检测异源cfDNA的SNP分子标记及检测方法、用途技术

本发明专利技术公开了一种检测异源cfDNA的SNP分子标记，基于SNP分子标记设计的检测探针和芯片，以及异源cfDNA的检测装置、试剂盒和检测方法；利用上述检测芯片和检测装置对肾移植后受体中异源cfDNA的定量，为检测肾移植排斥反应提供依据，实现了针对肾移植的高灵敏度和高特异性的无创早期检测，并可对肾移植患者进行持续性的监测；SNP分子标记中包括药物代谢基因的SNP位点，为肾移植排斥患者提供用药基因的突变信息，实现个体化用药；本发明专利技术还提供了一种单分子标记接头，单分子标记接头用于构建测序文库有效去除重复数据和测序、PCR过程中随机引入的错误，降低测序背景噪音，提高了检测的准确性。

SNP molecular markers for detection of heterologous cfDNA and detection methods and uses

The invention discloses a SNP molecular marker for detecting heterologous cfDNA, detection probe and chip design based on SNP molecular markers, and heterologous cfDNA detection device, kit and detection method; the detection chip and detection device for quantitative after renal transplantation receptor in heterologous cfDNA, provide the basis for the detection of renal allograft rejection and achieve the early detection for renal transplantation with high sensitivity and specificity, and can be monitored for persistent renal transplant patients; SNP include drug metabolism gene SNP molecular marker, gene mutations provide information medication for kidney transplant rejection in patients with individual medication; the present invention also provides a single marker connector, single marker connector used to construct the effective removal of duplicate data and sequencing, PCR in the process of random errors of sequencing library, Reduce the background noise of sequencing, improve the accuracy of detection.

【技术实现步骤摘要】
检测异源cfDNA的SNP分子标记及检测方法、用途
本专利技术属于基因检测
，具体涉及一种检测异源cfDNA的SNP分子标记及其探针、芯片、试剂盒、方法、检测装置和用途。
技术介绍
肾移植是临床治疗终末期肾病的优选手段，而影响肾移植术后患者生存率的最重要原因为排斥反应的发生。移植排斥分为超急性、急性、边缘型急性、亚临床急性或慢性,急性排斥反应(acuterejection,AR)是目前肾移植术后的主要危险并发症，也是导致慢性排斥反应和移植肾失功的最重要的危险因素。早期诊断及时治疗AR可以有效减少移植器官的病理损害程度，延长移植器官的存活时间。通常诊断发生急性排斥反应的指标有：患者临床表现、各项生化指标(丙氨酸氨基转移酶、总胆红素、碱性磷酸酶和γ-谷氨酰转移酶、肌酐或心肌酶谱)和组织活检。前两项检测的灵敏度和特异性低，且检测结果依赖于临床医生的临床经验易产生偏差。穿刺活检一直是肾移植排异反应检测的金标准，但组织活检花费大，属创伤性检查常伴随并发症，包括：疼痛、血尿、肾血肿、移植物血栓症、败血症、休克和移植物衰竭等。近年来诊断肾移植急性排斥反应的发生，一直朝向寻找非侵入性无创检测的本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种检测异源cfDNA的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记选自如表1中所示的SNP位点。

【技术特征摘要】
1.一种检测异源cfDNA的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记选自如表1中所示的SNP位点。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP位点包括药物代谢基因的SNP位点。3.根据权利要求2所述的SNP分子标记，其特征在于，所述药物代谢基因为CYP3A4、CYP3A5和CYP2D6。4.一种检测权利要求1-3任一项所述SNP分子标记的探针，其特征在于，所述探针是基于所述SNP位点设计而成的。5.根据权利要求4所述的探针，其特征在于，所述探针包括上游探针和下游探针，所述上游探针的序列是以所述SNP位点为坐标起点，向5’方向延伸80bp的碱基序列为序列信息设计的；所述下游探针的序列是以所述SNP位点为坐标起点，向3’方向延伸80bp碱基序列为序列信息设计的。6.一种异源cfDNA的检测芯片，其特征在于，所述检测芯片包括权利要求4或5所述的探针。7.一种单分子标记接头，其特征在于，所述单分子标记接头是由正向序列和反向序列部分配对后的Y型接头；所述正向序列由5’端至3’端依次包括5’-接头和特异性分子标签A；所述反向序列由3’端至5’端依次包括3’-接头和特异性分子标签B。8.根据权利要求7所述的单分子标记接头，其特征在于，所述5’-接头序列的碱基序列如SEQIDNO.1或SEQIDNO.2所示，所述3’-接头的碱基序列如SEQIDNO.3或SEQIDNO.4所示，所述特异性分子标签A的碱基序列如SEQIDNO.5所示，所述特异性分子标签B的碱基序列如SEQIDNO.10所示，其中N代表随机碱基。9.根据权利要求7或8所述的单分子标记接头，其特征在于，所述正向序列的3’末端连接有碱基T，所述反向序列的5’末端连接有磷酸基团。10.根据权利要求7-9任一项所述的单分子标记接头，其特征在于，所述正向序列如SEQIDNO.6或SEQIDNO.7所示，所述反向序列如SEQIDNO.8或SEQIDNO.9所示。11.一种异源cfDNA的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)捕获基因组DNA的目标区域，所述基因组DNA的目标区域包括权利要求1-3任一项所述的SNP分子标记；(2)将步骤(1)所得的目标区域进行高通量测序，所得测序结果用于基因组DNA的SNP分型；(3)筛选步骤(2)中SNP分型后基因型为纯合子的SNP位点，作为有效SNP位点；(4)捕获cfDNA的目标区域，所述cfDNA的目标...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨功达，蒋廷亚，曾丰波，胡秀弟，黎小锋，陈雅文，刘磊，周阳，
申请(专利权)人：苏州人人基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏,32