诊断甲状腺功能减退的SNP及其应用制造技术

本发明专利技术公开了甲状腺功能减退的标志物SNP及其应用。具体的，经过发明专利技术人的大规模筛选，首次发现rs200842352、rs13306186位点的特定基因型与甲状腺功能减退相关。基于上述研究成果，本发明专利技术开发了一种甲状腺功能减退的诊断产品，风险预测产品以及评估预后产品。上述产品通过检测rs200842352、rs13306186位点的特定基因型发挥功能，可在临床上广泛应用。

SNP for diagnosis of hypothyroidism and its application

The invention discloses a marker SNP hypothyroidism and its application. Specifically, after large-scale screening by inventors, it was first discovered that specific genotypes of rs200842352 and rs13306186 sites were associated with hypothyroidism. Based on the above findings, the present invention develops a diagnostic product for hypothyroidism, a risk prediction product, and a prognostic product. These products can be widely used in clinic by detecting the specific genotypes of rs200842352 and rs13306186 loci.

【技术实现步骤摘要】
诊断甲状腺功能减退的SNP及其应用
本专利技术属于医学诊断领域，涉及一种诊断甲状腺功能减退的SNP及其应用。
技术介绍
甲状腺功能减退症(甲减)是常见的甲状腺疾病之一，是由各种原因导致的甲状腺激素合成和分泌减少或组织利用不足而引起的全身性低代谢综合征，依据病变发生部位可分为原发性、中枢性和甲状腺激素抵抗综合征(resistancetothyroidhormones,RTH)，其中原发性甲减占90％以上。原发性甲减依据发病原因可分为自身免疫性、手术后或131I治疗后、药物性和特发性甲减，依据甲状腺功能减退程度可分为临床和亚临床甲减。不同地域的甲减患病率有所差异。国外报告的临床甲减患病率为0.8％～1.0％，发病率为3.5/1000。在美国，临床甲减患病率为0.3％，亚临床甲减患病率为4.3％。我国学者报告的临床甲减患病率为1.0％，发病率为2.9/1000。甲减的成人患病率较高，女性患病率较男性高，老年人以及某些种族和区域的患病率也较高。甲减的主要发病原因包括：①自身免疫功能损伤可导致自身免疫性甲状腺炎，包括桥本、萎缩性和产后甲状腺炎等。②因甲状腺手术、131I治疗等而引起的甲状腺损伤。③碘缺乏或过量。生活环境中碘缺乏是世界范围内常见的甲减发病原因，而碘过量也可引起潜在甲状腺疾病患者发生甲减，且可诱发和加重自身免疫性甲状腺炎。④某些类别的药物如咪唑类、硫脲类和锂类药物等亦可引起甲减。中枢性甲减的主要发病原因有垂体瘤或颅咽管瘤等鞍区肿瘤、席汉综合征、垂体炎、头颅或颅底放疗和中、重度颅脑外伤等。早期患者的症状一般较隐匿，病情轻的可没有特异症状，而以基础代谢率降低和交感神经兴奋性下降为主要表现，典型患者则有畏寒、乏力、手足肿胀感、嗜睡、记忆力减退、少汗、关节疼痛、体重增加、便秘、女性月经紊乱或月经过多、不孕等表现。现在常用的甲减的诊断的方法包括：(1)病史详细询问病史有助于甲减的诊断，如甲状腺手术史、甲状腺功能亢进症131I治疗史、Graves病、桥本甲状腺炎及家族史等。(2)临床指标检测TSH水平升高、FT4水平降低，诊断为原发性临床甲减；仅TSH水平升高、而FT4水平正常，考虑为亚临床甲减。现有技术中的诊断方法不能精确的诊断甲减，只能提出患病的可能性，因此寻找一种准确度高、灵敏性高、特异性高的诊断方法是亟待解决的问题。
技术实现思路
为了解决现有技术中存在的缺陷，本专利技术提供了一种能够在甲状腺功能减退早期即可准确诊断疾病发生与否的诊断标志物及其应用。根据本专利技术的一个方面，本专利技术提供了一种用于诊断甲状腺功能减退的SNP位点，所述SNP位点包括rs13306186、和/或rs200842352。即可以通过单独检测rs13306186或rs200842352，或联合检测rs13306186和rs200842352两个SNP位点来诊断甲状腺功能减退。进一步，所述SNP位点还可包括rs118109635。即可以通过联合检测rs13306186和rs118109635两个SNP位点；rs200842352和rs118109635两个SNP位点；rs200842352、rs13306186、和rs118109635三个SNP位点。根据本专利技术的又一个方面，本专利技术提供了一种前面所述的SNP位点基因型的检测试剂。优选地，所述试剂包括针对前面所述的SNP位点的特异性扩增引物。进一步，所述试剂还包括dNTPs、Taq酶、Mg2+和PCR反应缓冲液等PCR扩增反应中常规试剂。根据本专利技术的又一个方面，本专利技术提供了前面所述的试剂在制备甲状腺功能减退风险预测产品、诊断产品、预后评估产品中的应用。进一步，所述风险预测产品通过检测样本中前面所述的SNP位点的基因型来诊断受试者患有甲状腺功能减退的风险；所述诊断产品通过检测样本中前面所述的SNP位点的基因型来诊断受试者是否患有甲状腺功能减退；所述预后评估产品通过检测样本中前面所述的SNP位点的基因型来评估甲状腺功能减退患者的预后。进一步，所述风险预测产品包括诊断试剂盒、芯片、或者试纸；所述诊断产品包括诊断试剂盒、芯片、或者试纸；所述预后评估产品包括诊断试剂盒、芯片、或者试纸。具体地，所述风险预测产品包括前面所述的试剂；所述诊断产品包括前面所述的试剂；所述预后评估产品包括前面所述的试剂。根据本专利技术的又一个方面，本专利技术提供了一种甲状腺功能减退风险预测产品、诊断产品、预后评估产品，所述风险预测产品包括前面所述的试剂；所述诊断产品包括前面所述的试剂；所述预后评估产品包括前面所述的试剂。术语解释引物如本文所用，术语“引物”指的是能与模板互补配对，在DNA聚合酶的作用合成与模板互补的DNA链的寡聚核苷酸的总称。引物可以是天然的RNA、DNA，也可以是任何形式的天然核苷酸，引物甚至可以是非天然的核苷酸如LNA或ZNA等。引物“大致上”(或“基本上”)与模板上一条链上的一个特殊的序列互补。引物必须与模板上的一条链充分互补才能开始延伸，但引物的序列不必与模板的序列完全互补。比如，在一个3’端与模板互补的引物的5’端加上一段与模板不互补的序列，这样的引物仍大致上与模板互补。只要有足够长的引物能与模板充分的结合，非完全互补的引物也可以与模板形成引物-模板复合物，从而进行扩增。文库及其制备如本文所用，术语“文库”是指对基因组的目的片段进行打断，获得一组具有一定大小的DNA片段混合物。文库的制备方法为本领域技术人员所熟知，包括(但不局限于)步骤：1.提供一待检测样本，所述样品含有经打断的、源自基因组DNA的双链核酸片段，并且所述核酸片段具有平末端；2.在双链核酸片段的末端添加接头连接序列；通过所述接头连接序列，在所述双链核酸片段的两端添加接头，其中所述接头具有引物结合区以及连接互补区，所述的连接互补区与所述的接头连接序列互补；两侧3’端和5’端的接头的引物结合区序列不同。3.对上一步骤获得的带有接头的DNA双链核酸片段，用第一引物和第二引物进行扩增，从而获得PCR扩增产物的混合物，其中所述引物具有对应于所述接头的引物结合区的接头结合区，并且位于接头结合区外侧的测序探针结合区。还可以对打断产物、末端修复产物、接头产物和富集产物进行纯化。纯化条件及参数为本领域技术人员所熟知，对反应的条件进行一定的变化或优化也在本领域技术人员能力范围之内。捕获如本文所用，术语“捕获”，指的是探针对文库中外显子区域的DNA片段进行特异性选择和结合的过程。DNA分子正常情况下是双链，因此捕获之前，DNA分子必须变为单链，一般是通过加热使其变性而达到解链目的，解链的DNA分子被迅速冷却，即保持单链状态。文库变性后在杂交平台与芯片进行捕获杂交。含有外显子区域的DNA片段与固定在芯片上的探针之间在严格的条件下进行分子杂交。较佳地，芯片上探针分子的浓度要远远高于靶分子浓度。待杂交完毕后，通过变性等方法收集捕获的序列并纯化，得到来自捕获后的序列混合物。本领域技术人员可以通过通用的方法进行外显子捕获和目的片段的洗脱和纯化，也可以应用市售(如：德国Qiagen公司的MinElutePCRPurificationkit)试剂盒进行上述过程。在一个优选例中，对待检测的DNA文库的PCR扩增产物的混合物进行单链化，并用封闭分子封闭所述扩增产物中对应于第一引物和本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于诊断甲状腺功能减退的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点包括rs13306186、和/或rs200842352。

【技术特征摘要】
1.一种用于诊断甲状腺功能减退的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点包括rs13306186、和/或rs200842352。2.根据权利要求1所述的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点包括rs118109635。3.权利要求1或2所述的SNP位点基因型的检测试剂。4.根据权利要求3所述的试剂，其特征在于，所述试剂包括针对SNP位点的特异性扩增引物。5.根据权利要求4所述的试剂，其特征在于，所述试剂还包括dNTPs、Taq酶、Mg2+和PCR反应缓冲液。6.权利要求3所述的试剂在制备甲状腺功能减退风险预测产品、诊断产品、预后评估产品中的应用。7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述风险预测产品通过检测样本中权利要求1所述的SNP位点的基因型来诊断受试者患有甲状腺功能减退的风险；所述诊断产品通过检测样本中权利要求1所述的SNP位点的基因...

【专利技术属性】
技术研发人员：姜强，
申请(专利权)人：济南市中心医院，
类型：发明
国别省市：山东,37