【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于筛选和鉴定剪接调节剂的方法和组合物交叉引用本申请要求2017年09月25日提交的美国临时专利申请号62/562,941的优先权，其全部内容通过引用并入本文。
技术介绍
蛋白质-核酸相互作用涉及很多细胞功能，包括转录、RNA剪接、mRNA降解和mRNA翻译。能够以高亲和性与单链或双链核酸的特定序列和结构组分结合的易于获得的合成分子具有以可控方式干扰这些相互作用的潜力，这使其成为用于分子生物学和医学的有吸引力的工具。人类转录组由庞大的RNA群体构成，该RNA群体通过剪接进一步多样化。全基因组研究表明，人类中有90％的基因是可变剪接的，这使得剪接是蛋白质组学多样性的主要驱动因素，因此决定了细胞功能。毋庸置疑的是，考虑到其程度，已经描述了与包括癌症在内的几种疾病相关的很多剪接异构体(spliceisoform)。有趣的是，参与癌症的很多这些剪接异构体均来源于相同基因，并且具有拮抗的功能，例如，促血管生成和抗血管生成，或者促凋亡和抗凋亡(以其翻译的蛋白形式)。因此，剪接可特别地驱动将细胞从非癌性转变为癌性的关键调控过程。此外，已...
【技术保护点】
1.一种方法，其包括：/n(a)提供包含靶多核苷酸的多核苷酸样品；/n(b)将所述靶多核苷酸与第一结合剂、第二结合剂或两者接触；/n其中所述靶多核苷酸和所述第一结合剂形成第一复合物，/n其中所述第二结合剂和所述第一复合物形成第二复合物；和/n(c)使用NMR装置获得所述第一复合物、所述第二复合物或两者的核磁共振(NMR)光谱。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170925 US 62/562,9411.一种方法，其包括：
(a)提供包含靶多核苷酸的多核苷酸样品；
(b)将所述靶多核苷酸与第一结合剂、第二结合剂或两者接触；
其中所述靶多核苷酸和所述第一结合剂形成第一复合物，
其中所述第二结合剂和所述第一复合物形成第二复合物；和
(c)使用NMR装置获得所述第一复合物、所述第二复合物或两者的核磁共振(NMR)光谱。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶多核苷酸是靶核糖核酸(RNA)。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述靶RNA是前体信使RNA(pre-mRNA)或其一部分。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸含有剪接位点或其一部分。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述剪接位点是5’剪接位点、隐式5’剪接位点、3’剪接位点、或隐式3’剪接位点、或其任何组合。
6.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含分支点(BP)、外显子剪接增强子(ESE)、外显子剪接沉默子(ESS)、内含子剪接增强子(ISE)、内含子剪接沉默子(ISS)、或多嘧啶序列、或其任何组合。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含至少一个内含子或其片段。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含至少一个外显子或其片段。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含至少一个外显子-内含子边界。
10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸的长度为至少8个核苷酸。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸的长度为至少25个核苷酸。
12.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸的长度为至多1000个核苷酸。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸的长度为100至200个核苷酸。
14.根据权利要求1-13中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸不包含或包含用包含2H、13C、15N、19F和31P的一个或多个原子标记进行同位素标记的至少一个核苷酸。
15.根据权利要求1-14中任一项所述的方法，其中所述第一结合剂包含第一多核苷酸、第一多肽或其组合。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述第一多核苷酸是第一RNA。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述第一RNA是小核RNA(snRNA)或其一部分。
18.根据权利要求17所述的方法，其中所述snRNA是U1snRNA、U2snRNA、U4snRNA、U5snRNA、U6snRNA、U11snRNA、U12snRNA、U4atacsnRNA、U5snRNA、U6atacsnRNA；或其一部分。
19.根据权利要求15-18中任一项所述的方法，其中所述第一多肽是核糖核蛋白的蛋白组分或其一部分。
20.根据权利要求19所述的方法，其中所述核糖核蛋白是小核核糖核蛋白(snRNP)或其一部分。
21.根据权利要求20所述的方法，其中所述snRNP是U1snRNP、U2snRNP、U4snRNP、U5snRNP、U6snRNP、U11snRNP、U12snRNP、U4atacsnRNP、U5snRNP、U6atacsnRNP；或其一部分。
22.根据权利要求15-18中任一项所述的方法，其中所述第一多肽是选自下述的蛋白或其一部分：9G8、A1hnRNP、A2hnRNP、ASD-1、ASD-2b、ASF、B1hnRNP、C1hnRNP、C2hnRNAP、CBP20、CBP80、CELF、FhnRNP、FBP11、Fox-1、Fox-2、GhnRNP、HhnRNP、hnRNP1、hnRNP3、hnRNPC、hnRNPG、hnRNPK、hnRNPM、hnRNPU、Hu、HUR、IhnRNP、KhnRNP、KH-型剪接调控蛋白(KSRP)、LhnRNP、MhnRNP、mBBP、盲肌样(MBNL)蛋白、NF45、NFAR、Nova-1、Nova-2、nPTB、P54/SFRS11、多嘧啶序列结合蛋白(PTB)、PRP19复合蛋白、RhnRNP、RNPC1、SAM68、SC35、SF、SF1/BBP、SF2、SF3A、SF3B、SFRS10、Sm蛋白、SR蛋白、SRm300、SRp20、SRp30c、SRP35C、SRP36、SRP38、SRp40、SRp55、SRp75、SRSF、STAR、GSG、SUP-12、TASR-1、TASR-2、TIA、TIAR、TRA2、TRA2a/b、UhnRNP、U1snRNP、U11snRNP、U12snRNP、U1-C、U2snRNP、U2AF1-RS2、U2AF35、U2AF65、U4snRNP、U5snRNP、U6snRNP、Urp、YB1或其任何组合。
23.根据权利要求1-22中任一项所述的方法，其中所述第二结合剂是小分子。
24.根据权利要求1-14中任一项所述的方法，其中所述第一结合剂包含小分子。
25.根据权利要求1-14和24中任一项所述的方法，其中所述第二结合剂包含第二多核苷酸、第二多肽或其组合。
26.根据权利要求25所述的方法，其中所述第二多核苷酸是第二RNA。
27.根据权利要求26所述的方法，其中所述第二RNA是小核RNA(snRNA)或其一部分。
28.根据权利要求27所述的方法，其中所述snRNA是U1snRNA、U2snRNA、U4snRNA、U5snRNA、U6snRNA、U11snRNA、U12snRNA、U4atacsnRNA、U5snRNA、U6atacsnRNA；或其一部分。
29.根据权利要求25-28中任一项所述的方法，其中所述第二多肽是核糖核蛋白的蛋白组分或其一部分。
30.根据权利要求29所述的方法，其中所述核糖核蛋白是小核核糖核蛋白(snRNP)或其一部分。
31.根据权利要求30所述的方法，其中所述snRNP是U1snRNP、U2snRNP、U4snRNP、U5snRNP、U6snRNP、U11snRNP、U12snRNP、U4atacsnRNP、U5snRNP、U6atacsnRNP或其一部分。
32.根据权利要求25-28中任一项所述的方法，其中所述第二多肽是选自下述的蛋白或其一部分：9G8、A1hnRNP、A2hnRNP、ASD-1、ASD-2b、ASF、B1hnRNP、C1hnRNP、C2hnRNAP、CBP20、CBP80、CELF、FhnRNP、FBP11、Fox-1、Fox-2、GhnRNP、HhnRNP、hnRNP1、hnRNP3、hnRNPC、hnRNPG、hnRNPK、hnRNPM、hnRNPU、Hu、HUR、IhnRNP、KhnRNP、KH-型剪接调控蛋白(KSRP)、LhnRNP、MhnRNP、mBBP、盲肌样(MBNL)蛋白、NF45、NFAR、Nova-1、Nova-2、nPTB、P54/SFRS11、多嘧啶序列结合蛋白(PTB)、PRP19复合蛋白、RhnRNP、RNPC1、SAM68、SC35、SF、SF1/BBP、SF2、SF3A、SF3B、SFRS10、Sm蛋白、SR蛋白、SRm300、SRp20、SRp30c、SRP35C、SRP36、SRP38、SRp40、SRp55、SRp75、SRSF、STAR、GSG、SUP-12、TASR-1、TASR-2、TIA、TIAR、TRA2、TRA2a/b、UhnRNP、U1snRNP、U11snRNP、U12snRNP、U1-C、U2snRNP、U2AF1-RS2、U2AF35、U2AF65、U4snRNP、U5snRNP、U6snRNP、Urp、YB1或其任何组合。
33.根据权利要求1-32中任一项所述的方法，其中所述第一复合物包含结合口袋。
34.根据权利要求33所述的方法，其中所述结合口袋包含突出、或突变、或茎环、或其任何组合。
35.根据权利要求33所述的方法，其中所述结合口袋不包含突出、突变或茎环。
36.根据权利要求34所述的方法，其中所述突出或所述突变导致在所述第一多核苷酸中的3维结构改变。
37.根据权利要求33-36中任一项所述的方法，其中所述第二结合剂结合至所述结合口袋。
38.根据权利要求1-37中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含由选自下述的基因或其基因变体编码的序列：ABCA4、ABCB4、ABCD1、ACADSB、ADA、ADAMTS13、AGL、ALB、ALDH3A2、ALG6、APC、APOB、AR、ATM、ATP7A、ATR、B2M、BMP2K、BRCA1、BRCA2、BTK、C3、CAT、CD46、CDH1、CDH23、CFTR、CHM、COL11A1、COL11A2、COL1A1、COL1A2、COL2A1、COL3A1、COL4A5、COL6A1、COL6A3、COL7A1、COL9A2、COLQ、CUL4B、CYBB、CYP17、CYP19、CYP27、CYP27A1、DES、DMD、DYSF、EGFR、EMD、ETV4、F13A1、F5、F7、F8、FAH、FANCA、FANCC、FANCG、FBN1、FECH、FGA、FGFR2、FGG、FIX、FLNA、FOXM1、FRAS1、GALC、GH1、GHV、HADHA、HBA2、HBB、HEXA、HEXB、HLCS、HMBS、HMGCL、HNF1A、HPRT1、HPRT2、HSF4、HSPG2、HTT、IDS、IKBKAP、INSR、ITGB2、ITGB3、JAG1、KRAS、KRT5、L1CAM、LAMA3、LDLR、LMNA、LPL、MADD、MAPT、MLH1、MSH2、MST1R、MTHFR、MUT、MVK、NF1、NF2、OAT、OPA1、OTC、PAH、PBGD、PCCA、PDH1、PGK1、PHEX、PKD2、PKLR、PLEKHM1、PLKR、POMT2、PRDM1、PRKAR1A、PROC、PSEN1、PTCH1、PTEN、PYGM、RP6KA3、RPGR、RSK2、SBCAD、SCN5A、SERPINA1、SLC12A3、SLC6A8、SMN2、SPINK5、SPTA1、TP53、TRAPPC2、TSC1、TSC2、TSHB、UGT1A1和USH2A。
39.根据权利要求1-38中任一项所述的方法，其中第一NMR光谱是针对所述第一复合物获得的，和第二NMR光谱是针对所述第二复合物获得的。
40.根据权利要求39所述的方法，其中所述方法还包括比较所述第一NMR光谱和所述第二NMR光谱。
41.根据权利要求40所述的方法，其中所述方法还包括基于所述第一NMR光谱和所述第二NMR光谱的比较选择第二结合剂。
42.根据权利要求39-41中任一项所述的方法，其还包括确定所述第一NMR光谱和所述第二NMR光谱的化学位移。
43.一种方法，其包括：
(a)提供包含靶多核苷酸的多核苷酸样品，其中所述靶多核苷酸包含剪接位点、分支点(BP)、外显子剪接增强子(ESE)、外显子剪接沉默子(ESS)、内含子剪接增强子(ISE)、内含子剪接沉默子(ISS)、或多嘧啶序列、或其任何组合；
(b)将所述靶多核苷酸与第一结合剂接触；和
(c)使用NMR装置获得所述多核苷酸样品的第一NMR光谱。
44.根据权利要求43所述的方法，其中所述靶多核苷酸是靶RNA。
45.根据权利要求43或44所述的方法，其中所述靶多核苷酸是pre-mRNA或其一部分。
46.根据权利要求43-45中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含至少一个外显子或其片段。
47.根据权利要求43-46中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含至少一个内含子或其片段。
48.根据权利要求43-47中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含外显子-内含子边界。
49.根据权利要求43-48中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含剪接位点。
50.根据权利要求43-49中任一项所述的方法，其中所述剪接位点是5’剪接位点、隐式5’剪接位点、3’剪接位点、或隐式3’剪接位点、或其一部分。
51.根据权利要求43-50中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸的长度为至少8个核苷酸。
52.根据权利要求43-51中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸的长度为至少25个核苷酸。
53.根据权利要求43-52中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸的长度为至多1000个核苷酸。
54.根据权利要求43-53中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸不包含或包含用包含2H、13C、15N、19F和31P的一个或多个原子标记进行同位素标记的至少一个核苷酸。
55.根据权利要求43-54中任一项所述的方法，其中所述第一结合剂包含第一多核苷酸、第一多肽或其组合。
56.根据权利要求55所述的方法，其中所述第一多核苷酸是第一RNA。
57.根据权利要求56所述的方法，其中所述第一RNA是小核RNA(snRNA)或其一部分。
58.根据权利要求57所述的方法，其中所述snRNA是U1snRNA、U2snRNA、U4snRNA、U5snRNA、U6snRNA、U11snRNA、U12snRNA、U4atacsnRNA、U5snRNA、U6atacsnRNA；或其一部分。
59.根据权利要求55-58中任一项所述的方法，其中所述第一多肽是核糖核蛋白的蛋白组分或其一部分。
60.根据权利要求59所述的方法，其中所述核糖核蛋白是小核核糖核蛋白(snRNP)或其一部分。
61.根据权利要求60所述的方法，其中所述snRNP是U1snRNP、U2snRNP、U4snRNP、U5snRNP、U6snRNP、U11snRNP、U12snRNP、U4atacsnRNP、U5snRNP、U6atacsnRNP或其一部分。
62.根据权利要求55-58中任一项所述的方法，其中所述第一多肽是选自下述的蛋白或其一部分：9G8、A1hnRNP、A2hnRNP、ASD-1、ASD-2b、ASF、B1hnRNP、C1hnRNP、C2hnRNAP、CBP20、CBP80、CELF、FhnRNP、FBP11、Fox-1、Fox-2、GhnRNP、HhnRNP、hnRNP1、hnRNP3、hnRNPC、hnRNPG、hnRNPK、hnRNPM、hnRNPU、Hu、HUR、IhnRNP、KhnRNP、KH-型剪接调控蛋白(KSRP)、LhnRNP、MhnRNP、mBBP、盲肌样(MBNL)蛋白、NF45、NFAR、Nova-1、Nova-2、nPTB、P54/SFRS11、多嘧啶序列结合蛋白(PTB)、PRP19复合蛋白、RhnRNP、RNPC1、SAM68、SC35、SF、SF1/BBP、SF2、SF3A、SF3B、SFRS10、Sm蛋白、SR蛋白、SRm300、SRp20、SRp30c、SRP35C、SRP36、SRP38、SRp40、SRp55、SRp75、SRSF、STAR、GSG、SUP-12、TASR-1、TASR-2、TIA、TIAR、TRA2、TRA2a/b、UhnRNP、U1snRNP、U11snRNP、U12snRNP、U1-C、U2snRNP、U2AF1-RS2、U2AF35、U2AF65、U4snRNP、U5snRNP、U6snRNP、Urp、YB1或其任何组合。
63.根据权利要求43-62中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸和所述第一结合剂形成第一复合物。
64.根据权利要求63所述的方法，其中所述第一复合物包含结合口袋。
65.根据权利要求64所述的方法，其中所述结合口袋包含突出、或突变、或茎环、或其任何组合。
66.根据权利要求64所述的方法，其中所述结合口袋不包含突出、突变或茎环。
67.根据权利要求65所述的方法，其中所述突出或所述突变导致在所述第一多核苷酸中的3维结构改变。
68.根据权利要求63-67中任一项所述的方法，其中所述方法还包括将所述第一复合物与第二结合剂接触。
69.根据权利要求68所述的方法，其中所述第二结合剂包含一种或多种选自下述的分子：多核苷酸、多肽、蛋白、小分子、离子、盐和原子。
70.根据权利要求68或69所述的方法，其中所述第二结合剂是小分子。
71.根据权利要求70所述的方法，其中所述小分子是小分子的文库。
72.根据权利要求68-71中任一项所述的方法，其中所述方法还包括在将所述第一复合物与所述第二结合剂接触后获得第二NMR光谱。
73.根据权利要求72所述的方法，其中所述方法还包括比较所述第一NMR光谱和所述第二NMR光谱。
74.根据权利要求43-73中任一项所述的方法，其中所述方法还包括确定所述第一NMR光谱和所述第二NMR光谱中的所述一个或多个原子的化学位移。
75.根据权利要求43-74中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸所述靶多核苷酸包含由选自下述的基因或其基因变体编码的序列：ABCA4、ABCB4、ABCD1、ACADSB、ADA、ADAMTS13、AGL、ALB、ALDH3A2、ALG6、APC、APOB、AR、ATM、ATP7A、ATR、B2M、BMP2K、BRCA1、BRCA2、BTK、C3、CAT、CD46、CDH1、CDH23、CFTR、CHM、COL11A1、COL11A2、COL1A1、COL1A2、COL2A1、COL3A1、COL4A5、COL6A1、COL6A3、COL7A1、COL9A2、COLQ、CUL4B、CYBB、CYP17、CYP19、CYP27、CYP27A1、DES、DMD、DYSF、EGFR、EMD、ETV4、F13A1、F5、F7、F8、FAH、FANCA、FANCC、FANCG、FBN1、FECH、FGA、FGFR2、FGG、FIX、FLNA、FOXM1、FRAS1、GALC、GH1、GHV、HADHA、HBA2、HBB、HEXA、HEXB、HLCS、HMBS、HMGCL、HNF1A、HPRT1、HPRT2、HSF4、HSPG2、HTT、IDS、IKBKAP、INSR、ITGB2、ITGB3、JAG1、KRAS、KRT5、L1CAM、LAMA3、LDLR、LMNA、LPL、MADD、MAPT、MLH1、MSH2、MST1R、MTHFR、MUT、MVK、NF1、NF2、OAT、OPA1、OTC、PAH、PBGD、PCCA、PDH1、PGK1、PHEX、PKD2、PKLR、PLEKHM1、PLKR、POMT2、PRDM1、PRKAR1A、PROC、PSEN1、PTCH1、PTEN、PYGM、RP6KA3、RPGR、RSK2、SBCAD、SCN5A、SERPINA1、SLC12A3、SLC6A8、SMN2、SPINK5、SPTA1、TP53、TRAPPC2、TSC1、TSC2、TSHB、UGT1A1和USH2A。
76.一种用于选择多核苷酸的结合剂的方法，所述方法包括：
(a)提供包含靶多核苷酸的多核苷酸样品；
(b)使用NMR装置获得所述多核苷酸样品的第一NMR光谱；
(c)将所述多核苷酸样品与结合剂接触；
(d)在与所述结合剂接触后，获得所述多核苷酸样品的第二NMR光谱；和
(e)比较所述第一NMR光谱和所述第二NMR光谱；和
(f)基于所述比较选择所述结合剂。
77.根据权利要求76所述的方法，其中所述结合剂包含小分子、多核苷酸、多肽或其任何组合。
78.根据权利要求77所述的方法，其中所述结合剂包含小分子的文库。
79.根据权利要求76-78中任一项所述的方法，其中所述多核苷酸样品还包含第一多核苷酸。
80.根据权利要求79所述的方法，其中所述靶多核苷酸和所述第一多核苷酸以约等摩尔量加入。
81.根据权利要求79或80所述的方法，其中所述第一多核苷酸是第一RNA。
82.根据权利要求81所述的方法，其中所述第一RNA是小核RNA(snRNA)或其一部分。
83.根据权利要求82所述的方法，其中所述snRNA是U1、U2、U4、U5、U6、U11、U12、U4atac、U5、或U6atacsnRNA；或其一部分。
84.根据权利要求79-83中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸和所述第一多核苷酸形成双螺旋。
85.根据权利要求84所述的方法，其中所述双螺旋包含结合口袋。
86.根据权利要求85所述的方法，其中所述结合口袋包含突出、或突变、或茎环、或其任何组合。
87.根据权利要求85所述的方法，其中所述结合口袋不包含突出、突变或茎环。
88.根据权利要求76-87中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含剪接位点、分支点(BP)、外显子剪接增强子(ESE)、外显子剪接沉默子(ESS)、内含子剪接增强子(ISE)、内含子剪接沉默子(ISS)、或多嘧啶序列、或其一部分。
89.根据权利要求76-88中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含至少一个外显子或其片段。
90.根据权利要求76-89中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含至少一个内含子或其片段。
91.根据权利要求76-90中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸包含至少一个外显子-内含子边界。
92.根据权利要求76-91中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸的长度为至少8个核苷酸。
93.根据权利要求76-92中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸的长度为至少25个核苷酸。
94.根据权利要求76-93中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸的长度为至多1000个核苷酸。
95.根据权利要求76-94中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸的长度为100至200个核苷酸。
96.根据权利要求76-95中任一项所述的方法，其中所述靶多核苷酸不包含或包含用包含2H、13C、15N、19F和31P的一个或多个原子标记进行同位素标记的至少一个核苷酸。
97.根据权利要求76-96中任一项所述的方法，其中所述方法还包括确定所述第一NMR光谱或所述第二NMR光谱的化学位移。
98.根据权利要求1-97中任一项所述的方法，其中所述方法还包括确定所述多核苷酸和结合的小分子的3维原子分辨率结构。
99.根据权利要求98所述的方法，其中通过结构预测软件确定所述3维原子分辨率结构。
100.根据权利要求99所述的方法，其中所述结构预测软件是Atnos/Candid程序组。
101.根据权利要求99所述的方法，其中所述结构预测软件是MC-fold|MC-Sym管线。
102.根据权利要求98-101中任一项所述的方法，其中确定所述3维原子分辨率结构包括使用所述核苷酸序列和一种或多种2维结构预测算法生成多个理论结构多核苷酸2维模型。
103.根据权利要求102所述的方法，其中所述方法还包括使用3维结构预测算法，使用多个理论结构多核苷酸2维模型以及任选地一个或多个已知和/或假定的多核苷酸2维模型，生成多个理论结构多核苷酸3维模型。
104.根据权利要求103所述的方法，其中所述方法还包括针对所述多个理论结构多核苷酸3维模型的每一个生成预测的化学位移集合。
105.根据权利要求104所述的方法，其中所述方法还包括将所述预测的化学位移集合与一个或多个所述化学位移进行比较。
106.根据权利要求105所述的方法，其中所述方法还包括选择在各自的预测化学位移集合与一个或多个所述化学位移之间具有一致性的一个或多个理论结构多核苷酸3维模型作为一个或多个3维原子分辨率结构。
107.根据权利要求102-106中任一项所述的方法，其中所述2维结构预测算法是最邻近算法。
108.根据权利要求102-107中任一项所述的方法，其中所述方法还包括下述步骤：通过使用执行包括能量最小化和/或分子动力学模拟的一种或多种功能的建模软件来优化所选择的一个或多个理论结构多核苷酸3维模型，从而生成一个或多个优化的3维原子分辨率结构。
109.根据权利要求104-108中任一项所述的方法，其中通过将每个理论结构多核苷酸3维模型与NMR数据-结构数据库进行比较生成所述预测的化学位移集合。
110.根据权利要求109所述的方法，其中生成所述预测的化学位移集合包括从...
【专利技术属性】
技术研发人员：K·麦卡锡，M·卢奇欧，
申请(专利权)人：斯基霍克疗法公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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