本发明专利技术公开了一种与乳腺癌相关的生物标记物，所述生物标记物包括位于人类第14染色体第73420928位碱基由G到T的SNP位点突变，所述位点突变为DCAF4：NM_181341：exon8：c.G685T：p.A229S。本发明专利技术研究SNP在乳腺癌辅助诊断的应用前景，阐述SNP对于乳腺癌进展的影响，揭示其诊断价值。因此，本发明专利技术通过SNP生物标志物和诊断试剂盒的研制和应用，可使得乳腺癌的诊断更加方便易行，为临床医生快速准确掌握患者病情，为临床治疗效果评价奠定基础，并为发现具有潜在治疗价值的新型小分子药物靶标提供帮助。
SNP marker related to breast cancer and its application
The invention discloses an associated with breast cancer biomarkers, the biomarkers in human chromosome fourteenth 73420928th base sites from G to SNP T mutation, the mutation of DCAF4:NM_181341:exon8:c.G685T:p.A229S. The invention studies the application prospect of SNP in breast cancer auxiliary diagnosis, expounds the influence of SNP on the progress of breast cancer, and reveals the diagnostic value of the invention. Therefore, the present invention through the development and application of SNP biomarkers and diagnostic kit, can make the diagnosis of breast cancer is more convenient, quickly and accurately grasp the patient clinician, lay the foundation for clinical therapeutic effect evaluation, and provide help for the discovery of novel small molecule drug target has potential therapeutic value.
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物医学
，具体涉及一种与乳腺癌相关的SNP标记及其应用。
技术介绍
乳腺癌是一种全身性疾病、其发生和发展是一个涉及多因素、多环节的复杂过程，包括癌基因的激活以及抑癌基因的失活等。因此，基因突变在乳腺癌的发生、发展过程中起着非常重要的作用。乳腺癌是一个多因素遗传变异性疾病，只有不足10％是由于单基因缺陷引起的。随着高通量基因技术的发展，越来越多与乳腺癌相关基因被发现，这些基因上潜在的遗传变异(单核苷酸多态和拷贝数变异)可能引起乳腺癌药物治疗效果的差异。由于遗传变异的存在使抗肿瘤药物的代谢途径以及药物作用的目标基因可能受到影响，进而影响疗效以及预后。SNP(singlenucleotidepolymorphism，SNP，即单核苷酸多态性)是1996年由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心学者Lander提出的一类分子遗传标记，主要是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP表现出的多态性仅涉及到单个碱基的变异，表现是有转换、颠换、插入和缺失等。单核苷酸多态性为第三代遗传标志，人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关。目前对于不同分型乳腺癌预后、疗效的预测性研究主要集中在SNP水平。SNP赋予个体对环境暴露、药物治疗等的不同反应，从而产生不同的表型，因此SNP可能是导致个体疾病发生发展差异的重要遗传基础。利用疾病易感的SNP谱诊断疾病，具有快速、灵敏、准确等特点，因而应用前景广阔。近年来，利用SNP诊断疾病的发生发展已成为临床和科研工作者的研究热点。然而，目前还没有将SNP应用于乳腺癌诊断的报道，若能筛选出乳腺癌易感的SNP作为生物标志物，并研制相应的诊断试剂盒，必将有力地推动我国乳腺癌早期诊断的现状，并为其药物筛选、药效评价及靶向治疗开辟新的途径。
技术实现思路
本专利技术的目的是针对上述技术问题，提出一种与乳腺癌辅助诊断相关的生物标志物。本专利技术的第二个目的是提供所述生物标记物在预测乳腺癌诊断试剂中的应用。本专利技术的第三个目的是提供乳腺癌辅助诊断试剂盒。专利技术人通过分离和研究乳腺癌患者及与其年龄匹配的健康女性对照外周血DNA中的单核苷酸多态性，寻找一组与乳腺癌高度相关的高特异性和敏感性的SNP，并研制出可便于临床应用的乳腺癌辅助诊断试剂盒，为乳腺癌的筛查和诊断提供数据支持。本专利技术的目的是通过下列技术方案实现的：一种与乳腺癌相关的SNP标记，所述生物标记物包括位于人类第14染色体第73420928位碱基由G到T的SNP位点突变，所述位点突变为DCAF4：NM_181341：exon8：c.G685T：p.A229S。其中，基因DCAF4(DDB1andCUL4associatedfactor4)，该基因编码WD重复蛋白，该蛋白与大分子复合物cul4-ddb1E3连接酶相互作用，在这个基因上发现了多个剪接转录变异体。所述WD重复蛋白(WD-repeatprotein)是含有多个保守的WD基元的蛋白质，WD基元又叫Trp-ASP或WD40，由40个左右的氨基酸残基组成，WD是两种氨基酸的缩写，W表示Tryptophan色氨酸D表示Asparticacid天冬氨酸。所述NM_181341是DCAF4的一个转录本，所述SNP位点突变发生在该转录本的第8个外显子上，并且第685位发生了由G到T的错义突变，该突变导致了编码蛋白由丙氨酸A到丝氨酸S的转变。进一步地，本专利技术提供了所述生物标记物在预测乳腺癌诊断试剂中的应用。优选的，所述的试剂包括用于扩增所述SNP位点的引物对，或是包括用于扩增所述SNP位点的引物对和限制性内切酶。优选的，扩增所述SNP位点的引物对具有SEQIDNO：3-4所示的核苷酸序列。优选的，所述引物对扩增的核苷酸序列SEQIDNO：1所示。更近一步地，本专利技术提供了一种乳腺癌辅助诊断的试剂盒，其包括检测位于DCAF4基因NM_181341：exon8：c.G685T的SNP位点基因型的试剂。优选的，所述的试剂包括用于扩增所述SNP位点的引物对，或是包括用于扩增所述SNP位点的引物对和限制性内切酶。优选的，扩增所述SNP位点的引物对具有SEQIDNO：3-4所示的核苷酸序列。优选的，所述试剂盒还包括PCR反应常用的酶和试剂，如dNTPs、Taq酶、Mg2+、PCR反应缓冲液等；还可以含有标准品和/或对照品。本专利技术有益效果：本专利技术研究SNP在乳腺癌辅助诊断的应用前景，阐述SNP对于乳腺癌进展的影响，揭示其诊断价值。因此，本专利技术通过SNP生物标志物和诊断试剂盒的研制和应用，可使得乳腺癌的诊断更加方便易行，为临床医生快速准确掌握患者病情，为临床治疗效果评价奠定基础，并为发现具有潜在治疗价值的新型小分子药物靶标提供帮助。具体实施方式以下实施例用于说明本专利技术，但不用来限制本专利技术的范围。若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。本专利技术的技术方案具体包括：采集符合标准的血液样本，系统收集完整的人口学资料和临床资料；基因型检测：选择乳腺癌病例、与乳腺癌病例年龄匹配的健康女性对照，利用外显子测序，找出与乳腺癌相关的SNP；对筛选出的阳性关联SNP，进一步采用基因分型进行检测，验证其应用于临床诊断的可重复性；乳腺癌辅助诊断试剂盒的研制：根据乳腺癌病例和健康女性对照中基因型分布频率有显著差异的SNP开发SNP辅助诊断试剂盒。数据分析中各数值表示如下：1、ljb23_sift：SIFT分值(version2.3)，表示该变异对蛋白序列的影响，包含三个值，一是SIFT初始分值，二是转换后的值(1-SIFT)，三是T或者D。当该变异同时影响多个蛋白序列时，对每条蛋白序列有一个SIFT值，取最小值。SIFT分值越小越“有害”，表明该SNP导致蛋白结构或功能改变的可能性大；D：Deleterious(sift＜＝0.05)；T：tolerated(sift＞0.05))；2、ljb23_pp2hvar：利用PolyPhen2基于HumanVar数据库预测该变异对蛋白序列的影响，用于单基因遗传病。该列包含两个值，第一个是PolyPhen2分值，数值越大越“有害”，表明该SNP导致蛋白结构或功能改变的可能性大；第二个是D或P或B(D：Probablydamaging(＞＝0.909)，P：possiblydamaging(0.447＜＝pp2_hvar＜＝0.909)；B：benign(pp2_hvar＜＝0.446))；3、ljb23_pp2hdiv：利用PolyPhen2基于HumanDiv数据库预测该变异对蛋白序列的影响，用于复杂疾病。该列包含两个值，第一个是PolyPhen2分值，数值越大越“有害”，表明该SNP导致蛋白结构或功能改变的可能性大；第二个是D或P或B(D：Probablydamaging(＞＝0.957)，P：possiblydamaging(0.453＜＝pp2_hdiv＜＝0.956)；B：benign(pp2_hdiv＜＝0.452))；4、ljb23_mt：tionTaster分值(version2.3)，表示该变异对蛋白序列的影响，包含三个值，一是MutationTaster初始分值，二是转换后的值，三是A、D、N本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种与乳腺癌相关的生物标记物，其特征在于，所述生物标记物包括位于人类第14染色体第73420928位碱基由G到T的SNP位点突变，所述位点突变为DCAF4：NM_181341：exon8：c.G685T：p.A229S。
【技术特征摘要】
1.一种与乳腺癌相关的生物标记物，其特征在于，所述生物标记物包括位于人类第14染色体第73420928位碱基由G到T的SNP位点突变，所述位点突变为DCAF4：NM_181341：exon8：c.G685T：p.A229S。2.权利要求1所述生物标记物在预测乳腺癌诊断试剂中的应用。3.如权利要求2所述的应用，其特征在于，所述的试剂包括用于扩增所述SNP位点的引物对，或是包括用于扩增所述SNP位点的引物对和限制性内切酶。4.如权利要求3所述的应用，其特征在于，扩增所述SNP位点的引物对具有SEQIDNO：3-4所示的核苷酸序列。5.如权利要求4所述...
【专利技术属性】
技术研发人员：付利，何劲松，谭斌斌，
申请(专利权)人：深圳大学，
类型：发明
国别省市：广东;44
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