【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于黑素瘤检测的方法与相关申请的交叉引用本申请要求于2017年5月25日提交的美国临时申请No.62/511,058的利益和优先权，其内容特此引入作为参考。序列表的引入作为参考于2018年5月12日创建的，且大小为265kB的名为“LBIO-001_001WOSEQLISTING.txt”的文本文件的内容特此整体引入作为参考。专利
本专利技术涉及黑素瘤检测。专利技术背景黑素瘤是一种常见的（~24-35/100,000发病率-美国）、高度侵袭性皮肤癌，其发病率继续上升。最常见的皮肤黑素瘤与紫外线照射和免疫调节异常有关。整体而言，已知黑素瘤具有最高的突变负荷（>10个突变/Mb）。主要突变包括BRAF（~50％）、N-Ras（~20％）和NF-1（~5％），其一起构成所有突变的75％。黑素瘤嗜好MAPK途径激活，无论肿瘤是否表现出在编码这个途径中蛋白质的基因中的突变。这提供了在这个肿瘤中定向治疗例如BRAFv600E剂的原理。例如在RAS蛋白病（RASopathy）基因中的其他功能获得和...
【技术保护点】
1.用于在需要其的主体中检测黑素瘤的方法，包括：/n通过使来自所述主体的测试样品与多种对于检测至少29种生物标志的表达特异性的试剂接触，确定来自所述测试样品的所述至少29种生物标志的表达水平，其中所述至少29种生物标志包括ATL1、ATP6V0D、C1ORF21、CFLAR、CFLAR-AS1、CHP1、DDX55、DMD、DNAJC9、ENOSF1、FANCL、HJURP、HLA-DOA、HLA-DRA、HNRNPA3P1、IL23A、IQGAP1、LOC494127、LOC646471、LOH12CR、PBXIP1、RNF5、SERTAD2、SLC35G5、SPATS2...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170525 US 62/5110581.用于在需要其的主体中检测黑素瘤的方法，包括：
通过使来自所述主体的测试样品与多种对于检测至少29种生物标志的表达特异性的试剂接触，确定来自所述测试样品的所述至少29种生物标志的表达水平，其中所述至少29种生物标志包括ATL1、ATP6V0D、C1ORF21、CFLAR、CFLAR-AS1、CHP1、DDX55、DMD、DNAJC9、ENOSF1、FANCL、HJURP、HLA-DOA、HLA-DRA、HNRNPA3P1、IL23A、IQGAP1、LOC494127、LOC646471、LOH12CR、PBXIP1、RNF5、SERTAD2、SLC35G5、SPATS2L、TDRD7、TXK、YY2和至少一种持家基因；
使ATL1、ATP6V0D、C1ORF21、CFLAR、CFLAR-AS1、CHP1、DDX55、DMD、DNAJC9、ENOSF1、FANCL、HJURP、HLA-DOA、HLA-DRA、HNRNPA3P1、IL23A、IQGAP1、LOC494127、LOC646471、LOH12CR、PBXIP1、RNF5、SERTAD2、SLC35G5、SPATS2L、TDRD7、TXK和YY2的每一种的表达水平相对于所述至少一种持家基因的表达水平归一化，从而获得ATL1、ATP6V0D、C1ORF21、CFLAR、CFLAR-AS1、CHP1、DDX55、DMD、DNAJC9、ENOSF1、FANCL、HJURP、HLA-DOA、HLA-DRA、HNRNPA3P1、IL23A、IQGAP1、LOC494127、LOC646471、LOH12CR、PBXIP1、RNF5、SERTAD2、SLC35G5、SPATS2L、TDRD7、TXK和YY2的每一种的归一化的表达水平；
将每种归一化的表达水平输入到算法中以产生分数；
将所述分数与第一预定截止值进行比较；和
产生报告，其中当所述分数等于或大于所述第一预定截止值时，所述报告在所述主体中鉴定存在黑素瘤，或者当所述分数低于所述第一预定截止值时，所述报告在在所述主体中鉴定不存在黑素瘤，其中所述第一预定截止值在0至100的等级范围内为20。
2.权利要求1的方法，其中所述至少一种持家基因选自ALG9、SEPN、YWHAQ、VPS37A、PRRC2B、DOPEY2、NDUFB11、ND4、MRPL19、PSMC4、SF3A1、PUM1、ACTB、GAPD、GUSB、RPLP0、TFRC、MORF4L1、18S、PPIA、PGK1、RPL13A、B2M、YWHAZ、SDHA、HPRT1、TOX4和TPT1。
3.权利要求2的方法，其中所述至少一种持家基因包括TOX4和TPT1。
4.权利要求3的方法，其中通过以下获得所述归一化的表达水平：
使ATL1、ATP6V0D、C1ORF21、CFLAR、CFLAR-AS1、CHP1、DDX55、DMD、DNAJC9、ENOSF1、FANCL、HJURP、HLA-DOA、HLA-DRA、HNRNPA3P1、IL23A、IQGAP1、LOC494127、LOC646471、LOH12CR、PBXIP1、RNF5、SERTAD2、SLC35G5、SPATS2L、TDRD7、TXK和YY2的每一种的表达水平相对于TOX4的表达水平归一化，从而获得ATL1、ATP6V0D、C1ORF21、CFLAR、CFLAR-AS1、CHP1、DDX55、DMD、DNAJC9、ENOSF1、FANCL、HJURP、HLA-DOA、HLA-DRA、HNRNPA3P1、IL23A、IQGAP1、LOC494127、LOC646471、LOH12CR、PBXIP1、RNF5、SERTAD2、SLC35G5、SPATS2L、TDRD7、TXK和YY2的每一种的第一归一化的表达水平；
使ATL1、ATP6V0D、C1ORF21、CFLAR、CFLAR-AS1、CHP1、DDX55、DMD、DNAJC9、ENOSF1、FANCL、HJURP、HLA-DOA、HLA-DRA、HNRNPA3P1、IL23A、IQGAP1、LOC494127、LOC646471、LOH12CR、PBXIP1、RNF5、SERTAD2、SLC35G5、SPATS2L、TDRD7、TXK和YY2的每一种的表达水平相对于TPT1的表达水平归一化，从而获得ATL1、ATP6V0D、C1ORF21、CFLAR、CFLAR-AS1、CHP1、DDX55、DMD、DNAJC9、ENOSF1、FANCL、HJURP、HLA-DOA、HLA-DRA、HNRNPA3P1、IL23A、IQGAP1、LOC494127、LOC646471、LOH12CR、PBXIP1、RNF5、SERTAD2、SLC35G5、SPATS2L、TDRD7、TXK和YY2的每一种的第二归一化的表达水平；
对所述第一归一化的表达水平和所述第二归一化的表达水平求平均值，以获得所述归一化的表达水平。
5.权利要求1-4中任一项的方法，具有大于90％的灵敏度。
6.权利要求1-5中任一项的方法，具有大于90％的特异性。
7.权利要求1-6中任一项的方法，其中所述黑素瘤是进行性的。
8.权利要求1-7中任一项的方法，其中所述至少29种生物标志中的至少一种是RNA、cDNA或蛋白质。
9.权利要求8的方法，其中当所述生物标志是RNA时，将所述RNA逆转录以产生cDNA，并检测产生的cDNA表达水平。
10.权利要求1-9中任一项的方法，其中通过在所述生物标志与标记的探针或引物之间形成复合体来检测所述生物标志的表达水平。
11.权利要求10的方法，其中当所述生物标志是蛋白质时，通过在所述蛋白质和标记的抗体之间形成复合体来检测所述蛋白质。
12.权利要求11的方法，其中所述标记是荧光标记。
13.权利要求8的方法，其中当所述生物标志是RNA或cDNA时，通过在所述RNA或cDNA与标记的核酸探针或引物之间形成复合体来检测所述RNA或cDNA。
14.权利要求13的方法，其中所述标记是荧光标记。
15.权利要求13的方法，其中所述RNA或cDNA与所述标记的核酸探针或引物之间的所述复合体是杂交复合体。
16.权利要求1-15中任一项的方法，其中所述测试样品是血液、血清、血浆或赘生性组织。
17.权利要求1-16中任一项的方法，其中所述第一预定截止值从获得自没有肿瘤性疾病的主体的多个参考样品得出。
18.权利要求17的方法，其中每种参考样品可以是血液、血清、血浆或非赘生性组织。
19.权利要求1-18中任一项的方法，进一步包括用外科手术或药物疗法治疗被鉴定为患有黑素瘤的主体。
20.权利要求1-19中任一项的方法，其中所述需要其的主体是被诊断为患有黑素瘤的主体、具有至少一种黑素瘤症状的主体或具有发展黑素瘤的素因或家族史的主体。
21.权利要求1-20中任一项的方法，其中所述主体是人。
22.权利要求1-21中任一项的方法，其中所述算法是XGB、RF、glmnet、cforest、CART、treebag、knn、nnet、SVM-径向、SVM-线性、NB、NNET或mlp。
23....
【专利技术属性】
技术研发人员：I莫林，M基德，I德罗斯多夫，
申请(专利权)人：液体活检研究有限责任公司，
类型：发明
国别省市：圣基茨和尼维斯;KN
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