用于肝细胞癌(HCC)和其他癌症免疫治疗的新型肽和肽组合物制造技术

本发明专利技术涉及用于免疫治疗方法的肽、蛋白质、核酸和细胞。特别是，本发明专利技术涉及癌症的免疫疗法。本发明专利技术进一步涉及单独使用或与其他肿瘤相关肽(刺激抗肿瘤免疫反应或体外刺激T细胞和转入患者的疫苗复合体的活性药物成分)联合使用的肿瘤相关T细胞(CTL)肽表位。与主要组织兼容性复合体(MHC)分子结合的肽或与此同类的肽也可能是抗体、可溶性T细胞受体和其他结合分子的靶标。特别是，本发明专利技术涉及数种新型肽序列及其变体，它们源自人肿瘤细胞的HLA‑I类和HLA‑II类分子，可用于引发抗肿瘤免疫反应的疫苗组合物中或作为开发药物/免疫活性化合物和细胞的目标。

Novel peptides and peptide compositions for the immunotherapy of hepatocellular carcinoma (HCC) and other cancers

The present invention relates to peptides, proteins, nucleic acids and cells for immunotherapy. In particular, the present invention relates to immunotherapy of cancer. The invention further relates to use alone or with other tumor associated peptides (stimulate anti tumour immune responses or stimulate T cells in vitro and to vaccine complexes of patients with active pharmaceutical ingredients) combined use of tumor T cell epitope peptide (CTL). Peptides that bind to major histocompatibility complex (MHC) molecules, or peptides of the same kind, may also be targets for antibodies, soluble T cell receptors, and other binding molecules. In particular, the invention relates to a novel peptide sequence and its variants, which originated from human tumor cells HLA I class and HLA class II molecules can, vaccine compositions for eliciting anti-tumor immune responses or as drug development / immune active compounds and target cells.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于肝细胞癌(HCC)和其他癌症免疫治疗的新型肽和肽组合物本专利技术涉及用于免疫治疗方法的肽、蛋白质、核酸和细胞。特别是，本专利技术涉及癌症的免疫疗法。本专利技术还涉及单独使用或与其他肿瘤相关肽(刺激抗肿瘤免疫反应或体外刺激T细胞和转入患者的疫苗复合体的活性药物成分)联合使用的肿瘤相关T细胞(CTL)肽表位。与主要组织兼容性复合体(MHC)分子结合的肽或与此同类的肽也可能是抗体、可溶性T细胞受体和其他结合分子的靶标。特别是，本专利技术涉及数种新型肽序列及其变体，它们源自人肿瘤细胞的HLA-I类和HLA-II类分子，可用于引发抗肿瘤免疫反应的疫苗组合物中或作为开发药物/免疫活性化合物和细胞的目标。专利技术背景肝细胞癌(HCC)是世界上最常见的肿瘤之一，占全世界所有确诊新发癌症病例的大约6％。2012年，全球大约有782,000例HCC新发病例，使之成为男性中第五位最常见癌症(554,000例)、女性中第九位常见癌症(228,000例)(http：//globocan.iarc.fr)。HCC是最常见的原发性肝恶性肿瘤，占所有成人原发性肝癌80％以上。HCC的地域分布不同，发病率取决于性别。男性HCC年龄标准化发病率(ASR)为东亚(31.9)和东南亚(22.2)最高，南欧(9.5)和北美(9.3)中等，北欧(4.6)和中南亚(3.7)最低。女性HCC发病率比男性ASR低。女性最高ASR为东亚(10.2)和西部非洲(8.1)，最低为北欧(1.9)和密克罗尼西亚(1.6)。HCC患者的总体预后较差。HCC的5年相对生存率(5Y-RSR)约为15％，这取决于诊断时的疾病阶段。对于癌症仍然局限于肝脏的局部HCC，5Y-RSR约为28％。对于癌症已经发展至附近或远处的器官区域和远程HCC，5Y-RSR分别为7％和2％。HCC的发生与多种危险因素相关，肝硬化是最重要的一种危险因素。肝硬化常因酗酒或乙型肝炎病毒(HBV)或丙型肝炎病毒(HCV)感染所致，但也可能由代谢疾病(如II型糖尿病)引起。因此，健康的肝组织被瘢痕组织取代，这增加了发生癌症的风险。疾病管理取决于诊断时肿瘤的阶段以及肝脏的整体状况。如有可能，可透过手术切除部分肝脏(肝部分切除术)或整个器官(肝切除)。特别是肿瘤小或肿瘤可完全切除的患者有资格接受肝脏移植。如果手术不是一种治疗选项，可用现有的其他疗法。肿瘤消融时，探针被注入肝脏，肿瘤被无线电或微波或冷冻治疗破坏。在栓塞程序中，肿瘤的血液供应被机械或化学方式阻断。在放射疗法中，可用高能量无线电波破坏肿瘤。HCC的化疗包括用于全身治疗的多柔比星、5-氟尿嘧啶和顺铂的组合以及用于肝动脉输注的多柔比星、氟尿苷和丝裂霉素C。但是，大多数HCC病例均于对化疗药物表现出很高的耐药性(Enguita-GermanandFortes，2014)。晚期不可切除HCC的治疗选项仅限于索拉非尼(一种多酪氨酸激酶抑制剂)(Changetal.，2007；Wilhelmetal.，2004)。索拉非尼是唯一被证实可延长生存期大约3个月的全身性药物，目前是此类患者的唯一实验性治疗方案(Chapiroetal.，2014；Llovetetal.，2008)。最近，对于HCC进行了少量的免疫疗法试验。细胞因子已被用于启动免疫细胞的亚群和/或增加肿瘤免疫原性(Reinischetal.，2002；Sangroetal.，2004)。其他的试验主要关注肿瘤浸润性淋巴细胞或活化外周血淋巴细胞的输注(Shietal.，2004a；Takayamaetal.，1991；Takayamaetal.，2000)。到目前为止，已经进行了少量的治疗性疫苗接种试验。Butterfield等人使用源自甲胎蛋白(AFP)的肽或载有AFP肽的树突细胞(DC)进行了两项体外试验(Butterfieldetal.，2003；Butterfieldetal.，2006)。在两项不同的研究中，自体树突细胞用自体肿瘤裂解物(Leeetal.，2005)或肝母细胞瘤细胞系HepG2的裂解物(Palmeretal.，2009)进行体外冲击。到目前为止，疫苗接种试验仅显示临床结果的有限改善。专利技术摘要在本专利技术的第一方面，本专利技术涉及一种肽，包含选自包括SEQIDNO：1至SEQIDNO：300的组的一个氨基酸序列、或该序列的与SEQIDNO：1至SEQIDNO：300具有至少80％，优选至少90％同源(优选至少80％或至少90％相同)的一种变体序列(其中所述变体与MHC结合和/或诱导T细胞与所述肽发生交叉反应)，或其药用盐(其中所述肽不是潜在全长多肽)。本专利技术进一步涉及本专利技术的一种肽，包含选自包括SEQIDNO：1至SEQIDNO：300的组的一个序列、或与SEQIDNO：1至SEQIDNO：300具有至少80％、优选至少88％同源性的一种变体，其中所述肽或其变体的总长度为8至100个、优选为8至30个、最优选为8至14个氨基酸。下表显示了根据本专利技术的肽、它们各自的序列ID号(SEQIDNO)、以及这些肽的可能源(潜在)基因。表1中所有的肽与HLA-A＊02等位基因、表2中的肽与HLA-A＊24等位基因结合。表3中的肽之前在大型列表中披露，作为高通量筛查结果，错误率高，或使用算法计算出，但之前与癌症毫无关联。他们与HLA-A＊02结合。表4中的肽是可与本专利技术其他肽组合使用的其他肽。肽与A＊02结合或另有说明时与A＊24结合。表5中的肽还可用于诊断和/或治疗各种恶性疾病，这些疾病涉及过度表达或过度提呈各潜在多肽。表1：本专利技术中的HLA-A＊02肽-S＊＝磷酸丝氨酸表2：本专利技术中的HLA-A＊24肽，含序列ID号-S＊＝磷酸丝氨酸表3：本专利技术中的其他肽，之前与癌症无已知的关联-S＊＝磷酸丝氨酸表4：用于个性化癌症疗法的肽-S＊＝磷酸丝氨酸本专利技术还一般涉及本专利技术的肽用于治疗增殖性疾病，例如，胰腺癌、结肠癌或直肠癌、肾癌、脑癌和/或白血病。特别优选的是本专利技术的肽(单独或组合)，其选自包括SEQIDNO：1至SEQIDNO：300的组。更优选的是所述肽(单独或组合)选自包括SEQIDNO：1至SEQIDNO：124的组(见表1)优选为与A＊02结合，以及选自包括SEQIDNO：187至SEQIDNO：218的组(见表2)优选为与A＊24结合，并且其用于HCC、脑癌、肾癌、胰腺癌、结肠癌或直肠癌或白血病的免疫治疗，优选为HCC的免疫治疗。如示下面的表5A和5B所示，其中本专利技术的许多肽还可用于其他适应症的免疫治疗。该表显示，对于其他肿瘤类型的选定肽，发现它们过量提呈(特定提呈)于5％以上测定的肿瘤样本，或提呈于5％以上测定的肿瘤样本且几何学平均值肿瘤与正常组织的比值大于3。过度提呈定义为与最高提呈的正常样本相比，肿瘤样本中的提呈更高。经过度提呈的正常组织有：脂肪组织、肾上腺、血细胞、血管、骨髓、脑、软骨、食道、眼、胆囊、心脏、肾、大肠、肝、肺、淋巴结、神经、胰腺、甲状旁腺、腹膜、垂体、胸膜、唾液腺、骨骼肌、皮肤、小肠、脾、胃、甲状腺、气管、输尿管、膀胱。表5A：本专利技术的肽及其在其他增殖性疾病(特别是其他癌性疾病)中的特定用途-S＊＝磷酸丝氨酸表5B：本专利技术的肽及其在其他增殖性疾病(特别是其他癌性疾本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种肽，其包括选自SEQ ID No.1至SEQ ID No.300群组的一个氨基酸序列、以及与SEQ ID No.1至SEQ ID No.300具有至少88％同源性的其变体序列、其中所述变体与MHC结合和/或诱导与该变体肽发生T细胞交叉反应；以及其一种药用盐，其中所述肽不是一种全长多肽。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.12.23 GB 1423016.3;2015.01.21 GB 1501017.6;201.一种肽，其包括选自SEQIDNo.1至SEQIDNo.300群组的一个氨基酸序列、以及与SEQIDNo.1至SEQIDNo.300具有至少88％同源性的其变体序列、其中所述变体与MHC结合和/或诱导与该变体肽发生T细胞交叉反应；以及其一种药用盐，其中所述肽不是一种全长多肽。2.根据权利要求1中所述的肽，其中所述肽有能力与人类主要组织兼容性复合体(MHC)-I或-II类分子结合，其中所述肽与MHC结合时能够被CD4和/或CD8T细胞识别。3.根据权利要求1或2中所述的肽或其变体，其中氨基酸序列包括SEQIDNo.1至SEQIDNo.300中的一个连续的氨基酸延伸区。4.根据权利要求1至3任一项中所述的肽或其变体，其中所述肽或其变体的总长度为8至100个氨基酸、优选为8至30个氨基酸、更优选为8至16个氨基酸、最优选为该肽该肽系由或基本系由根据SEQIDNo.1至SEQIDNo.300的氨基酸序列组成。5.根据权利要求1至4任一项中所述的肽或其变体，其中所述肽被修饰和/或包含非肽键。6.根据权利要求1至5任一项所述的肽或其变体，其中所述肽为融合蛋白的一部分，尤其包含HLA-DR抗原相关不变链(Ii)的N-端氨基酸。7.根据权利要求1至6任一项中所述的一种编码肽或其变体的核酸，任选连接到一个异源启动子序列。8.根据权利要求7中所述的一种能表达核酸的表达载体。9.根据权利要求1至6任一项中所述的肽或其变体、根据权利要求7中所述的核酸、或根据权利要求8中所述的药用表达载体。10.一种宿主细胞，其包括根据权利要求1至6中所述的肽、根据权利要求7中所述的核酸、根据权利要求8中所述的表达载体，其中所述宿主细胞优选为抗原提成细胞，例如树突状细胞。11.一种制备根据权利要求1至6任一项所述的肽或其变体的方法，该方法包括培养根据权利要求10所述的宿主细胞、其提呈根据权利要求1至6所述的肽或表达根据权利要求7所述的核酸或根据权利要求8所述的表达载体，以及从该宿主细胞或其培养基中分离出肽或其变体。12.一种体外制备启动的T淋巴细胞的方法，该方法包括将T细胞与载有抗原的人I或II类MHC分子进行体外连接，这些分子在合适的抗原提呈细胞表面或人工模拟的抗原提呈细胞结构表面上表达足够的一段时间从而以抗原特异性方式启动T细胞，其中所述抗原为权利要求1至9任一项中所述的肽。13.根据权利要求12中所述的方法制成的启动T细胞，其有选择性地识别一种细胞，该细胞提呈含权利要求1至5任一项中给定氨基酸序列的多肽。14.一种杀灭患者中靶向细胞的方法，其中靶向细胞提呈一种多肽，该多肽含权利要求1至5任一项中给定的氨基酸序列；一种给药方法，其中包括给予患者权利要求13中定义的有效量T细胞。15.一种可溶或膜结合抗体，其特异性地识别根据权利要求1至5中的肽或其变体，优选为根据权利要求1至5中任一项所述的、与MHC分子结合的肽或变体。或者，抗体具有进一步的效应子功能，如免疫刺激域或毒素。16.根据权利要求1至6任一项中所述的一种肽、根据权利要求7中所述的核酸、根据权利要求8中所述的一种表达载体、根据权利要求10中所述的细胞或根据权利要求13中所述的启动毒性T淋巴细胞或根据权利要求15中所述的抗体和其他结合分子在治疗癌症或制造抗癌药剂中的用途。17.根据权利要求16所述的用途，其中所述癌症选自肝癌、脑癌、肾癌、胰腺癌、结肠癌或直肠癌或白血病和其他肿瘤，其显示过度表达最优选的APOB、FASN、COPA，优选GLUL、GPAM、PLIN2、SLC16A1、SLC9A3R1、PCBD1、SEC16A、AKR1C4、ABCB11、HAL、CYP2E1、C4A、C4B、ALDH1L1、CRP、ACSL4、EEF2、HLTF、FBXO22、GALK1、TMCO1、TMEM33、ZNF318、IPO9、AMACR、C1QTNF3、CYP4F8、CYP4F3、CYP4F11、CYP4F12、CYP4F2、MOCOS、A1CF、COL18A1、HPR、LRP、C19orf80、CFHR5、ITIH4、TMFM110、LARP4、LMF2、SLC10A5、SLC16A11，更优选ANKFY1、C12orf44、C16orf58、CPSF1、DCAF8、PEX19、DDX11、DDX12P、DECR2、NME4、DENND5B、DYM、EDC4、ERI3、FAM20A、FNDC3A、GPR107、GYG2、HEATR2、IFT81、KCTD3、SHKBP1、KIAA1324L、KLHL24、MARCH6、MBTPS2、MIR1279、CPSF6、NOC4L、NXF1、PANK2、PCNXL3、PIPSL、PSMD4、PSMD14、SLC3581、TCP11L2、THNSL2、THOC2、TOMM5、TRAPPC6B、TRIM54、TRIM55、TRIM63、UGGT2、URB1、VPS54、WIZ、ZNF45、RFTN2、SCFD1、SERINC5、CCT7P2、CMAS、ANKS1A、C17orf70、CCT7、CDK5RAP2、CLPTM1，以及来自SEQIDNo.1至SEQIDNo.300肽的另一蛋白。18.一种药盒，包括：(a)一个容器包含一种药物组合物，其含有根据权利要求1至6任一项所述的肽或变体、根据权利要求7所述的核酸、根据权利要求8所述的表达载体、根据权利要求10所述的细胞、根据权利要求13所述的启动T淋巴细胞或根据权利要求15所述的溶液或冻干形式的抗体；(b)可选的第二个容器，其含有冻干粉剂型的稀释剂或重组溶液；(c)可选的至少一种以上肽，选自由SEQIDNo.1至SEQIDNo.346组成的组，以及(d)可选项，(i)使用溶液或(ii)重组和/或使用冻干粉剂型的说明书。19.根据权利要求18所述的套...

【专利技术属性】
技术研发人员：托尼·温斯切尼克，安德烈·马尔，延斯·弗里切，菲利普斯·穆勒，安妮塔·维贝，萨拉·库彻尔，
申请(专利权)人：伊玛提克斯生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：德国,DE