacgcgggctgtggtgccctccgccggccaggccttcttggcctttgcacgcgggtgctgccgcccacggtgcgtcagcaccttccggtcaagacgtcagtggaccgggcgttgcgactgtaaagcaatcgtccggttcaccatcccgtcgggattgccaaccccccgtcgccgctcgccgcggcgcggcccacatcttgcacgaacaacattcgtccgccgccgcgtgtggggtggccagcccaccgccgtgccgcccctgccgttctcccctcctcccccccctggctgatcccaagcgtggctcccgc。扩增上述标记的引物的序列如SEQIDNO:2和SEQIDNO:3所示，具体为：F：cggcgggtgtgtttgtatgtcg(SEQIDNO:2)；R：gcgggagcaacgcttgggat(SEQIDNO:3)。上述InDel分子标记或引物在鉴定坛紫菜耐高温品系SW-81中的应用。一种用于鉴定坛紫菜耐高温品系SW-81的方法，包括如下步骤：(1)提取坛紫菜的丝状体或叶状体基因组DNA；(2)使用权利要求2所述的引物进行PCR扩增；(3)扩增产物电泳检测；若可检测到一条长度为545bp的特异性条带，则判断该坛紫菜为SW-81品系。与现有技术相比，本专利技术的有益效果在于：(1)本专利技术采用DNA分子标记技术鉴定坛紫菜耐高温品系SW-81，结果准确、可靠，且不受环境因素影响。(2)本专利技术提供的InDel分子标记具有检测结果稳定，操作快捷，稳定性好，检测成本低廉。附图说明图1为用InDel-2引物对坛紫菜各品系的丝状体DNA扩增产物电泳结果；其中，M为1500bpDNALadderMarker；1-3为坛紫菜耐高温品系SW-81；4-15为坛紫菜其他品系。图2为用InDel-2引物对室内培养的坛紫菜各品系的叶状体DNA扩增产物电泳结果；其中，M为1500bpDNALadderMarker；1-3为坛紫菜耐高温品系SW-81；4-15为坛紫菜其他品系。图3为用InDel-2引物对海区栽培的坛紫菜各品系的叶状体DNA扩增产物电泳结果；其中，M为1500bpDNALadderMarker；1-3为坛紫菜耐高温品系SW-81；4-15为坛紫菜其他品系。具体实施方式以下实施例将结合附图对本专利技术作进一步的说明。实施例1(1)DNA的提取：收集坛紫菜耐高温品系SW-81和其他品系的丝状体，提取它们的基因组DNA，通过测定OD值和1％琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量。(2)引物筛选：对SW-81品系进行全基因组重测序，根据InDel位点本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用于鉴定坛紫菜耐高温品系SW-81的InDel分子标记，其特征在于，所述InDel分子标记的序列如SEQ ID NO:1所示。/n

【技术特征摘要】
1.用于鉴定坛紫菜耐高温品系SW-81的InDel分子标记，其特征在于，所述InDel分子标记的序列如SEQIDNO:1所示。


2.扩增权利要求1所述的InDel分子标记的引物，其特征在于，所述引物的序列如SEQIDNO:2和SEQIDNO:3所示。


3.权利要求1所述的InDel分子标记或权利要求2所述的引物在...

【专利技术属性】
技术研发人员：丁洪昌，费勤娇，严兴洪，
申请(专利权)人：上海海洋大学，
类型：发明
国别省市：上海;31