象耳豆根转录组数据库、融合蛋白、浸泡体系、沉默体系制造技术

本发明专利技术属于生物信息学分析技术领域，公开了一种象耳豆根转录组数据库、融合蛋白、浸泡体系、沉默体系，为38000多个Unigenes序列，利用生物信息学分析，预测出230余个象耳豆根结线虫潜在的RNAi靶标候选基因。本发明专利技术利用原核表达技术，获得ME‑MAPK1、ME‑COL1和MeHsp70重组蛋白，为蛋白特性分析奠定基础；成功构建M.enterolobii离体RNAi浸泡体系和烟草脆裂病毒TRV载体为介导的VIGSRNAi活体沉默体系，诱导Me‑mapk1、Me‑crt1和Me‑cbp1基因下调表达；为M.enterolobii防治，奠定了必要的分子基础。

Elephant ear root transcriptome database, fusion protein, immersion system, silencing system

The invention belongs to the technical field of biological information, discloses an elephant ear root transcriptome database, fusion protein, immersion system, silencing system, more than 38000 Unigenes sequences by bioinformatics analysis, predict more than 230 Meloidogyne enterolobii potential target candidate gene RNAi. Prokaryotic expression by using the technique of the invention, ME MAPK1, ME COL1 and MeHsp70 recombinant protein, and lay the foundation for the successful construction of M.enterolobii protein analysis; in vitro RNAi immersion system and tobacco rattle virus TRV vector for in vivo VIGSRNAi silencing system mediated by Me induced by mapk1, Me, CRT1 and Me CBP1 expression of M.enterolobii gene; prevention, lay the necessary molecular basis.

【技术实现步骤摘要】
象耳豆根转录组数据库、融合蛋白、浸泡体系、沉默体系
本专利技术属于生物信息学分析
，尤其涉及一种象耳豆根转录组数据库、融合蛋白、浸泡体系、沉默体系。
技术介绍
象耳豆根结线虫(Meloidogyneenterolobii)最早在1983年由杨宝君等在海南儋州的象耳豆树上发现并定名。徐建华等人证明国外学者广泛报道的玛雅根结线虫(M.mayaguensis)为M.enterolobii的异名。该线虫在美洲、非洲、欧洲等均有分布，为世界上公认的危害最大的根结线虫之一。2008年，欧洲首次报道M.enterolobii，同年，EPPO报道中国出口欧洲的玫瑰花上截获到该线虫，EPPO对该线虫进行风险评估，认为对中欧地区作物存在较大威胁。目前，已报道发现该线虫的国家有巴西、越南、中国、古巴、法国、危地马拉、波多黎各、马提尼克、马拉维、塞内加尔、特立尼达拉岛和多巴哥岛、南非、美国、西非、等等国家和地区。EPPO发布有害生物预警，因此估计该种在欧洲温暖地区和温室中可存活。而在来自中国的玫瑰活体植株上也截获到M.enterolobii，表明其在略冷的温度下也可存活。在国内，M.enterolob本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种象耳豆根转录组数据库，其特征在于，所述象耳豆根转录组数据库为38000多个Unigenes序列，利用生物信息学分析，预测出230余个象耳豆根结线虫潜在的RNAi靶标候选基因。

【技术特征摘要】
1.一种象耳豆根转录组数据库，其特征在于，所述象耳豆根转录组数据库为38000多个Unigenes序列，利用生物信息学分析，预测出230余个象耳豆根结线虫潜在的RNAi靶标候选基因。2.一种如权利要求1所述象耳豆根转录组数据库的构建方法，其特征在于，所述象耳豆根转录组数据库的构建方法包括：步骤一，完成M.enterolobii的J2转录组测序，获得8.88GbCleanData，Q30碱基百分比为89.55％；Denovo组装后共获得38,221条Unigene；其中长度在1kb以上的Unigene有8,074条；步骤二，对Unigene进行功能注释，包括与NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、KOG、GO和Pfam数据库的比对，共获得18,243条Unigene的注释结果；完成基于Unigene库的基因结构分析，其中SSR分析共获得1,927个SSR标记；同时还进行了CDS预测分析；完成基因在样品中的表达量分析；步骤三，与模式秀丽小杆线虫、南方根结线虫、爪哇根结线虫、花生根结线虫...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵志祥，龙海波，严婉荣，肖敏，陈绵才，曾向萍，
申请(专利权)人：海南省农业科学院植物保护研究所，
类型：发明
国别省市：海南,46