一种应用于PacBio长片段文库构建的BAC载体及其应用制造技术

本发明专利技术提供一种应用于PacBio长片段文库构建的BAC载体及其应用。该BAC载体结构经特殊设计，其骨架大小要求在20kb以下，可使载体方便高效的转染至细菌中并进行大量复制；酶切位点为8碱基及以上的酶切位点，且除两端的酶切位点外，骨架上不存在其它的酶切位点，从而保证内切酶酶切打断环形BAC质粒DNA时，不会切在BAC骨架上；载体两端连接的标签序列，使酶切获得的每个插入片段上带有特异的Barcode序列，可以识别测序数据来源于哪一个BAC。本发明专利技术结合特殊设计的BAC质粒骨架与PacBio测序长读长的优势，无需参考基因组序列，不仅可以获得40‑60kb的超长插入片段的全长序列，还可以基于特殊设计标签序列实现批量的BAC测序，可应用于高重复或高复杂的序列测序问题。

BAC vector for pacbio long fragment library construction and its application

【技术实现步骤摘要】
一种应用于PacBio长片段文库构建的BAC载体及其应用
本专利技术涉及基因测序领域，更具体地，涉及一种应用于PacBio长片段文库构建的BAC载体及其应用。
技术介绍
基因组是所有生命遗传物质的集合，为生命行使生物学功能提供指导，基因组中的碱基序列信息记录着生命进化的历史。因而，基因组序列的完整解析可极大促进基因功能研究，更为物种相互作用和基因组比较等生命科学研究提供基础信息。大多数生物的基因组均由A、T、G、C4种碱基组成，其组合顺序和总长度各不相同，如何快速和低成本地获取基因组序列一直是基因组学领域的重心。由于测序技术或测序仪器的内在缺陷，测序读长仍小于基因组长度，所以除少数基因组较小的DNA病毒外，绝大多数基因组仍无法通过一次测序直接获得全部的序列信息，需要通过高覆盖度测序和序列组装获得完整的基因组信息。而复杂基因组指的是无法使用常规测序和组装手段直接解析的一类基因组，通常指包含高比例重复序列、高杂合度、极端GC含量、存在难消除异源DNA污染的基因组。此外，基因组的端粒区域也非常难被测序到。基因组组装是一个复杂的过程。影响组装效本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种应用于PacBio长片段文库构建的BAC载体，其特征在于，所述BAC载体骨架为20kb以下；载体骨架两端各设置一个酶切位点，所述酶切位点序列为8碱基以上；每个酶切位点外测各设置一个特异性Barcode标签，相同BAC载体骨架两端的Barcode标签序列相同。/n

【技术特征摘要】
1.一种应用于PacBio长片段文库构建的BAC载体，其特征在于，所述BAC载体骨架为20kb以下；载体骨架两端各设置一个酶切位点，所述酶切位点序列为8碱基以上；每个酶切位点外测各设置一个特异性Barcode标签，相同BAC载体骨架两端的Barcode标签序列相同。


2.根据权利要求1所述的一种应用于PacBio长片段文库构建的BAC载体，其特征在于，所述每个Barcode标签序列具有16～20个碱基的特异核苷酸序列。


3.如权利要求1-2任一项所述的应用于PacBio长片段文库构建的BAC载体在复杂基因组测序中的用途。


4.如权利要求1-2任一项所述的应用于PacBio长片段文库构建的BAC载体在基因组装中的用途。


5.一种基于酶切片段的PacBio长片段文库构建方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)打断目标基因组DNA片段至40-60kb，并将打断后的片段转入权利要求1-2任一项所述的BAC载体中获得环形BAC质粒DNA；
(2)使用目标内切酶酶切打断环形BAC质粒DNA，回收获得40～60kb的目标插入片段；
(3)目...

【专利技术属性】
技术研发人员：方涛，
申请(专利权)人：武汉菲沙基因信息有限公司，
类型：发明
国别省市：湖北;42