【技术实现步骤摘要】
一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌相关基因突变的方法
本专利技术属于基因检测领域，具体涉及一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌相关基因突变方法和应用。
技术介绍
结直肠癌(Colorectalcancer，CRC)是消化道最常见的恶性肿瘤之一，全球范围内发病率和死亡率呈逐年上升的趋势，大城市的情况尤其严峻，结直肠癌早已超越胃癌成为消化系统的首要恶性肿瘤，在所有恶性肿瘤中，结直肠癌的发病率和死亡率均仅次于肺癌居第2位。虽然结直肠癌的治疗在近年有了长足的进步，但总体疗效并没有很大的改善，手术后的5年生存率在50％左右。而结直肠癌的早期患者治疗效果较好，5年生存率可在90％以上。导致CRC发病的因素主要包括环境和遗传。通过对CRC的基因突变进行检测，可以提前预知CRC患病的风险，对CRC的早期诊断和有效预防具有重大的指导意义。在早期的CRC中，肿瘤细胞可能脱落进入肠腔，并与粪便混合，由于肠道是碱性环境，有利于DNA的保存，因此从粪便样本中提取DNA稳定性和敏感性更高。CRC有多种早期检测的方法，包括以粪便为基础的检查如粪便隐血试...
【技术保护点】
1.一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌相关基因突变的方法，其特征在于：其包括如下步骤：/n(1)筛选出用于评估个体罹患结直肠癌风险相关的基因突变位点；/n(2)设计步骤(1)中结直肠癌易感基因突变位点的特异性扩增引物和单碱基延伸引物；/n(3)将步骤(2)中的扩增引物分组，各组中所含的基因突变位点的上下游引物等摩尔混合，得到相应的扩增引物混合液，每组扩增引物混合液的最终工作浓度为0.5μM；/n(4)对应于步骤(3)中扩增引物分组的方式，将步骤(2)中的单碱基延伸引物分组，得到单碱基延伸引物混合液；/n(5)以待测样本DNA为模板，利用步骤(3)中的扩增引物分别进行PCR扩增...
【技术特征摘要】
1.一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌相关基因突变的方法，其特征在于：其包括如下步骤：
(1)筛选出用于评估个体罹患结直肠癌风险相关的基因突变位点；
(2)设计步骤(1)中结直肠癌易感基因突变位点的特异性扩增引物和单碱基延伸引物；
(3)将步骤(2)中的扩增引物分组，各组中所含的基因突变位点的上下游引物等摩尔混合，得到相应的扩增引物混合液，每组扩增引物混合液的最终工作浓度为0.5μM；
(4)对应于步骤(3)中扩增引物分组的方式，将步骤(2)中的单碱基延伸引物分组，得到单碱基延伸引物混合液；
(5)以待测样本DNA为模板，利用步骤(3)中的扩增引物分别进行PCR扩增反应，获得目标位点的PCR产物片段；
(6)SAP反应消化步骤(5)反应体系中剩余的dNTP；
(7)利用各组相对应的单碱基延伸引物对步骤(6)消化后的产物进行单碱基延伸反应，获得延伸产物；
(8)洁净树脂脱盐纯化延伸产物；
(9)MassARRAY平台对结直肠癌风险相关性的SNP位点进行基因分型检测，通过对不同基因型质量大小的分析，确定是否存在基因变异。
2.根据权利要求1所述的一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌相关基因突变的方法，其特征在于：所述步骤(1)中可用来评估个体罹患结直肠癌风险相关性的SNP位点在NCBI中的SNP数据库的rs号分别为rs121913529、rs121913530、rs112445441、rs121913535、rs121912656、rs28934575、rs28934576、rs121912651、rs28934574、rs121913328、rs121913329。
3.根据权利要求1所述的一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌相关基因突变的方法，其特征在于：所述易感SNP位点的PCR特异性扩增引物序列对和延伸引物分别为：检测rs121913529的MU00101F和MU00101R、MU001011E；检测rs121913530的MU00101F和MU00101R、MU001012E；检测rs112445441的MU00101F和MU00101R、MU001013E；检测rs121913535的MU00101F和MU00101R、MU001014E；检测rs121912656的MU00201F和MU00201R、MU002011E；检测rs28934575的MU00201F和MU00201R、MU002012E；检测rs28934576的MU00301F和MU00301R、MU003011E；检测rs121912651的M...
【专利技术属性】
技术研发人员：于恩达，邱耕，赵子夜，陈昕，陶鹏，
申请(专利权)人：上海鉴研生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31
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