一种检测颗粒状角膜营养不良易感基因突变位点的试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了一种检测颗粒状角膜营养不良易感基因突变位点的试剂盒。本发明专利技术的试剂盒包括引物对A、引物对B、引物对C以及序列7、序列8、序列9和序列10所示的延伸引物A1、延伸引物A2、延伸引物B和延伸引物C；引物对A由序列1的第11‑30位和序列2的第11‑30位所示的单链DNA组成，引物对B由序列3的第11‑30位和序列4的第11‑30位所示的单链DNA组成，引物对C由序列5的第11‑30位和序列6的第11‑30位所示的单链DNA组成。本发明专利技术的试剂盒可以检测rs121909208、rs121909209、rs121909211和rs121909215的核苷酸，也可用于辅助诊断颗粒状角膜营养不良。

【技术实现步骤摘要】
一种检测颗粒状角膜营养不良易感基因突变位点的试剂盒
本专利技术涉及生物
中，一种检测颗粒状角膜营养不良易感基因突变位点的试剂盒。
技术介绍
遗传性颗粒状角膜营养不良(GranularCornealDystrophy，GCD)为一系列与家族遗传有关的原发性进行性角膜病变的总称。该病多数为常染色体显性遗传病,原发于角膜，很少伴随其他眼部病变或全身病变；起病大多在20岁以前；病程缓慢，病变区多无新生血管生长；开始只侵犯角膜的某一层，晚期可波及邻近层次，甚至影响全层角膜；药物治疗无效。迄今为止，已报道的与GCD有关的基因共有12个，其中TGFβI(transforminggrowthfactorbetainduced)基因是诱导GCD的重要因素，其所对应的最常见的4个突变位点有：c.371G>T/A(rs121909211)、c.1663C>T(rs121909208)、c.1664G>A(rs121909209)、c.1868G>A(rs121909215)。根据突变位点及临床症状不同，通常将GCD分为3种型别，即GCDI型、GCDII型、GCDIII型。其中，GCDI型与突变位点c.371G>T(rs121909211)和c.1663C>T(rs121909208)相关，GCDII型与突变位点c.371G>A(rs121909211相关，GCDIII型与c.1664G>A(rs121909209)和c.1868G>A(rs121909215相关。近视多发生在青少年、学生、上班族等群体中，给患者生活、学习、工作带来诸多不便。为治疗近视多数患者(以青少年居多)会采取激光矫正术进行治疗。GCD则是屈光矫正手术的禁忌症，这主要是由于该病在20岁前一般不表现出明显的临床症状，而常用的检测手段——视敏度测试及裂隙灯检查很难发现，一旦贸然进行角膜屈光矫正手术便会刺激角膜基质层蛋白恶化，产生角膜颗粒状混浊，严重者导致失明。就目前的医疗技术水平而言，患者一旦发病只能通过角膜移植术治疗。给患者造成了极大的痛苦和生活上的不便。因此，对于一些具有手术治疗诉求的患者而言，迫切需要一种无创、快捷、准确、便宜的检测方法，实现从基因水平判断角膜屈光手术的可行性；让适宜接受角膜屈光手术的人群放心地接受手术治疗，恢复视力，同时避免因漏检而导致的失明等严重后果。目前针对rs121909211、rs121909208、rs121909209和rs121909215四个突变位点的检测方式主要为Sanger测序法和qPCR检测法。qPCR和Sanger测序方法每次反应只能检测单个位点，通量低。MassARRAY质谱基因分型系统虽然能够借助多重PCR技术实现多个位点同时在一个反应中的检测，但是对于这4个位点，由于位点所处区域的碱基序列存在高度相似性，导致多重PCR扩增引物的特异性差，容易出现假阳性，假阳性高，有关对上述4个位点的检测需要分别设定反应孔进行反应，检测时间长，成本较高。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是如何检测TGFβI基因中的SNP位点，尤其是rs121909208、rs121909209、rs121909211和rs121909215。为解决上述技术问题，本专利技术首先提供了用于检测TGFβI基因中SNP位点的成套引物。本专利技术所提供的用于检测TGFβI基因中SNP位点的成套引物，包括名称为引物对A、引物对B和引物对C中的三种、任两种或任一种；所述引物对A由名称分别为A-F和A-R的单链DNA组成；所述A-F是如下a1)至a4)中的任一种单链DNA：a1)序列表中序列1的第11-30位所示的单链DNA；a2)在a1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；a3)与a1)或a2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；a4)在严格条件下与a1)或a2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述A-R是如下b1)至b4)中的任一种单链DNA：b1)序列表中序列2的第11-30位所示的单链DNA；b2)在b1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；b3)与b1)或b2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；b4)在严格条件下与b1)或b2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述引物对B由名称分别为B-F和B-R的单链DNA组成；所述B-F是如下c1)至c4)中的任一种单链DNA：c1)序列表中序列3的第11-30位所示的单链DNA；c2)在c1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；c3)与c1)或c2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；c4)在严格条件下与c1)或c2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述B-R是如下d1)至d4)中的任一种单链DNA：d1)序列表中序列4的第11-30位所示的单链DNA；d2)在d1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；d3)与d1)或d2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；d4)在严格条件下与d1)或d2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述引物对C由名称分别为C-F和C-R的单链DNA组成；所述C-F是如下e1)至e4)中的任一种单链DNA：e1)序列表中序列5的第11-30位所示的单链DNA；e2)在e1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；e3)与e1)或e2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；e4)在严格条件下与e1)或e2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述C-R是如下f1)至f4)中的任一种单链DNA：f1)序列表中序列6的第11-30位所示的单链DNA；f2)在f1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；f3)与f1)或f2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；f4)在严格条件下与f1)或f2)限定的单链DNA杂交的单链DNA。上述成套引物还可包括名称分别为延伸引物A1、延伸引物A2、延伸引物B和延伸引物C中的四种、任三种、任两种或任一种：所述延伸引物A1是如下g1)至g4)中的任一种单链DNA：g1)序列表中序列7所示的单链DNA；g2)在g1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；g3)与g1)或g2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；g4)在严格条件下与g1)或g2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述延伸引物A2是如下h1)至h4)中的任一种单链DNA：h1)序列表中序列8所示的单链DNA；h2)在h1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；h3)与h1)或h2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；h4)在严格条件下与h1)或h2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述延伸引物B是如下i1)至i4)中的任一种单链DNA：i1)序列表中序列9所示的单链DNA；i2)在i1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；i3)与i1)或i2)限本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用于检测TGFβI基因中SNP位点的成套引物，包括名称为引物对A、引物对B和引物对C中的三种、任两种或任一种；所述引物对A由名称分别为A‑F和A‑R的单链DNA组成；所述A‑F是如下a1)至a4)中的任一种单链DNA：a1)序列表中序列1的第11‑30位所示的单链DNA；a2)在a1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；a3)与a1)或a2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；a4)在严格条件下与a1)或a2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述A‑R是如下b1)至b4)中的任一种单链DNA：b1)序列表中序列2的第11‑30位所示的单链DNA；b2)在b1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；b3)与b1)或b2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；b4)在严格条件下与b1)或b2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述引物对B由名称分别为B‑F和B‑R的单链DNA组成；所述B‑F是如下c1)至c4)中的任一种单链DNA：c1)序列表中序列3的第11‑30位所示的单链DNA；c2)在c1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；c3)与c1)或c2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；c4)在严格条件下与c1)或c2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述B‑R是如下d1)至d4)中的任一种单链DNA：d1)序列表中序列4的第11‑30位所示的单链DNA；d2)在d1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；d3)与d1)或d2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；d4)在严格条件下与d1)或d2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述引物对C由名称分别为C‑F和C‑R的单链DNA组成；所述C‑F是如下e1)至e4)中的任一种单链DNA：e1)序列表中序列5的第11‑30位所示的单链DNA；e2)在e1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；e3)与e1)或e2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；e4)在严格条件下与e1)或e2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述C‑R是如下f1)至f4)中的任一种单链DNA：f1)序列表中序列6的第11‑30位所示的单链DNA；f2)在f1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；f3)与f1)或f2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；f4)在严格条件下与f1)或f2)限定的单链DNA杂交的单链DNA。...

【技术特征摘要】
1.用于检测TGFβI基因中SNP位点的成套引物，包括名称为引物对A、引物对B和引物对C中的三种、任两种或任一种；所述引物对A由名称分别为A-F和A-R的单链DNA组成；所述A-F是如下a1)至a4)中的任一种单链DNA：a1)序列表中序列1的第11-30位所示的单链DNA；a2)在a1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；a3)与a1)或a2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；a4)在严格条件下与a1)或a2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述A-R是如下b1)至b4)中的任一种单链DNA：b1)序列表中序列2的第11-30位所示的单链DNA；b2)在b1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；b3)与b1)或b2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；b4)在严格条件下与b1)或b2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述引物对B由名称分别为B-F和B-R的单链DNA组成；所述B-F是如下c1)至c4)中的任一种单链DNA：c1)序列表中序列3的第11-30位所示的单链DNA；c2)在c1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；c3)与c1)或c2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；c4)在严格条件下与c1)或c2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述B-R是如下d1)至d4)中的任一种单链DNA：d1)序列表中序列4的第11-30位所示的单链DNA；d2)在d1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；d3)与d1)或d2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；d4)在严格条件下与d1)或d2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述引物对C由名称分别为C-F和C-R的单链DNA组成；所述C-F是如下e1)至e4)中的任一种单链DNA：e1)序列表中序列5的第11-30位所示的单链DNA；e2)在e1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；e3)与e1)或e2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；e4)在严格条件下与e1)或e2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述C-R是如下f1)至f4)中的任一种单链DNA：f1)序列表中序列6的第11-30位所示的单链DNA；f2)在f1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；f3)与f1)或f2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；f4)在严格条件下与f1)或f2)限定的单链DNA杂交的单链DNA。2.根据权利要求1所述的成套引物，其特征在于：所述成套引物还包括名称分别为延伸引物A1、延伸引物A2、延伸引物B和延伸引物C中的四种、任三种、任两种或任一种：所述延伸引物A1是如下g1)至g4)中的任一种单链DNA：g1)序列表中序列7所示的单链DNA；g2)在g1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；g3)与g1)或g2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；g4)在严格条件下与g1)或g2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述延伸引物A2是如下h1)至h4)中的任一种单链DNA：h1)序列表中序列8所示的单链DNA；h2)在h1)的5′端和/或3′端添加一个或几个核苷酸得到的单链DNA；h3)与h1)或h2)限定的单链DNA具有70％以上的同一性的单链DNA；h4)在严格条件下与h1)或h2)限定的单链DNA杂交的单链DNA；所述延伸引物B是如下i1)至i4)中的任一种单链DNA：i1)序列表中序列9所示的单链DNA；i2)在i...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑建超，张燕，张春杨，王夏曼，张红云，
申请(专利权)人：深圳华大基因股份有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44