一种鉴定大豆抗大豆花叶病毒SC3株系的SSR标记CH0211及其检测方法和应用技术

本发明专利技术公开了一种鉴定大豆对大豆花叶病毒(Soybean Mosaic Virus,SMV)流行株系SC3抗性鉴定的SSR标记CH0211及其检测方法和应用，通过利用新开发的与抗大豆花叶病毒SC3株系基因紧密连锁的SSR标记CH0211对大豆品种进行抗病性选择，以期获得抗SMV SC3株系的大豆新种质。本发明专利技术避免了大豆常规抗花叶病毒育种的周期长、工作量大、选择效率低、抗病表型选择易受环境影响等缺点，可大幅提高抗病育种选择效率，为对基因型的直接选择提供了可能，将极大地推动大豆抗病育种进程。

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定大豆抗大豆花叶病毒SC3株系的SSR标记CH0211及其检测方法和应用
本专利技术属于生物检测领域，具体涉及一种鉴定大豆抗大豆花叶病毒流行株系SC3品种的SSR标记CH0211及其检测方法和应用。
技术介绍
大豆花叶病毒(SoybeanMosaicVirus,SMV)病是大豆生产中最常见、危害最为严重的病毒害之一，严重危害大豆的产量与品质(图2)。传统抗SMV育种需要人工接种鉴定每个后代家系的抗病性，耗时费力、且易受到环境(尤其是温度)等条件的限制，从而影响抗性材料表型的选择。随着现代分子生物学的发展，现代生物技术的进步为作物育种提供了强有力的帮助，分子标记辅助选择育种(MolecularMarker-AssistedSelection,MAS)作为其中一项重要技术，它与传统抗SMV育种相比，MAS技术可对抗病基因直接选择，能够更加高效、精准地选择抗SMV个体，大幅提高育种效率。微卫星序列(SimpleSequenceRepeat,SSR)标记具有重复性好，多态性高，共显性等优点，广泛分布在大豆基因组中。目前SSR标记已被广泛运用于MAS中，利用与抗病相关的SSR标记检测种质抗SMV的准确率较高，且快速、简便，可直接用于大豆抗SMV育种。国内目前已经筛选了一些与抗SMV相关的分子标记，一些专家也利用这些标记进行抗SMV的辅助筛选，但筛选的标记选择与表型选择符合率不高，且所用材料样本偏小。滕卫丽等利用与SMV1抗性相关的SSR标记Satt114、Satt362、HSP176、Satt510、Satt334、Sct033和与SMV3抗性相关的SSR标记Satt114、Satt362，分别对70份大豆种质资源接种东北株系(SMV1和SMV3)进行抗性鉴定，验证结果表明SSR标记鉴定准确率分别为70.7％和75.6％。韩英鹏等利用SSR标记Satt114对146个F2：5重组自交家系进行接种N1株系后的抗性鉴定，得出分子辅助选择的符合率为87.5％。李文福等用6个与大豆花叶病毒抗性相关的SSR标记Sat_229、Sat_317、Satt335、Satt160、Satt516和Sat_309对186份种质资源接种SMV1株系后进行检测，6个标记中Sat_317、Satt335、Satt516对抗病资源筛选的准确率70％以上。栾晓燕等利用分离群体分组分析法(BulkedSegregantAnalysis,BSA)建立的F2群体DNA抗感池中鉴定出与抗性表型紧密相关的SSR标记Satt296，该标记位于D1b连锁群，推测该标记有望用于大豆抗SMV3株系的分子标记辅助选择。
技术实现思路
本专利技术目的在于提供一种鉴定大豆抗大豆花叶病毒流行株系SC3的SSR标记CH0211及其检测方法和应用，通过利用新开发的与Rsc3紧密连锁的SSR标记CH0211的专用引物对大豆抗大豆花叶病毒SC3株系进行早期子代选择鉴定，大大减少了抗病育种工作量以及育种周期，因此能够快速、精准、高效地筛选出抗SMVSC3的大豆育种材料。本专利技术技术方案如下：本专利技术的第一个目的是提供一种鉴定大豆抗大豆花叶病毒SC3株系的SSR标记CH0211，所述SSR标记引物序列如下：上游引物：5’-CAGGTCGATAAGTCTATGT-3’(SEQIDNO.1)；下游引物：5’-ATATGAACTCGGTCTGTTG-3’(SEQIDNO.2)。本专利技术还提供了一种鉴定大豆抗大豆花叶病毒SC3株系的SSR标记CH0211的引物，所述SSR标记引物序列如下：上游引物：5’-CAGGTCGATAAGTCTATGT-3’(SEQIDNO.1)；下游引物：5’-ATATGAACTCGGTCTGTTG-3’(SEQIDNO.2)本专利技术的第二个目的是提供一种利用前述SSR标记CH0211鉴定大豆抗大豆花叶病毒SC3株系的检测方法，所述检测方法包括以下步骤：S1：提取待鉴定大豆的基因组DNA，以待鉴定大豆的基因组DNA为模板，用SEQIDNO.1、SEQIDNO.2所示的SSR标记引物进行PCR扩增；S2：在步骤S1所得扩增产物加入溴酚蓝染色，用8％浓度的聚丙烯酰胺凝胶进行分离，银染后进行带型分析。进一步的，S1所述PCR扩增的PCR扩增体系为10μL，包括2×TaqPlusMasterMix5μL，所述上游引物0.5μL，所述下游引物0.5μL，终浓度＜0.1μg/10μL的模板DNA1μL，ddH2O3μL。进一步的，S1所述PCR扩增的PCR反应条件为94℃预变性2min；94℃变性20S，50℃退火20S，72℃延伸20S，运行32个循环，然后72℃终延伸2min后于4℃保存。进一步的，S2所述8％浓度的聚丙烯酰胺凝胶分离条件为：电压200V，电流150A条件下于5×TBE缓冲液中电泳分离45min。进一步的，S2所述带型分析为：如扩增产物目的条带大小为123bp，则待鉴定大豆为抗大豆花叶病毒SC3株系品种。即所述引物扩增的与抗大豆花叶病毒SC3株系连锁的SSR标记CH0211特征条带为123bp。本专利技术的第三个目的是提供前述的SSR标记CH0211，或前述的SEQIDNO.1、SEQIDNO.2所示的SSR标记引物，或前述的检测方法在筛选抗大豆花叶病毒SC3株系的大豆种质中的应用。进一步的，所述应用包括以下步骤：S1：提取待鉴定大豆的基因组DNA，以待鉴定大豆的基因组DNA为模板，用SEQIDNO.1、SEQIDNO.2所示的SSR标记引物进行PCR扩增；S2：在步骤S1所得扩增产物加入溴酚蓝染色，用8％浓度的聚丙烯酰胺凝胶在电压200V，电流150A的条件下于5×TBE缓冲液中电泳分离45min，银染后进行带型分析。进一步的，S1所述PCR扩增的PCR扩增体系为10μL，包括2×TaqPlusMasterMix5μL，所述上游引物0.5μL，所述下游引物0.5μL，终浓度＜0.1μg/10μL的模板DNA1μL，ddH2O3μL。进一步的，S1所述PCR扩增的PCR反应条件为94℃预变性2min；94℃变性20S，50℃退火20S，72℃延伸20S，运行32个循环，然后72℃终延伸2min后于4℃保存。进一步的，S2所述带型分析为：如扩增产物目的条带大小为123bp，则待鉴定大豆为高抗大豆花叶病毒SC3株系品种。即所述引物扩增的与抗大豆花叶病毒SC3株系连锁的SSR标记CH0211特征条带为123bp。本专利技术具有以下有益效果：应用本专利技术提供的SSR标记CH0211及检测方法用来检测大豆抗大豆花叶病毒SC3株系，抗病选择符合率为80.56％，感病选择符合率为77.78％，准确率较高，能够高效、快速、精准地用于分子标记辅助选择，节省了大量人工接种鉴定的人力、物力、财力及时间成本。本专利技术经济效益高，对大豆品系抗大豆花叶病毒SC3株系的抗病选育效率有极大提升。附图说明图本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.鉴定大豆抗大豆花叶病毒SC3株系的SSR标记CH0211，其特征在于，所述SSR标记引物序列如下：/n上游引物：5’-CAGGTCGATAAGTCTATGT-3’(SEQ ID NO.1)；/n下游引物：5’-ATATGAACTCGGTCTGTTG-3’(SEQ ID NO.2)。/n

【技术特征摘要】
1.鉴定大豆抗大豆花叶病毒SC3株系的SSR标记CH0211，其特征在于，所述SSR标记引物序列如下：
上游引物：5’-CAGGTCGATAAGTCTATGT-3’(SEQIDNO.1)；
下游引物：5’-ATATGAACTCGGTCTGTTG-3’(SEQIDNO.2)。


2.一种利用权利要求1所述SSR标记CH0211鉴定大豆抗大豆花叶病毒SC3株系的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：
S1：提取待鉴定大豆的基因组DNA，以待鉴定大豆的基因组DNA为模板，用SEQIDNO.1、SEQIDNO.2所示的SSR标记引物进行PCR扩增；
S2：在步骤S1所得扩增产物加入溴酚蓝染色，用8％浓度的聚丙烯酰胺凝胶进行分离，银染后进行带型分析。


3.根据权利要求2所述的检测方法，其特征在于，S1所述PCR扩增的PCR扩增体系为10μL，包括2×TaqPlusMasterMix5μL，所述上游引物0....

【专利技术属性】
技术研发人员：李凯，蔡晗，沈颖，陈圆圆，谢丽君，陈柏羽，
申请(专利权)人：南京农业大学，
类型：发明
国别省市：江苏;32