一种适用于细菌的Hi-C高通量测序建库方法技术

本发明专利技术涉及一种适用于细菌的Hi‑C高通量测序建库方法，该方法包：(1)样品甲醛交联；(2)液氮研磨和溶菌酶并行裂解交联后物料，释放细胞染色质；细胞染色质依次经SDS灭活内源酶、经Sau3AI核酸内切酶酶切打断获得酶切后物料；SDS灭活内源酶的条件为：65℃孵育10min后立即放置冰上；(3)酶切后物料进行末端补平；(4)末端补平后DNA分子内连接；(5)解交联分子内连接后物料并去除未连接的末端生物素，获得纯化DNA，超声波随机打断DNA成利于测序的片段大小从而获得DNA测序文库。该方法通过设计合适的内源酶灭活条件，调整灭活时间和温度，从而解决了原核生物染色质偏少、互作捕获难度大的技术问题，实现了细菌的Hi‑C高通量测序建库，扩大了Hi‑C技术的适用范围。

【技术实现步骤摘要】
一种适用于细菌的Hi-C高通量测序建库方法
本专利技术涉及分子生物学
，更具体地，涉及一种适用于细菌的Hi-C高通量测序建库方法。
技术介绍
染色体构象捕获(ChromosomeConformationCapture，3C)技术是一种研究染色体和蛋白互作和染色体构象的技术，可以提供遥远的基因位点之间的关联性的详细信息，此关联性可以从甲醛固定的细胞核中捕获，并且可以从染色体的三维折叠方式被推断。近年来，在第二代测序技术的迅速发展下，由3C技术衍生出来的Hi-C则是以整个细胞核为研究对象，研究整个基因组范围内基因位点之间的关联性。在Hi-C技术中，以整个细胞系为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息学方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系；通过对染色质内全部DNA相互作用模式进行捕获，获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术应用十分广泛，贯穿当今生命科学研究的前沿及热点领域。现有的Hi-C技术对构建3C文库的过程进行了稍许修改。具体的，在连接前，使用生物素标记的核苷酸填充酶切产生的粘性末端。平末端连接后，提取DNA并使用超声波对DNA进行随机打断，最后本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种适用于细菌的Hi‑C高通量测序建库方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：(1)对样品进行甲醛交联获得交联后的物料；(2)液氮研磨和溶菌酶并行裂解交联后物料，使裂解细胞释放细胞染色质；细胞染色质依次经SDS灭活内源酶、经Sau3AI核酸内切酶酶切打断获得酶切后物料；所述SDS灭活内源酶的条件为：65℃孵育10min后立即放置冰上；(3)用生物素标记的碱基对所述酶切后物料进行末端补平，获得末端补平后DNA；(4)对所述末端补平后DNA进行DNA细胞核分子内连接获得分子内连接后物料；(5)解交联分子内连接后物料并去除未连接的末端生物素，获得纯化的DNA，超声波随机打断DNA成利于测序的片段...

【技术特征摘要】
1.一种适用于细菌的Hi-C高通量测序建库方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：(1)对样品进行甲醛交联获得交联后的物料；(2)液氮研磨和溶菌酶并行裂解交联后物料，使裂解细胞释放细胞染色质；细胞染色质依次经SDS灭活内源酶、经Sau3AI核酸内切酶酶切打断获得酶切后物料；所述SDS灭活内源酶的条件为：65℃孵育10min后立即放置冰上；(3)用生物素标记的碱基对所述酶切后物料进行末端补平，获得末端补平后DNA；(4)对所述末端补平后DNA进行DNA细胞核分子内连接获得分子内连接后物料；(5)解交联分子内连接后物料并去除未连接的末端生物素，获得纯化的DNA，超声波随机打断DNA成利于测序的片段大小从而获得DNA测序文库。2.根据权利要求1所述的一种适用于细菌的Hi-C高通量测序建库方法，其特征在于，所述灭活内源酶的步骤包括：(1)取液氮研磨样品0.1g，加入SETbuffer500μL、50mg/mL溶菌酶2.8μL充分混匀，37℃温浴1h；(2)2000g、4℃离心5min，去上清，使用500μL1×CutSmart重悬；(3)2000g、4℃离心5min，去上清，向每管溶解染色质中添加500μL1×CutSmart，吹打混匀，重悬所有细胞碎片并避免形成泡沫；所述1×CutSmart中含SDS，所述SDS的终浓...

【专利技术属性】
技术研发人员：张骥诚，
申请(专利权)人：武汉菲沙基因信息有限公司，
类型：发明
国别省市：湖北,42