一种SNP分子标记mk5945及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种SNP分子标记mk5945及其应用，所述mk5945位于AWUE01014570.1上的第164674位，参考碱基为T，变异碱基为A。本发明专利技术所述分子标记mk5945与黄麻耐盐QTL(qJST‑1)紧密连锁，通过检测黄麻样本在mk5945处的遗传信息可反映该样本的耐盐性，对于遗传育种和种质资源的鉴定具有重要意义。

【技术实现步骤摘要】
一种SNP分子标记mk5945及其应用
本专利技术涉及分子标记领域，具体而言，涉及一种SNP分子标记mk5945及其应用。
技术介绍
黄麻属于二倍体锦葵科植物，是继棉花之后在种植面积和产量方面最为重要和常用的天然纤维作物。黄麻能够在营养贫瘠的土壤中快速生长，获得大量的生物质，所得纤维具有柔软、易于干燥、吸湿性和抗菌性好、可降解、可回收和环境友好的特点，被广泛应用于造纸、纺织、中草药、阔叶蔬菜和可再生生物燃料能源。因此，全球对黄麻的需求不断增加。盐胁迫对黄麻的形态发育和生长具有显著影响，具体涉及细胞渗透压、离子毒性、氧化应激、细胞结构损伤以及代谢紊乱。了解耐盐遗传机制并绘制与耐盐性相关的数量性状基因座(QTL)在黄麻的遗传育种和生产方面具有重要的意义。然而，迄今为止尚无在黄麻中成功定位与耐盐相关的QTL的报道。有鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
本专利技术的第一目的在于提供一种SNP分子标记mk5945，其与黄麻耐盐QTL(qJST-1)紧密连锁，通过检测黄麻样本在mk5945处的遗传信息反映该样本的耐盐性，对于遗传育种和种质资源的鉴定具有重要意义。本专利技术的第二目的在于提供一种检测黄麻耐盐性的方法。本专利技术的第三目的在于提供一种黄麻育种方法。本专利技术的第四目的在于提供由前方法方法产生的黄麻植物用于生产具有耐盐性的黄麻繁殖材料的用途。本专利技术的第五目的在于提供前述mk5945在构建黄麻遗传图谱或研究黄麻种群遗传多样性中的应用。为了实现本专利技术的上述目的，特采用以下技术方案：一种SNP分子标记mk5945，所述mk5945位于AWUE01014570.1上的第164674位，参考碱基为T，变异碱基为A。本专利技术还涉及：一种检测黄麻耐盐性的方法，检测黄麻样本中所述mk5945的遗传信息，根据所述mk5945的遗传信息判断所述黄麻样本是否具有耐盐性。在一些具体的实施方式中，通过探针、PCR扩增或测序获得所述mk5945的遗传信息。在一些具体的实施方式中，通过PCR扩增获得所述mk5945的遗传信息。在一些具体的实施方式中，通过PCR扩增获得所述mk5945的遗传信息。在一些具体的实施方式中，所述PCR扩增使用的引物对如SEQIDNO：3～4所示。本专利技术还涉及：一种黄麻育种方法，所述方法包括以下步骤：(1)执行前述方法；(2)根据所述步骤(1)挑选具有耐盐性的黄麻样本，将其作为亲本繁育子代。在一些具体的实施方式中，通过回交、自交和/或与具有优良农艺性状的其他黄麻杂交的方式繁育获得所述子代。本专利技术还涉及：由前述育种方法产生的黄麻植物用于产生具有耐盐抗性的黄麻繁殖材料的用途，其中所述繁殖材料适宜于有性繁殖、植物性繁殖或可再生的细胞的组织培养。在一些具体的实施方式中，适宜于有性繁殖的所述繁殖材料选自小孢子，花粉，子房，胚珠，胚囊和卵细胞；适宜于植物性繁殖的所述繁殖材料选自插枝，根，茎，细胞，原生质体；适宜于可再生的细胞的组织培养的所述繁殖材料选自叶，花粉，胚，子叶，下胚轴，分生组织细胞，根，根端，花药，花，种子和茎。本专利技术还涉及：前述mk5945在构建黄麻遗传图谱或研究黄麻种群遗传多样性中的应用。与现有技术相比，本专利技术的有益效果为：本专利技术利用SNPs成功构建黄麻高密度遗传图谱，耐盐性状的主效QTLs和微效QTLs得以在遗传图谱上准确定位，并获得包括mk5945在内的、与其紧密连锁的SNPs。所述SNP分子标记mk5945能够准确反映该样本的耐盐性，对于遗传育种和种质资源的鉴定具有重要意义。附图说明为了更清楚地说明本专利技术具体实施方式或现有技术中的技术方案，下面将对具体实施方式或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本专利技术的一些实施方式，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。图1为连锁群标记分布图；图2为连锁群LG4上的部分SNP分子标记连锁信息；图3为连锁群1相邻标记间连锁关系热图，纵轴：位于同一条连锁群上的marker，从上到下分别为连锁群标记按遗传距离排列；图4为140mM盐浓度下，第4天的STIG数据；图5为160mM盐浓度下，第4天的STIG数据；图6为140mM盐浓度下，黄麻耐盐性的QTL作图结果；图7为160mM盐浓度下，黄麻耐盐性的QTL作图结果。具体实施方式下面将结合实施例对本专利技术的实施方案进行详细描述，但是本领域技术人员将会理解，下列实施例仅用于说明本专利技术，而不应视为限制本专利技术的范围。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市购买获得的常规产品。实施例1作图群体和DNA提取1.作图群体野生型黄麻(C.olitoriusL.)种质J009和耐盐性低于J009的黄麻(C.olitoriusL.)变种Guangfengchangguo(GFG)作为亲本植物。150个F2代个体用于构建高分辨率遗传图谱，并结合F2:3后代耐盐性状进行耐盐QTLs定位。植物野生种质资源通常携带大量的抗性基因，是抗逆境育种的天然基因库，因而非常适合黄麻耐盐基因的筛选。2.DNA提取从150个F2代个体和2个亲本的嫩叶组织提取基因组DNA，用于制备基于测序的基因分型(genotyping-bysequencing,GBS)库。其中，基因组DNA的提取使用DNeasyPlantMiniKit(天根，北京，中国)；DNA降解和污染通过1％琼脂糖凝胶监测；DNA的纯度通过分光光度计(IMPLEN，CA，USA)确定；DNA的浓度通过DNAAssayKit和2.0荧光计(LifeTechnologies,CA,USA)检测。实施例2发芽期耐盐性的评价在两种不同盐浓度环境下(140mM和160mM)进行耐盐实验，具体实验如下所示：将作图群体(150个F2:3家系)的种子表面灭菌，每个家系的种子按30粒/皿的量分别种植在两个具有相同灭菌纸的Petri培养皿中并置于照明培养箱中培养(培养条件：相对湿度75％，12h-12h昼/夜光周期，对应温度为28±0.5℃/25±0.5℃)，其中，一培养皿用于盐胁迫(盐胁迫组)，另一培养皿用于对照(对照组)。所述盐胁迫组和对照组的设计如下所示：培养的第1天，盐胁迫组培养皿加入3ml氯化钠溶液，而对照组培养皿加入3ml水，然后所述盐胁迫组和所述对照组每天分别加入2ml氯化钠溶液和2ml水至对应培养皿(共6天)。在每种盐胁迫环境下，完全随机地设置3个生物学重复。在6天的实验全程，每天观察并记录种子萌发的条件。当芽长于3mm时，将种子定义为发芽种子。种子萌发的耐盐指数(STIG)根据以下等式评估：STIG＝(盐胁迫环境下发芽的种子数/种子总数)/(对照条件下发芽的种子数/种子总数)实施例3文库构建及测序根据标准GBS方案构建实施例1所述DNA的GBS文库，具体包括：1、用限制性内切酶MseⅠ和HaeⅢ消化DNA，随后连接条形码化适配体(barcodedadapters)以带有个体化标签，所得带有不同条形码序列的限制性连接样品使用AgencourtAMPureXP(Beckman)纯化；2、使用PhusionMasterMix(NEB)通用引物(universalprim本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种SNP分子标记mk5945，其特征在于，所述mk5945位于AWUE01014570.1上的第164674位，参考碱基为T，变异碱基为A。

【技术特征摘要】
1.一种SNP分子标记mk5945，其特征在于，所述mk5945位于AWUE01014570.1上的第164674位，参考碱基为T，变异碱基为A。2.一种检测黄麻耐盐性的方法，其特征在于，检测黄麻样本中权利要求1所述mk5945的遗传信息，根据所述mk5945的遗传信息判断所述黄麻样本是否具有耐盐性。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，通过探针、PCR扩增或测序获得所述mk5945的遗传信息。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，通过PCR扩增获得所述mk5945的遗传信息。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增使用的引物对如SEQIDNO：3～4所示。6.一种黄麻育种方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：(1)执行权利要求2～5任一项所述方法；(2)根据所述步...

【专利技术属性】
技术研发人员：粟建光，杨泽茂，戴志刚，刘婵，程超华，谢冬微，唐蜻，许英，陈基权，
申请(专利权)人：中国农业科学院麻类研究所，
类型：发明
国别省市：湖南,43