【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物信息检测领域,具体涉及一种能够基于Nextseq500高通量测序平台的数据过滤方法,该方法用在已有高通量测序数据匹配基础上,基于linux跨服务器数据自动传送的能力,以提高多样本测序数据过滤的效率以及分析效率,减少人为输入错误而对分析结果造成的错误。
技术介绍
随着高通量测序技术的飞速发展,全基因组测序也在生物物种研究等领域得到广泛应用,而对于第二代高通量测序仪Nextseq500的下机原始数据的过滤就显得尤为重要,普通的数据过滤方法大多通过人为的区分不同样本,不同上机次数产生的数据,容易造成人为误差,或因为样本数量过多而导致的繁重工作任务。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种基于linuxshell的自动化分析流程,可进行批量原始数据过滤分析,提高服务器使用效率,减少分析人员的分析压力,便于控制分析内容的能够基于Nextseq500高通量测序平台的数据过滤方法。为了实现上述专利技术目的,本专利技术所采用的技术方案如下:一种能够基于Nextseq500高通量测序平台的数据过滤方法,包括如下步骤:1)输入要进行分析的项目信息步骤格式大致为一行表示一个项目的信息,第一列元素为合同号,第二列为样品名称,其中间隔符设置为制表符;2)从存储数据的服务器调取原始测序数据步骤在编写的perl脚本中设定一个数据存储位置的变量,方便调取测序数据,与原来的不同是根据输入的合同号自动寻找文件,避免手动输入造成的麻烦;3)对得到的测序数据进行标记步骤根据Nextseq500测序仪得到的数据特点,在编写的perl脚本中对这个特定的barcode序列进行筛 ...
【技术保护点】
一种能够基于Nextseq 500高通量测序平台的数据过滤方法,包括如下步骤:1)输入要进行分析的项目信息步骤格式大致为一行表示一个项目的信息,第一列元素为合同号,第二列为样品名称,其中间隔符设置为制表符;2)从存储数据的服务器调取原始测序数据步骤在编写的perl脚本中设定一个数据存储位置的变量,方便调取测序数据,与原来的不同是根据输入的合同号自动寻找文件,避免手动输入造成的麻烦;3)对得到的测序数据进行标记步骤根据Nextseq 500测序仪得到的数据特点,在编写的perl脚本中对这个特定的barcode序列进行筛选;4)将获取的对应项目的数据进行预处理步骤包括对于样品名字的处理,以及质量过滤,去除引物和barcode,随后得到优质序列进行分析;5)查看日志,保证结果的无误性步骤在进行标准分析流程的同时,如果分析出现的问题,会将错误信息以及错误的位置写入到日志文件中,流程结束后,查看日志文件,保证结果的无误性,如果出现问题,则查找原因,修复错误。
【技术特征摘要】
1.一种能够基于Nextseq500高通量测序平台的数据过滤方法,包括如下步骤:1)输入要进行分析的项目信息步骤格式大致为一行表示一个项目的信息,第一列元素为合同号,第二列为样品名称,其中间隔符设置为制表符;2)从存储数据的服务器调取原始测序数据步骤在编写的perl脚本中设定一个数据存储位置的变量,方便调取测序数据,与原来的不同是根据输入的合同号自动寻找文件,避免手动输入造成的麻烦;3)对得到的测序数据进行标记步骤根据Next...
【专利技术属性】
技术研发人员:周南,叶伟星,姜丽荣,孙子奎,
申请(专利权)人:上海派森诺生物科技股份有限公司,
类型:发明
国别省市:上海;31
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