一个与猪平均日采食量相关的SNP位点及其应用制造技术

本发明专利技术涉及SNP位点，具体公开了一个与猪平均日采食量相关的SNP位点(Chr1：42212110)及其应用。本发明专利技术通过测定并记录杜洛克猪的平均日采食量，利用优化的GBS技术对3702头杜洛克猪体进行猪平均日采食量GWAS研究，得到了一个与猪平均日采食量显著相关的SNP(Chr1：42212110)位点。统计该SNP位点在重测序的地方猪种(金华猪、五指山猪、陆川猪、梅山猪、荣昌猪、莱芜猪、二花脸猪、河套猪和民猪)与商品猪种(杜洛克猪、长白猪、约克夏猪和杜长大猪)中的SNP频率，发现其SNP频率分布在地方猪种和商品猪种中存在显著差异，商品猪中G为优势等位基因，地方猪中A为优势等位基因，为猪的标记辅助选择提供了科学依据。

【技术实现步骤摘要】
一个与猪平均日采食量相关的SNP位点及其应用
本专利技术涉及SNP位点，具体地说，涉及一个与猪平均日采食量相关的SNP位点及其应用。
技术介绍
我国是一个养猪大国，猪肉产量和质量的市场需求日益增加，提高猪肉产量、改善猪肉胴体质量，成为育种科学家长期以来不断探索的工作。早期的育种工作主要集中与猪的表型选择，随着基因组工作的不断推进和遗传标记的广泛开发，分子选择正逐渐成为可靠而有效的选择方法。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)标记是第三代SNP位点，是指在基因组DNA序列上有单个碱基的突变而产生的一种多态性，这种突变包括单碱基的颠换、转换、插入和缺失。SNP具有量大、高频率、低突变率等优点，广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究、畜牧育种标记及全球种族遗传学等研究。SNP位点辅助选择育种，是在分子水平上对目标性状进行选择，可以不受环境影响，通过遗传背景选择，减少连锁累赘，从而加速育种过程及精准度。全基因组关联分析(Genome-wideassociationstudies，GWAS)是畜禽经济性状遗传改良和机理解析的重要方法。随着二代测序技术的发展，全基因组重测序和简化基因组测序技术成为高通量SNP分型的有力工具，GBS(Genotyping-by-sequencing)是简化基因组测序的经典代表，是一种高效的全基因组SNP分型方法，可以从群体中直接鉴定SNP并进行分型，能以较低的成本获得几万到几十万不等的SNP分型信息，已被广泛应用于动植物的SNP位点开发、群体遗传分析、全基因组关联分析以及基因组选择育种等研究中(DeDonatoetal.，2013；Elshireetal.，2011；Heetal.，2014)。猪达100kg体重日龄直接与猪的生长性能相关，因此，研究猪的达100kg体重日龄，在育种中具有重要的研究意义。若能够筛选一种与猪平均日采食量显著相关的SNP位点或SNP分子标记，则有助于为猪的标记辅助选择育种提供有利的理论依据。
技术实现思路
为了解决现有技术中存在的问题，本专利技术的目的是提供一个与猪100kg背膘厚相关的SNP位点及其应用。为了实现本专利技术的目的，本专利技术的技术方案如下：一方面，本专利技术提供了一种与猪平均日采食量相关的SNP位点，该位点为基因组版本EnsemblSscrofa10.2的Chr1：42212110，该位点的等位基因为A和G，有A/A、G/G和A/G三种基因型。本专利技术通过测定并记录杜洛克猪的平均日采食量，对3757头杜洛克公猪进行GBS测序，鉴定到102,254个SNP覆盖了猪的整个基因组，严格质控后剩余66,737个用于3702头杜洛克猪纯种群体的平均日采食量的GWAS研究，得到了一个与猪平均日采食量显著相关的SNP(Chr1：42212110)位点。统计该SNP位点在重测序的地方猪种(金华猪、五指山猪、陆川猪、梅山猪、荣昌猪、莱芜猪、二花脸猪、河套猪和民猪)与商品猪种(杜洛克猪、长白猪、约克夏猪和杜长大猪)中的SNP频率，发现其SNP频率分布在地方猪种和商品猪种中存在显著差异，商品猪中G为优势等位基因，地方猪中A为优势等位基因。其中，商品猪表现为比地方猪增重快、瘦肉率高、平均日采食量高。所述SNP位点位于SEQIDNO.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。另一方面，本专利技术提供了所述SNP位点在猪的标记辅助选择育种中的应用。所述应用具体体现为一种利用所述SNP位点对猪进行辅助育种的方法，可包括以下步骤：(1)检测样品猪在所述SNP位点的基因型；(2)选择具有优势等位基因基因型的样品猪进行优势品系的选育。作为优选，选择基因型为G/G纯合型的猪进行优势品系的选育。其中，所述优势品系主要表现为平均日采食量高。进一步地，所述步骤(1)可采用直接测序，或先扩增含所述SNP位点的片段再检测的方式进行，例如，设计引物，从SEQIDNo.1所示的序列中扩增出含有所述SNP位点的片段，再检测该位点上的等位基因。本专利技术还提供了所述SNP位点在鉴定商品猪/地方猪优势品系中的应用。另一方面，用于扩增含有本专利技术所述SNP位点片段的引物对也属于本专利技术的保护范围。所述引物对的作用为：从SEQIDNo.1所示的序列中扩增出含有所述SNP位点的片段。本专利技术的有益效果在于：本专利技术对猪Chr1：42212110的SNP位点进行基因分型，并对该SNP位点与猪平均日采食量进行关联分析，分析发现，SNP频率分布在地方猪种和商品猪种中存在显著差异，商品猪中G为优势等位基因，地方猪中A为优势等位基因，为猪的标记辅助选择提供了科学依据。附图说明图1为猪平均日采食量GWAS结果的曼哈顿图。具体实施方式以下实施例用于说明本专利技术，但不用来限制本专利技术的范围。实施例1猪平均日采食量全基因组关联分析1、试验材料以杜洛克猪纯种群体为研究对象，收集2007年8月至2016年1月出生的33,960头个体(12,987头公猪和20,973头母猪)的生产性能记录用于本专利技术。2、试验方法2.1平均日采食量(Averagedailyfeedintake，ADFI)的计算按照以下标准FIRE全自动种猪生产性能测定站中原始数据进行质控，目的是去掉一些可能的错误记录，以免得到不实的表型记录：a.去掉测定起始日期与个体出生日期不相符的个体；b.去掉测定天数小于60天的个体；c.将单日采食量<0.5kg或者>4.5kg的记录设定为缺失值；d.将单日采食次数<2次或者>20次的记录设定为缺失值；e.将单日采食时间<5min或>2h的记录数据设定为缺失值。原始采食数据质控后，利用自编的R程序计算每个个体的平均日采食量(Averagedailyfeedintake，ADFI)。2.2基于GBS技术的猪全基因组SNP分型方法通过模拟酶切猪基因组，预测了36种常见的Ⅱ型限制性内切酶以及24种双酶切组合在猪基因组中的酶切效果；根据研究目的和群体特点，选择EcoRⅠ-MspⅠ双酶切组合用于猪的GBS建库，并对GBS实验和分析流程进行了优化，建立了基于GBS技术的猪全基因组SNP分型方法。通过对3757头杜洛克猪进行GBS测序，鉴定到的102,254个SNP覆盖了猪的整个基因组。2.3全基因组关联分析严格质控后剩余66,737个SNP用于对3702头杜洛克猪平均日采食量(Averagedailyfeedintake，ADFI)进行全基因组关联分析。2.4SNP质控为了获得可靠的GWAS结果，本专利技术采用以下条件进行质控：(1)MAF≥0.05；(2)HWE≥10E-6；(3)每个SNP的两种纯合子个体数均≥30。经过以上严格条件过滤，最终剩下66,737个SNP用于后续GWAS分析。对这些SNP进行注释发现，有3489(5.2％)个SNP是目前的SNPdb数据库中没有的，为新发现的SNP变异；有19.521个SNP位于基因；有29,473个SNP位于转录本区域，这些位于转录本上SNP中有62％是同义突变，37％为错义突变。2.5与经济性状显著相关的SNP位点基因组水平显著位点的检测，采用独立标记数进行Bonf本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种与猪平均日采食量相关的SNP位点，其特征在于，该位点为基因组版本Ensembl Sscrofa 10.2的Chr1：42212110，该位点的等位基因为G和A。

【技术特征摘要】
1.一种与猪平均日采食量相关的SNP位点，其特征在于，该位点为基因组版本EnsemblSscrofa10.2的Chr1：42212110，该位点的等位基因为G和A。2.根据权利要求1所述的SNP位点，其特征在于，商品猪中G为优势等位基因，地方猪中A为优势等位基因。3.根据权利要求1或2所述的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点位于SEQIDNO.1所示的核苷酸序列中第101位碱基。4.权利要求1～3任一项所述的SNP位点在猪的标记辅助选择育种中的应用。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：(1)检测样品猪在所述SNP位点的基因型；(2...

【专利技术属性】
技术研发人员：谈成，吴珍芳，胡晓湘，刘德武，贺晓燕，郭晓莉，
申请(专利权)人：广东温氏食品集团股份有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44