一种对梭杆菌进行分子检测或对其菌种水平分类鉴定的方法技术

本发明专利技术提供了一种对梭杆菌进行分子检测或对其菌种水平分类鉴定的方法，以rpoB基因作为梭杆菌的检测和分类鉴定靶标，其包括如下步骤：对样本的基因进行扩增；对扩增子进行高通量测序和比对分析序列，所得数据按100％一致性建立OTU；将上述OTU序列与梭杆菌全基因组中的特征序列片段所对应的序列比对，剔除无相似性的非特异OTU序列后，共同建立进化树，按进化关系注释各OTU对应的菌种，实现样本中梭杆菌群体的分类鉴定，以及不同菌种的丰度定量。本发明专利技术结合高通量测序技术，对特异性引物扩增后所得的扩增子序列进行测定，通过构建进化树的方法对样本中的梭杆菌菌种甚至亚种进行鉴别，有助于揭示微生态样本中梭杆菌属的菌种水平结构组成。

A method for molecular detection of Clostridium or classification and identification of its species

【技术实现步骤摘要】
一种对梭杆菌进行分子检测或对其菌种水平分类鉴定的方法
本专利技术涉及生物医药领域，具体涉及一种对梭杆菌进行分子检测或对其菌种水平分类鉴定的方法。
技术介绍
梭杆菌属(Fusobacterium)是一类严格厌氧的革兰阴性细菌，是人类共生菌，通常定植在口腔。一些梭杆菌菌种为条件致病菌，在某些情况下可引起牙周炎等口腔疾病。梭杆菌也可引起身体其他部位的感染。近期研究表明，梭杆菌还与结直肠癌的发生发展相关。16SrRNA基因测序表明，结直肠患者粪便中梭杆菌的丰度较正常人显著升高；而细胞和小鼠实验亦表明，梭杆菌的代表性菌种具核梭杆菌，可促进结直肠癌的发生发展，并诱发化疗耐药。因此对梭杆菌的检测具有十分重要的临床价值。梭杆菌已知有18个菌种，其中具核梭杆菌又分为4个亚种，而目前常用的检测方法对微生态标本(例如粪便)中梭杆菌的检测尚难以精确到菌种水平。16SrRNA基因测序仅能达到“属”水平的分辨率；宏基因组虽然能够测得更为完整的序列信息，但其成本高昂，数据分析复杂，亦无法完全确保菌种水平的分类鉴定。以结直肠癌为例，目前结直肠癌患者肠道菌群中梭杆菌的菌本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种对梭杆菌进行分子检测或对其菌种水平分类鉴定的方法，其特征在于，以rpoB基因作为梭杆菌的检测和分类鉴定靶标，其包括如下步骤：/n步骤一，对样本的基因进行扩增；/n步骤二，对扩增子进行高通量测序和比对分析序列，所得数据按100％一致性建立OTU；/n步骤三，将步骤二所述OTU序列与梭杆菌全基因组中的特征序列片段所对应的序列比对，剔除无相似性的非特异OTU序列后，共同建立进化树，按进化关系注释各OTU对应的菌种，实现样本中梭杆菌群体的分类鉴定，以及不同菌种的丰度定量。/n

【技术特征摘要】
1.一种对梭杆菌进行分子检测或对其菌种水平分类鉴定的方法，其特征在于，以rpoB基因作为梭杆菌的检测和分类鉴定靶标，其包括如下步骤：
步骤一，对样本的基因进行扩增；
步骤二，对扩增子进行高通量测序和比对分析序列，所得数据按100％一致性建立OTU；
步骤三，将步骤二所述OTU序列与梭杆菌全基因组中的特征序列片段所对应的序列比对，剔除无相似性的非特异OTU序列后，共同建立进化树，按进化关系注释各OTU对应的菌种，实现样本中梭杆菌群体的分类鉴定，以及不同菌种的丰度定量。


2.根据权利要求1所述的对梭杆菌进行分子检测或对其菌种水平分类鉴定的方法，其特征在于，步骤一中所述扩增引物序列如SEQIDNO...

【专利技术属性】
技术研发人员：毕德玺，秦环龙，蔚青，朱崟，张扬，
申请(专利权)人：上海市第十人民医院，
类型：发明
国别省市：上海;31