鉴定男性能育性状态和胚胎质量的方法技术

本发明专利技术提供了鉴定受试者中男性能育性状况的方法。本发明专利技术还提供了进行能育性治疗和体外受精程序的方法。所述方法可包括确定从受试者的精液样本中所提取DNA的DNA甲基化模式。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】鉴定男性能育性状态和胚胎质量的方法相关申请的交叉引用本专利申请要求2015年8月6日提交的美国临时申请62/201,907的优先权，该文献全文以引用方式并入本文。
本公开涉及鉴定受试者中男性能育性状况的方法。本公开还涉及鉴定胚胎质量的方法。更具体地，本公开涉及进行能育性治疗的方法。
技术介绍
男性不育性诊断可通过标准精液分析来确定。除了对形态学排序标准的修改，精液分析在过去数十年里一般改变较少。研究已经评价了通过标准精液分析评价的各种精液参数的预后价值(参见EstevesSC等人，Urology.2012；79(1)：16-22；BarrattCL等人，AsianJournalofAndrology.2011；13(1)：53-8；和BondeJP等人，Lancet.1998；352(9135):1172-7，所述文献各自全文以引用方式并入本文)。虽然评估的参数可能是评价男性能育性潜力方面的基准，然而，除了精子数量或活力严重下降之外，精液分析对能育性的预测值一般为中等。对精液分析的预测值研究指示虽然精液分析对于将男性分为低能育、不确定能育或能育是有用的，但其一般对于诊断不育性是无效的本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种鉴定受试者中男性能育性状况的方法，所述方法包括：从来自所述受试者的精液样本中提取DNA；鉴定所提取DNA的甲基化模式；将所述提取DNA的甲基化模式与对照的DNA甲基化模式进行比较；以及确定所述提取DNA的甲基化模式是否与所述对照的DNA甲基化模式显著不同，其中所述提取DNA的显著不同的甲基化模式指示所述受试者具有男性能育性状况。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.08.06 US 62/201,9071.一种鉴定受试者中男性能育性状况的方法，所述方法包括：从来自所述受试者的精液样本中提取DNA；鉴定所提取DNA的甲基化模式；将所述提取DNA的甲基化模式与对照的DNA甲基化模式进行比较；以及确定所述提取DNA的甲基化模式是否与所述对照的DNA甲基化模式显著不同，其中所述提取DNA的显著不同的甲基化模式指示所述受试者具有男性能育性状况。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述对照的DNA甲基化模式为由以下方法制备的能育参考甲基化组，所述方法包括：从能育精子供体获得多个精子细胞样本；测定所述多个精子细胞样本每一个中的在两个或更多个基因座每一个处甲基化的精子细胞的分数；以及基于所述多个精子细胞样本每一个中的在两个或更多个基因座每一个处甲基化的精子细胞的分数，限定所述两个或更多个基因座每一个处的预期甲基化范围。3.根据权利要求2所述的方法，其中所述限定两个或更多个基因座每一个处的预期甲基化范围还包括：限定所述两个或更多个基因座每一个的最大正常甲基化水平；以及限定所述两个或更多个基因座每一个的最小正常甲基化水平。4.根据权利要求3所述的方法，其中所述限定两个或更多个基因座每一个的最大正常甲基化水平包括通过弃去所述两个或更多个基因座每一个的最高“a”百分比值确定所述两个或更多个基因座每一个处的甲基化的最高剩余值，并且其中所述两个或更多个基因座每一个处的最大正常甲基化水平为一(1)或高于所述最高剩余值的“b”中的较小者。5.根据权利要求3所述的方法，其中所述限定两个或更多个基因座每一个的最小正常甲基化水平包括通过弃去所述两个或更多个基因座每一个的最低“a”百分比值确定所述两个或更多个基因座每一个处的甲基化的最小剩余值，并且其中所述两个或更多个基因座每一个处的最小正常甲基化水平为零(0)或低于所述最小剩余值的“b”中的较大者。6.根据权利要求3-5中任一项所述的方法，其中“a”介于约2和约3之间，并且“b”介于约0.1和约0.3之间。7.根据权利要求3-6中任一项所述的方法，其中“a”为约2.5，并且“b”为约0.2。8.根据权利要求1所述的方法，其中所述精液样本为整个射精精液样本。9.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法鉴定具有大于60％的阳性预测值的男性能育性状况。10.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法鉴定具有大于70％的阳性预测值的男性能育性状况。11.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法鉴定具有大于80％的阳性预测值的男性能育性状况。12.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法鉴定具有大于90％的阳性预测值的男性能育性状况。13.根据权利要求1所述的方法，其中所述甲基化模式为全基因组甲基化模式。14.根据权利要求1所述的方法，其中所述甲基化模式包括来自所述提取DNA的至少50,000个胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸(CpG)的甲基化状态。15.根据权利要求1所述的方法，其中所述甲基化模式包括来自所述提取DNA的至少50,000个胞嘧啶的甲基化状态。16.根据权利要求1所述的方法，其中所述提取DNA的甲基化模式通过选自下列中至少一种的方法鉴定：DNA甲基化阵列、焦磷酸测序、简化代表性重亚硫酸盐测序、靶向重亚硫酸盐测序、全基因组重亚硫酸盐测序、重亚硫酸盐补片PCR、或它们的组合。17.根据权利要求1所述的方法，其中所述提取DNA的甲基化模式通过以下方法鉴定，所述方法包括：用重亚硫酸盐处理所述提取DNA的一部分；扩增经重亚硫酸盐处理的DNA；将经扩增的DNA与DNA甲基化阵列杂交；以及处理经杂交的DNA甲基化阵列以确定所述提取DNA的甲基化模式。18.根据权利要求1所述的方法，所述方法还包括：纯化所述精液样本。19.根据权利要求18所述的方法，其中所述纯化是经由体细胞裂解。20.根据权利要求18所述的方法，其中所述纯化是经由密度梯度纯化。21.根据权利要求1所述的方法，其中所述受试者为人。22.一种预测体外受精(IVF)胚胎质量的方法，所述方法包括：从受试者收集精液样本；从所述精液样本的一部分中提取DNA；鉴定所提取DNA的甲基化模式；将所述提取DNA的甲基化模式与对照的DNA甲基化模式进行比较；以及确定所述提取DNA的甲基化模式是否与所述对照的DNA甲基化模式显著不同，其中所述提取DNA的显著不同的甲基化模式指示经由所述精液样本受精产生的胚胎处于低劣质量IVF胚胎的风险中。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述对照的DNA甲基化模式为由以下方法制备的能育参考甲基化组，所述方法包括：从能育精子供体获得多个精子细胞样本；测定所述多个精子细胞样本每一个中的在两个或更多个基因座每一个处甲基化的精子细胞的分数；以及基于所述多个精子细胞样本每一个中的在两个或更多个基因座每一个处甲基化的精子细胞的分数，限定所述两个或更多个基因座每一个处的预期甲基化范围。24.根据权利要求23所述的方法，其中所述限定两个或更多个基因座每一个处的预期甲基化范围还包括：限定所述两个或更多个基因座每一个的最大正常甲基化水平；以及限定所述两个或更多个基因座每一个的最小正常甲基化水平。25.根据权利要求24所述的方法，其中所述限定两个或更多个基因座每一个的最大正常甲基化水平包括通过弃去所述两个或更多个基因座每一个的最高“a”百分比值确定所述两个或更多个基因座每一个处的甲基化的最高剩余值，并且其中所述两个或更多个基因座每一个处的最大正常甲基化水平为一(1)或高于所述最高剩余值的“b”中的较小者。26.根据权利要求24所述的方法，其中所述限定两个或更多个基因座每一个的最小正常甲基化水平包括通过弃去所述两个或更多个基因座每一个的最低“a”百分比值确定所述两个或更多个基因座每一个处的甲基化的最小剩余值，并且其中所述两个或更多个基因座每一个处的最小正常甲基化水平为零(0)或低于所述最小剩余值的“b”中的较大者。27.根据权利要求24-26中任一项所述的方法，其中“a”介于约2和约3之间，并且“b...

【专利技术属性】
技术研发人员：道格拉斯·T·卡雷尔，布雷德利·凯恩斯，肯尼思·I·奥斯藤，蒂莫西·詹金斯，安德鲁·大卫·史密斯，菲利普·詹姆斯·乌伦，阿兰·霍萨戈尔，
申请(专利权)人：犹他州立大学研究基金会，南加利福尼亚大学研究基金会，埃皮索纳公司，
类型：发明
国别省市：美国,US