用于肺癌分型的方法技术

提供了用于确定肺癌样品的分子亚型的方法和组合物。具体地，本文中提供了评估患者的肺癌亚型是腺癌、鳞状细胞癌、或者是神经内分泌(涵盖小细胞癌和类癌两者)的方法。还提供了用于评估患者的肺癌亚型是腺癌、鳞状细胞癌、小细胞癌或者是类癌肺癌的方法。本文中提供的方法需要在自患者获得的肺癌样品中在核酸水平上探查表1‑表6的分类器生物标志物或其子集的水平。部分基于分类器生物标志物的水平，将肺癌样品归类为特定肺癌亚型。

Method for typing lung cancer

Methods and compositions for determining molecular subtypes of lung cancer samples are provided. Specifically, this paper provides a way to assess lung cancer subtypes in patients with adenocarcinoma, squamous cell carcinoma, or neuroendocrine (both small cell carcinoma and carcinoid). Also provided are methods for assessing lung cancer subtypes in patients with adenocarcinoma, squamous cell carcinoma, small cell carcinoma, or carcinoid lung cancer. The method provided in this paper to in patients with lung cancer samples at the nucleic acid level was Table 1 Table 6 classifier biomarkers or a subset of the level. The lung cancer samples were classified as specific lung cancer subtypes based on the level of marker biomarkers.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于肺癌分型的方法对美国非临时申请的交叉引用本申请要求于2014年5月30日提交的美国临时申请流水号62/005,229的优先权，通过提及将其完整收入本文用于所有目的。关于序列表的声明与本申请相关的序列表以文本格式代替纸质拷贝提供，并且在此通过提及收入说明书中。含有序列表的文本文件的名称为GNCN_004_01WO.txt。文本文件为17KB，于2015年5月30日创建，并通过EFS-Web以电子方式提交。
技术介绍
肺癌是美国癌症死亡的主要原因，并且每年鉴定出超过220,000例新的肺癌病例。肺癌是一种具有通常通过组织学测定的亚型(小细胞、非小细胞、类癌、腺癌和鳞状细胞癌)的异质性疾病。肺癌的各种形态亚型之间的区分在指导患者管理中是必需的，并且使用另外的分子测试鉴定特定的治疗靶标志物。形态学的变化性、有限的组织样品、和对评估增长的一批治疗靶向标志物的需要对当前的诊断标准提出了挑战。组织学诊断再现性的研究已经显示了有限的病理学家内一致性和病理学家间一致性。尽管新的疗法越来越针对肺癌的特定亚型(贝伐单抗和培美曲塞)，但是组织学诊断再现性的研究已经显显示有限的病理学家内一致性和甚至更少的病理学家间一致性。分化不良的肿瘤、矛盾的免疫组织化学结果、和可以实施仅有限数目的染色的小体积活检继续对当前诊断标准提出挑战(TravisandRekhtmanSemRespandCritCareMed2011；32(1)：22-31；Travisetal.ArchPatholLabMed2013；137(5)：668-84；Tangetal.JThoracDis2014；6(S5)：S489-S501)。一个涉及提交给TCGA肺癌基因组项目的肺癌样品的专家病理学复查的最近的例子导致提交的15-20％的肺肿瘤的重新分类，证实了基于形态学的诊断的持续挑战。(CancerGenomeAtlasResearchNetwork.“Comprehensivegenomiccharacterizationofsquamouscelllungcancers.”Nature489.7417(2012)：519-525；CancerGenomeAtlasResearchNetwork.Comprehensivemolecularprofilingoflungadenocarcinoma.Nature511.7511(2014)：543-550，通过提及将每篇完整收入本文)。因此，需要一种用于测定肺癌亚型的更可靠的手段。本专利技术解决了此种和其它需要。专利技术概述在一个方面，评估患者的肺癌亚型是腺癌，鳞状细胞癌还是神经内分泌(涵盖小细胞癌和类癌两者)的方法。在一个实施方案中，所述方法包括在核酸水平上在自所述患者获得的肺癌样品中探查表1A，表1B，表1C，表2，表3，表4，表5或表6的至少五种分类器生物标志物的水平。在一个实施方案中，探查步骤包括将所述样品与五种或更多种寡核苷酸在适合于所述五种或更多种寡核苷酸与其互补物或实质性互补物杂交的条件下混合，所述五种或更多种寡核苷酸与表1A，表1B，表1C，表2，表3，表4，表5或表6的所述至少五种分类器生物标志物的核酸分子的部分实质性互补；检测在所述五种或更多种寡核苷酸与其互补物或实质性互补物之间是否发生杂交；以及基于所述检测步骤获得所述至少五种分类器生物标志物的杂交值。然后，将所述至少五种分类器生物标志物的杂交值与来自至少一个样品训练集的参照杂交值比较，其中所述至少一个样品训练集包含来自参照腺癌、鳞状细胞癌或神经内分泌样品的杂交值。基于所述比较步骤的结果将所述肺癌样品分类为腺癌、鳞状细胞癌或神经内分泌样品。在另一方面，提供了评估患者的肺癌亚型是腺癌、鳞状细胞癌、小细胞癌还是类癌的方法。在一个实施方案中，所述方法包括在核酸水平上在自所述患者获得的肺癌样品中探查表1A，表1B，表1C，表2，表3，表4，表5或表6的至少五种分类器生物标志物的水平。在一个实施方案中，探查步骤包括将所述样品与五种或更多种寡核苷酸在适合于所述五种或更多种寡核苷酸与其互补物或实质性互补物杂交的条件下混合，所述五种或更多种寡核苷酸与表1A，表1B，表1C，表2，表3，表4，表5或表6的所述至少五种分类器生物标志物的核酸分子的部分实质性互补；检测在所述五种或更多种寡核苷酸与其互补物或实质性互补物之间是否发生杂交；以及基于所述检测步骤获得所述至少五种分类器生物标志物的杂交值。然后，将所述至少五种分类器生物标志物的杂交值与来自至少一个样品训练集的参照杂交值比较，其中所述至少一个样品训练集包括来自参照腺癌、鳞状细胞癌、小细胞癌或类癌样品的杂交值。基于比较步骤的结果，将肺癌样品分类为腺癌，鳞状细胞癌，小细胞癌或类癌。在又一方面，提供了评估患者的非小细胞肺癌(NSCLC)亚型是腺癌还是鳞状细胞癌的方法。在一个实施方案中，所述方法包括在核酸水平上在自所述患者获得的肺癌样品中探查表1A，表1B，表1C，表2，表3，表4，表5或表6的至少五种分类器生物标志物的水平。在一个实施方案中，探查步骤包括将所述样品与五种或更多种寡核苷酸在适合于所述五种或更多种寡核苷酸与其互补物或实质性互补物杂交的条件下混合，所述五种或更多种寡核苷酸与表1A，表1B，表1C，表2，表3，表4，表5或表6的所述至少五种分类器生物标志物的cDNA分子的部分实质性互补；检测在所述五种或更多种寡核苷酸与其互补物或实质性互补物之间是否发生杂交；以及基于所述检测步骤获得所述至少五种分类器生物标志物的杂交值。然后，将所述至少五种分类器生物标志物的杂交值与来自至少一个样品训练集的参照杂交值比较，其中所述至少一个样品训练集包括来自参照腺癌和/或鳞状细胞癌样品的杂交值。基于比较步骤的结果，将NSCLC样品分类为腺癌或鳞状细胞癌。在一个实施方案中，比较步骤包括测定至少五种分类器生物标志物的杂交值和参照杂交值之间的相关性。在一个实施方案中，探查步骤包括在混合步骤前分离核酸或其部分。在另一个实施方案中，杂交包括cDNA与cDNA的杂交，从而形成非天然复合物；或cDNA与mRNA的杂交，从而形成非天然复合物。在另一个实施方案中，探查步骤包括扩增样品中的核酸。在一个实施方案中，所述至少五种分类器生物标志物包含约5至约50，约10至约50，约15至约50，约20至约50或约25至约50种生物标志物。在另一个实施方案中，所述至少五种分类器生物标志物包含约5至约30，约10至约30，约15至约30，约20至约30种分类器生物标志物。附图说明图1A-1D显示了腺癌(图1A)，鳞状细胞癌(图1B)，小细胞癌(图1C)和类癌(图1D)的例示性基因表达热图。图2是FFPERT-PCR基因表达数据集的基因表达分层群聚的热图。图3是77份FFPE样品的路径审阅和LSP预测的比较。每个矩形表示按样品编号排序的单个样品。箭标示与通过病理学审阅和基因表达的初始诊断不一致的6份样品。专利技术详述如本文中使用的，“表达概况”包括对应于区别基因的相对丰度，水平，表达的存在或缺乏的测量的一个或多个数值。表达概况可以在诊断肺癌之前或之后自受试者衍生，可以在治疗或疗法之前或之后的一个或多个时间点从自受试者收集的生物样品衍生，可以在没有治疗或疗本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种评估患者的肺癌亚型是腺癌、鳞状细胞癌，或者是神经内分泌(涵盖小细胞癌和类癌)的方法，其包括(a)在核酸水平上在自所述患者获得的肺癌样品中探查表1A，表1B，表1C，表2，表3，表4，表5或表6的至少五种分类器生物标志物的水平，其中所述探查步骤包括：(i)将所述样品与五种或更多种寡核苷酸在适合于所述五种或更多种寡核苷酸与其互补物或实质性互补物杂交的条件下混合，所述五种或更多种寡核苷酸与所述表1A，表1B，表1C，表2，表3，表4，表5或表6的至少五种分类器生物标志物的核酸分子的部分实质性互补；(ii)检测在所述五种或更多种寡核苷酸与其互补物或实质性互补物之间是否发生杂交；(iii)基于所述检测步骤获得所述至少五种分类器生物标志物的杂交值；(b)将所述至少五种分类器生物标志物的杂交值与来自至少一个样品训练集的参照杂交值比较，其中所述至少一个样品训练集包含来自参照腺癌样品的杂交值、来自参照鳞状细胞癌样品的杂交值、来自参照神经内分泌样品的杂交值、或其组合；基于所述比较步骤的结果将所述肺癌样品归类为腺癌、鳞状细胞癌、或神经内分泌亚型。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.05.30 US 62/005,2291.一种评估患者的肺癌亚型是腺癌、鳞状细胞癌，或者是神经内分泌(涵盖小细胞癌和类癌)的方法，其包括(a)在核酸水平上在自所述患者获得的肺癌样品中探查表1A，表1B，表1C，表2，表3，表4，表5或表6的至少五种分类器生物标志物的水平，其中所述探查步骤包括：(i)将所述样品与五种或更多种寡核苷酸在适合于所述五种或更多种寡核苷酸与其互补物或实质性互补物杂交的条件下混合，所述五种或更多种寡核苷酸与所述表1A，表1B，表1C，表2，表3，表4，表5或表6的至少五种分类器生物标志物的核酸分子的部分实质性互补；(ii)检测在所述五种或更多种寡核苷酸与其互补物或实质性互补物之间是否发生杂交；(iii)基于所述检测步骤获得所述至少五种分类器生物标志物的杂交值；(b)将所述至少五种分类器生物标志物的杂交值与来自至少一个样品训练集的参照杂交值比较，其中所述至少一个样品训练集包含来自参照腺癌样品的杂交值、来自参照鳞状细胞癌样品的杂交值、来自参照神经内分泌样品的杂交值、或其组合；基于所述比较步骤的结果将所述肺癌样品归类为腺癌、鳞状细胞癌、或神经内分泌亚型。2.一种评估患者的肺癌亚型是腺癌、鳞状细胞癌、小细胞癌或者是类癌的方法，其包括：(a)在核酸水平上在自所述患者获得的肺癌样品中探查表1A，表1B，表1C，表2，表3，表4，表5或表6的至少五种分类器生物标志物的水平，其中所述探查步骤包括：(i)将所述样品与五种或更多种寡核苷酸在适合于所述五种或更多种寡核苷酸与其互补物或实质性互补物杂交的条件下混合，所述五种或更多种寡核苷酸与所述表1A，表1B，表1C，表2，表3，表4，表5或表6的至少五种分类器生物标志物的核酸分子的部分实质性互补；(ii)检测在所述五种或更多种寡核苷酸与其互补物或实质性互补物之间是否发生杂交；(iii)基于所述检测步骤获得所述至少五种分类器生物标志物的杂交值；(b)将所述至少五种分类器生物标志物的杂交值与来自至少一个样品训练集的参照杂交值比较，其中所述至少一个样品训练集包括来自参照腺癌样品的杂交值、来自参照鳞状细胞癌样品的杂交值、来自参照小细胞癌样品的杂交值、来自参照类癌样品的杂交值、或其组合；基于所述比较步骤的结果将所述肺癌样品归类为腺癌、鳞状细胞癌、小细胞癌或类癌亚型。3.权利要求1或2的方法，其中所述比较步骤包括测定所述至少五种分类器生物标志物的杂交值和所述参照杂交值之间的相关性。4.权利要求1或2的方法，其中所述比较步骤进一步包括确定所述至少五种生物标志物的平均表达比率，并将所述平均表达比率与自所述样品训练集中的参照值获得的所述至少五种生物标志物的平均表达比率比较。5.权利要求1-4中任一项的方法，其中所述探查步骤包括在所述混合步骤前分离核酸或其部分。6.权利要求1-5中任一项的方法，其中所述杂交包括cDNA探针与cDNA生物标志物的杂交，从而形成非天然复合物。7.权利要求1-5中任一项的方法，其中所述杂交包括cDNA探针与mRNA生物标志物的杂交，从而形成非天然复合物。8.权利要求1-6中任一项的方法，其中所述探查步骤包括扩增所述样品中的核酸。9.权利要求1-8中任一项的方法，其中所述至少五种分类器生物标志物包含表1A、表1B或表1C的至少10种生...

【专利技术属性】
技术研发人员：H·法鲁基，M·莱戈德曼，C·佩罗，D·N·海耶斯，G·梅休，C·范，M·R·米格拉雷斯，
申请(专利权)人：基因中心治疗公司，北卡罗来纳大学教堂山分校，
类型：发明
国别省市：美国,US