本发明专利技术提供了基于黄秋葵转录组序列开发的SSR引物组及其在鉴定黄秋葵亲缘关系和遗传特性中的应用，属于生物技术领域。本发明专利技术所述SSR引物组有36对引物，其中第1至36对引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1‑72所示。本发明专利技术获得的SSR引物组具有多态性丰富、重复性好、扩增稳定、电泳条带清晰等优点，同时由于这些引物均来自黄秋葵表达基因，能够反映基因组中功能序列的变异，从而能够更好的区分黄秋葵遗传种质的多样性。该引物组可用于黄秋葵质资源遗传多样性分析、亲缘关系鉴定和DNA指纹图谱构建等领域。
SSR primer group and its application based on the sequence of the Yellow okra transcriptional sequence
【技术实现步骤摘要】
基于黄秋葵转录组序列开发的SSR引物组及其应用
本专利技术涉及SSR引物，具体涉及一套基于黄秋葵转录组序列开发的SSR引物组及其应用，属于生物
技术介绍
黄秋葵（HibiscusesculentusL.）别名羊角，原产于非洲东北部，世界各国均有栽培，中国主要在台湾和福建栽培。黄秋葵果实富含蛋白质、多种维生素、矿物质和丰富膳食纤维，同时还富含黄酮、多糖等成分。黄秋葵具有很高保健价值：它可保护视网膜，防止白内障的产生；可预防心血管疾病发生；能促进胃肠蠕动、防止便秘；可消除疲劳、迅速恢复体力，属营养保健蔬菜，有“天然植物黄金”之称，是多个国家运动员的首选蔬菜。黄秋葵种质资源丰富，分布地域广，栽培品种和变种较多，特别在印度、尼日利亚等国资源蕴藏丰富。据国际植物遗传资源委员会（IBPGR）报道，印度国家植物种质资源部保存有1806份资源，科特迪瓦收集保存2375份，尼日利亚拥有450份，美国保存有1688份。我国栽培黄秋葵的史悠久，早在明代的《本草纲目》中已有叙述，上世纪80年代，中国又从国外引进部分黄秋葵种质试种和扩繁成功，随后国内各科研单位积极引进国外优良品种，目前我国收集黄秋葵种质资源50多份，保存在中国热带作物研究院。我国黄秋葵育种发展时间较短，近几年各地才逐渐开始对黄秋葵种质资源进行收集和整理。由于缺乏大量的多态性分子标记，其遗传学和基因组学方面的研究比较滞后。因此，查清黄秋葵种质资源的遗传背景、开展相应的遗传学基础研究、定位重要经济性状是我国黄秋葵选育工作中首先需要解决的问题。DNA分子标记是鉴定种质资源遗传多样性的重要手段，其中微卫星序列（即简单重复序列Simplesequencerepeat，SSR）分子标记被广泛应用于遗传多样性分析、品种鉴定、遗传图谱建立等方面。EST-SSR标记来源于DNA序列的转录区，比基于基因组序列开发的SSR标记种间通用性更高，也更经济方便。目前黄秋葵SSR报道非常少，而分子标记的数量影响着种质资源遗传多样性分析的准确性和遗传图谱构建的精确性，现有的黄秋葵SSR分子标记数量远远不能满足黄秋葵分子生物学研究的需求，因此大量开发SSR标记仍是目前黄秋葵研究的重要工作之一。鉴于此，开发基于黄秋葵转录组序列的SSR引物组，将会对黄秋葵遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、DNA指纹图谱构建、重要性状基因的定位、克隆及分子标记辅助选择育种和比较基因组学研究等起重要推动作用。
技术实现思路
针对现有技术的不足，本专利技术的目的是提供一套基于黄秋葵转录组序列开发的SSR引物组及其应用。本专利技术所述的基于黄秋葵转录组序列开发的SSR引物组，该SSR引物组有36对引物，分别为：第1对引物，其序列如SEQIDNO：1和SEQIDNO：2所示；第2对引物，其序列如SEQIDNO：3和SEQIDNO：4所示；第3对引物，其序列如SEQIDNO：5和SEQIDNO：6所示；第4对引物，其序列如SEQIDNO：7和SEQIDNO：8所示；第5对引物，其序列如SEQIDNO：9和SEQIDNO：10所示；第6对引物，其序列如SEQIDNO：11和SEQIDNO：12所示；第7对引物，其序列如SEQIDNO：13和SEQIDNO：14所示；第8对引物，其序列如SEQIDNO：15和SEQIDNO：16所示；第9对引物，其序列如SEQIDNO：17和SEQIDNO：18所示；第10对引物，其序列如SEQIDNO：19和SEQIDNO：20所示；第11对引物，其序列如SEQIDNO：21和SEQIDNO：22所示；第12对引物，其序列如SEQIDNO：23和SEQIDNO：24所示；第13对引物，其序列如SEQIDNO：25和SEQIDNO：26所示；第14对引物，其序列如SEQIDNO：27和SEQIDNO：28所示；第15对引物，其序列如SEQIDNO：29和SEQIDNO：30所示；第16对引物，其序列如SEQIDNO：31和SEQIDNO：32所示；第17对引物，其序列如SEQIDNO：33和SEQIDNO：34所示；第18对引物，其序列如SEQIDNO：35和SEQIDNO：36所示；第19对引物，其序列如SEQIDNO：37和SEQIDNO：38所示；第20对引物，其序列如SEQIDNO：39和SEQIDNO：40所示；第21对引物，其序列如SEQIDNO：41和SEQIDNO：42所示；第22对引物，其序列如SEQIDNO：43和SEQIDNO：44所示；第23对引物，其序列如SEQIDNO：45和SEQIDNO：46所示；第24对引物，其序列如SEQIDNO：47和SEQIDNO：48所示；第25对引物，其序列如SEQIDNO：49和SEQIDNO：50所示；第26对引物，其序列如SEQIDNO：51和SEQIDNO：52所示；第27对引物，其序列如SEQIDNO：53和SEQIDNO：54所示；第28对引物，其序列如SEQIDNO：55和SEQIDNO：56所示；第29对引物，其序列如SEQIDNO：57和SEQIDNO：58所示；第30对引物，其序列如SEQIDNO：59和SEQIDNO：60所示；第31对引物，其序列如SEQIDNO：61和SEQIDNO：62所示；第32对引物，其序列如SEQIDNO：63和SEQIDNO：64所示；第33对引物，其序列如SEQIDNO：65和SEQIDNO：66所示；第34对引物，其序列如SEQIDNO：67和SEQIDNO：68所示；第35对引物，其序列如SEQIDNO：69和SEQIDNO：70所示；第36对引物，其序列如SEQIDNO：71和SEQIDNO：72所示。所述基于黄秋葵转录组序列开发的SSR引物组在鉴定黄秋葵亲缘关系和遗传特性中的应用。本专利技术突出的效果是：1)本专利技术以提取的黄秋葵总DNA为鉴定材料，在任何生长时期和部位取材都不影响反应结果；2)本专利技术的36对SSR引物多态性丰富，扩增稳定，重复性好，扩增条带清晰，具有简便、快捷、特异等特点；3)通过大量的筛选工作，得到了多态性的SSR引物组，进行黄秋葵多样性评价、亲缘关系分析、品种鉴定和品种权保护等提供分子水平上的依据，促进了黄秋葵遗传育种水平的提高和黄秋葵产业的发展。附图说明图1：引物HeSS20和HeSS033在32份黄秋葵种质资源中的多态性。M为DNAMarker，A：HeSSR20，B：HeSSR033，1-32分别为表3所列的32份黄秋葵种质资源。图2：基于36对黄秋葵SSR引物组对32份黄秋葵材料聚类分析。品种编号名称见表3。具体实施方式下面结合实施例对本专利技术作进一步的说明，但并不局限于此。一、黄秋葵转录组数据来源从福建省农业科学院作物研究所黄秋葵种质资源库中选取绿色黄秋葵资源(全株及嫩果均为绿色，果实6～8棱)，花后6天的嫩果，液氮速冻，-80℃保存。测序时，每个单株构建1个文库。测序委托广州基迪奥生物科技有限公司采用IlluminaHiSeqTM2500PE125系统进行RNA-Seq转录组测序（无参），采用Trinity进行序列组装，经过滤获得3.87G的有效数据。二、黄秋葵转录组中SSR的分布及结构特点黄秋葵转录组经组装后共获得74600条Unigene（序本文档来自技高网...
【技术保护点】
一套基于黄秋葵转录组序列开发的SSR引物组，其特征在于，所述SSR引物组有36对引物；所述引物分别为：第1对引物，其序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示；第2对引物，其序列如 SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示；第3对引物，其序列如 SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示；第4对引物，其序列如 SEQ ID NO：7和SEQ ID NO：8所示；第5对引物，其序列如 SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：10所示；第6对引物，其序列如 SEQ ID NO：11和SEQ ID NO：12所示；第7对引物，其序列如 SEQ ID NO：13和SEQ ID NO：14所示；第8对引物，其序列如 SEQ ID NO：15和SEQ ID NO：16所示；第9对引物，其序列如 SEQ ID NO：17和SEQ ID NO：18所示；第10对引物，其序列如 SEQ ID NO：19和SEQ ID NO：20所示；第11对引物，其序列如 SEQ ID NO：21和SEQ ID NO：22所示；第12对引物，其序列如 SEQ ID NO：23和SEQ ID NO：24所示；第13对引物，其序列如 SEQ ID NO：25和SEQ ID NO：26所示；第14对引物，其序列如 SEQ ID NO：27和SEQ ID NO：28所示；第15对引物，其序列如 SEQ ID NO：29和SEQ ID NO：30所示；第16对引物，其序列如 SEQ ID NO：31和SEQ ID NO：32所示；第17对引物，其序列如 SEQ ID NO：33和SEQ ID NO：34所示；第18对引物，其序列如 SEQ ID NO：35和SEQ ID NO：36所示；第19对引物，其序列如 SEQ ID NO：37和SEQ ID NO：38所示；第20对引物，其序列如 SEQ ID NO：39和SEQ ID NO：40所示；第21对引物，其序列如 SEQ ID NO：41和SEQ ID NO：42所示；第22对引物，其序列如 SEQ ID NO：43和SEQ ID NO：44所示；第23对引物，其序列如 SEQ ID NO：45和SEQ ID NO：46所示；第24对引物，其序列如 SEQ ID NO：47和SEQ ID NO：48所示；第25对引物，其序列如 SEQ ID NO：49和SEQ ID NO：50所示；第26对引物，其序列如 SEQ ID NO：51和SEQ ID NO：52所示；第27对引物，其序列如 SEQ ID NO：53和SEQ ID NO：54所示；第28对引物，其序列如 SEQ ID NO：55和SEQ ID NO：56所示；第29对引物，其序列如 SEQ ID NO：57和SEQ ID NO：58所示；第30对引物，其序列如 SEQ ID NO：59和SEQ ID NO：60所示；第31对引物，其序列如 SEQ ID NO：61和SEQ ID NO：62所示；第32对引物，其序列如 SEQ ID NO：63和SEQ ID NO：64所示；第33对引物，其序列如 SEQ ID NO：65和SEQ ID NO：66所示；第34对引物，其序列如 SEQ ID NO：67和SEQ ID NO：68所示；第35对引物，其序列如 SEQ ID NO：69和SEQ ID NO：70所示；第36对引物，其序列如 SEQ ID NO：71和SEQ ID NO：72所示。...
【技术特征摘要】
1.一套基于黄秋葵转录组序列开发的SSR引物组，其特征在于，所述SSR引物组有36对引物；所述引物分别为：第1对引物，其序列如SEQIDNO：1和SEQIDNO：2所示；第2对引物，其序列如SEQIDNO：3和SEQIDNO：4所示；第3对引物，其序列如SEQIDNO：5和SEQIDNO：6所示；第4对引物，其序列如SEQIDNO：7和SEQIDNO：8所示；第5对引物，其序列如SEQIDNO：9和SEQIDNO：10所示；第6对引物，其序列如SEQIDNO：11和SEQIDNO：12所示；第7对引物，其序列如SEQIDNO：13和SEQIDNO：14所示；第8对引物，其序列如SEQIDNO：15和SEQIDNO：16所示；第9对引物，其序列如SEQIDNO：17和SEQIDNO：18所示；第10对引物，其序列如SEQIDNO：19和SEQIDNO：20所示；第11对引物，其序列如SEQIDNO：21和SEQIDNO：22所示；第12对引物，其序列如SEQIDNO：23和SEQIDNO：24所示；第13对引物，其序列如SEQIDNO：25和SEQIDNO：26所示；第14对引物，其序列如SEQIDNO：27和SEQIDNO：28所示；第15对引物，其序列如SEQIDNO：29和SEQIDNO：30所示；第16对引物，其序列如SEQIDNO：31和SEQIDNO：32所示；第17对引物，其序列如SEQIDNO：33和SEQIDNO：34所示；第18对引物，其序列如SEQIDNO：35和SEQIDNO：36所示；第19对引物，...
【专利技术属性】
技术研发人员：李永平，朱海生，陈敏氡，张前荣，王彬，刘建汀，薛珠政，温庆放，
申请(专利权)人：福建省农业科学院作物研究所，
类型：发明
国别省市：福建,35
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