【技术实现步骤摘要】
鉴定水稻硝酸盐转运蛋白基因NRT1.1B基因型的PCR/LDR分子标记和方法
本专利技术涉及水稻育种
，尤其涉及一种鉴定水稻硝酸盐转运蛋白基因NRT1.1B基因型的PCR/LDR的分子标记和方法。
技术介绍
亚洲栽培稻包括籼稻和粳稻两个亚种，它们在形态、发育与生理、适应的生态环境等方面都出现了较大的分化。研究发现籼稻对氮肥的利用效率比粳稻高，产量也相对较高。2015年，我国科学家发现籼稻和粳稻对氮肥的利用效率的差异是由于硝酸盐转运蛋白基因NRT1.1B的分化引起的。序列分析显示，籼稻和粳稻NRT1.1B基因在编码区第980位的一个碱基变异，籼稻中为T,而粳稻中为C。研究表明，将籼型NRT1.1B基因导入粳稻，可使粳稻的氮肥利用率和产量获得较大幅度的提高，一般较对照增幅10％，最高可达到30％。因此，籼型NRT1.1B等位基因对于改良粳稻的氮肥利用效率具有重大的实际利用价值。可通过籼粳人工杂交结合标记辅助育种等方式将籼型NRT1.1B基因导入粳稻品种，以提高粳稻氮肥利用效率(HuB,etal.,Varia...
【技术保护点】
1.一种鉴定水稻硝酸盐转运蛋白基因NRT1.1B基因型的PCR/LDR分子标记，其特征在于，所述分子标记包括一对PCR引物和LDR探针，其中，所述PCR引物序列为：/n正向引物序列：5’-AATATGGGTGCAGGTTCCTGG-3’；/n反向引物序列：5’-CCACCTGCTTCACCTCCTC-3’；/n所述LDR探针包括一条荧光标记探针Probe-FAM，一条籼型等位基因特异探针Probe-ind，一条粳型等位基因特异探针Probe-jap；/n所述荧光标记探针Probe-FAM序列如SEQ ID NO.3所示：/n5’-P-TCGCCGGCGACTCCGCCGCC...
【技术特征摘要】
1.一种鉴定水稻硝酸盐转运蛋白基因NRT1.1B基因型的PCR/LDR分子标记，其特征在于，所述分子标记包括一对PCR引物和LDR探针，其中，所述PCR引物序列为：
正向引物序列：5’-AATATGGGTGCAGGTTCCTGG-3’；
反向引物序列：5’-CCACCTGCTTCACCTCCTC-3’；
所述LDR探针包括一条荧光标记探针Probe-FAM，一条籼型等位基因特异探针Probe-ind，一条粳型等位基因特异探针Probe-jap；
所述荧光标记探针Probe-FAM序列如SEQIDNO.3所示：
5’-P-TCGCCGGCGACTCCGCCGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTT-FAM-3’
所述籼型等位基因特异探针Probe-ind序列如SEQIDNO.4所示：
5’-TTTTTTTTTTTTTTTTGCACAGCCTCCACTTGCTCGCCA-3’
所述粳型等位基因特异探针Probe-jap序列如SEQIDNO.5所示：
5’-TTTTTTTTTTTTTTTTTTGCACAGCCTCCACTTGCTCGCCG-3’。
2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述荧光标记探针Probe-FAM由一段和模板配对的序列和18个碱基的寡聚核苷酸T组成，寡聚核苷酸T的长度可以调节，根据需要可通过调节寡聚核苷酸T的长短来调节LDR产物长度；所述荧光标记探针在3’端进行FAM荧光基团标记，5’进行磷酸化标记。
3.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述籼型等位基因特异探针Probe-ind由16个碱基的寡聚核苷酸T和23个碱基的和模板配对的序列组成；所述粳型等位基因特异探针Probe-ind由18个碱基的寡聚核苷酸T和23个碱基的和模板配对的序列组成；两条等位基因特异探针的3’端的最后一个碱基分别于两个等位基因的功能性SNP位点配对。
4.权利要求1-3中任一项所述分子标记在水稻育种过程对NRT1.1B基因型的鉴定中的应用。
5.一种鉴定水稻硝酸盐转运蛋白基因NRT1.1B...
【专利技术属性】
技术研发人员：储黄伟，曹黎明，程灿，涂荣剑，牛付安，周继华，孙滨，
申请(专利权)人：上海市农业科学院，
类型：发明
国别省市：上海;31
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