沙眼衣原体检测用引物组、使用其的沙眼衣原体检测方法、以及用于该检测的试剂盒技术

本发明专利技术的课题在于提供一种产生所谓的假阴性、假阳性的误判的概率较低、灵敏度及特异性优异的沙眼衣原体的检测方法。本发明专利技术涉及一种沙眼衣原体检测用引物组、以及使用该引物组的沙眼衣原体的检测方法、以及用于该检测方法的试剂盒，该沙眼衣原体检测用引物组包含由序列号5表示的碱基序列构成的正向引物和序列号6表示的碱基序列构成的反向引物的组合构成的第一引物对。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】沙眼衣原体检测用引物组、使用其的沙眼衣原体检测方法、以及用于该检测的试剂盒
本专利技术涉及用于检测沙眼衣原体(Chlamydiatrachomatis)(以下，有时简写为CT)的引物组以及使用该引物组的沙眼衣原体的检测方法、用于实施该方法的试剂盒。
技术介绍
当下，随着性习俗的多样化、以年轻人为首的性行为方式的变化，显著增加了衣原体传染病。衣原体传染病的病原菌是沙眼衣原体，感染人的眼睛、尿道、子宫颈管、咽头，引起各种炎症。另外，已经知道沙眼衣原体中有15种左右的血清型(A-K、Ba、L1-L3等)会使人受感染。因此，需要检测复数种血清型的沙眼衣原体。目前，作为主流的沙眼衣原体的检测方法是利用核酸扩增反应检测沙眼衣原体中的特异隐蔽性质粒(Crypticplasmid)的方法(专利文献1、非专利文献1)。另外，推荐从尿、咽头、子宫颈管采集沙眼衣原体的临床试样。但是，已经知道来自尿、咽头、子宫颈管的试样中含有人基因组DNA，该人基因组DNA会妨碍目的核酸扩增反应。因此，需要在人基因组DNA存在下特异地使沙眼衣原体扩增。现有技术文献专利文献专利文献1：日本特许第5811086号公报。非专利文献非专利文献1：Moller,J.K.,etal.,JournalofClinicalMicrobiology,2008，46,p.3892-3895.
技术实现思路
专利技术要解决的课题但是，专利文献1以及非专利文献1中公开的检测方法，在人基因组DNA等的夹杂DNA存在下进行核酸扩增反应时，会使许多非特异性的核酸被扩增。结果，当用来自尿、咽头、子宫颈管的试样进行沙眼衣原体检测时，有时出现假阳性。另外，非专利文献1中公开的检测方法，因为不能检测沙眼衣原体的复数种血清型，因此也有产生假阴性的情况。也就是说，对于现有的利用核酸扩增反应的沙眼衣原体的检测方法，具有产生所谓的假阴性、假阳性的误判的问题。本专利技术是鉴于如上所述的状况而成的，其课题在于，提供一种产生所谓的假阴性、假阳性的误判的概率较低、灵敏度及特异性优异的沙眼衣原体检测用引物组。解决课题的技术方案本专利技术是为了解决上述课题而成的，其构成如下。(1)沙眼衣原体检测用引物组，其中，其包含由序列号5表示的碱基序列构成的正向引物(forwardprimer)和序列号6表示的反向引物(reverseprimer)的组合构成的第一引物对。(2)沙眼衣原体的检测方法，其特征在于，使用上述(1)的引物组，以试样中的核酸为模板进行核酸扩增反应，检测所得到的核酸扩增产物。(3)沙眼衣原体检测用试剂盒，其中，其包含上述(1)的引物组而成。专利技术的效果基于本专利技术的沙眼衣原体检测用引物组，即使在人基因组DNA等夹杂DNA存在下，也能够抑制非特异性的核酸的扩增。另外，也能够检测会使人受感染的沙眼衣原体的复数种血清型。进一步地，使用了本专利技术的沙眼衣原体检测用引物组的本专利技术的方法，能够减少以现有的方法出现的所谓的假阴性、假阳性的误判，能够以高灵敏度又良好的精确度特异性地检测沙眼衣原体。附图说明图1是针对在实施例2、比较例1以及比较例2中得到的含人基因组DNA的试样，用各种引物对得到PCR扩增产物，通过毛细管电泳分离、检测所述PCR扩增产物而得到的迁移图。图2是针对在实施例3以及比较例3中得到的含沙眼衣原体DNA和人基因组DNA的试样，用各种引物对得到PCR扩增产物，通过毛细管电泳分离、检测所述PCR扩增产物而得到的迁移图。图3是针对在实施例5以及比较例4中得到的含人基因组DNA的试样，用各种引物对得到多重PCR扩增产物，通过毛细管电泳分离、检测所述多重PCR扩增产物而得到的迁移图。图4是针对在实施例6以及比较例5中得到的含沙眼衣原体DNA和人基因组DNA的试样，用各种引物对得到多重PCR扩增产物，通过毛细管电泳分离、检测所述多重PCR扩增产物而得到的迁移图。图5是示出根据与实施例6以及比较例5中得到的迁移图中的沙眼衣原体隐蔽性质粒对应的谱带的荧光强度(浓度)算出的沙眼衣原体隐蔽性质粒的核酸浓度的图。具体实施方式＜1＞本专利技术的沙眼衣原体检测用引物组本专利技术的沙眼衣原体检测用引物组(以下，有时简写为本专利技术的引物组)，其特征在于，包含由序列号5表示的碱基序列构成的正向引物和序列号6表示的碱基序列构成的反向引物的组合构成的第一引物对(以下，有时简写为本专利技术的第一引物对)。上述由序列号5表示的碱基序列构成的正向引物和序列号6表示的碱基序列构成的反向引物是与沙眼衣原体的隐蔽性质粒pLGV440(以下，有时简写为隐蔽性质粒)进行退火的物质。使用这些引物的组合构成的本专利技术的第一引物对和隐蔽性质粒的全碱基序列(序列号1，基因银行编号(GenBankID)：HE603230.1，碱基编号1～7492)进行核酸扩增反应(PCR等)时，在隐蔽性质粒的全碱基序列中带有序列号2表示的碱基序列的碱基编号4770～4917的区域(148个碱基对)被扩增。本专利技术的引物组在本专利技术的第一引物对的基础上，还可以包含与沙眼衣原体的基因组DNA(以下，有时简写为CT基因组DNA)退火的由正向引物和反向引物的组合构成的第二引物对(以下，有时简写为本专利技术的第二引物对)。本专利技术的第二引物对是任意的，只要可与CT基因组DNA退火的即可。需要说明的是，CT基因组DNA的全碱基序列公开在基因银行编号(GenBankID)：HE601796.2。另外，本专利技术的第二引物对是与本专利技术的第一引物对不同的碱基序列。本专利技术的第二引物对按照本身公知的方法设计即可。例如，使用通常用于引物设计的引物设计用软件(例如，Primer3(软件名称)等)来设计引物即可。此时，考虑到为了维持作为各个通常引物序列的特异性所需的碱基数，本专利技术的第二引物对中的正向引物和反向引物的碱基数为10～50个碱基，优选为10～35个碱基，更优选为15～35个碱基，特别优选为18～30个碱基。作为本专利技术的第二引物对的具体例，可举出由序列号7～9的任一个表示的碱基序列构成的正向引物和序列号10表示的碱基序列构成的反向引物组构成。作为本专利技术的第二引物对，当使用序列号7表示的碱基序列构成的正向引物以及序列号10表示的碱基序列构成的反向引物进行核酸扩增反应(PCR等)时，CT基因组DNA的全碱基序列中碱基编号782264～782436的区域(序列号3：173个碱基对)被扩增。另外，当使用序列号8表示的碱基序列构成的正向引物以及序列号10表示的碱基序列构成的反向引物进行核酸扩增反应(PCR等)时，CT基因组DNA的全碱基序列中碱基编号782264～782436的区域(序列号3：173个碱基对)被扩增。进一步，当使用以序列号9表示的碱基序列构成的正向引物以及序列号10表示的碱基序列构成的反向引物进行核酸扩增反应(PCR等)时，CT基因组DNA的全碱基序列中碱基编号782264～782437区域(序列号4：174个碱基对)被扩增。其中，作为本专利技术的第二引物对，优选，由序列号7或8表示的碱基序列构成的正向引物和序列号10表示的碱基序列构成的反向引物的组合构成，更优选为，由序列号7表示的碱基序列构成的正向引物和序列号10表示的碱基序列构成的反向引物的组合构成。在使用以隐蔽性质粒为对象的本专利技术的第一引物对加上以CT基因组DN本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种沙眼衣原体检测用引物组，其中，其包含由序列号5表示的碱基序列构成的正向引物和序列号6表示的碱基序列构成的反向引物的组合构成的第一引物对。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.03.30 JP 2016-0691631.一种沙眼衣原体检测用引物组，其中，其包含由序列号5表示的碱基序列构成的正向引物和序列号6表示的碱基序列构成的反向引物的组合构成的第一引物对。2.如权利要求1所述的引物组，其中，其还包含由序列号7～9的任一个表示的碱基序列构成的正向引物和序列号10表示的碱基序列构成的反向引物的组合构成的第二引物对。3.如权利要求2所述的引物组，其中，第二引物对由序列号7表示的碱基序列构成的正向引物和序列号10表示的碱基序列构成的反向引物的组合构成。4.如权利要求1～3中任一项所述的引物组，其中，至少1种引物被标记物进行了标记。5.如权利要求4所述的引物组，其中，标记物选自荧光物质、放射性同位体、酶、发光物...

【专利技术属性】
技术研发人员：中村竜也，渡边基夫，
申请(专利权)人：富士胶片和光纯药株式会社，
类型：发明
国别省市：日本,JP