一种基于环境DNA的过鱼通道效果监测和评估方法技术

本发明专利技术公开了一种基于环境DNA的过鱼通道效果监测和评估方法，包括如下步骤：S1、在过鱼通道的入口、出口和休息池设置3个采样点，采集水样并保存；S2、将采集的水样进行抽滤，然后提取总的环境DNA；S3、以提取的总的环境DNA为模板，利用设计的引物进行PCR扩增16S rDNA序列，获得PCR产物；S4、将PCR产物回收、纯化，进行高通量测序，获得PCR产物序列；S5、建立鱼类16S rDNA序列比对数据库；S6、通过BLAST在NCBI数据库和已构建的数据库查找同源序列，确定鱼类物种信息；S7、统计所获得的鱼类物种信息，完成过鱼通道效果的监测和评估，与其他现有方法相比，无需进行大量的捕捞作业或仪器的操作，采样简单，而且不会对鱼类造成伤害，有利于鱼类的保护。

【技术实现步骤摘要】
一种基于环境DNA的过鱼通道效果监测和评估方法
本专利技术涉及分子生态学
，具体为一种基于环境DNA的过鱼通道效果监测和评估方法。
技术介绍
过鱼通道是供鱼类通过拦河水闸或坝的人工设施，由于水利工程的修建破坏了河流的连通性，阻碍了河流中鱼类的洄游和物质的传输，严重威胁鱼类的生物多样性，为了缓解水利工程造成的负面影响，一般通过在水闸或坝上修建过鱼通道来保护鱼类的自然生活习性，实现上下游鱼类洄游和种群的交流；过鱼通道效果监测和评估的研究起步较晚，对于效果的监测和评估没有统一的标准；虽然相关研究已有报道，但世界范围内数以万计的过鱼通道，绝大多数都未被监测和评估，过鱼通道效果监测和评估通常采用的方法有张网法、堵截法、视频监测、水声学和遥感法等，但这些方法也存在弊端，比如对鱼类造成损伤、消耗时间长、仪器设备使用成本高、不便于操作；环境DNA(environmentalDNA,eDNA)在20世纪80年代就被提出，初期仅应用于微生物研究，是指环境样品中，例如土壤、空气、水体、沉积物等，有机体脱落释放的DNA，随着分子生物学技术的发展，本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于环境DNA的过鱼通道效果监测和评估方法，其特征在于：包括如下步骤：/nS1、在过鱼通道的入口、出口和休息池设置3个采样点，采集水样并保存；/nS2、将采集的水样进行抽滤，然后提取总的环境DNA；/nS3、以提取的总的环境DNA为模板，利用设计的引物进行PCR扩增16S rDNA序列，获得PCR产物；/nS4、将PCR产物回收、纯化，进行高通量测序，获得PCR产物序列；/nS5、建立鱼类16S rDNA序列比对数据库；/nS6、通过BLAST在NCBI数据库和已构建的数据库查找同源序列，确定鱼类物种信息；/nS7、统计所获得的鱼类物种信息，完成过鱼通道效果的监测和评估。/n

【技术特征摘要】
1.一种基于环境DNA的过鱼通道效果监测和评估方法，其特征在于：包括如下步骤：
S1、在过鱼通道的入口、出口和休息池设置3个采样点，采集水样并保存；
S2、将采集的水样进行抽滤，然后提取总的环境DNA；
S3、以提取的总的环境DNA为模板，利用设计的引物进行PCR扩增16SrDNA序列，获得PCR产物；
S4、将PCR产物回收、纯化，进行高通量测序，获得PCR产物序列；
S5、建立鱼类16SrDNA序列比对数据库；
S6、通过BLAST在NCBI数据库和已构建的数据库查找同源序列，确定鱼类物种信息；
S7、统计所获得的鱼类物种信息，完成过鱼通道效果的监测和评估。


2.根据权利要求1所述的一种基于环境DNA的过鱼通道效果监测和评估方法，其特征在于，所述S1中采集水样分别在表层、中层和下层各采集3次水样，每次采集2L水样，样品保存要置于4℃冷藏，并在24h内进行抽滤处理。


3.根据权利要求1所述的一种基于环境DNA的过鱼通道效果监测和评估方法，其特征在于，所述S2中水样抽滤使用的滤膜规格为0.45μm孔径的硝酸纤维素无菌过滤膜，样品抽滤后直接提取DNA或者置于-20℃保存，总的环境DNA的提取采用氯仿萃取法提取或使用DNA提取试剂盒。


4.根据权利要求1所述的一种基于环境DNA的过鱼...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱书礼，李新辉，李捷，李跃飞，陈蔚涛，杨计平，武智，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院珠江水产研究所，
类型：发明
国别省市：广东;44