RNA序列调整制造技术

技术编号:25196087 阅读:52 留言:0更新日期:2020-08-07 21:21
本发明专利技术涉及改变RNA在色谱柱上的保留时间的方法。本发明专利技术还涉及从至少两个RNA种类的混合物中纯化RNA的方法。此外,本发明专利技术涉及从至少两个RNA种类的混合物中共纯化至少两个RNA种类的方法。特别地,本发明专利技术提供了用于协调至少两个RNA种类中A和/或U核苷酸的数目的方法。本发明专利技术还涉及可通过所述方法获得的RNA、包含所述RNA的组合物、或包含所述RNA的疫苗、以及制备这种RNA和组合物的方法。此外,本发明专利技术涉及试剂盒,特别是试剂盒套装,其包含RNA、组合物或疫苗。本发明专利技术还涉及治疗或预防病症或疾病的方法,RNA、组合物和疫苗的第一药用和第二药用。此外,本发明专利技术涉及提供调整的RNA序列或调整的RNA混合物的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】RNA序列调整引言本专利技术涉及改变RNA在色谱柱上的保留时间的方法。本专利技术还涉及从至少两个RNA种类的混合物中纯化RNA的方法。此外,本专利技术涉及从至少两个RNA种类的混合物中共纯化至少两个RNA种类的方法。特别地,本专利技术提供了一种用于协调至少两个RNA种类中的A和/或U核苷酸的数目的方法。本专利技术还涉及通过所述方法可获得的RNA,包含所述RNA的组合物或包含所述RNA的疫苗以及用于产生这种RNA和组合物的方法。此外,本专利技术涉及试剂盒,特别是试剂盒套装,其包含RNA、组合物或疫苗。本专利技术还涉及一种治疗或预防病症或疾病的方法,RNA、组合物和疫苗的第一药用和第二药用。此外,本专利技术涉及提供调整的RNA序列或调整的RNA混合物的方法。基于核糖核酸(RNA)的疗法可用于免疫疗法、基因疗法和基因疫苗接种。它们可以为多种疾病的治疗提供高度特异性和个性化的治疗选择。对于某些医学治疗和应用,期望施用包含不同RNA分子种类的RNA混合物。基于RNA混合物的此类治疗的实例包括施用提供针对病原体的几种血清型(例如,来自甲型和乙型流感病毒的多种血清型的血凝素(HA))的保护的多价RNA混合物;施用提供一种病原体的不同抗原(例如流感的不同抗原,例如HA、核蛋白(NP)、神经氨酸酶(NA)等)的RNA混合物;施用提供针对癌症抗原的几种同种型或变体的保护(例如前列腺癌中的前列腺特异性抗原(PSA))的RNA混合物;施用提供抗原的不同表位的RNA混合物;施用含有癌症特异性和/或患者特异性癌症抗原(表达的抗原或突变的抗原)的RNA混合物;施用编码各种抗体(例如,靶向一种或多于一种蛋白质的不同表位的抗体)的RNA混合物,或任何其他具有治疗活性的RNA混合物(例如,编码用于分子疗法的酶的不同同工型,编码用于治疗其中必须补充几种蛋白质的适应症的不同治疗性蛋白质)。通过建立经监管机构批准的RNA制造方法,实现了基于RNA的治疗领域的重要一步,如WO2016/180430A1中所述,对DNA水平和RNA水平实施了各种质量控制。所述方法的关键要素是经由RP-HPLC的RNA产物的制备性纯化(如WO2008/077592A1中所述)。然而,到目前为止,RNA制备方法仅适合一次制备一种单一的特定RNA分子,例如编码一种特异性治疗靶标的RNA分子。每个RNA分子种类都必须用单独的制备方法制备。为了制备包含不同RNA分子种类的RNA混合物,必须进行单独的制备过程,并且必须将单独生产制备的RNA分子种类混合以产生RNA混合物。因此,常规制备包含几种RNA分子种类(例如,编码不同抗原,例如流感病毒抗原的RNA)的RNA混合物(例如多价疫苗)是费力、昂贵且耗时的,因为需要多次运行DNA模板产生、RNA产生和RNA产物的HPLC纯化。除了经济原因外,特别是在大流行情况下,加速RNA混合物(例如多价RNA疫苗)的制备可能是非常有利的,并且对公共卫生至关重要。因此,理想的是同时制备和纯化RNA混合物,理想的是只用一个制备和纯化方法。RNA混合物的同时制备、纯化和分析对于多价/多功能疫苗,特别是多价/多功能流感RNA疫苗的制造特别重要。有利的是,这种多价/多功能流感RNA疫苗的制备应允许快速交换(一种或多于一种)抗原(例如,疫苗的季节性调整;大流行情况),而无需改变关键制备方法的条件(例如,纯化、分析等)。最近,如WO20171090134中所述,已经开发了在一种制备过程中同时制备不同RNA分子种类的程序,旨在经济化和加速制备基于RNA混合物的治疗剂。同时制备不同的RNA分子种类,例如WO20171090134中所描述的,将节省基于RNA混合物的治疗剂的制备中的时间、人工成本、生产成本和生产能力(例如空间、设备)。然而,存在与使用RP-HPLC来同时制备纯化所获得的RNA混合物(在本文中也称为“共纯化”)有关的严重问题。RNA混合物中的不同RNA分子种类通常在不同的时间点洗脱(由于HPLC中保留时间不同),这使得在大多数情况下通过HPLC进行共纯化在技术上是不可能的(如图1A和图1B所示)。例如,仅在以下情况下才可以通过HPLC进行共纯化,其中RNA混合物中包含的所有不同RNA分子种类在基本上相同的时间点洗脱,使得不同RNA产物峰重叠,从而有助于分离纯净的全长RNA产物混合物(峰部分)以及与杂质分离(如图1C和图1D所示)。因此,用本领域已知的现有方法纯化RNA混合物,例如包含多个RNA种类的基于RNA的治疗剂(例如,多价RNA疫苗)是不可行的。特别地,在RNA混合物中共纯化单个RNA种类是不可行的。然而,例如在开发能够适应抗原组成的季节性变化的多价/多功能流感RNA疫苗平台的背景下,这样的共纯化是非常需要的。在这种情况下,需要快速交换抗原(例如流感血凝素(HA)和/或神经氨酸酶(NA))。由于编码不同抗原的不同种类的RNA分子通常会在不同的时间点洗脱,因此本领域中可用的方法不允许从RNA混合物中共纯化不同的RNA种类,特别是通过HPLC。出于相似的原因,当使用现有技术时,同时进行基于RNA混合物或(多价)疫苗的HPLC质量控制(以一种制备方法制备或单独制备并混合)也是不可行的。为了分析包含RNA混合物的治疗剂,需要根据存在、完整性、比率和数量(质量控制参数)表征药物产品的不同组分(即不同的RNA分子种类)。这样的质量控制可以在RNA混合物的制备过程期间或之后进行,和/或作为间歇释放质量控制。但是,如上所述,RNA混合物中不同种类的RNA分子通常会在不同的时间点洗脱,这严重阻碍了通过HPLC同时评估单个RNA分子种类/或整个RNA混合物的质量/完整性(“共分析”)(如图1A和图1B所示)。仅在可以清楚地区分每个RNA分子种类的峰面积(同时确定每个RNA分子种类的RNA质量;见图1E)的情况下和/或在RNA混合物中不同的RNA种类在基本上相同的时间点洗脱,从而使得基本完全覆盖HPLC峰(确定整个RNA混合物的RNA质量;请参见图1C和图1D)的情况下,才有可能通过HPLC可靠地确定RNA混合物的完整性。因此,用本领域提供的现有方法分析RNA混合物,例如包含多个RNA种类的RNA治疗剂(例如,多价流感RNA疫苗)也是不可行的。特别地,不可能对RNA混合物中的RNA种类进行共分析。例如,共分析,如通过HPLC进行的共分析不适用于需要快速交换抗原的多价RNA疫苗平台(例如季节性疫苗,例如流感疫苗),因为不同种类的RNA分子各自编码不同的抗原(例如流感HA和/或NA)在不同的时间点洗脱,通常导致HPLC峰部分重叠。总之,上述技术难题严重阻碍了RNA混合物的(共)纯化和(共)分析。特别是,代表一般RNA纯化和分析、特别是GMP级RNA纯化和分析关键要素的RP-HPLC,不能用于RNA混合物中单个RNA种类的(共)纯化和(共)分析。此外,必须解决所描述的问题以促进开发用于制备可快速调节的RNA疫苗例如RNA流感疫苗的多价/多功能RNA制备方法。综上所述,仍然需要满足能够对RNA混合物进行纯化和/或分析的系统的需求。因此,本专利技术的目的是提供一种用于纯化和/本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种改变RNA在色谱柱上的保留时间的方法,/n其中所述方法包括通过相对于原始RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目改变RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目来调整RNA序列的步骤。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171108 EP PCT/EP2017/0786471.一种改变RNA在色谱柱上的保留时间的方法,
其中所述方法包括通过相对于原始RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目改变RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目来调整RNA序列的步骤。


2.根据权利要求1所述的方法,其中所述方法包括确定原始RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目的步骤,和增加或减少A核苷酸和/或U核苷酸的数目以获得调整的RNA序列的步骤。


3.根据权利要求1或2所述的方法,其中所述方法包括用A核苷酸和/或U核苷酸替换原始RNA序列中的G核苷酸和/或C核苷酸的步骤。


4.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述方法包括用G核苷酸和/或C核苷酸替换原始RNA序列中的A核苷酸和/或U核苷酸的步骤。


5.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述方法包括将另外的核苷酸,优选G核苷酸和/或C核苷酸,更优选A核苷酸和/或U核苷酸引入原始RNA序列的非编码区的步骤。


6.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述RNA包含编码区,并且其中RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目在编码区内被改变。


7.根据权利要求6所述的方法,其中相对于由原始RNA序列的编码区编码的氨基酸序列,由调整的RNA序列的编码区编码的氨基酸序列不改变。


8.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中通过相对于原始RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目,将A核苷酸和/或U核苷酸的数目增加至少2个,优选增加至少3个,更优选增加至少4个,甚至更优选增加至少5个,最优选增加至少10个,来增加调整的RNA的保留时间。


9.根据权利要求1至7中任一项所述的方法,其中通过相对于原始RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目,将A核苷酸和/或U核苷酸的数目减少至少2个,优选减少至少3个,更优选减少至少4个,甚至更优选减少至少5个,最优选减少至少10个,来减少调整的RNA的保留时间。


10.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述色谱柱是HPLC柱。


11.根据权利要求10所述的方法,其中所述色谱柱包含反相作为固定相。


12.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述色谱柱包含选自聚苯乙烯、非烷基化聚苯乙烯、烷基化聚苯乙烯、聚苯乙烯二乙烯基苯、非烷基化聚苯乙烯二乙烯基苯、烷基化聚苯乙烯二乙烯基苯、硅胶、经非极性残基改性的硅胶、经选自含丁基、辛基和/或十八烷基的残基的含烷基残基改性的硅胶、经苯基残基改性的硅胶、或聚甲基丙烯酸酯的材料,优选多孔材料。


13.根据前述权利要求中任一项所述的方法,其中所述色谱柱是由珠形成的柱或整体柱。


14.一种从至少两个RNA种类的混合物中纯化至少一个RNA种类的方法,其中所述方法包括:
a)通过相对于原始序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目改变A核苷酸和/或U核苷酸的数目来调整至少一个RNA种类的序列的步骤;和
b)色谱步骤,其中调整的RNA种类与至少一个其他RNA种类分开。


15.根据权利要求14所述的方法,其中步骤a)包括如权利要求1至13中任一项所限定的改变RNA在色谱柱上的保留时间。


16.根据权利要求14或15所述的方法,其中所述调整的RNA种类中A核苷酸和/或U核苷酸的数目与所述至少一个其他RNA种类中A核苷酸和/或U核苷酸的数目相差至少2个,优选至少3个,更优选至少4个,甚至更优选至少5个,最优选至少10个。


17.根据权利要求14至16中任一项所述的方法,其中所述调整的RNA种类中A核苷酸和/或U核苷酸的数目与所述至少一个其他RNA种类中A核苷酸和/或U核苷酸的数目相差至少20个,优选至少30个,更优选至少40个,甚至更优选至少50个,最优选至少60个。


18.根据权利要求14至17中任一项所述的方法,其还包括确定至少一个RNA种类的同一性和/或完整性的步骤。


19.一种从包含至少两个RNA种类的混合物中共纯化至少两个RNA种类的方法,其中所述方法包括:
a)通过相对于原始RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目改变RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目来调整至少一个RNA种类的序列的步骤;和
b)色谱步骤,其中具有调整的序列的至少一个RNA种类和至少一个其他RNA种类被共纯化。


20.根据权利要求19所述的方法,其中步骤a)包括确定待共纯化的至少两个RNA种类中A核苷酸和/或U核苷酸的数目被调整至的A核苷酸和/或U核苷酸的目标数目。


21.根据权利要求19或20所述的方法,其中待共纯化的至少两个RNA种类的各自序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目相差不大于20个,更优选不大于30个,甚至更优选不大于40个,最优选不大于50个。


22.根据权利要求19至21中任一项所述的方法,其中待共纯化的至少两个RNA种类的各自序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目相差不大于2个,优选不大于3个,更优选不大于4个,甚至更优选不大于5个,最优选不大于10个。


23.根据权利要求18至22中任一项所述的方法,其中待共纯化的至少两个RNA种类在相同的级分中洗脱。


24.一种用于协调至少两个RNA种类的序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目的方法,所述方法包括通过相对于原始RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目改变RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目来调整至少一个RNA种类的序列。


25.根据权利要求24所述的方法,其还包括权利要求1至23中限定的特征中的任一个。


26.根据权利要求24或25所述的方法,其中至少两个协调的RNA种类的每一个的序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目彼此相差不大于20个,更优选不大于30个,甚至更优选不大于40个,最优选不大于50个。


27.根据权利要求24至26中任一项所述的方法,其中至少两个协调的RNA种类的序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目彼此相差不大于2个,优选不大于3个,更优选不大于4个,甚至更优选不大于5个,最优选不大于10个。


28.根据权利要求24至27中任一项所述的方法,其中所述方法包括通过相对于原始RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目改变RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目来调整至少两个RNA种类的序列。


29.一种合成包含至少两个协调的RNA种类的混合物的方法,所述方法包括
a)包括协调至少两个RNA种类的序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目的步骤,其中通过相对于原始RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目改变RNA序列中A核苷酸和/或U核苷酸的数目来调整至少一个RNA种类的序列;和
b)合成至少两个协调的RNA种类的步骤。


30.根据权利要求29所述的方法,其中步骤b)包括单独合成至少两个协调的RNA种类。


31.根据权利要求30所述的方法,其中步骤b)包括将至少两个协调的RNA种类混合。


32.根据权利要求29所述的方法,其中步骤b)包括在一个批次中合成至少两个协调的RNA种类。


33.根据权利要求29至32中任一项所述的方法,其中步骤b)包括体外转录步骤。


34.根据权利要求29至33中任一项所述的方法,其特征还在于权利要求1至28中任一项限定的特征中的任一个。


35.根据权利要求1至13、14至18、19至23、24至28、或29至34中任一项所述的方法,其中至少一种RNA或至少一个RNA种类包含至少30个核苷酸、优选至少50个核苷酸、更优选至少100个核苷酸、甚至更优选至少200个核苷酸、最优选至少500个核苷酸。


36.根据权利要求1至13、14至18、19至23、24至28、29至34或35中任一项所述的方法,其中至少一种RNA或至少一个RNA种类是单顺反子、双顺反子或多顺反子。


37.根据权利要求1至13、14至18、19至23、24至28、29至34、35或36中任一项所述的方法,其中至少一种RNA或至少一个RNA种类是编码RNA,优选为mRNA。


38.根据权利要求1至13、14至18、19至23、24至28、29至34、或35至37中任一项所述的方法,其中至少一种RNA或至少一个RNA种类包含5’-帽结...

【专利技术属性】
技术研发人员:斯蒂芬·海因茨蒂尔蔓·鲁斯多米尼克·瓦伦霍斯特马库斯·康策尔曼
申请(专利权)人:库瑞瓦格股份公司
类型:发明
国别省市:德国;DE

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