监测骨髓瘤的治疗或进展制造技术

本发明专利技术涉及用于诊断骨髓瘤、监测患有骨髓瘤的个体的疾病进展或治疗功效的方法和试剂盒。在一个方面，本发明专利技术涉及用于监测个体对多发性骨髓瘤治疗的响应的方法，该方法包括：提供源于已经历多发性骨髓瘤治疗的个体的外周血样品的无细胞核酸；针对KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的任何一个或多个核苷酸序列中的突变评估这些无细胞核酸；其中KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的核苷酸序列中不存在突变或突变的数量减少表明该个体对多发性骨髓瘤治疗有响应。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】监测骨髓瘤的治疗或进展本申请要求澳大利亚临时申请AU2015905013和AU2016903019的优先权，将其全部披露以其整体并入本文。
本专利技术涉及用于确定个体是否患有骨髓瘤、监测骨髓瘤的进展或骨髓瘤的治疗功效的方法和试剂盒。
技术介绍
多发性骨髓瘤(MM)是一种由遍及骨髓(BM)的多灶性肿瘤沉积表征的不可治愈的血液系统恶性肿瘤。几乎所有MM中都存在核型不稳定和染色体数目异常。涉及免疫球蛋白(IgH)基因和FGFR3/MMSET、CCND1、CCND3或MAF的原发性易位发生在疾病发病期间，并且涉及MYC基因的继发性易位发生在疾病进展期间。MM的治疗通过蛋白酶体抑制剂和免疫调节剂的实施已经取得了显著的进展，然而，因为细胞通过积累在疾病初期期间通常不存在的突变而获得对全身性疗法的抗性，该疾病仍然不能治愈。对疗法的抗性通常通过MM细胞的遗传进化来介导，更具抗性的克隆具有生长和存活优势。诊断和预后预测的当前实践是进行连续的BM活检，但是从活检获得的遗传信息(GI)被一种或多种肿瘤的已知的克隆间和克隆内异质性干扰。需要用于确定多发性骨髓瘤的诊断、预后预测和/或监测治疗功效的改进方法或替代方法。在本说明书中对任何现有技术的提及并不是承认或暗示此现有技术形成任何管辖权的公知常识的一部分，或者此现有技术可合理地预期被理解为被认为与本领域技术人员已知的其他现有技术是相关的和/或与之组合。
技术实现思路
本专利技术提供了用于监测个体对多发性骨髓瘤治疗的响应的方法，该方法包括：-提供源于已经历多发性骨髓瘤治疗的个体的外周血样品的无细胞核酸；-针对KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的任何一个或多个核苷酸序列中的突变评估这些无细胞核酸；其中KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的核苷酸序列中不存在突变或突变的数量减少表明该个体对多发性骨髓瘤治疗有响应；或者其中KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的核苷酸序列中存在突变或突变的数量增加表明该个体对多发性骨髓瘤治疗无响应。本专利技术提供了用于监测个体对多发性骨髓瘤治疗的响应的方法，该方法包括：-提供源于已经历多发性骨髓瘤治疗的个体的外周血样品的无细胞核酸；-提供来自该个体的骨髓单核细胞的核酸；-针对KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的任何一个或多个核苷酸序列中的突变评估这些无细胞核酸；-针对KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的任何一个或多个核苷酸序列中的突变评估来自骨髓单核细胞的核酸；其中在无细胞核酸或来自骨髓单核细胞的核酸的一者或两者中KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的核苷酸序列中不存在突变或突变的数量减少表明该个体对多发性骨髓瘤治疗有响应；或者其中在无细胞核酸或来自骨髓单核细胞的核酸的一者或两者中KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的核苷酸序列中存在突变或突变的数量增加表明该个体对多发性骨髓瘤治疗无响应。本专利技术提供了用于监测个体对多发性骨髓瘤治疗的响应的方法，该方法包括：-评估来自已经历多发性骨髓瘤治疗的个体的外周血测试样品，从而形成测试样品谱(profile)；-将测试样品谱与对照谱进行比较以鉴定测试样品谱与对照谱之间是否存在无细胞核酸水平的差异，对照谱包含关于无多发性骨髓瘤个体的外周血中无细胞核酸水平的数据；-在测试样品谱中的无细胞核酸水平与对照谱相同的情况下，确定该个体对多发性骨髓瘤治疗有响应。本专利技术提供了用于监测个体对多发性骨髓瘤治疗的响应的方法，该方法包括：-评估来自已经历多发性骨髓瘤治疗的个体的外周血测试样品，从而形成测试样品谱；-将测试样品谱与对照谱进行比较以鉴定测试样品谱与对照谱之间是否存在无细胞核酸水平的差异，对照谱包含关于开始治疗前该个体的外周血中无细胞核酸水平的数据；-在测试样品谱中的无细胞核酸水平低于对照谱的情况下，确定该个体对多发性骨髓瘤治疗有响应。本专利技术提供了用于监测个体对多发性骨髓瘤治疗的响应的方法，该方法包括：-评估来自已经历多发性骨髓瘤治疗的个体的外周血测试样品，从而形成测试样品谱；-将测试样品谱与对照谱进行比较以鉴定测试样品谱与对照谱之间是否存在无细胞核酸水平的差异，对照谱包含关于开始治疗前该个体的外周血中无细胞核酸水平的数据；-在测试样品谱中的无细胞核酸水平低于对照谱的情况下，确定该个体对多发性骨髓瘤治疗有响应；或者-在测试样品谱中的无细胞核酸水平与对照谱相同或更高的情况下，确定该个体对多发性骨髓瘤治疗无响应。本专利技术提供了用于监测个体对多发性骨髓瘤治疗的响应的方法，该方法包括：-提供来自已经历多发性骨髓瘤治疗的个体的外周血测试样品；-评估测试样品的无细胞核酸水平，从而形成测试样品谱；-提供包含关于无多发性骨髓瘤个体的外周血中无细胞核酸水平的数据的对照谱；-将测试样品谱与对照谱进行比较以鉴定测试样品谱与对照谱之间是否存在无细胞核酸水平的差异；-在测试样品谱中的无细胞核酸水平与对照谱相同的情况下，确定该个体对多发性骨髓瘤治疗有响应。本专利技术提供了用于监测个体对多发性骨髓瘤治疗的响应的方法，该方法包括：-提供来自已经历多发性骨髓瘤治疗的个体的外周血测试样品；-评估测试样品的无细胞核酸水平，从而形成测试样品谱；-提供包含关于患有多发性骨髓瘤个体的外周血中无细胞核酸水平的数据的对照谱；-将测试样品谱与对照谱进行比较以鉴定测试样品谱与对照谱之间是否存在无细胞核酸水平的差异；-在测试样品谱中的无细胞核酸水平低于对照谱的情况下，确定该个体对多发性骨髓瘤治疗有响应；或者-在测试样品谱中的无细胞核酸水平与对照谱相同或更高的情况下，确定该个体对多发性骨髓瘤治疗无响应。在本文所述的本专利技术的任何方面，无细胞核酸是无细胞DNA。在本文所述的本专利技术的任何方面，无细胞核酸是无细胞的肿瘤来源的DNA。本专利技术还提供了用于监测个体对多发性骨髓瘤治疗的响应的方法，该方法包括：-提供源于已经历多发性骨髓瘤治疗的个体的外周血样品的无细胞核酸；-针对KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的任何一个或多个核苷酸序列中的突变评估这些无细胞核酸；其中KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的核苷酸序列中不存在突变表明该个体对多发性骨髓瘤治疗有响应。本专利技术还提供了用于监测个体对多发性骨髓瘤治疗的响应的方法，该方法包括：-提供源于已经历多发性骨髓瘤治疗的个体的外周血样品的无细胞核酸；-提供来自该个体的骨髓单核细胞的核酸；-针对KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的任何一个或多个核苷酸序列中的突变评估这些无细胞核酸；-针对KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的任何一个或多个核苷酸序列中的突变评估来自骨髓单核细胞的核酸；其中在无细胞核酸或来自骨髓单核细胞的核酸的一者或两者中KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的核苷酸序列中不存在突变表明该个体对多发性骨髓瘤治疗有响应。本专利技术提供了用于监测个体对多发性骨髓瘤治疗的响应的方法，该方法包括：-针对KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的任何一个或多个核苷酸序列中的突变评估来自已经历多发性骨髓瘤治疗的个体的外周血的无细胞核酸，从而形成测试样品谱；-将测试样品谱与对照谱进行比较以鉴定测试样品谱与对照谱之间是否存在突变数量或包含至本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于监测个体对多发性骨髓瘤治疗的响应的方法，该方法包括：‑提供源于已经历多发性骨髓瘤治疗的个体的外周血样品的无细胞核酸；‑针对KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的任何一个或多个核苷酸序列中的突变评估这些无细胞核酸；其中KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的核苷酸序列中不存在突变或突变的数量减少表明该个体对多发性骨髓瘤治疗有响应；或者其中KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的核苷酸序列中存在突变或突变的数量增加表明该个体对多发性骨髓瘤治疗无响应。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.12.03 AU 2015905013;2016.08.01 AU 20169030191.一种用于监测个体对多发性骨髓瘤治疗的响应的方法，该方法包括：-提供源于已经历多发性骨髓瘤治疗的个体的外周血样品的无细胞核酸；-针对KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的任何一个或多个核苷酸序列中的突变评估这些无细胞核酸；其中KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的核苷酸序列中不存在突变或突变的数量减少表明该个体对多发性骨髓瘤治疗有响应；或者其中KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的核苷酸序列中存在突变或突变的数量增加表明该个体对多发性骨髓瘤治疗无响应。2.一种用于监测个体对多发性骨髓瘤治疗的响应的方法，该方法包括：-提供源于已经历多发性骨髓瘤治疗的个体的外周血样品的无细胞核酸；-提供来自该个体的骨髓单核细胞的核酸；-针对KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的任何一个或多个核苷酸序列中的突变评估这些无细胞核酸；-针对KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的任何一个或多个核苷酸序列中的突变评估来自骨髓单核细胞的这些核酸；其中在这些无细胞核酸或来自骨髓单核细胞的这些核酸的一者或两者中KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的核苷酸序列中不存在突变或突变的数量减少表明该个体对多发性骨髓瘤治疗有响应；或者其中在这些无细胞核酸或来自骨髓单核细胞的这些核酸的一者或两者中KRAS、NRAS、BRAF和/或TP53基因的核苷酸序列中存在突变或突变的数量增加表明该个体对多发性骨髓瘤治疗无响应。3.如权利要求1或2所述的方法，其中检测到的突变编码选自由图10中所示的那些组成的组的突变。4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其中该方法包括将来自该个体的无细胞核酸与在多发性骨髓瘤治疗之前从该个体获得的无细胞核酸进行比较。5.如权利要求2至4中任一项所述的方法，其中该方法包括将来自该个体的骨髓单核细胞的核酸与来自在多发性骨髓瘤治疗之前从该个体获得的骨髓单核细胞的核酸进行比较。6.如权利要求1至5中任一项所述的方法，其中检测到的突变编码选自由以下组成的组的突变：KRASG12D、KRASG12C、KRASG12V、KRASG12S、KRASG12R、KRASG12A、KRASG13C、NRASQ61K、NRASQ61H_1、NRASG13D、NRASQ61H、NRASQ61L、NRASG13R、BRAFV600E和TP53R273H。7.一种用于确定个体是否患有多发性骨髓瘤或处于患上多发性骨髓瘤的风险的方法，该方法包括：-提供来自待确诊多发性骨髓瘤的个体的外周血测试样品；-评估该测试样品的无细胞DNA水平，从而形成测试样品谱；-提供包含关于无多发性骨髓瘤个体的外周血中无细胞DNA水平的数据的对照谱；-将该测试样品谱与该对照谱进行比较以鉴定该测试样品谱与该对照谱之间是否存在无细胞DNA水平的差异；-在该测试样品谱中的无细胞DNA水平高于该对照谱的情况下，确定该个体患有多发性骨髓瘤或处于患上多发性骨髓瘤的风险。8.根据权利要求7所述的方法，其中提供外周血测试样品的步骤包括直接从待诊断的个体获得外周血样品。9.根据权利要求7或8所述的方法，其中评估该测试样品的无细胞DNA水平的步骤包括从外周血提取无细胞DNA并丢弃外周血的除无细胞DNA外的所有组分。10.一种用于诊断个体患有多发性骨髓瘤或处于患上多发性骨髓瘤的风险的方法，该方法包括：-提供来自待确诊多发性骨髓瘤的个体的外周血测试样品；-评估该测试样品的循环肿瘤游离核酸，其中检测到循环肿瘤游离核酸诊断该个体患有多发性骨髓瘤或处于患上多发性骨髓瘤的风险。11.根据权利要求10所述的方法，其中这些循环肿瘤游...

【专利技术属性】
技术研发人员：A斯潘塞，S米思拉普拉布，
申请(专利权)人：阿尔佛雷德医疗集团，
类型：发明
国别省市：澳大利亚,AU