基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设方法及系统技术方案

本发明专利技术公开了基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设方法及系统，包括以下步骤：S1从数据库中获取药物以及药物靶标相关数据信息，并同时整合不同来源数据；S2将收集的不同来源数据进行标准化处理，并根据数据类别构建药物信息表单；S3根据药物信息表单的键值，将所有数据进行关联，构建药物综合信息库模型。本发明专利技术有益效果：用户能够非常直观便捷的获取关注药物或靶标相关的信息；通过药物和药物靶标实现查询和结果的可视化关联展示。

Method and System of Building Drug Comprehensive Information Base Based on Drug and Target Information

【技术实现步骤摘要】
基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设方法及系统
本专利技术涉及药物信息学、生物信息学和化学信息学领域，具体来说，涉及基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设方法及系统，系统地整合药物相关的信息资源、提供交互式药物信息检索系统。
技术介绍
随着药物信息学以及信息科学的发展，挖掘已有药物的新适应症（旧药新用或药物重定位）逐渐成为国际上被广泛采用的研发策略，具有更高的投入产出效率，因此也成为众多国际制药企业重视和采用的一种方式；由于已上市药物的药物动力学以及安全性资料较为详尽，新用途的开发能很快能进行Ⅱ期临床评估，据评估可节约大概40%的研发费用，并可大幅度缩短研发周期，能够在一定程度上有效规避研发风险、降低整体成本、加快药物上市的步伐，从而迅速满足临床用药需求；挖掘已有药物新的适应症（旧药新用或药物重定位）策略正从依赖临床观察的经验性研究，朝着基于医药大数据分析的系统性研究转变，综上所述，寻找高效的药物研发新策略或新资源成为当务之急。目前，互联网上涌现了大量丰富的药物信息资源，且日益成为我国药学领域广大教学、科研人员获取学术信息的重要渠道，但网上的各种药学资源分别存储在不同国家、不同地区的服务器，缺乏集中统一的管理机制，整体上处于一种分散的状态，这种高度的自由性和开放性网络资源虽然为网上药学信息资源的发展提供了前所未有的机遇，但因为缺乏必要的过滤和质量控制机制，造成了网上药学资源优劣俱存、良莠不齐等问题，导致用户查找存在检准率低、针对性差、冗余信息太多等问题，使用起来事倍功半。针对相关技术中的问题，目前尚未提出有效的解决方案。
技术实现思路
针对相关技术中的上述技术问题，本专利技术提出一种基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设方法及系统，能够为医药工作者提供一个更加高效便捷的获取药物自身及其关联信息的途径，为他们节约大量的宝贵时间，有利于临床、科研和教学任务的顺利展开。为实现上述技术目的，本专利技术的技术方案是这样实现的：一种基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设方法，包括以下步骤：S1从数据库中获取药物以及药物靶标相关数据信息，并同时整合不同来源数据；S2将收集的不同来源数据进行标准化处理，并根据数据类别构建药物信息表单；S3根据药物信息表单的键值，将所有数据进行关联，构建药物综合信息库模型。进一步地，所述步骤S1中获取药物以及药物靶标相关数据信息的过程需从对应数据库中下载对应的药物关联数据文件，并对获得的文件进行解析和清洗，提取所需的信息。进一步地，所述步骤S1中整合不同来源数据，去除重复字段和冗余信息内容，对其缺失的信息进行补全。进一步地，所述步骤S1中数据库包括但不限于drugbank、chembl、TCMID、pubchem、SMPDB和KEGGdrug。进一步地，所述步骤S2中药物信息表单包括但不限于小分子药物基本信息表、中药信息表、靶标数据信息表、靶标分类数据信息表和药物-靶标相互作用信息表。进一步地，所述步骤S3中将构建药物综合信息库模型进行展示，其中，展示页面包括但不限于药物识别信息、药物特性、药理信息、毒理信息、药物药物相互作用信息、参考网站外链接信息和药物靶标的网络展示。本专利技术的另一方面，提供一种基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设系统，包括：获取模块，用于从数据库中获取药物以及药物靶标相关数据信息，并同时整合不同来源数据；第一构建模块，用于将收集的不同来源数据进行标准化处理，并根据数据类别构建药物信息表单；第二构建模块，用于根据药物信息表单的键值，将所有数据进行关联，构建药物综合信息库模型。进一步地，所述获取模块中获取药物以及药物靶标相关数据信息的过程需从对应数据库中下载对应的药物关联数据文件，并对获得的文件进行解析和清洗，提取所需的信息。进一步地，所述获取模块中整合不同来源数据，去除重复字段和冗余信息内容，对其缺失的信息进行补全。进一步地，所述获取模块中数据库包括但不限于drugbank、chembl、TCMID、pubchem、SMPDB和KEGGdrug。本专利技术的有益效果：1、用户能够非常直观便捷的获取关注药物或靶标相关的信息；2、通过药物和药物靶标实现查询和结果的可视化关联展示。附图说明为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。图1是根据本专利技术实施例所述的基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设方法的流程图；图2是药物综合信息数据库模型；图3是根据本专利技术实施例所述的基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设系统的结构示意图。具体实施方式下面将结合本专利技术实施例中的附图，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。如图1和2所示，根据本专利技术实施例所述的基于药物及靶标信息的基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设方法，包括以下步骤：S1从数据库中获取药物以及药物靶标相关数据信息，并同时整合不同来源数据；具体的，此药物综合信息库构建底层数据依托的主体为Drugbank中的数据，Drugbank数据库是一个典型的生物信息学和化学信息学资源，包含了详细的药物数据和全面的药物靶点和药物相互作用信息，为每一种药物提供了近200项信息，包括药物作用靶点及其单核苷酸多态性分布等；截至2017年12月，Drugbank收录了10000种药物条目，小分子药物为9000余个，其中1600左右个是FDA批准上市的小分子化学药，200左右个为通过FDA认证的生物药和106个营养补充剂，5030余种为试验药物。Drugbank中最基本的药物信息单元是药物卡片，每个卡片信息分为9块，分别是药物的识别信息：包含药物名称、在各种数据库中的唯一性编号、药物的化学结构、分子式等；药物的分类信息：包含功能基团、亚结构的化学分类信息；药理学信息：包含药物的适应症、作用药理、作用机理、药物动力学参数、毒性等信息；药物商品信息：生产商、专利、剂型和价格信息；药物化学基本特殊性：熔点、溶解性、亲水性等。根据Drugbank提供的xml文件通过Drugbank中的datasource介绍和xsd文件进行解析。中药数据来源于TCMID，TCMID中药数据库，详尽的收录了中药相关信息，包括原始植物，具有生物功能的中药组分等，收录了1540余中可以作为中药使用的天然植物。蛋白相关数据主要来自UniProt，这个数据库整合了Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD三大数据库，主要是基于基因组测序项目完成后得到的蛋白质序列，包含了大量来自文献的蛋白质的生物功能信息。S2将收集的不同来源数据进行标准化处理，并根据数据类别构建药物信息表单；其中，药物信息表单主要包括以下几个部分：Drug表，是小分子药物的基本信息；包含drug_id（PK），drug_name（药物名称），drug_synonyms（药物的替代名称），drug_cas_number（化学文摘服务识别号码），drug_br本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设方法，其特征在于，包括以下步骤：S1从数据库中获取药物以及药物靶标相关数据信息，并同时整合不同来源数据；S2将收集的不同来源数据进行标准化处理，并根据数据类别构建药物信息表单；S3 根据药物信息表单的键值，将所有数据进行关联，构建药物综合信息库模型。

【技术特征摘要】
2018.10.16 CN 20181120135091.一种基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设方法，其特征在于，包括以下步骤：S1从数据库中获取药物以及药物靶标相关数据信息，并同时整合不同来源数据；S2将收集的不同来源数据进行标准化处理，并根据数据类别构建药物信息表单；S3根据药物信息表单的键值，将所有数据进行关联，构建药物综合信息库模型。2.根据权利要求1所述的基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设方法，其特征在于，所述步骤S1中获取药物以及药物靶标相关数据信息的过程需从对应数据库中下载对应的药物关联数据文件，并对获得的文件进行解析和清洗，提取所需的信息。3.根据权利要求1所述的基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设方法，其特征在于，所述步骤S1中整合不同来源数据，去除重复字段和冗余信息内容，对其缺失的信息进行补全。4.根据权利要求1所述的基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设方法，其特征在于，所述步骤S1中数据库包括但不限于drugbank、chembl、TCMID、pubchem、SMPDB和KEGGdrug。5.根据权利要求1所述的基于药物及靶标信息的药物综合信息库建设方法，其特征在于，所述步骤S2中药物信息表单包括但不限于小分子药物基本信息表、中药信息表、靶标数据信息表、靶标分类数据信息表和药物-靶标相互作用信息...

【专利技术属性】
技术研发人员：周文霞，韩露，张永祥，高圣乔，程肖蕊，肖智勇，黄晏，刘港，王同兴，
申请(专利权)人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院，
类型：发明
国别省市：北京,11