通过细菌宏基因组分析来诊断头颈癌的方法技术

本发明专利技术涉及通过细菌宏基因组分析诊断头颈癌的方法，并且更具体地涉及通过使用来源于正常个人和受试者的样品执行细菌宏基因组分析经由分析来源于特定细菌的细胞外囊泡的含量的增加或减少来诊断头颈癌的方法。从环境中存在的细菌分泌的细胞外囊泡引起局部慢性炎症或吸收到人体中，因此可直接影响癌症的发生，且难以在其症状发作前及早诊断出头颈癌，因此难以有效治疗。因此，根据本发明专利技术，可通过使用来源于人体的样品对来源于细菌的细胞外囊泡进行宏基因组分析诊断头颈癌的风险，且因此使得能够及早诊断并预测头颈癌的风险群，从而通过适当治疗延迟头颈癌发作或预防头颈癌发作，并且甚至在头颈癌发作后能够实施对头颈癌的早期诊断，从而降低头颈癌的发生率并提高治疗效果。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】通过细菌宏基因组分析来诊断头颈癌的方法
本专利技术涉及通过细菌宏基因组分析诊断头颈癌的方法，更具体地，涉及通过使用来源于正常个体的样品和来源于受试者的样品进行细菌宏基因组分析以分析来源于特定细菌的细胞外囊泡的含量的增加或减少来诊断头颈癌的方法等。
技术介绍
头颈部是指从大脑到上胸部的部分，并且包括口腔、喉、咽、鼻腔等，并且在这些器官中发生的癌症称为头颈癌。其中，口腔癌是发生在口腔中的癌症，其主要起源于构成口腔周围粘膜的鳞状细胞。作为口腔癌的危险因素，吸烟、口腔清洁卫生、持续的慢性刺激等是已知的。咽癌是发生在咽粘膜中的恶性肿瘤，并且吸烟、饮酒、病毒感染等是已知的危险因素。根据韩国中央癌症登记处(KoreaCentralCancerRegistry)公布的数据，除甲状腺癌外，每年头颈癌患者的数量为3,000，其发生频率在癌症中排名第八。头颈癌的诊断是通过在怀疑患有癌症时从肿瘤中切除组织进行活检来确定的。另外，为了确定癌症的程度，进行了诸如计算机断层摄影、磁共振成像检查和正电子发射断层摄影之类的测试。同时，众所周知，在人体内共生的微生物数量为本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种提供用于诊断头颈癌的信息的方法，该方法包括：/n(a)从分离自正常个体的样品和受试者的样品的细胞外囊泡中提取DNA；/n(b)使用包含SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2的成对的引物对所述提取的DNA进行聚合酶链式反应(PCR)；以及/n(c)通过对所述PCR的产物进行测序，与来源于正常个体的样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量比较并确定来源于所述受试者样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171018 KR 10-2017-0135467;20180425 KR 10-2018-001.一种提供用于诊断头颈癌的信息的方法，该方法包括：
(a)从分离自正常个体的样品和受试者的样品的细胞外囊泡中提取DNA；
(b)使用包含SEQIDNO：1和SEQIDNO：2的成对的引物对所述提取的DNA进行聚合酶链式反应(PCR)；以及
(c)通过对所述PCR的产物进行测序，与来源于正常个体的样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量比较并确定来源于所述受试者样品的来源于细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。


2.根据权利要求1所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：
来源于选自由蓝细菌门(Cyanobacteria)和梭杆菌门(Fusobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。


3.根据权利要求1所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：
来源于选自由盐细菌纲(Halobacteria)、叶绿体纲(Chloroplast)、梭杆菌纲(Fusobacteriia)和ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。


4.根据权利要求1所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：
来源于选自由嗜盐杆菌目(Halobacteriales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、木霉菌目(Streptophyta)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、梭杆菌目(Fusobacteriales)和弯曲菌目(Campylobacterale)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。


5.根据权利要求1所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：
来源于选自由假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、盐杆菌科(Halobacteriaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、盐单胞菌科(Halomonadaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)和弯曲菌科(Campylobacteraceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。


6.根据权利要求1所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：
来源于选自由贪铜菌属(Cupriavidus)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、水栖菌属(Enhydrobacter)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、梭杆菌属(Fusobacterium)、放线菌属(Actinomyces)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、巨球形菌属(Megasphaera)、弯曲杆菌属(Campylobacter)和奥里杆菌属(Oribacterium)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。


7.根据权利要求1所述的方法，其中，所述正常个体的样品和受试者的样品是唾液。


8.根据权利要求1所述的方法，其中过程(c)包括比较并确定：
来源于选自由蓝细菌门(Cyanobacteria)和梭杆菌门(Fusobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；
来源于选自由盐细菌纲(Halobacteria)、叶绿体纲(Chloroplast)、梭杆菌纲(Fusobacteriia)和ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；
来源于选自由嗜盐杆菌目(Halobacteriales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、木霉菌目(Streptophyta)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、梭杆菌目(Fusobacteriales)和弯曲菌目(Campylobacterale)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；
来源于选自由假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、盐杆菌科(Halobacteriaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、盐单胞菌科(Halomonadaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)和弯曲菌科(Campylobacteraceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少；或者
来源于选自由贪铜菌属(Cupriavidus)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、水栖菌属(Enhydrobacter)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、梭杆菌属(Fusobacterium)、放线菌属(Actinomyces)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、巨球形菌属(Megasphaera)、弯曲杆菌属(Campylobacter)和奥里杆菌属(Oribacterium)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡的含量增加或减少。


9.根据权利要求8所述的方法，其中在过程(c)中，与来源于正常个体的样品相比，将下述的细胞外囊泡的含量增加诊断为头颈癌：
来源于梭杆菌门(Fusobacteria)的细菌的细胞外囊泡；
来源于选自由梭杆菌纲(Fusobacteriia)和ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；
来源于选自由梭杆菌目(Fusobacteriales)和弯曲菌目(Campylobacterale)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；
来源于选自由假单胞菌科乳杆菌科(Lactobacillaceae)、帕拉普氏菌科(Paraprevotellaceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)和弯曲菌科(Campylobacteraceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；或者
来源于选自由乳酸杆菌属(Lactobacillus)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、梭杆菌属(Fusobacterium)、放线菌属(Actinomyces)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、巨球形菌属(Megasphaera)、弯曲杆菌属(Campylobacter)和奥里杆菌属(Oribacterium)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡。


10.根据权利要求8所述的方法，其中在过程(c)中，与来源于正常个体的样品相比，将下述的细胞外囊泡的含量减少诊断为头颈癌：
来源于蓝细菌门(Cyanobacteria)的细菌的细胞外囊泡；
来源于选自由盐细菌纲(Halobacteria)和叶绿体纲(Chloroplast)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；
来源于选自由嗜盐杆菌目(Halobacteriales)、双歧杆菌目(Bifidobacteriales)、木霉菌目(Streptophyta)、假单胞菌目(Pseudomonadales)和海洋螺菌目(Oceanospirillales)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；
来源于选自由假单胞菌科(Pseudomonadaceae)、盐杆菌科(Halobacteriaceae)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、盐单胞菌科(Halomonadaceae)和丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)组成的群组中的一种或多种细菌的细胞外囊泡；或者
来源于选自由贪铜菌属(Cupriavidus)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)和水...

【专利技术属性】
技术研发人员：金润根，
申请(专利权)人：MD保健株式会社，
类型：发明
国别省市：韩国;KR