lncRNA在肝癌诊断以及预后预测中的应用制造技术

本发明专利技术公开了lncRNA在肝癌诊断以及预后预测中的应用，所述lncRNA选自TD‑2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20中的一种或几种，本发明专利技术通过实验证明了lncRNA TD‑2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20在肝癌患者中呈现差异性表达；本发明专利技术同时公开了预测肝癌预后的风险评分模型，根据该模型，作为辅助手段预测肝癌患者的预后，从而对患者进行风险评估和监测。

The application of lncRNA in the diagnosis and prognosis of liver cancer

The present invention discloses the application of lncRNA in HCC diagnosis and prognosis prediction of one or several of the lncRNA from the TD 2574D22.4, SERHL, MIR100HG, SNHG20, the invention is proved by experiments that the lncRNA TD 2574D22.4, SERHL, MIR100HG, SNHG20 showed differences in patients with primary hepatocellular carcinoma and expression of the invention; discloses predict the prognosis of liver cancer risk score model, according to the model, as an adjunct to predict the prognosis of HCC patients, in order to carry out the risk assessment and monitoring of patients.

【技术实现步骤摘要】
lncRNA在肝癌诊断以及预后预测中的应用
本专利技术属于生物医药领域，涉及lncRNA在肝癌诊断以及预后预测中的应用。
技术介绍
恶性肿瘤是威胁、人类健康的第二大疾病。尽管近年来恶性肿瘤的死亡率逐渐下降，但肝癌的发病率确逐年上升。肝癌作为一种常见的恶性肿瘤，位居我国恶性肿瘤发病率第四位，病死原因第二位，尤其在东亚、东南亚、非洲和南欧。目前先进的肝癌外科手术治疗方式及索拉菲尼等靶向药物的应用明显改善了肝癌患者的生活质量，然而由于多数患者在确诊时已经处于中晚期且肝癌异质性较大，大多数患者治疗效果不良、预后较差。长非编码RNA(Longnon-codingRNA，lncRNA)是一类长度超过200个核苷酸的非编码RNA。200nt这一长度区分了lncRNA与其它较短的非编码RNA，如microRNA，siRNA，piRNA与snoRNA等。由于与编码基因相比lncRNA的保守性较弱，并且早年研究没有发现lncRNA有任何生物学功能，因此lncRNA曾一度被认为是DNA中转录的“噪声”。直至后来人们才发现，这类与mRNA长度相似RNA，虽然不编码蛋白质，但是在细胞周期、细胞凋亡、细胞分化与多能化等方面都行使着重要的调控作用。如今，越来越多的研究结果表明，lncRNA在癌症等疾病的发生与发展过程中发挥着重要作用。在癌症中，lncRNA转录水平的异常往往可以标志着疾病的进展程度，有时也可以用来预测个体的患病风险。目前关于lncRNA分子在肝癌调控机制中的研究还处于起步阶段。因此，通过分析、研究lncRNA在肝癌的发生发展机制，对肝癌的诊断、预防和治疗起着重要作用，并且为肝癌的基因靶向治疗提供可能。
技术实现思路
为了弥补现有技术的不足，本专利技术的目的之一，在于提供一种预测肝癌预后的手段和产品。本专利技术的目的之二，在于提供一种诊断肝癌的产品。本专利技术的目的之三，在于提供一种预测肝癌患者预后的风险评分模型。为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：本专利技术提供了lncRNA在制备诊断肝癌的产品中的应用，所述lncRNA选自CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20中的一种或几种。优选的所述lncRNA为CTD-2574D22.4或SERHL，以及CTD-2574D22.4或SERHL与MIR100HG、SNHG20的任意组合，以及四种lncRNA的组合。本专利技术提供了lncRNA在制备预测肝癌预后的产品中的应用，所述lncRNA选自CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20中的一种或几种。其中，上面所述的产品包括(但不限于)芯片、或试剂盒。芯片包括基因芯片；试剂盒包括基因检测试剂盒。所述基因芯片包括固相载体以及固定在固相载体的寡核苷酸探针，所述寡核苷酸探针包括用于检测基因表达水平的针对CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20基因的寡核苷酸探针；所述基因检测试剂盒包括用于检测CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20基因表达水平的引物或芯片。进一步，所述lncRNA为CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG和SNHG20。进一步，产品包括检测样本中CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20的表达水平的试剂。进一步，所述试剂选自：特异性识别CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20的探针；或特异性扩增CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20的引物。进一步，特异性扩增CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20的引物序列分别如SEQIDNO.1～2、SEQIDNO.3～4、SEQIDNO.5～6、SEQIDNO.7～8所示。本专利技术提供了一种预测肝癌预后的产品，所述产品包括检测标本中CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG和SNHG20表达水平的试剂。进一步，所述试剂包括通过RT-PCR、实时定量PCR、原位杂交、芯片或高通量测序平台检测CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG和SNHG20的表达水平的试剂。其中，所述用RT-PCR诊断肝癌的产品至少包括一对特异扩增CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20基因的引物；所述用实时定量PCR诊断肝癌的产品至少包括一对特异扩增CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20基因的引物；所述用原位杂交诊断肝癌的产品包括：与CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20基因的核酸序列杂交的探针；所述用芯片诊断肝癌的产品包括与ENSG00000262155基因的核酸序列杂交的探针。进一步，每例标本在分别进行检测后，使用公式：进行风险评分，其中，N为用于预测预后的lncRNA数，Expi为每个lncRNA的表达水平，Ci为每个lncRNA的回归系数；lncRNACTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20，对应的回归系数分别为0.284、0.714、-0.193、0.136。进一步，评价个体肝癌预后的信息时，把患者的lncRNA的表达水平代入公式中，得出风险评分，然后与确定的cut-off值比较，小于该值的患者属于低危组，大于该值的患者属于高危组。当风险评分较高时，患者的预后较差，即生存期较短；当风险评分较低时，患者的预后较好，即生存期较长。在本专利技术中，选自CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20的一种或几种进行了风险评分，发现一种或几种均具有预测肝癌预后的能力，但是把4中lncRNA联合起来预测肝癌预后则具有更强的诊断效能。本专利技术提供了一种预测肝癌患者预后的风险评分模型，所述风险评分模型为：风险评分＝(0.284×CTD-2574D22.4的表达水平)+(0.714×SERHL的表达水平)+(-0.193×MIR100HG的表达水平)+(0.136×SNHG20的表达水平)，当风险评分较高时，患者预后不良；当风险评分较低时，患者预后良好。在本专利技术中，“肝癌”包括源于肝细胞本身的肝细胞癌和其他组织传播到肝脏的转移性肝癌，优选的，“肝癌”指肝细胞癌。在本专利技术中，用于预测肝癌预后的标志物是指基因标志物，作为在肝癌出现后预测肝癌预后的标准。该标志物具有显著低的p值，其中所述p值根据所述标志物在具有不同预后的患者的肝癌细胞和/或组织中的表达差异计算得到。优选的，所述标志物的p值小于0.05。所述“样本”包括细胞、组织、脏器、体液(血液、淋巴液等)、消化液、咳痰、肺胞支气管清洗液、尿、粪便等。优选的，所述样本为组织、血液。在本专利技术的具体实施方式中，所述样本为组织。在本专利技术中，术语“探针”指能与另一分子的特定序列或亚序列或其它部分结合的分子。除非另有指出，术语“探针”通常指能通过互补碱基配对与另一多核苷酸(往往称为“靶多核苷酸”)结合的多核苷酸探针。根据杂交条件的严谨性，探针能和与该探针缺乏完全序列互补性的靶多核苷酸结合。探针可作直接或间接的标记，其范围包括引物。杂交方式包括(但不限于)：溶液相、固相、混本文档来自技高网...

【技术保护点】
lncRNA在制备诊断肝癌的产品中的应用，其特征在于，所述lncRNA选自CTD‑2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20中的一种或几种。

【技术特征摘要】
1.lncRNA在制备诊断肝癌的产品中的应用，其特征在于，所述lncRNA选自CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20中的一种或几种。2.lncRNA在制备预测肝癌预后的产品中的应用，其特征在于，所述lncRNA选自CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20中的一种或几种。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述lncRNA为CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG和SNHG20。4.根据权利要求1-3任一项所述的应用，其特征在于，产品包括检测样本中CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20的表达水平的试剂。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述试剂选自：特异性识别CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20的探针；或特异性扩增CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20的引物。6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，特异性扩增CTD-2574D22.4、SERHL、MIR100HG、SNHG20的引物序列分别如SEQIDNO.1～2、SEQIDNO.3～4、SEQIDNO.5～6、SE...

【专利技术属性】
技术研发人员：王益林，王鲁，潘奇，张宁，毛岸荣，林镇海，
申请(专利权)人：复旦大学附属肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：上海,31