【技术实现步骤摘要】
一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌基因DNA甲基化水平的方法及其应用
本专利技术属于基因检测领域，具体涉及一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌基因DNA甲基化水平的方法及其应用。
技术介绍
结直肠癌(Colorectalcancer，CRC)是消化道最常见的恶性肿瘤之一，全球范围内发病率和死亡率呈逐年上升的趋势，大城市的情况尤其严峻，结直肠癌早已超越胃癌成为消化系统的首要恶性肿瘤，在所有恶性肿瘤中，结直肠癌的发病率和死亡率均仅次于肺癌居第2位。虽然结直肠癌的治疗在近年有了长足的进步，但总体疗效并没有很大的改善，手术后的5年生存率在50％左右。而结直肠癌的早期患者治疗效果较好，5年生存率可在90％以上。导致CRC发病的因素主要包括环境和遗传。通过对CRC的基因突变进行检测，可以提前预知CRC患病的风险，对CRC的早期诊断和有效预防具有重大的指导意义。在早期的CRC中，肿瘤细胞可能脱落进入肠腔，并与粪便混合，由于肠道是碱性环境，有利于DNA的保存，因此从粪便样本中提取DNA稳定性和敏感性更高。CRC有多种早期检测的方法...
【技术保护点】
1.一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌基因DNA甲基化水平的方法，其特征在于，其包括如下步骤：/n(1)筛选出用于评估个体罹患结直肠癌风险相关的基因和基因中的DNA甲基化区域；/n(2)设计步骤(1)中结直肠癌基因的特异性扩增引物，设计引物扩增的DNA片段不超过200bp；/n(3)对待测DNA样本进行重亚硫酸盐转化；/n(4)将步骤(2)中，所有引物由7位编号表示，编号由字母和数字组成，第1到6位数字和字母相同的引物为一对，第7位是字母F或者R，每对引物的上下游引物等摩尔混合，得到相应的扩增引物混合液，每对扩增引物混合液的最终工作浓度为1μM；/n(5)以重亚硫酸盐转化后的...
【技术特征摘要】
1.一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌基因DNA甲基化水平的方法，其特征在于，其包括如下步骤：
(1)筛选出用于评估个体罹患结直肠癌风险相关的基因和基因中的DNA甲基化区域；
(2)设计步骤(1)中结直肠癌基因的特异性扩增引物，设计引物扩增的DNA片段不超过200bp；
(3)对待测DNA样本进行重亚硫酸盐转化；
(4)将步骤(2)中，所有引物由7位编号表示，编号由字母和数字组成，第1到6位数字和字母相同的引物为一对，第7位是字母F或者R，每对引物的上下游引物等摩尔混合，得到相应的扩增引物混合液，每对扩增引物混合液的最终工作浓度为1μM；
(5)以重亚硫酸盐转化后的DNA样本为模板，利用步骤(4)中的扩增引物分别进行PCR扩增反应，获得目的基因的PCR产物片段；
(6)SAP反应消化步骤(5)反应体系中剩余的dNTP；
(7)对步骤(6)完成SAP消化后的DNA样本进行TCleavage转录及T切；
(8)洁净树脂脱盐纯化步骤(7)完成TCleavage转录及T切的产物；
(9)MassARRAY平台对结直肠癌风险相关性基因的DNA甲基化位点定量检测，确定每个CpG位点的甲基化程度。
2.根据权利要求1所述的一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌基因DNA甲基化水平的方法，其特征在于：步骤(1)中，可用来评估个体罹患结直肠癌风险相关性的基因为BMP3、NDRG4、SDC2、SFRP2、VIM。
3.根据权利要求1所述的一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌基因DNA甲基化水平的方法，其特征在于：步骤(2)中，所述个体罹患结直肠癌风险相关性基因的DNA甲基化位点定量检测的PCR特异性扩增引物对为：M00101F，M00101R；M00102F，M00102R；M00103F，M00103R；M00201F，M00201R；M00202F，M00202R；M00203F，M00203R；M00301F，M0030...
【专利技术属性】
技术研发人员：邱耕，于恩达，陈昕，赵子夜，陶鹏，
申请(专利权)人：上海鉴研生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31
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