乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群及诊断产品和应用制造技术

本发明专利技术属于生物技术领域，公开了一组可以对乳腺癌分子分型及远处转移风险进行评估的基因群；公开了由检测这些基因群的基因表达水平的试剂在制备用于评估乳腺癌分子分型及远处转移风险的体外诊断产品中的应用；所述体外诊断产品包括检测试剂盒、基因芯片和蛋白质阵列。本发明专利技术还公开了利用所述检测试剂盒对乳腺癌分子分型及远处转移风险进行评估的方法。本发明专利技术所述方法对乳腺癌亚型分型及发生远处转移风险的评估具有较高的准确性。

Molecular typing and distant metastasis risk gene groups of breast cancer and diagnostic products and Applications

The invention belongs to the field of biotechnology, and discloses a group of gene groups that can be used to assess breast cancer molecular typing and distant metastasis risk; discloses the application of reagents for detecting gene expression levels of these gene groups in preparing in vitro diagnostic products for assessing breast cancer molecular typing and distant metastasis risk; the in vitro diagnostic products include detection kits and gene cores. Slices and protein arrays. The invention also discloses a method for assessing molecular typing and distant metastasis risk of breast cancer using the detection kit. The method has high accuracy for breast cancer subtyping and risk assessment of distant metastasis.

【技术实现步骤摘要】
乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群及诊断产品和应用
本专利技术属于生物
，具体涉及乳腺癌亚型分型及评估远处转移风险基因群及其体外诊断产品和应用，本专利技术通过检测一组乳腺癌亚型及远处转移相关基因表达，对乳腺癌进行亚型分型及远处转移风险评估。
技术介绍
乳腺癌的亚型分型由美国CharlesPerou教授于2002年率先提出。以检测乳腺癌组织中的基因表达谱和分子生物学特征为基础提出的乳腺癌分子生物学分型，能较好地反映肿瘤的生物学行为，具有重要的临床治疗指导意义。当前国际上公认的基于肿瘤基因表达的乳腺癌分子分型产品为北卡罗来纳大学Perou教授与Prosigna合作共同开发的PAM50，其已得到美国FDA批准。PAM50通过检测55个基因表达水平，将乳腺癌分为4种亚型，管腔A型(LuminalA，简称LumA)、管腔B型(LuminalB，简称LumB)、HER2富集型(HER2-enriched，简称HER2)及基底细胞型(Basal-like，简称Basal)，并根据亚型及肿瘤增殖指数评估乳腺癌10年内远处转移的危险性。虽然乳腺癌分子分型的概念已得到广泛接受并应用于指导临床治疗当中，但是由于其采用的NanoString技术要求较高、设备和试剂昂贵，一般的医疗机构没有条件开展，所以临床上往往采用免疫组化(IHC)的替代方法，通过半定量检测ER、PR、HER2和Ki67蛋白表达水平来估测乳腺癌亚型。目前，国内的乳腺癌亚型分型基本都采用IHC方法，但是，其分型并不精确，且与基于基因表达的分型有30％左右的不一致性，因此，常会影响临床治疗方案的正确制定。近期的多项研究表明，乳腺癌组织当中的免疫基因表达水平与高危亚型的乳腺癌的远处转移的发生密切相关，包括管腔B型(LuminalB)、HER2富集型(HER2-enriched)及基底细胞型(Basal-like)。而PAM50除了检测技术要求高、费用昂贵外，其并没有将乳腺癌预后及治疗效果密切相关的免疫调控基因纳入分析系统，使最终的分型评分系统有一定局限性。
技术实现思路
针对以上的临床需求和产品不足，本专利技术开发了一组基于25个基因表达的，用于乳腺癌亚型分型及远处转移风险评估的方法。通过前期约2800例乳腺癌样本验证，25基因与PAM50的分子分型平均符合率为82％；远处转移风险评估符合率为80％。本专利技术通过引入免疫相关基因，以及基于免疫指数的计算，可以对高复发风险的管腔B型(LuminalB)、HER2富集型(HER2-enriched)及基底细胞型(Basal-like)乳腺癌做进一步风险评估，指导临床治疗，同时也可作为今后乳腺癌免疫检查点抑制剂治疗的伴随诊断指标。本专利技术乳腺癌亚型分型及远处转移风险基因群测试组合的特点在于，在保持与PAM50分型和风险评估高度一致的情况下，增加了免疫指数评估，同时本专利技术所述的检测方法(如定量PCR)操作简便、费用显著降低，易于在医疗机构或检测机构等中进行推广。本专利技术所要解决的技术问题是针对目前评估乳腺癌分子分型基因检测的方法较为复杂、成本高以及评价体系不完善或免疫组化的不准确、具有局限性等的问题，提供了一组评估乳腺癌分子分型及远处转移风险的基因群及其体外诊断试剂盒，以更加准确预测乳腺癌亚型分型及远处转移风险，并指导临床治疗。本专利技术提出了一组乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群，命名为普瑞泰(Precitype)，其包括24个分子分型及远处转移风险评估相关基因，1个看家基因；其中，所述24个分型及远处转移风险评估相关基因包括：基底细胞相关基因EGFR、KRT14、KRT17、KRT5、和SFRP1，雌激素受体相关基因BCL2、ESR1、NAT1、PGR和SCUBE2，HER2相关基因ERBB2和GRB7；免疫相关基因CCL5、CXCL9、GZMA、HLA-DMA和IL2RG，增殖相关基因AURKA、BIRC5、CCNB1、CDC20、MKI67、TOP2A、UBE2C，所述看家基因为ACTB。所述评估乳腺癌分子分型(亚型分型)及远处转移风险基因群如表1所示。表1乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群本专利技术还提供了如上所述的乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群作为标志物在对乳腺癌进行分子分型及评估远处转移风险中的应用。本专利技术还提供了如上所述的乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群作为标志物在制备对乳腺癌进行分子分型及评估远处转移风险的产品中的应用。本专利技术还提供了检测如上所述的乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群的基因表达水平的试剂在制备对乳腺癌进行分子分型及评估远处转移风险的体外诊断产品中的应用。本专利技术还提供了一种对乳腺癌进行分子分型及评估远处转移风险的体外诊断产品，所述体外诊断试剂包括特异性检测如上所述的乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群的基因表达水平的试剂。其中，所述体外诊断产品包括但不限于是检测试剂盒、基因芯片和蛋白质阵列等。其中，所述检测试剂盒为一步法实时多重荧光定量RT-PCR检测试剂盒，所述检测试剂盒包括扩增如上所述的乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群的引物和/或探针。其中，所述基因芯片包括如上所述的乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群的cDNA或寡核苷酸探针点样于固相支持物表面制备而成。其中，所述引物为Taqman引物，包括正向引物和反向引物，所述正向引物的序列如SEQIDNO.1～25所示，所述反向引物的序列如SEQIDNO.26～50所示；所述探针为Taqman探针，所述探针的序列如SEQIDNO.51～75所示。本专利技术还提出了用于检测如上所述乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群表达的引物和探针组，所述引物为Taqman引物，包括正向引物和反向引物，所述正向引物的序列如SEQIDNO.1～25所示，所述反向引物的序列如SEQIDNO.26～50所示；所述探针为Taqman探针，所述探针的序列如SEQIDNO.51～75所示，其中，所述探针通过特异性地与如上所述乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群中的基因杂交来检测出所述基因。本专利技术还提供了如上所述的引物和探针组在用于制备对乳腺癌进行分子分型及评估远处转移风险的产品中的应用。本专利技术中，所述乳腺癌的亚型包括管腔A型、管腔B型、HER2富集型及基底细胞型，所述高危亚型乳腺癌包括管腔B型、HER2富集型及基底细胞型。本专利技术所述检测试剂盒较佳地还包括：总RNA抽提试剂、逆转录试剂和/或定量PCR试剂。其中，所述总RNA抽提试剂为本领域常规的总RNA抽提试剂。其中，所述逆转录试剂是本领域常规的逆转录试剂，较佳地包括dNTP溶液和/或RNA逆转录酶。其中，所述定量PCR试剂为本领域常规使用的试剂，只要能够满足对所得序列进行定量PCR检测的要求即可。所述定量PCR试剂较佳地为市售可得。所述定量PCR为本领域常规的定量PCR，较佳地，为Taqman-实时荧光定量PCR技术。所述PCR试剂较佳地还包括可供构建定量PCR的文库的试剂。本专利技术所述检测试剂盒较佳地还包括从检测对象或肿瘤患者体内提取检测样本的器械；更佳地，还包括从检测对象或肿瘤患者体内提取组织或血液的器械，所述器械较佳地为任何能用于取血的釆血针、注射器等。其中，所述检测样本为只要能满足抽提出检测对象的总RNA即可。所述检测样本较佳地为组织本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一组乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群，其特征在于，其包括24个分子分型及远处转移风险评估相关基因，和1个看家基因；其中，所述24个分子分型及远处转移风险评估相关基因包括：基底细胞相关基因EGFR、KRT14、KRT17、KRT5、和SFRP1，雌激素受体相关基因BCL2、ESR1、NAT1、PGR和SCUBE2，HER2相关基因ERBB2和GRB7，免疫相关基因CCL5、CXCL9、GZMA、HLA‑DMA和IL2RG，和增殖相关基因AURKA、BIRC5、CCNB1、CDC20、MKI67、TOP2A、UBE2C；所述看家基因为ACTB。

【技术特征摘要】
2018.02.27 CN 20181016471591.一组乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群，其特征在于，其包括24个分子分型及远处转移风险评估相关基因，和1个看家基因；其中，所述24个分子分型及远处转移风险评估相关基因包括：基底细胞相关基因EGFR、KRT14、KRT17、KRT5、和SFRP1，雌激素受体相关基因BCL2、ESR1、NAT1、PGR和SCUBE2，HER2相关基因ERBB2和GRB7，免疫相关基因CCL5、CXCL9、GZMA、HLA-DMA和IL2RG，和增殖相关基因AURKA、BIRC5、CCNB1、CDC20、MKI67、TOP2A、UBE2C；所述看家基因为ACTB。2.如权利要求1所述的乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群作为标志物在评估乳腺癌分子分型及远处转移风险中的应用。3.如权利要求1所述的乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群作为标志物在制备对乳腺癌进行分子分型及评估远处转移风险的产品中的应用。4.检测如权利要求1所述的乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群的基因表达水平的试剂在制备对乳腺癌进行分子分型及评估远处转移风险的体外诊断产品中的应用。5.一种对乳腺癌进行分子分型及评估远处转移风险的体外诊断产品，其特征在于，所述体外诊断试剂包括特异性检测如权利要求1所述的乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群的基因表达水平的试剂。6.如权利要求5所述的体外诊断产品，其特征在于，所述体外诊断产品包括检测试剂盒、基因芯片和蛋白质阵列。7.如权利要求6所述的体外诊断产品，其特征在于，所述检测试剂盒为多重定量PCR检测试剂盒，其包括扩增如权利要求1所述的乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群的引物和/或探针；所述基因芯片由权利要求1所述的乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群的cDNA或寡核苷酸探针点样于固相支持物表面制备而成。8.如权利要求7所述的体外诊断产品，其特征在于，所述引物为Taqman引物，包括正向引物和反向引物，所述正向引物的序列如SEQIDNO.1～25所示，所述反向引物的序列如SEQIDNO.26～50所示；所述探针为Taqman探针，所述探针的序列如SEQIDNO.51～75所示。9.用于检测如权利要求1所述的乳腺癌分子分型及远处转移风险基因群表达的引物和探针组，其特征在于，所述引物为Taqman引物，包括正向引物和反向...

【专利技术属性】
技术研发人员：周彤，胡志元，周伟庆，
申请(专利权)人：上海善准生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31