The invention relates to the technical field of molecular biology of fish, in particular to a method for determining mitochondrial genome of a wrasse fish group. The method of the invention comprises the following steps: (1) obtain the partial sequence of 16S rRNA, CO1 and Cytb genes; (2) spacer sequences and Cytb to 16S rRNA spacer sequence 16S rRNA to CO1 and tRNA Leu spacer sequence to Cytb; (3) obtained the sequence of CO1 to tRNA Leu spacer; (4) to step (1), (2) and (3) in the sequence obtained by stitching, get the whole sequence of mtDNA genome long fish head. The invention has the advantages that the method is efficient and compact for determining the whole genome sequence of the head of a fish colony.
【技术实现步骤摘要】
一种隆头鱼类群线粒体基因组测定的方法
本专利技术涉及鱼类的分子生物学
,具体地说,是一种隆头鱼类群线粒体基因组测定的方法。
技术介绍
线粒体是具有独特DNA分子和完整遗传信息传递和表达的半自主性细胞器,也是细胞进行生物氧化和能量转换的主要场所,在细胞生命活动中具有重要的意义。真核生物的线粒体DNA(简称mtDNA)多为共价闭合的双链环状结构,具有以串联形式排列的多个基因,无内含子,可编码tRNA、rRNA和一些蛋白质。由于mtDNA表面缺乏组蛋白的保护,其序列易发生突变且不易修复,这一遗传的特殊性,已广泛应用于遗传学和系统发育学等方面的研究。自第一例人类线粒体基因组的全部序列公布以来,迄今已报道了上万物种的mtDNA序列。隶属于隆头鱼目(Labriformes)的隆头鱼科(Labridae)是海洋鱼类中仅次于虾虎鱼科(Gobiidae)的第二大科一级类群,分布于热带和亚热带海洋,全世界记载有539种。我国自20世纪50年代中期,陆续开展了黄渤海、东海、南海、南海诸岛海域和北部湾等大规模的海洋鱼类区系普查。我国大陆到20世纪80年代中期记录了隆头鱼99种,台湾至2012年收录了130种,目前有名录可查的有157种。然而,查询国际公共数据库,已公布mtDNA全序列的隆头鱼物种仅有几种(<10种)。这可能与几种常规的mtDNA测序方法不太适用于该类群有关。目前,基于DNA片段差异作为分子标记的主要有5种:(1)Sanger测序法。使用物理或酶切的方法,使线粒体分割成测序有效长度内的短片段,克隆至噬菌体或质料载体,然后利用Sanger法测序。该方法步骤 ...
【技术保护点】
一种隆头鱼类群线粒体基因组测定的方法,其特征在于,包括以下步骤:(1)获得16S rRNA、CO1和Cytb基因的部分序列:选择鱼类mtDNA的3个基因16S rRNA、CO1和Cytb的序列,相应的各自设计1对引物,名称分别为16S、CO1和Cytb,以隆头鱼DNA为模板,进行PCR扩增,扩增产物直接测序,分别获得16S rRNA、CO1和Cytb基因的部分序列;(2)获得16S rRNA至CO1的间隔区序列、tRNA‑Leu至Cytb的间隔区序列和Cytb至16S rRNA的间隔区序列:将步骤(1)中获得的16S rRNA、CO1和Cytb基因的部分序列,以及公布的mtDNA的tRNA‑Leu的序列设计引物,实现引物对SC扩增16S rRNA至CO1的间隔区序列;引物对LY扩增tRNA‑Leu至Cytb的间隔区序列;引物对YS扩增Cytb至16S rRNA的间隔区序列;(3)获得CO1至tRNA‑Leu间隔区的序列:根据步骤(1)中获得的CO1基因的部分序列和步骤(2)中获得的tRNA‑Leu至Cytb的间隔区的序列,设计引物对CL,实现扩增CO1至tRNA‑Leu间隔区的序列;( ...
【技术特征摘要】
1.一种隆头鱼类群线粒体基因组测定的方法,其特征在于,包括以下步骤:(1)获得16SrRNA、CO1和Cytb基因的部分序列:选择鱼类mtDNA的3个基因16SrRNA、CO1和Cytb的序列,相应的各自设计1对引物,名称分别为16S、CO1和Cytb,以隆头鱼DNA为模板,进行PCR扩增,扩增产物直接测序,分别获得16SrRNA、CO1和Cytb基因的部分序列;(2)获得16SrRNA至CO1的间隔区序列、tRNA-Leu至Cytb的间隔区序列和Cytb至16SrRNA的间隔区序列:将步骤(1)中获得的16SrRNA、CO1和Cytb基因的部分序列,以及公布的mtDNA的tRNA-Leu的序列设计引物,实现引物对SC扩增16SrRNA至CO1的间隔区序列;引物对LY扩增tRNA-Leu至Cytb的间隔区序列;引物对YS扩增Cytb至16SrRNA的间隔区序列;(3)获得CO1至tRNA-Leu间隔区的序列:根据步骤(1)中获得的CO1基因的部分序列和步骤(2)中获得的tRNA-Leu至Cytb的间隔区的序列,设计引物对CL,实现扩增CO1至tRNA-Leu间隔区的序列;(4)对步骤(1)、(2)和(3)中获得的序列进行拼接,获得隆头鱼mtDNA基因组全序列。2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤(1)中所述16S的上游引物如SEQIDNO.1所示、16S的下游引物如SEQIDNO.2所示;所述CO1的上游引物如SEQIDNO.3所示、CO1的下游引...
【专利技术属性】
技术研发人员:刘东,张远远,唐文乔,
申请(专利权)人:上海海洋大学,
类型:发明
国别省市:上海,31
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