一种用于检测常染色体拷贝数变异的引物组合、试剂盒和方法技术

本发明专利技术公开了一种用于检测常染色体拷贝数变异的引物组合、试剂盒和方法。本发明专利技术首先提供了用于检测常染色体拷贝数变异的引物组合，包括：Barcode引物、上游引物、下游外引物和下游内引物。本发明专利技术进一步公开了检测常染色体拷贝数变异的方法。本发明专利技术以逆转座子区域为扩增特定目标区域，通过设计有限的一到几对引物就可以覆盖这些区域对全基因组进行富集，就可以真正的反应不同染色体各区域的拷贝数水平，结合一步法构建扩增子文库，杜绝样本污染，使得本发明专利技术检测常染色体拷贝数变异具有操作简单、高灵敏度、高准确性以及低成本的特点，可真正实现染色体拷贝数检测方法在实际检测中的应用。

A primer combination, kit and method for detecting copy number variation of autosomal

【技术实现步骤摘要】
一种用于检测常染色体拷贝数变异的引物组合、试剂盒和方法
本专利技术涉及生物
具体涉及一种用于检测常染色体拷贝数变异的引物组合、试剂盒和方法。
技术介绍
研究表明肿瘤的发生与原癌基因的活化以及抑癌基因的失活相关，而染色体拷贝数变异(CNV)在肿瘤的发生发展过程中也起着重要作用。染色体扩增或缺失都可能造成某些原癌基因的拷贝数升高或抑癌基因的拷贝数降低，影响相关基因的表达，染色体拷贝数变异在许多肿瘤中都会存在，是细胞癌变的一个重要指标。现有的CNV检测技术有很多种，如荧光原位杂交技术、微阵列技术、SNP分型芯片、寡核苷酸微阵列分析技术、多重连接探针扩增技术以及基于新一代高通量测序平台的全基因组测序技术等等，尽管检测技术多种多样，但是由于检测区域有限、操作流程繁琐、稳定性差、灵敏度低、亦或是检测成本过高等原因，均限制了染色体拷贝数变异检测的应用推广。其中：基于二代测序的全基因组测序是最有效、最准确的检测染色体拷贝数变异的技术，可以真正的反应染色体不同区域的拷贝数水平，但是，该技术最大的问题就是检测的成本过高，而不能得到广泛的实际本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用于检测常染色体拷贝数变异的引物组合，其特征在于：所述引物组合包括：Barcode引物、上游引物、下游外引物和下游内引物；/n所述Barcode引物包括依次排列的测序接头1、用于区分不同样本的barcode序列和通用序列1；/n所述上游引物包括依次排列的通用序列1和上游特异性引物序列；/n所述下游外引物包括依次排列的测序接头2和通用序列2；/n所述下游内引物包括依次排列的通用序列2和下游特异性引物序列；/n所述上游特异性引物序列和所述下游特异性引物序列为根据目的逆转座子区域设计，用于扩增逆转座子区域。/n

【技术特征摘要】
1.用于检测常染色体拷贝数变异的引物组合，其特征在于：所述引物组合包括：Barcode引物、上游引物、下游外引物和下游内引物；
所述Barcode引物包括依次排列的测序接头1、用于区分不同样本的barcode序列和通用序列1；
所述上游引物包括依次排列的通用序列1和上游特异性引物序列；
所述下游外引物包括依次排列的测序接头2和通用序列2；
所述下游内引物包括依次排列的通用序列2和下游特异性引物序列；
所述上游特异性引物序列和所述下游特异性引物序列为根据目的逆转座子区域设计，用于扩增逆转座子区域。


2.根据权利要求1所述的引物组合，其特征在于：所述上游引物包括依次排列的通用序列1、分子标签序列和上游特异性引物序列；
优选的，所述分子标签序列的长度为6-30nt，由M个随机碱基和至少一组特定碱基组成，所述M为大于等于6小于等于15的自然数；所述分子标签为用于标记PCR扩增所述目的逆转座子区域不同起始模板分子的序列，一个分子标签对应一个起始模板分子。


3.根据权利要求1所述的引物组合，其特征在于：所述barcode序列的长度为6-12nt、GC含量为30-70％、无明显二级结构。


4.根据权利要求1所述的引物组合，其特征在于：所述测序接头1和所述测序接头2为根据不同测序平台选择对应的测序接头；可选的，所述测序平台为Illumina平台，所述测序接头1和所述测序接头2分别为P5和P7；可选的，所述测序平台为IonTorrent平台，所述测序接头1和所述测序接头2分别为A和P；
优选的，所述通用序列1和通用序列2的长度均为15-25nt。
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【专利技术属性】
技术研发人员：郑乔松，师晓，谭达，李乐，李光宇，焦宇辰，王思振，
申请(专利权)人：北京泛生子基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11