用于检测人乳头瘤病毒核酸的组合物和方法技术

本发明专利技术涉及用于检测人乳头瘤病毒核酸的组合物和方法，公开了用于检测人乳头瘤病毒(HPV)核酸的核酸低聚物，包括扩增低聚物、捕获探针和检测探针。本发明专利技术还公开了使用所公开的低聚物执行特异性核酸扩增和检测的方法，以及对应的反应混合物和试剂盒。

Composition and method for detection of human papillomavirus nucleic acid

【技术实现步骤摘要】
用于检测人乳头瘤病毒核酸的组合物和方法本专利技术申请是基于申请日为2013年10月11日，申请号为201380064307.1(国际申请号为PCT/US2013/064519)、名称为“用于检测人乳头瘤病毒核酸的组合物和方法”的专利技术专利申请的分案申请。优先权本申请要求以下申请的优先权的权益：2012年10月11日提交的美国临时申请No.61/712,332，该申请的全部内容据此以引用方式并入本文中。
技术介绍
人乳头瘤病毒(HPV)的感染目标是上皮组织，并且是多种癌症(主要为鳞状细胞癌和腺癌)的病因。与HPV相关的癌症包括头颈(喉、口腔、口咽、扁桃体和食道)、呼吸道组织、乳腺、皮肤、宫颈和肛门的癌症。虽然认为HPV感染是一些癌症发展的必要因素，但其他因素也可能影响癌变过程(Braakhuis等,J.Natl.CancerInst.96:998-1006,2004(Braakhuis等，《美国国立癌症研究所杂志》，第96卷，第998-1006页，2004年)；Dahlstrand等,AnticancerRes.24:1829-35,2004(Dahlstrand等，《抗癌研究》，第24卷，第1829-1835页，2004年)；Daling等,Cancer101:270-80,2004(Daling等，《癌症》，第101卷，第270-280页，2004年)；Ha等,Crit.Rev.OralBiol.Med.15:188-96,2004(Ha等，《口腔生物医学与医学鉴定性评论》，第15卷，第188-196页，2004年)；Hafkamp等,ActaOtolaryngol.124:520-6,2004(Hafkamp等，《耳鼻喉科学报》，第124卷，第520-526页，2004年)；Harwood等,Br.J.Dermatol.150:949-57,2004(Harwood等，《英国皮肤病学杂志》，第150卷，第949-957页，2004年)；Rees等,Clin.Otolaryngol.29:301-6,2004(Rees等，《临床耳鼻喉科学》，第29卷，第301-306页，2004年)；Widschwendter等,J.Clin.Virol.31:292-7,2004(Widschwendter等，《临床病毒学杂志》，第31卷，第292-297页，2004年))。已鉴定出至少77种不同类型的HPV。在它们中，HPV16和HPV18在很多情况下与多种HPV相关癌症有关联，但是与HPV类型相关的风险等级可随乳头瘤相关癌症的不同形式而变化。已研究了人乳头瘤病毒在上皮细胞中的发病机理以阐明HPV感染与癌症的联系。HPV感染复层上皮细胞的基底层细胞，在此处它们以多拷贝附加体或整合基因组的形式定殖，病毒DNA凭借所述多拷贝附加体或整合基因组随同细胞染色体一起复制(由Longworth等,Microbiol.Mol.Biol.Rev.68:362-72,2004(Longworth等，《微生物学与分子生物学评论》，第68卷，第362-372页，2004年)综述)。在细胞分裂时，子细胞迁移离开基底层并经历分化，在分化过程中，HPV营养期病毒复制和晚期基因表达被激活，从而产生子代HPV。虽然被感染个体的免疫系统通常可在1至2年内将HPV感染清除，但被感染的基底细胞可能存留几十年。HPV感染可导致染色体的不稳定性和非整倍性，这些性质可有利于HPV整合(Melsheimer等,Clin.CancerRes.10:3059-63,2004(Melsheimer等，《临床癌症研究》，第10卷，第3059-3063页，2004年)；Reidy等,Laryngoscope114:1906-9,2004(Reidy等，《喉镜》，第114卷，第1906-1909页，2004年))。在HPV基因组整合期间，HPVE2基因可能被破坏，导致编码靶向调节蛋白pRb和p53的癌蛋白的HPVE6/E7致癌基因的表达失调。因此，对细胞调节进行调控的一连串事件可能导致癌变(Braun等,CancerLett.209:37-49,2004(Braun等，《癌症快报》，第209卷，第37-49页，2004年)；Fan等,Crit.Rev.Eukaryot.GeneExpr.14:183-202,2004(Fan等，《真核状态基因表达评论综述》，第14卷，第183-202页，2004年)；Fiedler等,FASEBJ.18:1120-2,2004(Fiedler等，《美国实验生物学联合会会刊》，第18卷，第1120-1122页，2004年)；Psyrri等,CancerRes.,64:3079-86,2004(Psyrri等，《癌症研究》，第64卷，第3079-3086页，2004年)；Si等,J.Clin.Virol.32:19-23,2004(Si等，《临床病毒学杂志》，第32卷，第19-23页，2004年))。由于宫颈癌在世界范围内高发(估计每年有450,000例新增病例)，故HPV感染与宫颈癌的相关性已成为大量研究工作和流行病学研究的课题。与发展成宫颈癌的高风险相关联的HPV类型(HR-HPV)包括HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、68和73型，但各个类型的流行病学意义可随地理区域或临床检验参数不同而变化(Munoz等,Int.J.Cancer111:278-85,2004(Munoz等，《国际癌症杂志》，第111卷，第278-285页，2004年)；Chaturvedi等,J.Med.Virol.75:105-13,2005(Chaturvedi等，《医学病毒学杂志》，第75卷，第105-113页，2005年)；Smith等,Int.J.Gynaecol.Obstet.87:131-7,2004(Smith等，《国际妇产科杂志》，第87卷，第131-137页，2004年))。通常被认为只有较低的发展成宫颈癌的风险的HPV感染(LR-HPV)包括HPV6、11、43、43、44、61、71和72型。在感染HPV的妇女中，宫颈感染可能导致湿疣(生殖器疣)、宫颈上皮内瘤样病变(CIN)和宫颈癌(Kahn等,Adolesc.Med.Clin.15:301-21,ix,2004(Kahn等，《临床青少年医学》，第15卷，第301-321页，第9章，2004年))。在许多国家中，宫颈细胞的细胞学检查已成为用于检测宫颈癌的主要筛查工具，其通常使用CIN分级体系(1至3)来监测癌前病变，以便决定治疗和/或进一步监测。除细胞学筛查外，对HPV核酸进行分子筛查也许是有可能延长两次细胞学检验之间的时间间隔的经济有效的预后检验手段(Wiley等,Curr.Oncol.Rep.6:497-506,2004(Wiley等，《当代肿瘤学报告》，第6卷，第497-506页，2004年)；Zielinski等,Obstet.Gynecol.Surv.59:543-53,2004(Zielinski等，《妇产科调查》，第59卷，第543-553页，2004年)；本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于检测疑似含有HPV33以及HPV 31、52和58型中的至少一种的样品中的人乳头瘤病毒33型(HPV33)靶标核酸的低聚物组合，所述低聚物组合包括：/n用于特异性地扩增HPV33核酸靶标区域的第一扩增低聚物和第二扩增低聚物，其中(a)所述第一HPV33扩增低聚物包含第一靶标杂交序列，所述第一靶标杂交序列为包含在SEQID NO:66的序列中的约15至约27个连续核苷酸并至少包括SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68或SEQ ID NO:69的序列；并且(b)所述第二HPV33扩增低聚物包含第二靶标杂交序列，所述第二靶标杂交序列为包含在SEQ ID NO:70的序列中的约15至约27个连续核苷酸并至少包括SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72或SEQ ID NO:73的序列。/n

【技术特征摘要】
20121011 US 61/712,3321.一种用于检测疑似含有HPV33以及HPV31、52和58型中的至少一种的样品中的人乳头瘤病毒33型(HPV33)靶标核酸的低聚物组合，所述低聚物组合包括：
用于特异性地扩增HPV33核酸靶标区域的第一扩增低聚物和第二扩增低聚物，其中(a)所述第一HPV33扩增低聚物包含第一靶标杂交序列，所述第一靶标杂交序列为包含在SEQIDNO:66的序列中的约15至约27个连续核苷酸并至少包括SEQIDNO:67、SEQIDNO:68或SEQIDNO:69的序列；并且(b)所述第二HPV33扩增低聚物包含第二靶标杂交序列，所述第二靶标杂交序列为包含在SEQIDNO:70的序列中的约15至约27个连续核苷酸并至少包括SEQIDNO:71、SEQIDNO:72或SEQIDNO:73的序列。


2.一种用于检测样品中的人乳头瘤病毒33型(HPV33)靶标核酸的低聚物组合，所述低聚物组合包括：
用于扩增HPV33核酸靶标区域的第一扩增低聚物和第二扩增低聚物，其中(a)所述第一HPV33扩增低聚物包含选自SEQIDNO:1-SEQIDNO:8的第一靶标杂交序列；并且(b)所述第二HPV33扩增低聚物包含选自SEQIDNO:9-SEQIDNO:16的第二靶标杂交序列。


3.一种包含根据权利要求1或2所述的低聚物组合的试剂盒。


4.一种包含根据权利要求1或2所述的低聚物组合的反应混合物。


5.一种用于检测疑似含有HPV33以及HPV31、52和58型中的至少一种的样品中的人乳头瘤病毒33型(HPV33)靶标核酸的方法，所述方法包括：
(a)提供样品，其中所述样品疑似含有HPV33以及HPV31、52和58型中的至少一种；
(b)将所述样品与低聚物组合接触，以便特异性地扩增HPV33核酸靶标区域，所述低聚物组合包括：(i)包含第一靶标杂交序列的第一HPV33扩增低聚物，所述第一靶标杂交序列为包含在SEQIDNO:66的序列中的约15至约27个连续核苷酸并至少包括SEQIDNO:67、SEQIDNO:68或SEQIDNO:69的序列；和(ii)包含第二靶标杂交序列的第二HPV33扩增低聚物，所述第二靶标杂交序列为包含在SEQIDNO:70的序列中的约15至约27个连续核苷酸并至少包括SEQIDNO:71、SEQIDNO:72或SEQIDNO:73的序列；
(c)进行体外核酸扩增反应，其中存在于所述样品中的任何HPV33靶标...

【专利技术属性】
技术研发人员：A·R·W·施罗德，
申请(专利权)人：简·探针公司，
类型：发明
国别省市：美国;US