防碎基因和突变制造技术

技术编号:26044674 阅读:36 留言:0更新日期:2020-10-23 21:24
本公开内容提供防碎(SHP)基因和携带防碎基因中的一个或多个突变的植物和/或植物细胞;以及制造和使用这种植物的方法。在一些实施方式中,植物或植物细胞对收获前开裂有抵抗力。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】防碎基因和突变相关申请的交叉引用本申请要求2018年1月9日递交的美国临时申请号62/615,409和2018年9月17日提交的美国临时申请号62/732,397的权益,每个申请均通过引用以其全部并入本文。在ASCII文本文件上提交序列表在ASCII文本文件上以下递交的内容通过引用以其全部并入本文:序列表的计算机可读形式(CRF)(文件名:165072000140SEQLIST.txt,记录日期:2019年1月9日,大小:90KB)。
本公开内容涉及与新型植物基因和基因产物有关的组合物和方法并且还涉及具有一个或多个基因突变的植物。特别地,本公开内容提供防碎(SHP)基因和携带防碎基因中的一个或多个突变的植物和/或植物细胞;以及制造和使用这种植物的方法。在一些实施方式中,植物或植物细胞对收获前开裂有抵抗力。
技术介绍
油菜(canola)种荚(seedpod)的收获前开裂是农业学重要的过程,其导致显著的产量损失以及将作物留到随后的生长季节。因此,存在需要减少或防止种荚的收获前开裂的改进方法,以及存在需要对收获前开裂展现出改进的抵抗力或降低的敏感性的改进的植物。简要概述本公开内容至少部分基于具有八个防碎基因的芸薹属(Brassica)植物的发现,和导致一个或多个这种基因突变可降低如芸薹属作物的农作物中的收获前开裂的发现。如本文使用的防碎(SHP)基因意指本文公开的具有如由甘蓝型油菜(Brassicanapus)SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A、SHP4C序列代表的序列的基因,或在某些实施方式中,其同源物、变体或突变体。术语“防碎同源物”或任何变化指的是在另一个物种中发现的进行与本文公开的芸薹属基因和基因产物相同的或基本上相同的生物功能的防碎基因或防碎基因产物,并且其中编码区的核酸序列或(SHP基因产物的)多肽序列被认为是与本文公开的SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A、SHP4C序列中的一个或多个“相同的”或至少50%或至少60%或至少70%或至少75%或至少80%或至少85%或至少90%或至少92%或至少95%或至少96%或至少97%或至少98%或至少99%相似(也称为“同一性百分比”或“基本上相同的”)。在第一方面中,提供了防止或减少植物中收获前开裂的方法,所述方法包括在所述植物的细胞中使至少一个内源性防碎基因突变。在一些实施方式中,方法包括(1)将基因修复寡核碱基引入植物细胞以产生具有突变体SHP基因的植物细胞;和(2)从所述选择的植物细胞再生具有突变的SHP基因的非转基因植物。在一些实施方式中,方法包括(1)将配置成特异性切刻(nick)或切割SHP基因的DNA切割物引入植物细胞以产生具有突变体SHP基因的植物细胞;和(2)从所述选择的植物细胞再生具有突变的SHP基因的非转基因植物。在相关的实施方式中,提供了包括使细胞与配置成特异性切刻或切割防碎基因的DNA切割物接触的方法。在相关的方面中,提供了制造SHP基因中的突变的方法。在一些实施方式中,本文所述的一种或多种方法可包括使细胞暴露于DNA切割物和GRON。在某些实施方式中,方法包括使细胞暴露于DNA切割物和GRON,其中用Cy3基团、3PS基团和2’O-甲基基团中的一个或多个修饰所述GRON。在一些实施方式中,一种或多种方法可包括使细胞暴露于DNA切割物而不使细胞暴露于GRON。在一些实施方式中,包括暴露于DNA切割物,DNA切割物特异性靶向SHP基因。在一些实施方式中,DNA切割物是选自CRISPR的一种或多种,所述CRISPR包括但不限于Cas9、Cpf1和它们相应的同源物、直系同源物和/或旁系同源物、碱基编辑器、TALEN、锌指、大范围核酸酶(meganuclease)和DNA-切割抗生素。在一些实施方式中,DNA切割物可以为质粒(DNA)、RNA和/或蛋白质。在某些实施方式中,提供的方法不包括使植物或植物细胞与任何转基因接触。在本文提供的任何方面和实施方式的一些实施方式中,植物或植物细胞是非转基因的。在某些方面中,对SHP基因的突变、改变或修饰包括插入或缺失。在一些实施方式中,突变、改变或修饰是或包括核苷酸改变或取代。在方法的一些实施方式中,改变、突变或修饰引入提前终止密码子(prematurestopcodon)。在一些实施方式中,改变、突变或修饰引入移码突变(frameshiftmutation)。在本文提供的组合物和方法的一些实施方式中,相对于野生型SHP基因的突变是+1、-1、-2核苷酸插入或缺失(InDel)。在本文提供的组合物和方法的某些实施方式中,相对于野生型SHP基因的突变是由靶向突变发展的+1、-1、-2核苷酸插入或缺失(InDel)。在本文提供的方法的一些实施方式中,SHP基因中的突变、修饰或改变减少或消除(obviate)SHP基因的活性或表达。在本文提供的方法的某些实施方式中,修饰至少一个SHP基因或至少两个SHP基因或至少三个SHP基因或至少四个SHP基因或至少五个SHP基因或至少六个SHP基因或至少七个SHP基因或八个SHP基因。在某些方面中,突变、改变或修饰包括插入或缺失。在一些实施方式中,突变、改变或修饰包括核苷酸改变或取代。在方法的一些实施方式中,改变、突变或修饰引入提前终止密码子。在本文提供的方法的一些实施方式中,SHP基因中的突变、修饰或改变减少或消除SHP基因的活性或表达。在一些实施方式中,植物或植物细胞是芸薹属植物。在某些实施方式中,提供了由本文公开的方法产生的植物或植物细胞。在一个方面中,提供了本文公开的SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A或SHP4C的分离的核酸序列或其片段。在一些实施方式中,一个或多个前述的SHP基因序列的片段包括基因的整个序列的至少80%或至少85%或至少90%或至少92%或至少95%或至少96%或至少97%或至少98%或至少99%。在相关的方面中,提供了由本文公开的SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A或SHP4C核酸序列编码的分离的氨基酸序列或其片段。在另一个方面中,提供了具有至少三个或至少四个或至少五个或至少七个或八个防碎基因的植物或植物细胞,所述防碎基因具有不同于任何天然存在的防碎基因的序列。在一个方面中,提供了具有至少三个或至少四个或至少五个或至少七个或八个内源性防碎基因的植物或植物细胞,所述内源性防碎基因具有不同于任何天然存在的防碎基因的序列。在另一个方面中,提供了具有至少一个或至少两个或至少三个或至少四个或至少五个或至少七个或八个防碎基因的油菜植物或油菜植物细胞,所述防碎基因具有不同于任何天然存在的防碎基因的序列。在某些方面和实施方式中,需要具有开裂发生(虽然不是过早地),因此,在一些实施方式中,其可保留SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A或SHP4C基因/基因座中的一个本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种植物或植物细胞,其包括至少三个具有与任何天然存在的防碎基因不同的序列的防碎基因。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180109 US 62/615,409;20180917 US 62/732,3971.一种植物或植物细胞,其包括至少三个具有与任何天然存在的防碎基因不同的序列的防碎基因。


2.一种植物或植物细胞,其包括至少四个具有与任何天然存在的防碎基因不同的序列的防碎基因。


3.一种植物或植物细胞,其包括至少五个具有与任何天然存在的防碎基因不同的序列的防碎基因。


4.一种植物或植物细胞,其具有至少六个包括与任何天然存在的防碎基因不同的序列的防碎基因。


5.一种植物或植物细胞,其包括至少七个具有与任何天然存在的防碎基因不同的序列的防碎基因。


6.一种植物或植物细胞,其包括至少三个具有与任何天然存在的防碎基因不同的序列的内源性基因组防碎基因。


7.一种植物或植物细胞,其包括至少四个具有与任何天然存在的防碎基因不同的序列的内源性基因组防碎基因。


8.一种植物或植物细胞,其包括至少五个具有与任何天然存在的防碎基因不同的序列的内源性基因组防碎基因。


9.一种植物或植物细胞,其包括至少六个具有与任何天然存在的防碎基因不同的序列的内源性基因组防碎基因。


10.一种植物或植物细胞,其包括至少七个具有与任何天然存在的防碎基因不同的序列的内源性基因组防碎基因。


11.一种植物或植物细胞,其包括一个或多个SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A或SHP4C基因中的一个或多个突变。


12.一种分离的核酸,其具有SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A或SHP4C之一或其片段的序列;
或具有与SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A或SHP4C之一的序列至少90%相似性;
或具有与SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A或SHP4C之一的序列至少95%相似性;
或具有与SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A或SHP4C之一的序列至少98%相似性;
或具有相对于SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A或SHP4C之一的序列的10个、9个、8个、7个、6个、5个、4个、3个、2个或1个核苷酸变化。


13.一种分离的氨基酸序列,其由SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A或SHP4C或其片段编码;
或由具有与SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A或SHP4C的序列至少90%相似性的序列编码;
或由具有与SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A或SHP4C的序列至少95%相似性的序列编码;
或由具有与SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A或SHP4C的序列至少98%相似性的序列编码;
或由相对于由SHP1A、SHP1C、SHP2A、SHP2C、SHP3A、SHP3C、SHP4A或SHP4C编码的序列导致5个、4个、3个、2个或1个氨基酸变化的序列编码。


14.一种植物或植物细胞,其包括具有不同于SEQIDNO:1-16中的任一的序列的防碎基因。


15.一种植物或植物细胞,其包括至少两个具有不同于SEQIDNO:1-8中任一的序列的防碎基因。


16.一种植物或植物细胞,其包括至少三个具有不同于SEQIDNO:1-8中的任一的序列的防碎基因。


17.一种植物或植物细胞,其包括至少四个具有不同于SEQIDNO:1-8中的任一的序列的防碎基因。


18.一种植物或植物细胞,其包括至少五个具有不同于SEQIDNO:1-8中的任一的序列的防碎基因。


19.一种植物或植物细胞,其包括至少六个具有不同于SEQIDNO:1-8中的任一的序列的防碎基因。


20.一种植物或植物细胞,其包括至少七个具有不同于SEQIDNO:1-8中的任一的序列的防碎基因。


21.一种植物或植物细胞,其包括至少八个具有不同于SEQIDNO:1-8中的任一的序列的防碎基因。


22.根据前述权利要求中任一项所述的植物,其中所述序列中的所述不同或所述突变是插入或缺失。


23.根据前述权利要求中任一项所述的植物,其中所述序列中的所述不同或所述突变是单个核苷酸变化。


24.根据前述权利要求中任一项所述的植物,其中所述序列中的所述不同或所述突变包括多个核苷酸变化。


25.根据前述权利要求中任一项所述的植物,其中所述序列中的所述不同或所述突变引入提前终止密码子。


26.根据前述权利要求中任一项所述的植物,其中所述序列中的所述不同或所述突变降低植物对收获前开裂的敏感性。


27.根据前述权利要求中任一项所述的植物或植物细胞或方法,其中与相应的野生型全长防碎蛋白质相比,由修饰的或突变的防碎基因表达的蛋白质的活性或表达被降低或消除。


28.根据前述权利要求中任一项所述的植物或植物细胞或方法,其中所述植物或植物细胞不包括任何转基因。


29.一种方法,所述方法包括制造植物中的防碎基因中的突变。


30.一种方法,所述方法包括使细胞与被配置以特异性切刻或切割防碎基因的DNA切割物接触。


31.一种方法,所述方法包括使细胞与被配置以特异性切刻或切割防碎基因的CRISPR、TALEN、锌指或大范围核酸酶接触。


32.一种导致植物细胞中基因变化的方法,所述方法包括使所述细胞暴露于编码防碎基因中的至少一个突变的GRON。


33.一种预防或减少植物中收获前开裂的方法,所述方法包括使所述植物的细胞中的至少一个内源性防碎基因突变。


34.一种用于制造包括SHP基因中的突变的植物或植物细胞的方法,所述方法包括,
(1)将具有SHP基因中的靶向突变的基因修复寡核碱基引入植物细胞中以产生具有突变体SHP基因的植物细胞;和
(2)从所述选择的植物细胞再生具有突变的SHP基因的植物。


35.一种用于制造SHP基因中的突变的方法,所述方法包括将细胞暴露于DNA切割物。


36.一种用于制造SHP基因中的突...

【专利技术属性】
技术研发人员:G·F·W·勾卡尔
申请(专利权)人:希博斯美国有限公司希博斯欧洲有限公司
类型:发明
国别省市:美国;US

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