盐胁迫条件下小麦生物量和产量相关KASP标记的开发及应用制造技术

本发明专利技术公开了盐胁迫条件下小麦生物量和产量相关KASP标记的开发及应用。本发明专利技术首先公开了检测SNP标记AX‑108839508的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定小麦生物量和/或产量中的应用；所述SNP标记AX‑108839508为位于小麦5A染色体上的第692158124位核苷酸，其为A或G。本发明专利技术进一步公开了鉴定或辅助鉴定在盐胁迫条件下小麦生物量和/或产量的方法。本发明专利技术开发的与SNP标记AX‑108839508相关联的KASP标记与在盐胁迫条件下产量和生物量性状显著相关，为选育高产稳产品质优良的耐盐小麦品种奠定理论基础且提供分子辅助选择手段。

【技术实现步骤摘要】
盐胁迫条件下小麦生物量和产量相关KASP标记的开发及应用
本专利技术涉及生物
，具体涉及盐胁迫条件下小麦生物量和产量相关KASP标记的开发及应用。
技术介绍
土壤盐渍化是影响粮食产量的一个重要限制因素。如何利用盐碱地等中低产田，有效提高粮食总产量是人们亟待解决的重大问题。小麦是世界上最重要的粮食作物之一，同时也是盐渍化土壤的主要栽培作物之一。土壤盐渍化严重影响小麦产量，培育并种植耐盐小麦品种是有效利用盐渍化土壤资源，增加小麦产量的一条重要途径。分子标记辅助选择是在作物改良过程中应用分子标记来进行选择的一种辅助手段。借助于与目标基因紧密连锁的某个分子标记，通过对分子标记基因型的检测，就能获知目标基因的基因型。小麦产量及产量相关性状受多基因控制，且易受环境因素的影响。利用与小麦产量及产量相关性状紧密连锁的分子标记对个体进行目标区域以及全基因组筛选，可加速育种进程，减小育种工作量，达到提高育种效率的目的。单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphisms,SNP)是指在基因组水平上单个核苷酸的变异形成的DNA序列多态性。SNP可以稳定遗传，并且分布广泛，多态性丰富，易于实现自动化分析。目前SNP检测的方法主要有两种：简化基因组测序和SNP芯片。但是当通过连锁分析或关联分析获得与目标性状连锁的SNP标记后，检测其他材料是否含有该优良位点时，简化基因组测序或高密度SNP芯片技术成本显然太高，且没有必要。竞争性等位基因特异性PCR(KompetitiveAlleleSpecificPCR,KASP)技术可以基于引物末端碱基的特异匹配实现SNP分型以及插入和缺失的检测(InsertionsandDeletions,InDels)。KASP技术是英国LGC(LaboratoryoftheGovernmentChemist政府化学家实验室)有限公司开发的，目前已经成为国际上SNP分析的主流方法之一。它只需合成两个通用荧光探针和两个通用淬灭探针，再合成多个针对具体位点的SNPPCR引物，就可以检测多个位点。荧光探针和淬灭探针价格昂贵，所以与Taqman探针相比，KASP方法可以通过通用荧光探针来替代针对位点的荧光探针，大大节约成本。微流控芯片检测系统是北京博奥晶典生物技术有限公司自主开发的SNP检测平台，操作简单、反应快速、性价比高。它只需一步加样，四步简单的拿放工作，即可在2.5个小时内完成96个反应的分型检测，实现低成本、简单快速的SNP/InDel分型。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题为开发与小麦生物量和产量，特别是盐胁迫条件下小麦生物量和产量相关的KASP标记，以选育出高产的耐盐小麦品种。为解决上述问题，本专利技术提供了检测SNP标记AX-108839508的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定小麦生物量和/或产量中的应用；所述SNP标记AX-108839508为位于小麦5A染色体上的第692158124位核苷酸，其为A或G。上述应用中，所述鉴定或辅助鉴定小麦生物量和/或产量中的应用为鉴定或辅助鉴定盐胁迫条件下小麦生物量和/或产量中的应用。上述检测SNP标记AX-108839508的多态性或基因型的物质在小麦育种中的应用尤其是耐盐小麦育种中的应用也在本专利技术的保护范围之内。上述应用中，所述小麦育种为培育高生物量和/或产量的耐盐小麦品种。上述应用中，所述SNP标记AX-108839508对应SEQIDNO.1的第106位核苷酸，即r代表A或G。上述应用中，所述检测SNP标记AX-108839508的多态性或基因型具体可为检测小麦基因组中SNP标记AX-108839508的核苷酸种类。所述SNP标记AX-108839508的基因型是AA(简称为AA基因型)、GG(简称为GG基因型)或AG(简称为AG基因型)。其中，所述AA基因型是小麦基因组中所述SNP标记AX-108839508为A的纯合型，GG基因型是小麦基因组中所述SNP标记AX-108839508为G的纯合型，AG基因型是小麦基因组中所述SNP标记AX-108839508为A和G的杂合型。上述应用中，所述检测SNP标记AX-108839508的多态性或基因型的物质如下A1)或A2)或A3)：A1)成套引物，所述成套引物由SEQIDNO.2所示的单链DNA分子或其衍生物、SEQIDNO.3所示的单链DNA分子或其衍生物和SEQIDNO.4所示的单链DNA分子组成；A2)含有所述成套引物的PCR试剂；A3)含有A1)或A2)的试剂盒；所述SEQIDNO.2所示的单链DNA分子的衍生物为SEQIDNO.2所示的单链DNA分子的5′端连接一种荧光标签得到的；所述SEQIDNO.3所示的单链DNA分子的衍生物为SEQIDNO.3所示的单链DNA分子的5′端连接另一种荧光标签得到的。其中，所述SEQIDNO.2所示的单链DNA分子的衍生物中所述荧光标签可为FAM或HEX；在本专利技术具体实施方式中，所述SEQIDNO.2所示的单链DNA分子的衍生物具体为FAM-KASP-F1，其核苷酸序列是5′-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCCGAAGTCCGCTCTATGTTGCAA-3′(带下划线的序列为荧光标签FAM)。所述SEQIDNO.3所示的单链DNA分子的衍生物中所述荧光标签可为HEX或FAM。在本专利技术具体实施方式中，所述SEQIDNO.3所示的单链DNA分子的衍生物具体为HEX-KASP-F2，其核苷酸序列是5′-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCGAAGTCCGCTCTATGTTGCAG-3′(带下划线的序列为荧光标签HEX)。本专利技术还提供了一种产品。上述产品为上述检测SNP标记AX-108839508的多态性或基因型的物质；其具有如下1)或2)或3)或4)或5)或6)至少一种功能：1)鉴定或辅助鉴定小麦的生物量和/或产量；2)鉴定或辅助鉴定盐胁迫条件下小麦的生物量和/或产量；3)高生物量和/或产量小麦的育种；4)高生物量和/或产量耐盐小麦的育种；5)选育高生物量和/或产量的小麦；6)选育高生物量和/或产量的耐盐小麦。本专利技术还进一步提供了一种鉴定或辅助鉴定在盐胁迫条件下小麦生物量和/或产量的方法。本专利技术鉴定或辅助鉴定在盐胁迫条件下小麦生物量和/或产量的方法为检测待测小麦的SNP标记AX-108839508的基因型，根据基因型确定所述待测小麦的生物量和/或产量；SNP标记AX-108839508的基因型为GG的待测小麦的生物量和/或产量高于SNP标记AX-108839508的基因型为AA的待测小麦；其中，所述AA基因型是小麦基因组中所述SNP标记AX-108839508为A的纯合型，GG基因型是小麦基因组中所述SNP标记AX-108839508为G的纯合型。本专利技术还提供了一种耐盐小麦的育种方法本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.检测SNP标记AX-108839508的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定小麦生物量和/或产量中的应用；/n所述SNP标记AX-108839508为位于小麦5A染色体上的第692158124位核苷酸，其为A或G。/n

【技术特征摘要】
1.检测SNP标记AX-108839508的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定小麦生物量和/或产量中的应用；
所述SNP标记AX-108839508为位于小麦5A染色体上的第692158124位核苷酸，其为A或G。


2.检测SNP标记AX-108839508的多态性或基因型的物质在小麦育种中的应用；
所述SNP标记AX-108839508为位于小麦5A染色体上的第692158124位核苷酸，其为A或G。


3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述鉴定或辅助鉴定小麦生物量和/或产量为鉴定或辅助鉴定盐胁迫条件下小麦生物量和/或产量；
所述小麦育种为培育高生物量和/或产量的耐盐小麦品种。


4.根据权利要求1-3任一所述的应用，其特征在于：
所述检测SNP标记AX-108839508的多态性或基因型的物质如下A1)或A2)或A3)：
A1)成套引物，所述成套引物由SEQIDNO.2所示的单链DNA分子或其衍生物、SEQIDNO.3所示的单链DNA分子或其衍生物和SEQIDNO.4所示的单链DNA分子组成；
A2)含有所述成套引物的PCR试剂；
A3)含有A1)或A2)的试剂盒。


5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于：
所述SEQIDNO.2所示的单链DNA分子的衍生物为SEQIDNO.2所示的单链DNA分子的5′端连接一种荧光标签得到的；
所述SEQIDNO.3所示的单链DNA分子的衍生物为SEQIDNO.3所示的单链DNA分子的5′端连接另一种荧光标签得到的。


6.一种产品，其特征在于，所述产品为权利要求1-5所述的应用中的所述检测SNP标记AX-108839508的多态性或基因型的物质；
所述产品具有如下1)或2)或3)或...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑琪，胡盼，罗巧玲，李宏伟，杨国堂，李滨，李振声，
申请(专利权)人：中国科学院遗传与发育生物学研究所，
类型：发明
国别省市：北京;11