一种多重PCR引物设计方法技术

本发明专利技术公开一种多重PCR引物设计方法，其包括步骤：A、获取目标DNA序列的原始序列；B、对目标DNA序列进行PCR引物设计，生成各位点的候选引物；C、对各位点的候选引物进行过滤，将末端6bp相似度高的候选引物丢弃，筛选出合格的候选引物；D、对每一位点的候选引物进行选择，寻找局部最优解，使各位点引物间形成引物二聚体的可能性最低，然后将所选择的各位点的目标引物进行组合，得到最终的多重PCR引物。本发明专利技术基于Primer3软件，对多个位点进行PCR引物设计，能明显有效减少非特异性扩增的情况，可设计出特异性强、各个目标位点均一性好的多重PCR引物。

A Primer Design Method for Multiplex PCR

The invention discloses a multiplex PCR primer design method, which includes steps: A, obtaining the original sequence of the target DNA sequence; B, designing the target DNA sequence, generating candidate primers for each site; C, filtering candidate primers for each site, discarding candidate primers with high terminal similarity of 6 bp, screening qualified candidate primers for each site; D, screening candidate primers for each site; Selection of primers, searching for the local optimal solution, so that the possibility of primer dimer formation among the primers at each point is the lowest, and then the target primers at each selected point are combined to obtain the final multiplex PCR primers. Based on Primer3 software, the invention designs PCR primers for multiple loci, which can effectively reduce the non-specific amplification, and can design multiple PCR primers with strong specificity and good uniformity of each target locus.

【技术实现步骤摘要】
一种多重PCR引物设计方法
本专利技术涉及PCR引物设计领域，尤其涉及一种多重PCR引物设计方法。
技术介绍
PCR(聚合酶链式反应)是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术，它可看作是生物体外的特殊DNA复制，PCR的最大特点，是能将微量的DNA大幅增加。Primer3是现在最广泛被使用的开源的PCR引物设计软件。它最基本的功能包括设计PCR引物和设计杂交探针，虽然它具有免费、开源、跨平台等优点，但它一次只能对一个目标序列进行设计引物，而且不能回避单核苷酸高频多态性位点，不能评估引物的特异性和计算简并碱基的计算；不能识别序列相距较近的目标序列并设计兼并引物；不能很好的对多条目标基因序列设计出合理的多重PCR引物。因此，如何提供一种能够减少非特异性扩增，设计出特异性较强的多重PCR引物的多重PCR引物设计方法成为了业界需要解决的问题。
技术实现思路
鉴于上述现有技术的不足，本专利技术的目的在于提供一种多重PCR引物设计方法，旨在解决现有技术中PCR引物设计方法不能设计合理的多重PCR引物的问题。本专利技术的技术方案如下：一种多重PCR引物设计方法，其中，包括步骤：A、获取目标D本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种多重PCR引物设计方法，其特征在于，包括步骤：A、获取目标DNA序列的原始序列；B、对目标DNA序列进行PCR引物设计，生成各位点的候选引物；C、对各位点的候选引物进行过滤，将末端6bp相似度高的候选引物丢弃，筛选出合格的候选引物；D、对每一位点的候选引物进行选择，寻找局部最优解，使各位点引物间形成引物二聚体的可能性最低，然后将所选择的各位点的目标引物进行组合，得到最终的多重PCR引物。

【技术特征摘要】
1.一种多重PCR引物设计方法，其特征在于，包括步骤：A、获取目标DNA序列的原始序列；B、对目标DNA序列进行PCR引物设计，生成各位点的候选引物；C、对各位点的候选引物进行过滤，将末端6bp相似度高的候选引物丢弃，筛选出合格的候选引物；D、对每一位点的候选引物进行选择，寻找局部最优解，使各位点引物间形成引物二聚体的可能性最低，然后将所选择的各位点的目标引物进行组合，得到最终的多重PCR引物。2.根据权利要求1所述的多重PCR引物设计方法，其特征在于，所述步骤D具体包括：利用贪婪算法，依次从每一位点的候选引物中选取一条引物，寻找局部最优解，使得各位点所选取的引物间形成引物二聚体的可能性最低。3.根据权利要求1所述的多重PCR引物设计方法，其特征在于，所述步骤B中，利用Primer3软件进行PCR引物设计。4.根据权利要求1所述的多重PCR引物设计方法，其特征在于，所述步骤C中，利用blastn工具，对末端6bp相似度高的候选引物进行过滤，降低引物二聚...

【专利技术属性】
技术研发人员：孔德举，陆世鑫，黄庆俊，涂小年，郑媛，邓龙辉，李小花，徐飞岳，李弥显，刘艳霞，
申请(专利权)人：深圳因合生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44