胃肠癌的增生标签及预后制造技术

本发明专利技术涉及用于确定患者中癌症，特别是胃肠癌如胃癌或结直肠癌预后的方法和组合物。特别地，本发明专利技术涉及基于细胞增生标签使用遗传标志物预测癌症如胃癌或结直肠癌的预后。在多个方面，本发明专利技术涉及预测癌症患者长期存活可能性的方法，确定癌症患者治疗方案的方法，制作癌症患者个体化基因组学谱的方法等方法，以及用于执行这些方法的试剂盒和装置。

Proliferation labeling and prognosis of gastrointestinal cancer

The present invention relates to a method and composition for determining the prognosis of cancer in a patient, especially gastrointestinal cancer, such as gastric cancer or colorectal cancer. In particular, the present invention relates to the use of genetic markers to predict the prognosis of cancers such as gastric or colorectal cancer based on cell proliferation labels. In many aspects, the present invention relates to methods for predicting the long-term survival possibility of cancer patients, methods for determining treatment options for cancer patients, methods for producing individual genomic profiles for cancer patients, and kits and devices for implementing these methods.

【技术实现步骤摘要】
胃肠癌的增生标签及预后本申请是申请人于2008年10月6日提交的题为“胃肠癌的增生标签及预后”的中国专利申请200880119316.5的分案申请。
本专利技术涉及确定患者的癌症，特别是胃肠癌预后的方法和组合物。具体地，本专利技术涉及基于细胞增生标签使用遗传标志物确定癌症如胃肠癌的预后。专利技术背景细胞增生是活生物最基本的过程，因此其被增生相关基因的表达水平精确调控(1)。丧失增生控制是癌症的标志，因此，与毗邻的正常组织相比，生长调控基因在肿瘤中异常表达并不让人感到诧异(2)。增生改变可伴随其他细胞性质的改变，如侵入和转移的能力，因此，能影响患者的结局。该相关性吸引了大量关注，已经进行了许多研究来开发肿瘤细胞增生作为潜在的结果指示因子。通常通过流式细胞仪，或更一般地，在组织中通过增生标志物的免疫组化评价来评估细胞增生(3)。最广泛使用的增生标志物是Ki-67，其是在除静止期G0外的所有细胞周期表达的蛋白(4)。通过使用Ki-67，已经在恶性肿瘤如乳腺癌、肺癌、软组织肿瘤和星细胞瘤中建立了周期细胞比例与临床结果间的清晰相关性(5)。在乳腺癌中，通过微阵列分析也已经确认了该相关性，这产生了已经用于鉴定患者的增生基因表达谱，该患者处于增加的复发风险(6)。然而，增生指数(PI)在结直肠癌(CRC)中作为预后因子产生了相互矛盾的结果，因此不能在临床环境中应用(参见下文)。研究随患者选择、取样方法、截止点水平、抗体选择、染色技术及收集和解释数据的方式而变化。方法差异和这些研究的异质性可部分解释相互矛盾的结果(7)，(8)。Ki-67作为增生标记的用途也具有局限性。Ki-67PI评价了活性周期细胞的比例，但没有给出细胞周期长度的说明(3)，(9)。因此，由于不同的周期速度，具有相似PI的肿瘤可能以不同的速率生长。此外，当Ki-67mRNA在静止期细胞中不生产时，在部分结直肠肿瘤中仍可检测到蛋白，这导致高估的增生速率(10)。因为使用单个增生标志物评估预后在CRC中显得不可靠(参见下文)，需要其他工具来预测胃肠癌的预后。本专利技术基于癌症预后标志物，特别是胃肠癌预后标志物提供了其他方法和组合物以帮助癌症的预后和治疗。专利技术概述在本专利技术的一个方面，使用微阵列来鉴定为癌症细胞提供增生标签的基因。这些基因及其编码的蛋白质在本文称为胃肠癌增生标志物(GCPM)。在本专利技术的一个方面，预后的癌症是胃肠癌，特别是胃癌或结直肠癌。在个别的方面，本专利技术包括通过鉴定样品中至少一种GCPM表达水平测定癌症预后的方法。所选GCPM编码与细胞增生有关的蛋白质，例如细胞周期组分。这些GCPM在确定基于预后的特定癌症的最好治疗方案的方法中具有附加用途。在个别的方面，与复发型肿瘤组织相比，非复发型肿瘤组织中GCPM水平较高。可单独使用，或彼此或与其他已知癌症标志物组合使用这些标志物。在其他方面，本专利技术包括测定癌症预后的方法，其包括：(a)提供癌症样品；(b)检测样品中至少一种GCPM家族成员的表达水平；及(c)测定癌症预后。在另一个方面，本专利技术包括测定至少一种GCPMRNA，例如至少一种mRNA表达水平的步骤。在另一个方面，本专利技术包括检测至少一种GCPM蛋白表达水平的步骤。在另一个方面，本专利技术包括检测至少一种GCPM肽水平的步骤。在另一个方面，本专利技术包括检测样品中至少一种GCPM家族成员表达水平的步骤。在另一个方面，GCPM是与细胞增生相关的基因，如细胞周期成分。在其他方面，至少一种GCPM选自本文表A、表B、表C或表D。在另一个方面，本专利技术包括检测至少一种列于本文表A、表B、表C或表D的GCPM表达水平的方法。在另一个方面，本专利技术包括检测CDC2，MCM6，RPA3，MCM7，PCNA，G22P1，KPNA2，ANLN，APG7L，TOPK，GMNN，RRM1，CDC45L，MAD2L1，RAN，DUT，RRM2，CDK7，MLH3，SMC4L1，CSPG6，POLD2，POLE2，BCCIP，Pfs2，TREX1，BUB3，FEN1，DRF1，PREI3，CCNE1，RPA1，POLE3，RFC4，MCM3，CHEK1，CCND1和CDC37的至少一种的表达水平的方法。在另一个方面，本专利技术包括检测CDC2、RFC4、PCNA、CCNE1、CCND1、CDK7、MCM基因、FEN1、MAD2L1、MYBL2、RRM2和BUB3的至少一种的表达水平。在另一个方面，测定了至少2，或至少5，或至少10，至少15，至少20，至少25，至少30，至少35，至少40，至少45，至少50或至少75种增生标志物或其表达产物的表达水平，所述增生标志物或其表达产物例如选自表A、表B、表C或表D；选自CDC2，MCM6，RPA3，MCM7，PCNA，G22P1，KPNA2，ANLN，APG7L，TOPK，GMNN，RRM1，CDC45L，MAD2L1，RAN，DUT，RRM2，CDK7，MLH3，SMC4L1，CSPG6，POLD2，POLE2，BCCIP，Pfs2，TREX1，BUB3，FEN1，DRF1，PREI3，CCNE1，RPA1，POLE3，RFC4，MCM3，CHEK1，CCND1和CDC37；或选自CDC2、RFC4、PCNA、CCNE1、CCND1、CDK7、MCM基因(例如MCM3、MCM6和MCM7的一个或多个)、FEN1、MAD2L1、MYBL2、RRM2和BUB3。在其他方面，测定了所有增生标志物或其表达产物的表达水平，所述增生标志物或其表达产物例如列于表A、表B、表C或表D的；列于组CDC2，MCM6，RPA3，MCM7，PCNA，G22P1，KPNA2，ANLN，APG7L，TOPK，GMNN，RRM1，CDC45L，MAD2L1，RAN，DUT，RRM2，CDK7，MLH3，SMC4L1，CSPG6，POLD2，POLE2，BCCIP，Pfs2，TREX1，BUB3，FEN1，DRF1，PREI3，CCNE1，RPA1，POLE3，RFC4，MCM3，CHEK1和CDC37；或列于组CDC2、RFC4、PCNA、CCNE1、CCND1、CDK7、MCM基因(例如MCM3、MCM6和MCM7的一种或多种)、FEN1、MAD2L1、MYBL2、RRM2和BUB3。在另一个方面，本专利技术包括确定癌症治疗方案的方法，其包括：(a)提供癌症样品；(b)检测样品中至少一种GCPM家族成员的表达水平；(c)基于至少一种GCPM家族成员的表达水平测定癌症预后；及(d)根据预后确定治疗方案。在另一个方面，本专利技术包括测定至少一种GCPM的装置，其包括：(a)其上具有至少一种GCPM捕获剂的基底；及(b)能检测至少一种捕获的GCPM、捕获剂或其复合物的检测剂。在另一个方面，本专利技术包括检测癌症的试剂盒，其包括：(a)GCPM捕获剂；(b)能检测捕获的GCPM、捕获剂或其复合物的检测剂；及可选地，(c)使用说明书。在另一个方面，该试剂盒也包括用于捕获的GCPM的基底。在另一个方面，本专利技术包括使用定量PCR检测至少一种GCPM的方法，其包括：(a)特异于至少一种GCPM的正向引物；(b)特异于至少一种GCPM的反向引物；(c)PCR试剂；及可选地，(d)反应管本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.试剂在制备用于预测不具有胃肠癌复发的胃肠癌患者长期存活的可能性的试剂盒中的用途，其中所述试剂用于测定获自患者的胃肠道样品中的一种或者多种基因的表达水平，所述一种或者多种基因中的一种是增殖细胞核抗原(PCNA)。

【技术特征摘要】
2007.10.05 NZ 5622371.试剂在制备用于预测不具有胃肠癌复发的胃肠癌患者长期存活的可能性的试剂盒中的用途，其中所述试剂用于测定获自患者的胃肠道样品中的一种或者多种基因的表达水平，所述一种或者多种基因中的一种是增殖细胞核抗原(PCNA)。2.根据权利要求1所述的用途，其中一种或者多种基因增加的表达指示了不具有胃肠癌复发的长期存活可能性的增加。3.根据权利要求1所述的用途，其中预测模型被应用于建立不具有胃肠癌复发的长期存活可能性，所述模型通过对复发和非复发肿瘤样品中预测标签的表达水平应用预测用途而建立。4.根据权利要求3所述的用途，其中所述预测方法选自线性模型、支持向量机、神经网络、分类回归树、集成学习方法、线性判别分析、近邻方法、贝叶斯网络和独立成分分析。5.根据权利要求1所述的用途，其中胃肠癌是胃癌或结直肠癌。6.根据权利要求1所述的用途，其中从患者的固定的蜡包埋的胃肠癌组织样本分离RNA。7.根据权利要求1所述的用途，其中从核芯针活检组织或细针抽吸细胞分离RNA。8.试剂在制备用于预测诊断为患有胃肠癌的患者无胃肠癌复发的长期存活可能性的工具中的用途，其中所述试剂用于测定获自诊断为患有胃肠癌的患者的胃肠道样品中的一种或者多种基因的表达水平，所述基因包含RFC4。9.根据权利要求8的用途，其中通过使用Cox比例风险模型进行统计分析。10.根据权利要求8所述的用途，其中从固定的石蜡包埋的活检样品获取胃肠组织。11.根据权利要求8所述的用途，其中所述工具还被用于预测患者长期存活的可能性。12.根据权利要求8所述的用途，其中所述工具还被用于建议患者治疗模式。13.试剂在制备用于预后的工具中的用途，其中所述试剂用于测定获自患者的胃肠道样品中的一种或者多种基因的表达水平，所述基因包含RFC4。14.根据权利要求13所述的用途，其中将基因的RNA转录物水平相对于两种或更多种持家基因的平均RNA转录物进行标准化。15.根据权利要求14所述的用途，其中持家基因是编码选自以下蛋白质的基因：甘油醛-3-磷酸-脱氢酶(GAPDH)、CypI、清蛋白、肌动蛋白、微管蛋白、亲环蛋白次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶(HRPT)、L32和28S。16.根据权利要求13所述的用途，其中基因的RNA转录物水平相对于所有测试的基因或其子集的平均RNA转录物或产物信号进行标准化。17.根据权利要求13所述的用途，其中利用定量RT-PCR测定RNA转录物水平，且信号是Ct值。18.根据权利要求13所述的用途，其中患者是人。19.根据权利要求13所述的用途，其中样品是固定的石蜡包埋组织(FPET)样品或新鲜或冷冻的组织样品。20.根据权利要求13所述的用途，其中样品是来源于细针活检、核芯针活检或其他类型活检的组织样品。21.根据权利要求13所述的用途，其中利用定量RT-PCR进行定量分析。22.根据权利要求13所述的用途，其中通过定量基因的产物进行定量分析。23.根据权利要求13所述的用途，其中通过免疫组织化学或蛋白质组学技术定量产物。24.根据权利要求13所述的用途，进一步包含制作报告的步骤，所述报告指示患者具有增加的无胃肠癌复发的长期存活可能性。25.用于预测不具有胃肠癌复发的胃肠癌患者长期存活的可能性的试剂盒，所述试剂盒包含用于确定从患者获得的结直肠样品中的一种或多种预后标志物的表达水平的试剂，所述水平用在结直肠癌组织样品中全部RNA转录物或其表达产物、或参照组RNA转录物或其产物的表达水平标准化；其中预后标志物包括增殖细胞核抗原(PCNA)的RNA；且其中一种或多种预后标志物的表达增加表明在没有结直肠癌复发的情况下长期存活的可能性增加。26.用于预测诊断具有胃肠癌，不具有胃肠...

【专利技术属性】
技术研发人员：A·安若姆肖阿，A·E·里夫，YH·林，M·A·布莱克，
申请(专利权)人：环太平洋生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：新西兰,NZ