与辣椒辣味相关的SNP标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与辣椒辣味相关的SNP标记及其应用。本发明专利技术所提供的应用具体为辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性或用于检测辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质在鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状中的应用；所述SNP位点在辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位；所述SNP位点处的核苷酸为A或C。本发明专利技术不需通过辣椒果实成熟期鉴定，只是在苗期对辣椒植株的DNA检测，就可以判断辣椒辣味的有无，可以广泛应用到分子标记辅助育种。并且该标记可用KASPar基因分型技术进行大批量检测，可以提高效率，缩短鉴定时间。

SNP markers related to pepper hotness and their use

The present invention discloses a SNP marker related to chili hotness and its application. The application of the invention provided specifically for the pepper genome following SNP loci of single nucleotide polymorphisms or single nucleotide polymorphisms for substance detection in the pepper genome following SNP loci in the identification or identification of pepper spicy characters in the auxiliary application; the SNP locus in the pepper genome corresponding to the sequence in the sequence table 4 shows the nucleotide sequence twenty-fourth; the nucleotide SNP site is A or C. The invention does not need to be determined by the ripening period of the pepper fruit, only when the DNA of the pepper plants is detected at the seedling stage, can it determine whether or not the hotness of the pepper is hot, and can be widely applied to the molecular marker assisted breeding. Moreover, the marker can be detected in large quantities by KASPar genotyping technology, which can improve efficiency and shorten identification time.

【技术实现步骤摘要】
与辣椒辣味相关的SNP标记及其应用
本专利技术属于分子生物学领域，涉及一种与辣椒辣味相关的SNP标记及其应用。
技术介绍
辣椒(Capsicumspp.)的“辣味”，由辣椒果实特有的辣椒素引起的灼痛感，辣椒辣味的有无为质量性状，由显性Pun(最早用C表示)基因位点控制，Pun基因的突变导致辣椒辣味的丢失，产生人们所说的甜椒。在辣椒遗传育种中常根据不同的育种目标，选择辣椒或者甜椒育种材料，但往往要等到辣椒果实成熟后才进行选择，比较费时。分子标记辅助育种针对基因型筛选种质资源，避免表型选择的盲目性，大大缩短育种进程，提高育种效率。获得与辣椒辣味性状连锁的分子标记，特别是针对目标基因的关键突变位点开发的功能性分子标记是利用分子标记辅助辣椒辣味转育，实现种质创新的重要条件。虽然基于PCR和电泳技术的分子标记辅助选择可大大提高效率，但仍存在成本较高、通量低等问题。KASPar技术的SNP分子标记的高灵敏度和高通量，以及成本较低、易操作等优点在分子标记辅助选择中具有独特优势。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种与辣椒辣味相关的SNP标记及其应用。本专利技术所提供的应用具体为辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性或用于检测辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质在鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状中的应用；所述SNP位点在辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位；所述SNP位点处的核苷酸为A或C。本专利技术还提供了一种用于鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状的试剂。本专利技术所提供的用于鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状的试剂，具体是用于检测辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质；所述SNP位点在辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位；所述SNP位点处的核苷酸为A或C。具体的，所述“用于检测辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质”可为如下a)或b)：a)成套单链DNA甲，为如下(a1)或(a2)：(a1)由序列表中序列1的第22-45位核苷酸所示的单链DNA、序列表中序列2的第22-45位核苷酸所示的单链DNA、和序列表中序列3所示的单链DNA组成的成套单链DNA。(a2)由将序列表中序列1的第22-45位核苷酸、序列表中序列2的第22-45位核苷酸和序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的三条单链DNA分子组成的，且与(a1)中所述成套单链DNA功能相同的成套单链DNA。b)成套单链DNA乙，为如下(b1)或(b2)：(b1)由序列表中序列1所示的单链DNA、序列表中序列2所示的单链DNA、和序列表中序列3所示的单链DNA组成的成套单链DNA。(b2)由将序列表中序列1、序列2和序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的三条单链DNA分子组成的，且与(b1)中所述成套单链DNA功能相同的成套单链DNA。含有所述试剂用于鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状的试剂盒也属于本专利技术的保护范围。具体的，所述试剂盒中还含有荧光探针A、荧光探针B、淬灭探针A和淬灭探针B；所述荧光探针A的核苷酸序列为序列表中序列1的第1-21位，5’末端连接荧光基团A；所述淬灭探针A的核苷酸序列为序列表中序列1的第1-21位的反向互补序列，3’末端连接淬灭基团；所述荧光探针B的核苷酸序列为序列表中序列2的第1-21位，5’末端连接荧光基团B；所述淬灭探针B的核苷酸序列为序列表中序列2的第1-21位的反向互补序列，3’末端连接淬灭基团。在本专利技术中，所述荧光基团A具体为FAM；所述荧光基团B具体为HEX；所述淬灭基团具体为Q。在本专利技术中，所述荧光探针A、所述荧光探针B、所述淬灭探针A和所述淬灭探针B是存在于KASPV4.02×Mastermix96/384,LowRox中的，其中所述KASPV4.02×Mastermix96/384,LowRox为英国LGC公司产品，其产品目录号为KBS-1016-017。所述试剂或所述试剂盒在鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状中的应用也属于本专利技术的保护范围。本专利技术还提供了一种鉴定或辅助鉴定待测辣椒为有辣味辣椒还是无辣味辣椒的方法。本专利技术所提供的鉴定或辅助鉴定待测辣椒为有辣味辣椒还是无辣味辣椒的方法，具体可包括如下步骤：检测待测辣椒的基因组中如下SNP位点处的核苷酸为A还是C还是A和C，以确定所述待测辣椒的基因型是A:A还是C:C还是A:C，根据所述待测辣椒的基因型按照如下确定所述待测辣椒为有辣味辣椒还是无辣味辣椒：若所述待测辣椒为A:A基因型或A:C基因型，则所述待测辣椒为或候选为有辣味辣椒；若所述待测辣椒为C:C基因型，则所述待测辣椒为或候选为无辣味辣椒。所述SNP位点在辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位；所述SNP位点处的核苷酸为A或C。所述A:A基因型为辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位为A的纯合型。所述C:C基因型为辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位为C的纯合型。所述A:C基因型为辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位为A和C的杂合型。在所述方法中，所述“检测待测辣椒的基因组中如下SNP位点处的核苷酸为A还是C还是A和C”的方法具体可为KASPar检测法。所述KASPar检测法具体可包括如下两个步骤：KASPar扩增和对所述KASPar扩增所得产物进行荧光扫描从而确定所述SNP位点处的核苷酸为A还是C还是A和C；所述KASPar扩增的模板为所述待测辣椒的基因组DNA，所用的KASPar引物满足如下条件：以所述待测辣椒的基因组DNA为模板进行KASPar扩增所得扩增产物的序列含有序列表中序列4。进一步，在所述KASPar检测法中，所述KASPar引物为所述成套单链DNA乙(由序列表中序列1、序列2和序列3所示的单链DNA组成的成套单链DNA)。更加具体的，所述KASPar检测法包括如下步骤：以所述待测辣椒的基因组DNA为模板，采用所述试剂盒(KASPar扩增所用引物为所述成套单链DNA乙，扩增试剂中含有荧光探针A、荧光探针B、淬灭探针A和淬灭探针B；所述荧光探针A的核苷酸序列为序列表中序列1的第1-21位，5’末端连接荧光基团FAM；所述淬灭探针A的核苷酸序列为序列表中序列1的第1-21位的反向互补序列，3’末端连接淬灭基团Q；所述荧光探针B的核苷酸序列为序列表中序列1的第1-21位，5’末端连接荧光基团HEX；所述淬灭探针B的核苷酸序列为序列表中序列1的第1-21位的反向互补序列，3’末端连接淬灭基团Q)进行KASPar扩增，然后采用RocheLC480进行数据读取，按照如下确定所述待测辣椒基因组中所述SNP位点处的核苷酸为A还是C还是A和C：若所述待测辣椒的扩增产物的荧光信号数据经RocheLC480分析在所得分型聚类图中呈现蓝色(AlleleX)，则所述待测辣椒基因组中所述SNP位点处的核苷酸为A；若所述待测辣椒的扩增产物的荧光信号数据经RocheLC480分析在所得分型聚类图中呈现绿色(AlleleY)，则所述待测辣椒基因组中所述SNP位点处的核苷酸为C；若所述待测辣椒的扩增产物的荧光信号数据经RocheLC480分析在所得分型聚类图中呈现红色(本文档来自技高网...

【技术保护点】
辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性或用于检测辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质在鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状中的应用；所述SNP位点在辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位；所述SNP位点处的核苷酸为A或C。

【技术特征摘要】
1.辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性或用于检测辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质在鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状中的应用；所述SNP位点在辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位；所述SNP位点处的核苷酸为A或C。2.用于鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状的试剂，是用于检测辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质；所述SNP位点在辣椒基因组中对应于序列表中序列4所示核苷酸序列的第24位；所述SNP位点处的核苷酸为A或C；具体的，所述“用于检测辣椒基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质”为如下a)或b)：a)成套单链DNA甲，为如下(a1)或(a2)：(a1)由序列表中序列1的第22-45位核苷酸所示的单链DNA、序列表中序列2的第22-45位核苷酸所示的单链DNA、和序列表中序列3所示的单链DNA组成的成套单链DNA；(a2)由将序列表中序列1的第22-45位核苷酸、序列表中序列2的第22-45位核苷酸和序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的三条单链DNA分子组成的，且与(a1)中所述成套单链DNA功能相同的成套单链DNA；b)成套单链DNA乙，为如下(b1)或(b2)：(b1)由序列表中序列1所示的单链DNA、序列表中序列2所示的单链DNA、和序列表中序列3所示的单链DNA组成的成套单链DNA；(b2)由将序列表中序列1、序列2和序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的三条单链DNA分子组成的，且与(b1)中所述成套单链DNA功能相同的成套单链DNA。3.用于鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状的试剂盒，含有权利要求2所述的试剂；具体的，所述试剂盒中还含有荧光探针A、荧光探针B、淬灭探针A和淬灭探针B；所述荧光探针A的核苷酸序列为序列表中序列1的第1-21位，5’末端连接荧光基团A；所述淬灭探针A的核苷酸序列为序列表中序列1的第1-21位的反向互补序列，3’末端连接淬灭基团；所述荧光探针B的核苷酸序列为序列表中序列2的第1-21位，5’末端连接荧光基团B；所述淬灭探针B的核苷酸序列为序列表中序列2的第1-21位的反向互补序列，3’末端连接淬灭基团；更加具体的，所述荧光基团A为FAM；所述荧光基团B为HEX；所述淬灭基团为Q。4.权利要求2所述试剂或权利要求3所述试剂盒在鉴定或辅助鉴定辣椒辣味性状中的应用。5.一种鉴定或辅助...

【专利技术属性】
技术研发人员：张正海，张宝玺，王立浩，曹亚从，
申请(专利权)人：中国农业科学院蔬菜花卉研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11